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作者：岳子凡中国人民解放军海军军医大学

学位级别：硕士

研究目的:甲状腺相关眼病(thyroid associated ophthalmopathy,TAO)是一种具有威胁视力的潜在危险性的眼病,其常见的临床及病理特征是眼睑退缩和上睑迟落、眼球突出、软组织发生炎症并重塑,是主要涉及甲状腺和眼部组织的免疫交叉反应。... 详细信息

研究目的:甲状腺相关眼病(thyroid associated ophthalmopathy,TAO)是一种具有威胁视力的潜在危险性的眼病,其常见的临床及病理特征是眼睑退缩和上睑迟落、眼球突出、软组织发生炎症并重塑,是主要涉及甲状腺和眼部组织的免疫交叉反应。然而其发病机制目前尚不明确,仍需更深一步的研究和思考。非编码rna(non-coding rna,nc rna)是一种DNA转录产物,但不具有编码蛋白质的功能,可以在分子功能以及生物过程等众多方面做出调节,其包括长链非编码rna(long non-coding lnc rna)、环状rna(circular rna,circ rna)和微小rna(micro rna,mi rna),能够在基因调控、表观基因调控和蛋白功能调控方面发挥作用。通过对疾病特异性nc rnas表达的研究,发现了它们在作为新的诊断和预后生物标志物方面的突出潜力。然而,nc rnas在TAO的发生发展中所起到的生物作用目前尚不明了,某些非编码rna在眼部组织中显示了出众的发育阶段特异性以及组织特异性,这提示非编码rna可能在TAO的形成和发展阶段中起到作用。近年来,出现了一种新的lnc rna/circ rna-mi rna-m rna(即信使rna,Messenger rna)相互作用假说,称为竞争性内源性rna(competing endogenous rna,ce rna)假说;此假说认为编码rna和非编码rna之间通过mi rna响应元件(MREs)发生相互干扰,在转录组中形成广泛的调控网络。然而,尚未见过ce rna假说在TAO领域的相关研究。此外,最近的一些研究表明,转运rna(Transfer rna,trna)及其前体被特定的酶特异性地切割成小片段,即trna相关片段(t RFs),t RFs可以与核糖体和氨基酰基trna合成酶相互作用,调节蛋白质的翻译。然而,这些研究在TAO领域尚属空白,亟需发掘。我们将从以下几个方面进行非编码rna在TAO发病机制中的作用的探索:(1)通过高通量测序技术(High-throughput sequencing)对甲状腺相关眼病患者和正常人的眼眶结缔组织中的非编码rna(lnc rna、circ rna、mi rna、t RFs)以及信使rna(Messenger rna,m rna)进行测序,并找出其中的差异基因。(2)构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,根据节点度找出枢纽基因(hub gene),再通过种子序列匹配分析,预测与差异表达lnc rna/circ rna和m rna相关的mi rna。(3)对筛选出的lnc rna/circ rna进行相关系数分析,构建ce rna网络(4)对得到的差异表达的t RFs进行生物信息学分析,预测其靶向基因,并探索其在TAO发病机制中起到的作用。(5)对ce rna网络以及差异表达的t RFs中与TAO发病机制高度相关的指标进行实时定量逆转录PCR(quantitative reverse transcription PCR,q RT-PCR)验证。(6)得出结论。研究方法:1.选取进行眼眶减压术的TAO患者3例为病例组,另取3例进行眼整形手术患者的眼眶脂肪为对照进行高通量测序。2.进行总rna抽提质检,质检合格的样本rna分别进行芯片测序以及测序仪测序,检测样本的lnc/circ rna、m rna含量以及t RFs含量。3.对测序得到的原始数据进行归一化后,对差异表达基因进行筛选。4.构建出蛋白质-蛋白质相互作用网络,筛选出节点度最高的30种hub gene。5.使用种子序列匹配分析,预测与差异lnc rna/circ rna及差异m rna相关的mi rna,找到靶向关系对,并将lnc rna/circ rna-mi rna关系对和m rna-mi rna关系对取交集获得交集mi rna,对交集中的lnc rna/circ rna和m rna进行相关性分析,找到有效的lnc rna/circ rna-m rna关系对。6.预测差异表达的t RFs的下游靶向m rna,并与测序得到的差异表达的m rna取交集,得到差异表达的可能受t RFs靶向调控的m rna。7.从第五步中得到的交集mi rna中筛选出与TAO发病机制高度相关的mi rna,并利用其上下游的有效lnc rna/circ rna-m rna关系对构建与TAO发病机制相关的ce rna网络。8.对第六步中得到的差异表达的可能受t RFs靶向调控的m rna进行Gene Ontology(GO)富集分析和KEGG pathway富集分析。9.选取5例TAO患者的眶减压术后的眼眶结缔组织以及5例正常人眼整形术后的眼眶脂肪,使用q RT-PCR技术,

关键词：甲状腺相关眼病长链非编码rna 环状rna 微小rna trna相关片段高通量测序技术竞争性内源性rna网络生物调控作用

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兔膝关节前交叉韧带和内侧副韧带部分损伤后差异表达的内源性竞争性circrna-mirna-mrna网络与核心基因的筛选与功能分析

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解剖学杂志 2023年第6期46卷 484-491页

作者：李一帆于涵李彬温昱中国医科大学基础医学院组织学胚胎学教研室沈阳110122 中国医科大学附属盛京医院关节外科与运动医学科沈阳110122

目的:揭示兔膝关节前交叉韧带(ACL)和内侧副韧带(MCL)部分损伤后内源性竞争性环状rna(circrna)与微小rna(mirna)及信使rna(mrna)的相互作用关系,以探讨阻碍ACL损伤后内源性修复的分子机制。方法:兔正常和部分损伤的ACL及MCL组织H-E染色... 详细信息

目的:揭示兔膝关节前交叉韧带(ACL)和内侧副韧带(MCL)部分损伤后内源性竞争性环状rna(circrna)与微小rna(mirna)及信使rna(mrna)的相互作用关系,以探讨阻碍ACL损伤后内源性修复的分子机制。方法:兔正常和部分损伤的ACL及MCL组织H-E染色,进行形态学观察。进行全转录组建库测序,并通过差异分析确定差异表达基因。进行功能分析和蛋白质相互作用网络构建,鉴定核心基因,并建立内源性竞争性circrna-mirna-mrna网络。结果:兔正常和部分损伤的ACL及MCL在炎症反应、细胞增殖及胶原沉积等方面均存在显著差异。得到16个核心基因,并构建了6个核心基因的circrna-mirna-mrna网络。结论:兔正常和部分损伤的ACL及MCL差异表达基因的富集分析通路和核心基因的表达趋势存在明显差异,这为进一步研究ACL损伤内源性修复障碍的机制提供了新思路。

关键词：前交叉韧带内侧副韧带修复环状rna 竞争性内源性rna网络兔

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基于高通量测序研究清润方改善2型糖尿病大鼠肝脏胰岛素抵抗的作用机制

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世界中医药 2024年第11期19卷 1599-1607,1613页

作者：卜祥伟郝晓晖张美珍王泽王皓朔史佩玉张润云倪青林兰中国中医科学院广安门医院内分泌科北京100053 天津中医药大学第一附属医院内分泌科天津300381

目的:基于高通量转录组测序(rna-seq)研究清润方改善2型糖尿病(T2DM)大鼠肝脏胰岛素抵抗的作用机制。方法:采用高脂饲料喂养联合链脲佐菌素腹腔注射构建T2DM大鼠模型,将成模大鼠采用随机数字表随机分为模型组,二甲双胍组(150 mg/kg),清... 详细信息

目的:基于高通量转录组测序(rna-seq)研究清润方改善2型糖尿病(T2DM)大鼠肝脏胰岛素抵抗的作用机制。方法:采用高脂饲料喂养联合链脲佐菌素腹腔注射构建T2DM大鼠模型,将成模大鼠采用随机数字表随机分为模型组,二甲双胍组(150 mg/kg),清润方大(11.2 g/kg)、中(5.6 g/kg)、小(2.8 g/kg)剂量组,另设正常组,灌胃干预8周。观察空腹血糖(FBG)、胰岛素抵抗指数(IRI)、胰岛素敏感指数(ISI)变化,利用rna-seq结合生物信息学分析筛选差异表达的长链非编码rna(lncrna)、微rna(mirna)、信使rna(mrna),对差异基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析及qPCR验证,构建竞争性内源性rna(cerna)调控网络。结果:与模型组比较,干预第6、8周清润方大剂量组FBG明显降低(Prna、12个mirna、37个lncrna,通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络得到12个核心基因,并构建lncrna-mirna-mrna网络。KEGG富集分析显示,差异基因主要涉及Janus激酶/信号转导及转录活化因子(JAK-STAT)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)、氨基酸代谢、脂质代谢等通路。结论:清润方可能通过lncrna-mirna-mrna网络调控CYP2、Acer2等基因,并影响Lpin1、Insig1等基因和PPAR、JAK-STAT、氨基酸代谢、脂质代谢等信号通路,改善2型糖尿病大鼠肝脏胰岛素抵抗。

关键词：清润方 2型糖尿病胰岛素抵抗转录组测序竞争性内源性rna网络差异基因信号通路作用机制

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基于cerna网络和免疫状态预测胃癌患者的预后和药物敏感性及验证

基于ceRNA网络和免疫状态预测胃癌患者的预后和药物敏感性及验证

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作者：张迅安徽医科大学

学位级别：硕士

目的胃癌(GC)是世界上最常见的恶性肿瘤之一,其恶性程度很高。目前,越来越多的证据表明,竞争内源性rnas(cernas)和肿瘤微环境(TME)中的免疫状态均可影响GC的进展,并与患者的预后密切相关。然而,很少有研究将两者联系起来共同决定GC患者... 详细信息

目的胃癌(GC)是世界上最常见的恶性肿瘤之一,其恶性程度很高。目前,越来越多的证据表明,竞争内源性rnas(cernas)和肿瘤微环境(TME)中的免疫状态均可影响GC的进展,并与患者的预后密切相关。然而,很少有研究将两者联系起来共同决定GC患者的预后。本研究旨在建立一个基于CErnaS和免疫生物标志物的联合预后模型。以期更好地预测GC患者的预后,帮助患者选取个体化的治疗方案。方法首先从TCGA和GEO数据库下载基因表达谱和临床信息。然后在circrna的基础上构建了两个cerna网络。用单因素Cox回归分析和Lasso回归分析筛选关键基因,用多因素Cox回归分析构建cerna相关预后模型。然后利用CIBERSORT和ESTIMATION算法获得TME患者的免疫细胞浸润丰度和基质/免疫评分。并通过共表达分析找出cerna与免疫的相关性,建立另一免疫相关预后模型。最后,将这两个模型结合起来,建立了一个综合预测模型,并用诺模图对模型进行了可视化结果构建了GC的(Circrna,lncrna)-mirna-mrna调控网络。cerna相关和免疫相关预后模型的预测能力中等。共表达分析表明,cerna网络与免疫相关。在TCGA训练集的cernaS与免疫联合模型中,1、3、5年生存率的AUC值分别为0.78、0.76、0.78;在独立的外部验证集GSE62254中,分别为0.81、0.79和0.78;在GSE15459中分别为0.84、0.88、0.89。此外,综合模型的预后评分可以预测化疗药物耐药性。最后,我们发现血浆变异易位1(PVT1)和浸润免疫细胞(肥大细胞)作为独立的预后因素值得进一步研究。结论基于circrna构建了两个cerna调控网络。同时建立了综合预后模型,对GC患者的预后预测和化疗药物选择具有较高的临床意义。

关键词：胃癌竞争性内源性rna网络免疫细胞浸润预后模型

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基于全转录组测序的Vogt-小柳原田综合征circrna、mirna和mrna表达谱综合分析

基于全转录组测序的Vogt-小柳原田综合征circRNA、miRNA和mRNA表...

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作者：舒佳重庆医科大学

学位级别：硕士

背景:Vogt-小柳原田综合征(VKH)是一种以双眼肉芽肿性葡萄膜炎为特征的自身免疫性疾病,常伴有皮肤及毛发异常、脑膜刺激征、听觉功能障碍等症状。以往研究表明,环状rna(circ rna)在许多生物学过程中发挥重要作用,并且与自身免疫性疾病... 详细信息

背景:Vogt-小柳原田综合征(VKH)是一种以双眼肉芽肿性葡萄膜炎为特征的自身免疫性疾病,常伴有皮肤及毛发异常、脑膜刺激征、听觉功能障碍等症状。以往研究表明,环状rna(circ rna)在许多生物学过程中发挥重要作用,并且与自身免疫性疾病密切相关,然而,它们在VKH疾病中的作用尚不清楚。目的:本研究旨在探究VKH疾病的m rna、mi rna和circ rna表达谱以及circ rna在VKH发病机制中的作用。方法:利用全转录组测序(rna-seq)技术获得4名VKH患者和3名健康对照者的CD4T细胞circ rna、mi rna和m rna表达谱。对差异表达显著的circ rna和m rna进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,对所有m rna进行基因富集分析(GSEA)。基于筛选的免疫相关基因,利用mi RANDA程序预测和构建包含circ rna、mi rna和m rna的竞争性内源性rna(ce rna)网络。此外,利用实时定量聚合酶链反应(RT-q PCR)验证挑选的10个差异表达的m rna(LAT、ZAP70、ITK、ICOS、RASGRP1、PAG1、PLCG1、PRKCQ、LCK、CARD11)和5个差异表达的circ rna(hsa＿circ＿0033144、hsa＿circ＿0000233、hsa＿circ＿0000396、hsa＿circ＿0001924、hsa＿circ＿0001320)。结果:根据筛选标准|log2(fold-change)|>1且prna(165个上调和286个下调),433个差异表达的mi rna(182个上调和251个下调)和5088个m rna(2289个上调和2799个下调)。功能富集与通路分析提示炎症反应、适应性免疫反应、Th1和Th2细胞分化、Th17细胞分化、NF-kappa B信号通路和T细胞受体信号通路等与VKH疾病密切相关。RT-q PCR的结果与rna-seq数据趋势一致。进一步分析表明,hsa＿circ＿0001320和hsa＿circ＿0001924有潜力成为VKH疾病的生物标记基因和相关治疗靶点。结论:研究结果表明,circ rna和其参与的ce rna调控网络可能在VKH疾病的病理生理过程中具有重要的免疫调节功能,这为该疾病的潜在机制提供了新的见解。

关键词： Vogt-小柳原田综合征 CD4+T细胞环状rna 竞争性内源性rna网络 rna测序

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基于转录组学研究Wnt/β-catenin通路在纳米氧化镍致肺纤维化中的分子机制

基于转录组学研究Wnt/β-catenin通路在纳米氧化镍致肺纤维化中的...

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作者：刘菡兰州大学

学位级别：硕士

目的:建立纳米氧化镍(Nickel oxide nano particles,NiONPs)致肺纤维化大鼠模型和人胚肺成纤维细胞(Human fetal lung fibroblast 1,HFL1)胶原沉积模型,探讨NiONPs致大鼠肺纤维化过程中差异表达的非编码rna(Non-coding rna,nc rna),以及Wnt/β-catenin信号通路在NiONPs致肺纤维化发生发展中的作用。方法:1.体内实验:(1)实验设计:24只成年雄性Wistar大鼠随机分为生理盐水组和NiONPs(0.015、0.06和0.24 mg/kg)组,气管滴注NiONPs混悬液染毒,每周2次连续9周。染毒结束后处死大鼠摘取肺组织用于后续实验。(2)指标检测:(1)分别从生理盐水组和0.24 mg/kg NiONPs组随机挑选3只大鼠(n=3),取100mg肺脏组织制作肺组织芯片进行转录组基因测序,筛选显著性差异表达(DE)的转录组基因。(2)使用基因本体学(Gene Ontology,GO)和KEGG分析对差异表达的转录组基因进行功能注释和通路分析。(3)使用Mi Randa 3.3a预测与mi rna具有靶向负调控关系的circ rna、lnc rna和m rna,构建ce rna网络。(4)RT-q PCR验证18个差异表达的rna。(5)Western blot检测大鼠肺组织中wnt3a、β-catenin、GSK-3β蛋白表达水平。2.体外实验:(1)实验设计:(1)采用不同浓度的NiONPs混悬液(0、25、50、100和200μg/m L)处理HFL1细胞12 h、24 h和36 h,检测细胞存活率并确定后续NiONPs处理的3个剂量和1个时间。(2)采用上述确定的NiONPs处理剂量和时间建立HFL1细胞胶原沉积模型,检测Wnt/β-catenin信号通路蛋白改变,确定后续NiONPs处理的1个剂量和时间。(3)用Wnt抑制剂NSC668036预处理HFL1细胞,1 h后加入NiONPs培养细胞24h。(2)指标检测:(1)CCK8试剂盒检测细胞存活率。(2)羟脯氨酸(Hyp)试剂盒检测细胞培养上清液中Hyp含量。(3)Western blot检测wnt3a、β-catenin、GSK-3β、I型胶原蛋白(Type I collagen,Col-I)和基质金属蛋白酶2(Matrix metalloproteinase 2,MMP2)蛋白表达水平。结果:***致肺纤维化大鼠肺组织的转录组学数据分析及ce rna网络构建:(1)测序结果显示:在NiONPs致肺纤维化大鼠肺组织中,65个circ rna(Prna(P2)、124个lnc rna(Prna(Prnas中,其中Wnt/β-catenin信号通路在各类nc rna中均显著性富集。(3)通过靶基因预测,差异表达的基因中共有25个circ rna、28个mi rna和15个m rna用于构建circ rna-m rna(13对调控关系)、circ rna-mi rna(104对调控关系)和circ rna-mi rna-m rna(61对调控关系)网络,74个lnc rna、50个mi rna和28个m rna用于构建lnc rna-m rna(118对调控关系)、lnc rna-mi rna(141对调控关系)和lnc rna-mi rna-m rna(174对调控关系)网络。同时mi rna-m rna网络(39对调控关系)由23个mi rna和33个m rna构建。(4)RT-q PCR结果显示,18个DE rna表达与测序结果一致,且上述基因组成两条ce rna调控网络,即lnc Melttl16/mi R-382-5p/Hsd17b7和circ Iqch/mi R-181d-5p/Stat1。***/β-catenin信号通路在NiONPs致肺纤维化中的作用:(1)与对照组相比,NiONPs染毒组大鼠肺组织中wnt3a和GSK-3β蛋白含量升高(P<0.05),β-catenin蛋白含量仅在0.24 mg/kg NiONPs组增加(P<0.05)。(2)NiONPs混悬液处理HFL1细胞,细胞存活率随着处理剂量和处理时间的增多而下降,处理24 h时细胞存活率后从97%降至73%。因此,本研究选择50、100和200μg/m L的NiONPs混悬液和24 h的处理时间进行后续实

关键词：纳米氧化镍肺纤维化非编码rna 竞争性内源性rna网络 Wnt/β-catenin信号通路

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细胞周期依赖性激酶2在肺腺癌中的作用和机制研究

细胞周期依赖性激酶2在肺腺癌中的作用和机制研究

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作者：刘婷婷山东大学

学位级别：硕士

目的:肿瘤微环境（TME）在不同的癌症中起着重要作用。近年来,竞争性内源性rna网络（cerna）假说的提出赋予了编码蛋白基因和非编码基因新的、更为广泛的生物学功能。本研究旨在通过生物信息学方法筛选出细胞周期依赖性激酶2（CDK2）相... 详细信息

目的:肿瘤微环境（TME）在不同的癌症中起着重要作用。近年来,竞争性内源性rna网络（cerna）假说的提出赋予了编码蛋白基因和非编码基因新的、更为广泛的生物学功能。本研究旨在通过生物信息学方法筛选出细胞周期依赖性激酶2（CDK2）相关预后标记物,并构建其在肺腺癌（LUAD）患者中免疫预后模型、森林图、诺莫模型、cerna网络。方法:利用“GEO2R”、“limma”R包分析基因表达综合数据库（GEO）GSE68465数据集和癌症基因组图谱（TCGA）数据库中LUAD相关所有差异表达mrnas（DEmrnas）。DAVID和Metascape在线功能富集分析P值＜0.01,LogFC＞2或＜-2的差异表达基因。UALCAN、Prognoscan、Oncomine、TIMER 数据库验证 CDK2 在 LUAD 和泛癌中的表达水平、免疫浸润。TISIDB数据库探索CDK2相关的免疫激活剂和免疫抑制剂,cBioProtal数据库中筛选出上述免疫调节剂相关的基因,GSEA进一步功能及通路分析。结合LUAD患者的临床特征,使用“Survival”、“survminer”、“rms”多种R包构建年龄、性别、肿瘤分期的森林图与诺莫模型。单因素及多因素COX回归构建LUAD中与预后相关的免疫预测模型,同时通过多种在线数据库构建CDK2相关非编码基因介导的cerna网络。结果:GEO2R共筛选出250个差异表达基因（DEGs）,功能分析展示差异基因参与多种经典肿瘤相关通路,如免疫应答激活、细胞粘附、细胞迁移、P13K-AKT信号通路等。初步证实靶分子CDK2通过PI3K-AKT信号通路促进LUAD的发生与发展,并且高表达CDK2组与低表达CDK2组的LUAD患者生存预后有明显差异（P=5.8e-15）。通过Oncomine、TIMER、UALCAN、PrognoScan 等数据库研究,CDK2 在 LUAD 中的表达水平较癌旁正常肺组织高。泛癌分析进一步显示,相比于正常组织,CDK2分子与33种癌症中的表达、分期和生存期均具有统计学意义。通过TISIDB数据库,我们选择了 CDK2相关的13种免疫抑制剂和21种免疫激活剂,并在cBioProtal数据库中探索出与这34种免疫调节剂相关的48个基因标记物（P＜0.05）。GSEA分析显示这些基因参与多种肿瘤信号通路。森林图和诺莫图模型显示了这些LUAD患者的预后（Log-Rank=1.399e-08,一致性指数=0.7）。多因素Cox回归分析,4个mrnas（SIT1、SNA13、ASB2和CDK2）可用于构建预测模型（P＜0.05）。依据风险评分的高低,LUAD患者被分为高风险组与低风险组,两组之间LUAD患者的预后有明显差异（P=6.223e-04）。通过“Survival ROC”R包绘制以上4个mrnas的ROC曲线,整体的曲线下面积是AUC=0.729（SIT1=0.484,SNAI3=0.485,ASB2=0.267,CDK2=0.579）。CytoHubba 构建潜在生物标志物6lncrnas-7mirnas-CDK2 相关的 cerna 网络。结论:***2在LUAD中呈高表达,其高表达与CD4T细胞、巨噬细胞浸润呈正相关,CDK2高表达患者预后不良。***2参与PI3K-AKT信号通路影响LUAD增殖。目的:前期通过生物信息学方法预测出CDK2参与LUAD众多经典肿瘤相关通路,此部分拟通过体内、体外实验及临床组织标本进一步验证LUAD中CDK2表达、功能、机制及临床特征分析。方法:qRT-PCR与Western Blot的方法检测正常支气管上皮细胞（BEAS-2B,16HBE）和LUAD细胞（H1299,A549,H1975,PC9）中CDK2的表达。设计2种敲减序列,以lipo3000为转染试剂,在H1299细胞和H1975细胞中敲减CDK2表达,A549细胞中过表达CDK2,qRT-PCR和Western Blot分别检测敲减和过表达效率。细胞增殖-毒性实验（CCK8）、划痕实验、侵袭实验、迁移实验、细胞增殖成像（EDU）检测细胞功能。免疫荧光检测CDK2在细胞内表达的位置。构建过表达CDK2慢病毒,qRT-PCR及Western Blot验证A549细胞中过表达效率,过表达成功的A549稳转株进行裸鼠皮下成瘤实验,每3日测量瘤体体积,当肉眼可见实验组与对照组瘤体长径与短径之间有明显差异时,处死裸鼠后解剖的瘤体进行包埋、切片、免疫组化,观察增殖指标Ki-67和CDK2分子在LUAD中表达位置及相对表达量。收集LUAD病人术后新鲜的腺癌组织及癌旁正常肺组织样本,qRT-PCR及Western Blot检测CDK2在LUAD患者癌组织及癌旁组织的表达差异。分析15名LU

关键词：肿瘤微环境细胞周期依赖性激酶2 泛癌分析诺莫模型免疫预后模型竞争性内源性rna网络 LUAD CDK2 细胞增殖侵袭转移裸鼠皮下成瘤免疫组化

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血浆外泌体lncrna在庆大霉素致大鼠肾损伤中的作用

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中国医药工业杂志 2024年第7期55卷 973-986页

作者：郑敏慧杨紫轩顾梦芸孙智敏汤纳平中国医药工业研究总院上海201203 上海益诺思生物技术有限公司上海201203 安徽中医药大学药学院安徽合肥230013 长三角药物高等研究院长三角药学高等工程学院江苏南通226133

药物诱导的肾毒性(DIN)是药物开发阶段常见的不良反应。传统的肾损伤血清生物标志物,如血尿素氮和血清肌酐,缺乏敏感性和特异性,需要找到更优秀的新型生物标志物。该研究通过对SD大鼠肌内注射80 mg/kg硫酸庆大霉素(GEN)构建药物性肾损... 详细信息

药物诱导的肾毒性(DIN)是药物开发阶段常见的不良反应。传统的肾损伤血清生物标志物,如血尿素氮和血清肌酐,缺乏敏感性和特异性,需要找到更优秀的新型生物标志物。该研究通过对SD大鼠肌内注射80 mg/kg硫酸庆大霉素(GEN)构建药物性肾损伤模型并对其进行全转录组测序,整合DIN血浆外泌体长链非编码rna(lncrna)和mrna的表达谱。随后,通过实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)测定鉴定并验证差异表达(differentially expressed,DE)的lncrna,利用基因本体(GO)和京都基因组百科全书(KEGG)富集分析DE mrna的功能作用,并构建竞争性内源性rnas(cernas)共表达和调控网络。测序得到了500个DE lncrna和1027个DE mrna。经GO、KEGG分析,后者主要与信号转导和免疫系统有关。所构建的cerna网络包括32个上调的lncrnas、151个下调的mirnas和42个上调的mrnas。RT-qPCR结果显示NONRATT021116.2和NONRATT004088.2在大鼠血液中确实呈显著上调趋势。针对以上2个lncrna构建的lncrna/mirna/mrna cerna网络中,let-7b-5p表现出与NONRATT021116.2的高度关联,表明它可能参与了GEN致药物性肾损伤中炎症反应的调节。该研究利用测序技术揭示了GEN诱发肾毒性大鼠中的DE lncrna和DE mrna,并对这些lncrnas进行了进一步研究,有助于深入了解DIN的发病机制,有可能找到DIN诊断标志物和治疗靶点。

关键词：药物诱导的肾毒性长链非编码rna 急性肾损伤外泌体竞争性内源性rna网络

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circ_0001461/ miR-145-5p/ TFRC在宫颈癌患者中调控铁死亡及其预后价值

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国际老年医学杂志 2024年第3期45卷 314-319页

作者：马晓蓉谢群郭静万莉新疆医科大学附属中医医院新疆维吾尔自治区中医药研究院乌鲁木齐830000

目的探索调控宫颈癌中铁死亡的环状核糖核酸(circrnas)对开发新的治疗靶点的作用。方法基于GSE102686、TCGA、GSE9750数据分析宫颈癌组和对照组之间的差异表达的circrnas(DEcircrnas)、差异表达的微小核糖核酸(DEmirnas)和差异表达的... 详细信息

目的探索调控宫颈癌中铁死亡的环状核糖核酸(circrnas)对开发新的治疗靶点的作用。方法基于GSE102686、TCGA、GSE9750数据分析宫颈癌组和对照组之间的差异表达的circrnas(DEcircrnas)、差异表达的微小核糖核酸(DEmirnas)和差异表达的信使核糖核酸(DEmrnas)。通过Starbase数据库预测与DEmirnas具有靶向调控关系的circrnas、mrnas,并与差异分析结果进行比较分析。对mrnas进行富集分析以识别与细胞死亡(细胞周期、凋亡和铁死亡)相关的mrnas,并构建相关竞争性内源性rnas(cernas)调控网络。通过单因素Cox回归分析识别显著影响患者预后的mirnas和mrnas。收集12例宫颈癌患者的宫颈癌组织及远处对照宫颈组织样本,利用定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)和蛋白免疫印记方法检测基因的表达,并利用双荧光素酶报告检测基因的靶向结合。结果宫颈癌和对照之间鉴定了179个DEcircrnas、93个DEmirnas和739个DEmrnas,并发现了160个DEcircrnas, 565个DEmrnas与DEmirnas有靶向关系。最终鉴定出circ_0001461/miR-145-5p/转铁蛋白受体(TFRC)的cernas调控网络与铁死亡相关。circ_0001461、TFRC在宫颈癌组织中显著上调(Prnas网络调节铁死亡,并与宫颈癌患者的预后相关,可为宫颈癌患者提供新的治疗方法。

关键词：宫颈癌竞争性内源性rna网络总体生存铁死亡

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环状rna在非瓣膜性心房颤动患者发病中的作用及机制

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中国心脏起搏与心电生理杂志 2021年第2期35卷 124-129页

作者：王君王英张琪董海翠杨吉猛方旭史培青张郁青南京医科大学附属江宁医院心血管内科江苏南京211100

目的探讨环状rna(circrnas)以及相关内源性竞争rna(cerna)在非瓣膜性心房颤动(简称房颤)患者中的作用及机制。方法入选了22例房颤患者(房颤组),包括14例阵发性房颤和8例持续性房颤,年龄(65±8)岁;24例健康人群作为对照组,年龄(63±7)岁... 详细信息

目的探讨环状rna(circrnas)以及相关内源性竞争rna(cerna)在非瓣膜性心房颤动(简称房颤)患者中的作用及机制。方法入选了22例房颤患者(房颤组),包括14例阵发性房颤和8例持续性房颤,年龄(65±8)岁;24例健康人群作为对照组,年龄(63±7)岁。每组3例患者的血液样本通过circrnas芯片进行筛选,有6165个上调和6744个下调的circrnas差异表达,随后用逆转录-定量聚合酶链式反应分析进一步证实了两种circrnas的差异表达。对circrnas进行GO和KEGG注释分析,以确定相关基因的一些功能及参与通路,分析circrnas相关的cerna。采用ELISA检测与心肌纤维化相关的血液中的生物标志物水平。结果房颤组与对照组N端前脑利钠肽(NT-proBNP)和左房直径分别为(334.7±245.1)ng/L vs(90.9±12.32)ng/L(Prnas上调,6744个circrnas下调。对circrnas的GO和KEGG注释分析表明,rna相关的cerna网络可能通过心肌分子形成和心肌代谢途径影响房颤。非瓣膜性房颤中的circrnas可能参与调节hsa-mirna-671-5p、hsa-mirna-596、hsa-miR-326、hsa-miR-330-5p,引起心肌坏死和心肌纤维化。同时,hsacirc0006903水平分别与组织生长因子β呈正相关关系(r=0.746,P=0.000),与Ⅰ型前胶原氨基端前肽(r=0.420,P=0.026)及Ⅲ型前胶原氨基端前肽(r=0.440,P=0.019)呈正相关关系。结论由circrnas相关的cerna网络通过加重心肌纤维化参与非瓣膜性房颤的病理过程,hsacirc0006903可能是房颤的潜在生物标志物。

关键词：心血管病学心房颤动环状rna 竞争性内源性rna网络心肌纤维化

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