检索结果-南通市图书馆

作者：刘亚亚山西农业大学

学位级别：硕士

毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)、蓝氏贾第虫(Giardia lamblia)、隐孢子虫(Cryptosporidium spp.)及芽囊原虫(Blastocystis sp.),均是重要的人兽共患肠道原虫。人和动物主要通过直接或间接摄入带有病原的粪便或饮水等造成感染... 详细信息

毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)、蓝氏贾第虫(Giardia lamblia)、隐孢子虫(Cryptosporidium spp.)及芽囊原虫(Blastocystis sp.),均是重要的人兽共患肠道原虫。人和动物主要通过直接或间接摄入带有病原的粪便或饮水等造成感染,引起下痢、体重减轻等临床症状。从地理位置、自然资源和气候条件等方面看,山西省属于典型的农牧交错地区,饲草资源丰富,具有发展肉牛产业的天然优势。然而,肉牛一旦被这四种肠道原虫感染,在很长一段时间内都会影响肉牛的生长,严重阻碍养殖业的发展。同时,被感染的动物也会排出虫体,进而污染水源和食物,造成病原的进一步传播。近些年,我国对肉牛肠道原虫的感染情况报道较少,且还不清楚山西省肉牛上述四种人兽共患肠道原虫的感染情况,本研究通过对2020年冬季在山西省晋中地区(祁县)及晋南地区(稷山县)采集的401份肉牛粪便进行毕氏肠微孢子虫、蓝氏贾第虫、隐孢子虫及芽囊原虫的分子检测及种群结构分析,以期了解山西省部分地区肉牛感染这四种肠道寄生虫的现状,为山西省防控人及动物的人兽共患肠道寄生虫感染提供参考依据。本研究针对毕氏肠微孢子虫核糖体RNA的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS),蓝氏贾第虫谷氨酸脱氢酶(Glutamate dehydrogenase,gdh)、β-贾第素(Beta-giardin,bg)、磷酸丙糖异构酶(Triose phosphate isomerase,tpi)基因位点,隐孢子虫基于18S和Gp60基因位点,分别对401份肉牛粪便DNA进行巢氏PCR扩增,通过测序及序列分析确定其基因型及在山西省部分地区的流行情况。针对芽囊原虫的SSU r RNA基因位点,进行单轮PCR扩增,通过测序及序列分析确定芽囊原虫基因亚型及其在山西省部分地区的流行情况。结果显示,山西省部分地区肉牛毕氏肠微孢子虫流行率为22.44%(90/401,95%CI:18.36-26.53),蓝氏贾第虫流行率为14.71%(59/401,95%CI:11.25-18.18),隐孢子虫流行率为4.47%(19/401,95%CI:2.66-6.82),芽囊原虫流行率为19.70%(79/401,95%CI:15.81-23.59)。通过序列比对分析,共发现八种毕氏肠微孢子虫基因型,其中六种为已知基因型,分别为:I(n=50)、BEB4(n=20)、J(n=10)、BEB6(n=3)、BEB8(n=4)、Pig Sp Eb2(n=1)和两种新基因型CSC1(n=1)、CSC2(n=1);发现两种蓝氏贾第虫集聚体,基因分型分别为:E1(n=51)、E35(n=3)、E37(n=2)、E40(n=1)、E41(n=1)、A1(n=1)、A2(n=1);发现一种安氏隐孢子虫C.andersoni(n=19);发现五种芽囊原虫已知基因亚型,分别为ST10(n=48)、ST26(n=19)、ST14(n=6)、ST1(n=3)、ST21(n=2)和一种unknown subtype(n=1)。本研究首次报道了山西省部分地区肉牛粪便中毕氏肠微孢子虫、蓝氏贾第虫、隐孢子虫及芽囊原虫的感染情况基因型分布,这些研究结果不仅填补了山西省肉牛人兽共患原虫肠道感染的空白,而且为有效防控肉牛肠道原虫病提供了基础数据。

关键词：山西省肉牛人兽共患肠道原虫分子检测种群结构分析

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新疆部分地区牛环形泰勒虫优势种媒介蜱的分子生物学鉴定及种群结构分析

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现代畜牧兽医 2021年第10期 58-61页

作者：谢小婉朱马别克·胡斯曼加那尔·努和买提木哈里·吾汗王志斌达坂城区柴窝堡片区管理委员会兽医站新疆乌鲁木齐830052

璃眼蜱可传播牛环形泰勒虫病。为了解2018~2019年吐鲁番和阿勒泰部分地区牛体表璃眼蜱区系分布特点、种类组成及相对优势度,明确璃眼蜱种群分布和活动范围的变化,试验采用统计学方法和分子生物学方法对牛体表媒介璃眼蜱种类及群落结构... 详细信息

璃眼蜱可传播牛环形泰勒虫病。为了解2018~2019年吐鲁番和阿勒泰部分地区牛体表璃眼蜱区系分布特点、种类组成及相对优势度,明确璃眼蜱种群分布和活动范围的变化,试验采用统计学方法和分子生物学方法对牛体表媒介璃眼蜱种类及群落结构进行详细的分析。结果显示,鉴定出璃眼蜱4种,其中小亚璃眼蜱的相对优势度最高,物种均匀度指数为0.9250,群落多样性指数为1.2823,优势度指数为0.2994。调查结果对媒介璃眼蜱及蜱传牛环形泰勒虫病的流行和流行区的变化提供参考。

关键词：新疆璃眼蜱分子生物学种群结构分析

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古丝绸之路馒头和葡萄相关酿酒酵母群体结构分析

古丝绸之路馒头和葡萄相关酿酒酵母群体结构分析

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作者：李绍嵩塔里木大学

学位级别：硕士

古丝绸之路(中国境内)的开辟,加深了丝路沿线各地域的联系,使各地域内酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)通过丝绸之路上的人口流动、贸易交易等行为达到了传播的目的,为酿酒酵母的群体演化提供了便利条件。由此,本文利用全基因组测序... 详细信息

古丝绸之路(中国境内)的开辟,加深了丝路沿线各地域的联系,使各地域内酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)通过丝绸之路上的人口流动、贸易交易等行为达到了传播的目的,为酿酒酵母的群体演化提供了便利条件。由此,本文利用全基因组测序技术对丝绸之路沿线(新疆、内蒙古、甘肃、山西、陕西、河南、宁夏)馒头(老面酵头)、葡萄发酵制品(葡萄、发酵葡萄汁及慕萨莱思葡萄酒)中分离出的酿酒酵母进行进行遗传多样性分析、系统发育分析、种群结构分析,分析丝绸之路中不同地域间酿酒酵母的遗传差异,探讨丝绸之路沿线酿酒酵母在世界范围内已知谱系中所处位置,揭示丝绸之路不同地理来源的酿酒酵母的种群结构组成,旨在为探明丝路沿线沿线酿酒酵母的群体演化路线、建立优质酿酒酵母资源库及加强酿酒酵母的开发及利用奠定研究基础。基于酿酒酵母全基因组一致性序列计算丝绸之路沿线不同区域内馒头和葡萄相关酿酒酵母遗传多样性,结果如下:新疆南疆的遗传多样性均高于其它地区(π=0.0050071,π=0.0047138)。在同一分离源中,葡萄相关酿酒酒酵母中的新疆南疆、河南、陕西、山西均高于遗传多样性平均值π=2.70×10-3,馒头相关酿酒酒酵母中新疆南疆、新疆北疆、甘肃高于遗传多样性平均值π=3.10×10-3。对于不同分离源而言,葡萄相关酿酒酒酵母中新疆南疆、山西、陕西、河南遗传多样性高于馒头相关酿酒酵母中新疆南疆、山西、陕西、河南遗传多样性。馒头相关酿酒酵母中新疆北疆、甘肃遗传多样性高于葡萄相关酿酒酵母中新疆北疆、甘肃遗传多样性。丝路沿线酿酒酵母的系统发育树及群体结构分析结果如下:(1)丝绸之路沿线266株馒头与葡萄相关酿酒酵母菌与参考组系统发育分析及266株馒头与葡萄相关酿酒酵母菌系统发育分析结果如下:丝绸之路沿线266株馒头与葡萄相关酿酒酵母共得到2个分支位于mantou谱系中,2个分支位于Wine谱系中,2个分支位于与白酒、黄酒相关谱系,2个分支为mosaic谱系,2个分支位于野生型谱系中,1个分支位于奶制品谱系中。新疆地区存在独立分支,新疆南疆地区分布在所划分的所有谱系之中。基本确定丝路沿线各区域内酿酒酵母在已知谱系中的位置。新疆南疆地区较其它地区具有特异性。(2)在266株馒头与葡萄相关酿酒酵母系统发育分析及种群结构分析结果如下:在系统发育分析中,馒头相关酿酒酵母共得到5个大分支包含13个小分支,新疆南疆所处分支最多,位于9个分支中且具有独立分支,山西、陕西所处分支最少,分别仅有3个、2个分支。葡萄相关酿酒酵母共得到7个大分支包含13个小分支,新疆南疆所处分支最多,位于7个分支中且拥有独立分支,宁夏、内蒙古最少分别仅含2个、1个分支。在种群结构分析中:馒头相关酿酒酵母16个种群中有14个种群未发生的杂交重组现象,新疆南疆所含未发生杂交重组的种群结构最多含有9种且具有本地区独有种群结构,陕西、山西所含未发生杂交重组的种群结构最少仅含有2种。葡萄相关酿酒酵母16个种群中10个种群未发生杂交重组,新疆南疆含有7种未发生杂交重组的种群结构含量最多且具有本地区独有种群结构,内蒙古、宁夏所含未发生杂交重组的种群结构最少分别仅含有2种、1种。馒头相关酿酒酵母的的杂交重组明显少于葡萄相关酿酒酵母。新疆南疆馒头和葡萄相关酿酒酵母在遗传多样性分析、系统发育分析及种群结构分析中较丝绸之路其它地区具有特异性。丝绸之路沿线各地区馒头和葡萄相关酿酒酵母区域性分化不明显。

关键词：酿酒酵母丝绸之路系统发育分析种群结构分析遗传多样性

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糜子EST-SSR的开发及种质资源遗传多样性分析

糜子EST-SSR的开发及种质资源遗传多样性分析

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作者：何杰丽山西农业大学

学位级别：硕士

糜子(Panicum miliaceum L.)是一种古老的小宗作物,耐旱、耐瘠薄且营养丰富,对旱作生态可持续农业和作物生态多样性建设具有重要意义。因为糜子复杂的异源四倍体结构和进化的保守性,我们对其基因组功能了解甚少,糜子遗传多样性尚未得到... 详细信息

糜子(Panicum miliaceum L.)是一种古老的小宗作物,耐旱、耐瘠薄且营养丰富,对旱作生态可持续农业和作物生态多样性建设具有重要意义。因为糜子复杂的异源四倍体结构和进化的保守性,我们对其基因组功能了解甚少,糜子遗传多样性尚未得到充分评估。随着第二代高通量测序技术的出现,可开发大量SSR(Simple Sequence Repeat)标记研究糜子种群遗传特异性,旨在为种质鉴定、特异基因挖掘、种质资源保护和物种地理起源、亲缘关系研究等提供理论依据。本研究基于高通量测序开发具有多态性的EST-SSR标记,并用标记评估144份国内外糜子资源的遗传多样性。主要研究结果如下:(1)糜子EST-SSR标记的开发从1000条SSR序列中设计出200对引物,通过6份糜子材料进行多态性筛选,23对扩增不出DNA条带,177对(88.5%)有扩增条带,条带模糊或呈单态性,80对呈多态性,开发效率为40%。(2)80个标记的评估获得的80个EST-SSR标记中,有10个单碱基重复(开发率50%)主要为A/T重复(各50%);15个二碱基重复,主要为AG重复(40%);55个三碱基重复(38.19%),类型主要是GGC、GCG、GCC(13%、11%、9%)。EST-SSR引物的等位基因大小范围为50-500 bp,RYW140等位基因条带最多(20个位点),RYW134等位基因条带最少(5个位点)。引物分辨率(Rp)值为0.67-4.67(平均2.00),RP值为0.33-0.83(平均0.55),80个标记的Rp值普遍分布在1-2的范围内,4-5范围内的标记数最少,Rp值较高的标记主要是RYW107、RYW161、RYW166、RYW115、RYW158。标记中遗传多态性较好的主要有RYW150、RYW168、RYW124、RYW137、RYW110、RYW160、RYW163、RYW114、RYW125和RYW158,遗传多样性较低的标记主要为RYW103、RYW109、RYW167和RYW144。二碱基重复标记的各项遗传参数(如I值为0.8339)与三碱基重复标记(如I值为0.8312)较为相似,单碱基重复标记最低(如I值为0.7497)。(3)144份糜子资源遗传多样性分析发现80个多态性位点的共检出206个等位变异,I值平均0.8599,PIC值平均0.4573,RYW124遗传参数最高,RYW108最低。各地区遗传多样性丰富度为北方春糜子区>黄土高原春夏糜子区>华北夏糜子区>东北春糜子区>西北春夏糜子区>南方秋冬糜子区。北方春糜子区与黄土高原春夏糜子区的遗传距离最小(0.0117),遗传一致度最高(0.9884)。国内地方品种>国外群体>国内育成种质群体>国内野生种质群体,整体而言国内群体>国外群体。基于UPGMA将144份糜子聚为A、B和C群组,前两个群组主要为北方春糜子区材料,C群组主要为黄土高原春夏糜子区材料。C群组又可划分为C1、C2两个亚群组,主要为北方春糜子区和国外资源材料,遗传多样性参数最低。C1亚群组可划分为C11、C12两个亚亚群组,主要为北方春糜子区和国外资源材料。不同地区资源群体间遗传关系远近基本与其地理分布相关。利用Structure将试材划分成2和4个类群,K=2时,划分为红色类群和绿色类群,主要来为国外和北方资源基因库。K=4时,划分为4个类群,红色和绿色类群均主要为北方资源基因库,红色类群遗传多样性参数最高;蓝色和黄色类群主要为黄土高原和国外基因库。K=2的红色类群材料半数以上没遗传分化,即为K=4的黄色类群,代表国外类群基因库。国外基因库所在的类群遗传多样性指标最低,国内外资源间存在明显的遗传分化。通过主成分分析(PCA),PC1、PC2和PC3分别解释了基因总变异的22.9%、2.9%和2.2%,累积变异为28%。基于SSR标记的基因型,PC1将144份糜子资源划分成7个不同类群,划分结果与材料的地理来源一致。

关键词：糜子 EST-SSR Rp值遗传多样性聚类分析 PCA分析种群结构分析

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206株中国环境分离嗜肺军团菌1型菌株基因序列分型研究

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疾病监测 2015年第2期30卷 97-102页

作者：任红宇周海健李马超朱兵清邵祝军秦天中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206

目的对中国不同自然环境来源分离的嗜肺军团菌血清1型菌株进行分子分型和种群结构分析。方法应用7个基因（fla A、pil E、asd、mip、momp S、pro A、neu A）序列分型方法（Sequence based typing,SBT）对不同环境来源的206株嗜肺军团菌... 详细信息

目的对中国不同自然环境来源分离的嗜肺军团菌血清1型菌株进行分子分型和种群结构分析。方法应用7个基因（fla A、pil E、asd、mip、momp S、pro A、neu A）序列分型方法（Sequence based typing,SBT）对不同环境来源的206株嗜肺军团菌血清1型菌株进行分型研究,通过查询嗜肺军团菌SBT数据库（http：//***）和用Bio Numerics软件构建最小生成树揭示菌株的分子分型和种群结构特征。结果 206株菌分成54个ST型（IOD=0.7205）。其中49株温泉水分离株分成25个ST型（IOD=0.9498）,各位点Nei指数0.7721~0.8563;130株冷却塔水分离株分成31个ST型（IOD=0.6453）,各位点Nei指数为0.4227~0.4970;27株管道水分离株分成3个ST型（IOD=0.1453）,各位点Nei指数为0.1425~0.1453。ST1型含108株菌,占52.4%,是优势带型。54个ST型形成5个克隆群。通过中国菌株和其他20个国家的菌株综合分析,共计1199株菌分成304个ST型,形成21个序列群。其中ST-1型为全球优势型别,其余型别和序列群呈地区性分布特征。结论中国环境分离的嗜肺军团菌1型菌株具有高度复杂的基因多态性和种群结构,其中ST1是我国也是全球环境菌株的优势型别。

关键词：嗜肺军团菌基因序列分型种群结构分析不同自然环境来源

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