检索结果-南通市图书馆

肾透明细胞癌非标记定量蛋白质组学及磷酸化修饰组学分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

现代肿瘤医学 2024年第4期32卷 617-622页

作者：古丽乃再尔·阿卜杜赛麦提段霜霜柳惠斌新疆医科大学药学院新疆乌鲁木齐830011 新疆医科大学附属肿瘤医院临床试验中心新疆乌鲁木齐830011

目的:应用非标记定量蛋白质组学分析技术,筛选与肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)发病机制相关的蛋白质,发现ccRCC新的诊疗靶点。方法:选取2017年01月至2020年12月在新疆医科大学附属肿瘤医院泌尿外科手术治疗并经... 详细信息

目的:应用非标记定量蛋白质组学分析技术,筛选与肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)发病机制相关的蛋白质,发现ccRCC新的诊疗靶点。方法:选取2017年01月至2020年12月在新疆医科大学附属肿瘤医院泌尿外科手术治疗并经术后病理证实的ccRCC及癌旁组织样本30例,利用非标记定量蛋白质组学及磷酸化修饰组学技术,分析差异表达的蛋白质及磷酸化修饰位点。生物信息学分析关键蛋白激酶、磷酸化位点以及信号通路。结果:组学联合分析策略共鉴定到2552个差异总蛋白、3024个差异表达的磷酸化位点及与之对应的1572个磷酸化蛋白。功能富集和聚类分析表明差异磷酸化蛋白主要涉及ErbB信号传导途径、VEGF信号传导通路和细胞黏附通路等重要信号通路,其中PDHK1、NDR1、NDR2及MST1可能成为新型候选标志物和药物作用靶点。结论:ccRCC与癌旁正常组织的总蛋白及磷酸化蛋白表达水平存在显著差异,有望成为肾透明细胞癌精准诊疗潜在的研究应用方向。

关键词：蛋白质组学磷酸化蛋白质组学肾透明细胞癌生物信息学分析

磷酸化蛋白质组学研究中磷酸化肽段富集与分离方法研究进展

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物工程学报 2022年第10期38卷 3648-3658页

作者：李佳然陈秀兰杨福全中国科学院生物物理研究所北京100101 中国科学院大学北京100049

对磷酸化蛋白质组(phosphoproteome)进行系统深入的研究依赖于高重复性和特异性的磷酸化肽段富集与分离方法。目前发展了多种不同原理的磷酸化肽段富集方法,它们往往具有不同的选择性和特异性,因此,根据不同的研究目的选择最适合的富集... 详细信息

对磷酸化蛋白质组(phosphoproteome)进行系统深入的研究依赖于高重复性和特异性的磷酸化肽段富集与分离方法。目前发展了多种不同原理的磷酸化肽段富集方法,它们往往具有不同的选择性和特异性,因此,根据不同的研究目的选择最适合的富集方法显得尤为重要。本文综述了基于亲和色谱法(affinity chromatography)、免疫沉淀法(immunoprecipitation)、化学衍生法(chemical derivatization)、色谱法(chromatography)和其他新发展方法的磷酸化肽段富集方法,详细介绍了各自的优缺点及相关的优化与改进策略。此外,还简单介绍了磷酸化肽段富集与预分方法的不同组合的研究进展。

关键词：磷酸化蛋白质组学磷酸化肽段磷酸化肽段富集磷酸化肽段预分

磷酸化蛋白质组学揭示NogoA/NgR/RhoA/ROCK信号通路参与经典致幻剂诱导的甩头反应

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国药理学与毒理学杂志 2023年第7期37卷 544-545页

作者：王劭文孙毅苏瑞斌军事科学院军事医学研究院毒物药物研究所抗毒药物与毒理学国家重点实验室神经精神药理学北京市重点实验室

目的通过磷酸化蛋白质组学检测经典致幻剂诱导甩头反应的相关磷酸化蛋白，探讨经典致幻剂诱导甩头反应的分子机制以及潜在治疗靶点。方法定量磷酸化蛋白质组学检测经典致幻剂作用下大鼠大脑皮质中的蛋白磷酸化变化，生物信息学和文献... 详细信息

目的通过磷酸化蛋白质组学检测经典致幻剂诱导甩头反应的相关磷酸化蛋白，探讨经典致幻剂诱导甩头反应的分子机制以及潜在治疗靶点。方法定量磷酸化蛋白质组学检测经典致幻剂作用下大鼠大脑皮质中的蛋白磷酸化变化，生物信息学和文献查阅分析经典致幻剂特异性诱导的磷酸化蛋白。通过使用目标蛋白的工具药物干预经典致幻剂诱导的甩头反应来初步筛选并验证关键蛋白在甩头反应中的功能。结果磷酸化蛋白质组学发现甩头反应10 min时大鼠大脑皮质中大量蛋白发生磷酸化变化。蛋白筛选得到Nogo-A和RhoA蛋白参与经典致幻剂作用机制，甩头实验进一步验证Nogo-A/NgR/RhoA/ROCK信号通路参与经典致幻剂诱导的甩头行为。结论蛋白质磷酸化修饰参与经典致幻剂诱导的甩头反应。Nogo-A/NgR/RhoA/ROCK信号通路参与经典致幻剂诱导的甩头反应。

关键词：经典致幻剂甩头反应磷酸化蛋白质组学

磷酸化蛋白质组学联合蛋白质组学对子宫内膜异位症发病机制的探讨

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国实用妇科与产科杂志 2023年第1期39卷 102-106页

作者：易金玲沈艳丽李菊清腊晓琳新疆医科大学第五附属医院妇科新疆乌鲁木齐830000 新疆医科大学第一附属医院生殖助孕中心新疆乌鲁木齐830011

目的通过磷酸化蛋白质组学和蛋白质组学联合分析,探讨子宫内膜异位症发病机制相关的特异性蛋白和磷酸化位点,以期对子宫内膜异位症的早期诊断及非激素治疗靶点研究提供理论依据。方法选择2019年1月至2021年12月新疆医科大学第五附属医... 详细信息

目的通过磷酸化蛋白质组学和蛋白质组学联合分析,探讨子宫内膜异位症发病机制相关的特异性蛋白和磷酸化位点,以期对子宫内膜异位症的早期诊断及非激素治疗靶点研究提供理论依据。方法选择2019年1月至2021年12月新疆医科大学第五附属医院卵巢子宫内膜异位囊肿患者为研究对象,取患者异位子宫内膜(PPF组)、在位子宫内膜(PNP组)组织样本各5例,选取异常子宫出血且排除子宫内膜异位症的患者行宫腔镜检查并行诊断性刮宫术,子宫内膜病理结果为正常增殖期子宫内膜(NPF组)组织样本5例为对照组,提取总蛋白经蛋白酶解,采用LC-MS/MS高分辨质谱的TMT蛋白质组学联合磷酸化蛋白质组学分析差异蛋白肽段、差异磷酸化修饰肽段的差异,采用生物信息学的分析方法寻找到更重要、更具研究价值的蛋白激酶、磷酸化事件和关键信号通路。结果蛋白质组学共鉴定到7575个差异蛋白,磷酸化蛋白质组学共鉴定2601个差异磷酸化蛋白质,蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学共有的蛋白质2071个,蛋白质组学特有5504个,磷酸化蛋白质组学特有530个。2种组学联合分析筛选出丝氨酸/精氨酸重复基质蛋白2、延伸蛋白A、激酶A锚定蛋白12和山梨糖SH3结构域蛋白2最具研究价值。KEGG富集分析筛选到PI3K-AKT信号通路、核质运输、粘着斑、嗅觉传导、剪接体等信号通路。组间比较差异磷酸化蛋白差异枢纽蛋白有2个,为肌球蛋白轻链激酶和平滑肌和肌球蛋白-11,3组间共有的激酶是PRKACA、MAPK3、CDK1、CSNK2A1、CDK2、MAPK1、AKT等。差异最显著且活性上调的激酶有AKT1、AKT、MAPKAPK2等,差异最显著且活性下调的激酶有CDK2、CDK1、CDK7、MTOR等,活性上下调的共有激酶是AKT、MAPK、MTOR。结论磷酸化蛋白质组学和蛋白质组学联合分析筛选出了与子宫内膜异位症发病机制相关具有研究价值的蛋白激酶、磷酸化事件和关键信号通路,为后续开展验证及功能性研究提供了理论依据。

关键词：子宫内膜异位症发病机制蛋白质组学磷酸化蛋白质组学激酶靶点

磷酸化蛋白质组学技术的发展及其在环境毒理研究中的应用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

环境科学学报 2016年第2期36卷 398-412页

作者：梁雪芳赵吉查金苗王子健内蒙古大学环境与资源学院呼和浩特010021 中国科学院生态环境研究中心饮用水科学与技术重点实验室北京100085 中国科学院生态环境研究中心环境水质学国家重点实验室北京100085

磷酸化修饰是蛋白质最主要的翻译后修饰形式之一,磷酸化蛋白质组学从整体上观察细胞或组织中磷酸化修饰的状态及其变化,为探讨药物刺激和环境应激下生物体受损的生物学过程提供新的视角.针对磷酸化蛋白质组学技术的发展以及其在环境毒... 详细信息

磷酸化修饰是蛋白质最主要的翻译后修饰形式之一,磷酸化蛋白质组学从整体上观察细胞或组织中磷酸化修饰的状态及其变化,为探讨药物刺激和环境应激下生物体受损的生物学过程提供新的视角.针对磷酸化蛋白质组学技术的发展以及其在环境毒理研究中的应用展开综述.首先,从磷酸化肽富集、磷酸化蛋白的鉴定和磷酸化位点的预测、定量磷酸化蛋白质组学研究3个方面对磷酸化蛋白质组学技术的研究内容和分析策略进行了概述.在此基础上,按照离体实验、活体实验以及毒性作用通路分析3部分对磷酸化蛋白质组学在环境毒理研究中的应用进行了详细阐述.最后,总结了目前磷酸化蛋白质组学研究的不足,并有针对性地提出了磷酸化蛋白质组学在环境毒理研究中的发展方向.

关键词：磷酸化修饰磷酸化蛋白质组学环境毒理学

磷酸化蛋白质组学富集策略进展及其在疾病研究中的应用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国药科大学学报 2016年第1期47卷 19-29页

作者：武维新严佳谭喜莹李博苏梦翔严方狄斌中国药科大学药物分析教研室南京210009 中国药科大学药物质量与安全预警教育部重点实验室南京210009 江苏省中医院临床药学研究室南京210029

蛋白质磷酸化是生物体内重要的翻译后修饰,几乎参与调节着细胞增殖、信号转导、新陈代谢、肿瘤发生等过程在内的所有生命活动。对磷酸化蛋白质组的全面分析可以帮助人们深入了解磷酸化蛋白在生命过程中的作用,协助发现生物标志物,辅助... 详细信息

蛋白质磷酸化是生物体内重要的翻译后修饰,几乎参与调节着细胞增殖、信号转导、新陈代谢、肿瘤发生等过程在内的所有生命活动。对磷酸化蛋白质组的全面分析可以帮助人们深入了解磷酸化蛋白在生命过程中的作用,协助发现生物标志物,辅助疾病的诊疗。然而,磷酸化蛋白丰度低、信号被非磷酸化肽段所掩盖等问题限制了磷酸化蛋白质组学的发展。因此,亟需开发高效的富集策略,如设计新型纳米材料,合并多种分析方法等,以提高检测灵敏度、富集特异性,增大富集容量。本文回顾了近年来磷酸化蛋白质组学研究策略中的富集策略进展及其在疾病研究中的应用。

关键词：磷酸化蛋白质组学富集策略新材料疾病研究

磷酸化蛋白质组学技术分析抗菌肽merecidin抑制人肺腺癌A549细胞增殖的作用机制

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国肿瘤生物治疗杂志 2020年第11期27卷 1229-1238页

作者：贾琴琴杨婷婷王雅蓉张倩楠王秀青宁夏医科大学临床医学院宁夏回族自治区银川750004

目的:以磷酸化蛋白质组学技术分析抗菌肽merecidin处理人肺腺癌A549细胞后细胞内磷酸化蛋白质表达的差异,探究merecidin对肺腺癌A549细胞蛋白质活性、功能的影响以及涉及的信号通路。方法:采用9μmol/L merecidin处理肺腺癌A549细胞6 h... 详细信息

目的:以磷酸化蛋白质组学技术分析抗菌肽merecidin处理人肺腺癌A549细胞后细胞内磷酸化蛋白质表达的差异,探究merecidin对肺腺癌A549细胞蛋白质活性、功能的影响以及涉及的信号通路。方法:采用9μmol/L merecidin处理肺腺癌A549细胞6 h,收集并提取总蛋白,SDS-PAGE检验全蛋白提取效果,加入胰酶来对蛋白质进行酶解。酶解所获肽段用TMT标记、采用HPLC分级分离、经IMAC磷酸化修饰富集以及液相色谱-质谱联用(HPLC-MS/MS)分离肽段。使用localization probability>0.75的标准对鉴定数据进行过滤,利用GO(Gene Ontology)数据库、KEGG(KyotoEncyclopedia of Genes and Genomes)数据库和STRING数据库对磷酸化蛋白组学数据进行分析。结果:SDS-PAGE结果显示,经9μmol/L merecidin处理后的A549细胞全蛋白分离效果清晰、无明显降解,且实验组与对照组条带差异明显;质谱共鉴定出位于3 089个蛋白上的10 320个磷酸化修饰位点,以|Fold change|>或蛋白质及其1 172个磷酸化位点。蛋白质功能富集显示,磷酸化水平显著变化的蛋白质功能主要集中在蛋白质分子结合、代谢活性、分子功能调节、细胞进程、生物功能调节等方面;整合通路生物信息学分析结果显示,差异蛋白与Ras、PI3K/AKT、mTOR、AMPK等多条通路相关联;经过COG数据库筛选,发现差异性磷酸化蛋白主要集中在细胞信号转导、RNA转录、翻译后加工和修饰、核糖体合成蛋白质、细胞骨架蛋白形成及细胞内的物质转运和分泌、囊泡运输等多个方面;蛋白质互相作用层面分析结果显示,merecidin处理后的A549细胞中形成以MAPK1、RPL23A、SRSF3H、NCBP1等为关键蛋白的相互作用网,其中ATG2B、ULK1等蛋白显著上调,MAPK1、AKT1等蛋白显著下调。结论:磷酸化蛋白组学分析结果显示,抗菌肽merecidin可能通过MAPK、RPL23A、SRSF3H和AKT1等关键蛋白质在多方面生物功能和多条信号通路中发挥作用,促进肺腺癌A549细胞凋亡和自噬,从而抑制细胞的增殖。

关键词：肺腺癌抗菌肽 merecidin A549细胞磷酸化蛋白质组学

雷公藤甲素抗结直肠癌的蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

雷公藤甲素抗结直肠癌的蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学研究

作者：何欢欢信阳师范学院

学位级别：硕士

卫矛科雷公藤属植物雷公藤,是一种传统的中药材,具有清热解毒、舒筋活血等功效,主要用于治疗类风湿性关节炎、红斑狼疮等。雷公藤甲素是从雷公藤中提取的一种环氧二萜内酯化合物,其具有抗风湿、抗菌、抗炎、免疫调节和抗多种肿瘤的作用... 详细信息

卫矛科雷公藤属植物雷公藤,是一种传统的中药材,具有清热解毒、舒筋活血等功效,主要用于治疗类风湿性关节炎、红斑狼疮等。雷公藤甲素是从雷公藤中提取的一种环氧二萜内酯化合物,其具有抗风湿、抗菌、抗炎、免疫调节和抗多种肿瘤的作用,并且可以抑制结直肠癌的转移和增殖,但是雷公藤甲素发挥抗结直肠癌作用机制尚不明确。本研究通过采用蛋白质组学手段,对比结肠癌细胞系HCT116细胞经雷公藤甲素治疗组与对照组中蛋白质组和磷酸化蛋白质组蛋白表达变化,筛选出差异表达蛋白和肽段,并对关键差异表达蛋白和肽段进行亚细胞定位分析、结构域富集分析、基因富集分析,并通过激酶预测分析,筛选获得发挥关键作用的激酶,获得潜在的治疗靶点,为合理开发天然抗癌药物提供有力证据。本研究共鉴定到962个经雷公藤甲素治疗后结肠癌细胞中差异表达的蛋白。与对照细胞相比,雷公藤甲素处理后的细胞中有403个蛋白质水平显著升高(>1.2倍),559个蛋白质水平显著降低(蛋白主要分布在细胞核中,共624个;功能富集分析显示,差异表达蛋白主要富集在与癌细胞增殖和迁移相关的通路上,如核糖体加工、蛋白质合成、转录调节等;结构域富集分析显示主要富集在RNA识别和蛋白激酶相关结构域。对差异表达蛋白进行蛋白质相互作用网络分析,由MCODE和Cytohubba筛选出四个核心模块和包括BYSL在内的7个起关键作用的蛋白。磷酸化蛋白质组学结果显示,HCT116细胞经雷公藤甲素处理后,共鉴定到3110个上调表达磷酸化肽段(>1.2倍)和3161个下调表达磷酸化肽段(磷酸化肽段所属蛋白主要分布在细胞核中,共1926个;功能富集分析显示差异表达磷酸化肽段主要富集在AMPK信号通路、MAPK信号通路及转录、蛋白加工修饰相关通路;结构域主要富集在蛋白激酶相关结构域;通过对磷酸基的基序分析鉴定了57个基序,其中包括CAMKK蛋白激酶、ERK1/2蛋白激酶及酪氨酸激酶,并发现了41个新鉴定的基序。联合分析报告显示,差异表达蛋白主要通过引起激酶磷酸化发挥作用,对磷酸化位点上游激酶预测分析,发现27个激酶处于激活状态,30个激酶处于抑制状态;其中PRKAA1激酶可能是雷公藤甲素抗结直肠癌的关键激酶,其对应的AMPK信号通路可能是雷公藤甲素发挥对抗结直肠癌作用的关键机制。结论:本研究结果在细胞水平上构建了雷公藤甲素对抗结直肠癌的蛋白质组和磷酸化蛋白质组学图谱,定量蛋白质组学筛选到了403个上调蛋白和559个下调蛋白,筛选获得BYSL,PDCD11,IMP3可能是雷公藤甲素抗结直肠癌的潜在作用靶点。磷酸化蛋白质组学筛选到了6271个差异表达磷酸化肽段,并获得了27个激活状态的激酶,30个抑制状态的激酶,其中PRKAA1激酶可能是雷公藤甲素发挥抗结直肠癌作用的潜在激酶靶点,其对应的AMPK信号通路可能是关键作用通路。这些发现可能有助于阐明雷公藤甲素对抗结直肠癌的分子机制,并可能指导新的治疗方法的发展。

关键词：雷公藤甲素结直肠癌蛋白质组学磷酸化蛋白质组学 PRKAA1

磷酸化蛋白质组学鉴定PTPLAD1调控的结肠癌细胞酪氨酸磷酸化蛋白质

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国病理生理杂志 2015年第5期31卷 845-851页

作者：胡阳杨杰余汝媛汪洋暨南大学生命科学技术学院功能蛋白质研究广东普通高校重点实验室广东广州510632

目的:用磷酸化蛋白质组学的方法鉴定并分析结肠癌细胞中含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1(PTPLAD1)调控的酪氨酸磷酸化蛋白。方法:运用siRNA技术沉默PTPLAD1的表达,于细胞培养条件下运用氨基酸稳定同位素标记技术(stable lsotope label... 详细信息

目的:用磷酸化蛋白质组学的方法鉴定并分析结肠癌细胞中含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1(PTPLAD1)调控的酪氨酸磷酸化蛋白。方法:运用siRNA技术沉默PTPLAD1的表达,于细胞培养条件下运用氨基酸稳定同位素标记技术(stable lsotope labeling with amino acids in cell culture,SILAC)标记细胞,用酪氨酸磷酸化抗体免疫沉淀富集酪氨酸磷酸化蛋白,用LTQ-Orbitrap XL质谱鉴定因敲低PTPLAD1所出现的差异表达的酪氨酸磷酸化蛋白,进一步利用Ingenuity Pathway Analysis(IPA)软件对这些差异蛋白进行生物信息学分析。结果:用real-time PCR筛选得到有效的siRNA干扰片段,Western blot验证其干扰效果及有效干扰时间。质谱鉴定PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白共20个,其中显著上调的8个,显著下调的10个,主要为转录因子及肿瘤标志物相关蛋白。IPA软件的结果表明PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白的功能主要与器官发育分化、维持组织分化类型及细胞凋亡、增殖相关。结论:成功鉴定出PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白,可以为后续研究PTPLAD1在结肠癌的发生发展中的作用及机理提供基础。

关键词：含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1 HCT-116细胞小干扰RNA 氨基酸稳定同位素标记技术磷酸化蛋白质组学