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HLA-DQB1*03:90N碱基缺失的序列分析及确认

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中华医学遗传学杂志 2020年第6期37卷 681-684页

作者：全湛柔邹红岩陈浩钟艳平周丹邓志辉洪文旭深圳市血液中心输血医学研究所 518020

目的确认人类白细胞抗原罕见等位基因HLA-DQB1*03:90N的序列,探讨检测方法,以提高HLA分型的准确性。方法采用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(sequence-specific oligonudeotide probe,SSOP)对2018年中国造血干细胞捐献者资料库深圳分库登记... 详细信息

目的确认人类白细胞抗原罕见等位基因HLA-DQB1*03:90N的序列,探讨检测方法,以提高HLA分型的准确性。方法采用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(sequence-specific oligonudeotide probe,SSOP)对2018年中国造血干细胞捐献者资料库深圳分库登记的2265例造血干细胞捐献者进行HLA分型检测,针对1例HLA-DQB1罕见等位基因进一步选择聚合酶链反应-直接测序分型(sequence-based tying,SBT)技术和基于Ion Torrent S5平台的二代测序(next generation sequencing,NGS)分析技术进行确认。结果HLA-DQB1位点SSOP分型结果显示为罕见等位基因,经SBT复核发现序列在第2外显子疑似插入或缺失,最后通过NGS确认结果为DQB1*03:90N,DQB1*06:01。结论经SSOP法检测得到的罕见等位基因不能轻易排除,应借助多种方法复核确认,保证HLA基因分型结果的准确性。罕见等位基因或新等位基因序列存在碱基缺失,采用二代测序技术可能得到更准确的结果。

关键词： HLA-DQB1 碱基缺失聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反应-直接测序分型二代测序

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合成引物碱基缺失造成木聚糖酶的移码突变

福建农林大学学报（自然科学版） 2010年第3期39卷 269-273页

作者：刘亮伟卢雪丽胡瑜李运锋河南农业大学生命科学学院河南郑州450002

黑曲霉木聚糖酶xynⅢ酶分子改造时,常出现引物碱基缺失造成扩增基因移码突变.本研究将xynⅢ克隆入表达载体pET20b,分析移码突变酶C-端氨基酸序列,探讨了该碱基缺失突变的检测方法.引物中缺失1或2 bp碱基时,扩增基因产生2种移码突变酶,... 详细信息

黑曲霉木聚糖酶xynⅢ酶分子改造时,常出现引物碱基缺失造成扩增基因移码突变.本研究将xynⅢ克隆入表达载体pET20b,分析移码突变酶C-端氨基酸序列,探讨了该碱基缺失突变的检测方法.引物中缺失1或2 bp碱基时,扩增基因产生2种移码突变酶,分别在正常酶分子C-端增加30或12个氨基酸,比正常酶分子质量分别增加6或2 ku;而缺失3 bp碱基时不产生移码突变,只比正常酶分子少1个氨基酸,含有6个H is标签;通过SDS-PAGE可将移码突变酶与正常酶分子分开,从而将移码突变基因与正常基因分开,这个理论与DNA测序结果完全吻合.同时发现2 bp碱基缺失突变是1 bp碱基缺失突变的2倍,分析了其产生原因.最后,提出了避免引物中碱基缺失移码突变发生的预防措施.

关键词：木聚糖酶引物碱基缺失移码突变检测

猪源大肠杆菌整合酶基因intI1碱基缺失对细菌耐药性的影响研究

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猪源大肠杆菌整合酶基因intI1碱基缺失对细菌耐药性的影响研究

作者：曹建波西南大学

学位级别：硕士

大肠杆菌是医学和兽医临床上最常见的病原菌之一,给人类的健康和畜牧业的发展造成了严重的损害。致病性大肠杆菌是人类和动物临床上最常见的病原菌之一,是威胁人类和动物健康的重要致病菌,也是近年来食品卫生、给水卫生及流行病学领域... 详细信息

大肠杆菌是医学和兽医临床上最常见的病原菌之一,给人类的健康和畜牧业的发展造成了严重的损害。致病性大肠杆菌是人类和动物临床上最常见的病原菌之一,是威胁人类和动物健康的重要致病菌,也是近年来食品卫生、给水卫生及流行病学领域最重要的研究对象之一。20世纪是抗感染药业业绩辉煌的100年,抗生素的发现是人类医学领域最重要的突破之一。抗菌药在控制大肠杆菌感染方面发挥了重要作用,但随着抗菌药物的广泛应用,导致大肠杆菌耐药株尤其是多重耐药菌株不断出现,大肠杆菌的耐药问题已成为影响人类健康和养殖业发展的重要因素。本实验室采用WHO推荐的kirby-Bauer法,以大肠杆菌ATCC25922为质控菌株做对照,对重庆多个地区分离的猪致病性大肠杆菌作耐药性检测,测定它们对26种抗菌药物的耐药性,发现多重耐药菌株为100%,耐药水平大幅提高,所有分离菌株无单一耐药菌株,均耐12种药物以上,多重耐药的菌株集中在耐18种药物到耐22种药物之间,可见受试大肠杆菌对抗生素的耐药十分严重。本实验室前期研究中,在检测Ⅰ型整合酶基因intl1时发现DJ26、CS6、HC16、HC20四株菌株不仅在900bp位置出现了目的条带(S2)外,在460bp左右处还出现另外一条特异性条带(S1)。为了进一步了解这4株菌株的整合酶基因intI1(S2)以及多出的特异性基因(S1)与细菌耐药性和多重耐药性之间的关系,本实验通过分子生物学的方法,将这4株菌株的整合酶基因intI1(S2)以及多出的特异性条带(S1)进行克隆、序列测定与分析、重组表达以及重组菌株(CZ21)的耐药性检测,深入分析其对细菌耐药性的影响。我们将测序结果分别与GenBank所发表的序列进行比较发现,S2序列与大肠杆菌整合酶基因intI1同源性为99%,在14、21、453、836、841、894处发生碱基缺失,缺失碱基分别为A、A、A、C、A、C;S1序列与大肠杆菌整合酶基因intI1同源性亦为99%,在12、19、449处发生碱基缺失,缺失碱基分别为A、A、A。并且序列S1与序列S2的3bp～460bp的同源性为100%。本实验通过分子生物学方法将序列S2(整合酶基因intI1)重组到宿主表达菌BL21和大肠杆菌HC21内,分别得到重组菌株BL21B和CZ21,对重组菌株BL21B和CZ21采用WHO推荐的kirby-Bauer法对先锋V、庆大霉素、丁胺卡那、氟哌酸、青霉素、痢特灵等26种抗生素进行耐药性检测,并同时对BL21和HC21进行相应的耐药性检测作对照。药敏实验结果显示,BL21B和BL21对这26种抗生素都敏感;而重组菌株CZ21对庆大霉素、丁胺卡那、氟哌酸、青霉素等20种抗生素仍然有抗性,同比,大肠杆菌HC21的药敏结果与之基本一致,重组前后大肠杆菌菌株HC21耐药性并未发生明显变化。可见,不管细菌的整合酶基因intI1完整与否,对大肠杆菌的耐药性和多重耐药性都无明显影响。本实验虽然不能直接揭露细菌整合酶基因intI1的完整性与细菌耐药性和多重耐药性之间的联系,但是,本研究为进一步研究细菌整合子捕获和传播耐药基因提出了新的思路和研究方向。

关键词：整合酶基因大肠杆菌碱基缺失

Rb1基因第16内含子内21个碱基缺失1例

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眼科新进展 1997年第4期17卷 215-217页

作者：刘早霞宋跃张辉白求恩医科大学第二临床医院吉林长春130041

目地研究双眼视网膜母细胞瘤患者Rb1基因杂合性突变的分子生物学特性。方法应用PCR—SSCP直接测序技术检测双眼视网膜母细胞瘤患者白细胞DNA中Rb1基因杂合性突变。结果50例证实有Rb1基因杂合性突变的病例中有1例发生于第16内含子中可以... 详细信息

目地研究双眼视网膜母细胞瘤患者Rb1基因杂合性突变的分子生物学特性。方法应用PCR—SSCP直接测序技术检测双眼视网膜母细胞瘤患者白细胞DNA中Rb1基因杂合性突变。结果50例证实有Rb1基因杂合性突变的病例中有1例发生于第16内含子中可以用3种定位方法解释、具有相同序列的21个碱基缺失。结论这种极为少见的Rb1基因突变方式可能是由于破坏了正常拼接位点的结构而激活了“隐蔽拼接位点”，导致异常的Rb1基因mRNA产生或由此影响整个拼接过程。

关键词：视网膜母细胞瘤基因突变碱基缺失 Rb1基因

荧光小分子2-氨基-7-甲基-1,8-萘啶与存在碱基缺失损伤的dsDNA相互作用的研究

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大学化学 2012年第6期27卷 57-60页

作者：高强苑霞青王玮漆红兰陕西师范大学化学化工学院陕西西安710062

采用光谱法研究了小分子2-氨基-7-甲基-1,8-萘啶与存在单碱基缺失损伤的dsDNA的相互作用。紫外-可见光谱显示小分子与dsDNA结合后,其位于330nm处的吸收峰降低并在350nm处产生了新的吸收峰,表明二者有强烈的相互作用。dsDNA的圆二色光谱... 详细信息

采用光谱法研究了小分子2-氨基-7-甲基-1,8-萘啶与存在单碱基缺失损伤的dsDNA的相互作用。紫外-可见光谱显示小分子与dsDNA结合后,其位于330nm处的吸收峰降低并在350nm处产生了新的吸收峰,表明二者有强烈的相互作用。dsDNA的圆二色光谱表明相互作用导致dsDNA的构象发生了变化。

关键词：光谱 DNA 小分子相互作用碱基缺失

根据牙釉蛋白基因内含子碱基缺失扩增检测X、Y同源序列鉴定性别的研究

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广东公安科技 1997年第1期5卷 49-51页

作者：刘超梁赏猷王穗保江斌广州市刑事科学技术研究所中山医大法医系

作者根据ｘ、ｙ同源的Ａｍｅｌｏｇｅｎｉｎ第一内含子在ｘ染色体有６ｂＰ缺失，设计一对引物扩增检测性别。并用ＰＡＧＥ电泳、银染显带检测扩增产物。ｘ、ｙ染色体分别扩增出１０６ｂＰ及１１２ｂＰ的特异性谱带。该方法在国内首次... 详细信息

作者根据ｘ、ｙ同源的Ａｍｅｌｏｇｅｎｉｎ第一内含子在ｘ染色体有６ｂＰ缺失，设计一对引物扩增检测性别。并用ＰＡＧＥ电泳、银染显带检测扩增产物。ｘ、ｙ染色体分别扩增出１０６ｂＰ及１１２ｂＰ的特异性谱带。该方法在国内首次报道，灵敏度高，可对１０ｐｇ的ＤＮＡ．２ｍｍ２血痕提取ＤＮＡ溶液的１／１０作出性别鉴定；实用性强、对来自人体的各类检材、腐败、降解及陈旧检材有效，室温放置１６年的血痕也可作出性别鉴定。

关键词：性别鉴定碱基缺失蛋白基因同源序列第一内含子染色体特异性陈旧检材银染显带唾液斑扩增产物

FLT3 I836/M837位三碱基缺失的急性髓系白血病1例报告

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临床医药实践 2008年第7期17卷 515-516页

作者：刘伟王宏伟郭慧敏李秋杏覃艳红朱镭张丽山西医科大学第二医院山西太原030001

FLT3属Ⅲ型受体酪氨酸酪激酶成员,对造血发育起重要调节作用.近年研究发现急性髓系白血病(AML)患者常带有FLT3突变,其中内部串联重复(FLTE-ITD)约占成人急性AML 20%,酪氨酸激酶结构域(TKD)点突变约占7.7%,常位于D835及其附近.关于FLT3D8... 详细信息

FLT3属Ⅲ型受体酪氨酸酪激酶成员,对造血发育起重要调节作用.近年研究发现急性髓系白血病(AML)患者常带有FLT3突变,其中内部串联重复(FLTE-ITD)约占成人急性AML 20%,酪氨酸激酶结构域(TKD)点突变约占7.7%,常位于D835及其附近.关于FLT3D835/I836缺失突变国外偶见报道[1],国内尚未见报道.最近发现1例AML-M4患者涉及ELT3 I836/M837位点三个碱基缺失,报告如下.

关键词：急性髓系白血病 FLT3 碱基缺失酪氨酸激酶内部串联重复 Ⅲ型受体成人急性缺失突变

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睾丸恶性大细胞钙化型支持细胞瘤1例

中华病理学杂志 2023年第3期52卷 296-298页

作者：邱学芳贺慧颖云南省昭通市第一人民医院病理科昭通657000 北京大学医学部病理学系、北京大学第三医院病理科北京100191

本文报道1例发生于52岁男性的睾丸恶性大细胞钙化型支持细胞瘤。组织学表现为肿瘤细胞排列成条索状,细胞多角形,具有丰富的嗜酸性胞质,核仁清晰,核分裂象易见。间质黏液样变,多量钙化伴中性粒细胞浸润。可见脉管侵犯。免疫组织化学显示... 详细信息

本文报道1例发生于52岁男性的睾丸恶性大细胞钙化型支持细胞瘤。组织学表现为肿瘤细胞排列成条索状,细胞多角形,具有丰富的嗜酸性胞质,核仁清晰,核分裂象易见。间质黏液样变,多量钙化伴中性粒细胞浸润。可见脉管侵犯。免疫组织化学显示:α抑制素、S-100蛋白、Calretinin阳性表达。肿瘤425基因panel二代测序显示:PRKAR1A第8号外显子第648位碱基缺失c.648del(p.A217Qfs*5)突变。该病非常罕见,目前随访18个月,患者出现了广泛转移,提示病理医师在工作中需注意罕见的该肿瘤提示为恶性的组织学特征,并加强随诊。

关键词：中性粒细胞浸润病理医师支持细胞瘤碱基缺失核分裂象免疫组织化学组织学特征抑制素

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高灵敏的基因突变快速扩增检测研究

高灵敏的基因突变快速扩增检测研究

作者：栾志先青岛大学

学位级别：硕士

源自基因组的突变可能会在转录和翻译后改变原蛋白的功能和性质,从而使得生物体发生性状改变,因此部分病原生物基因的碱基突变和缺失将影响疾病的诊断和治疗,如幽门螺杆菌23S r RNA基因中A2142C、A2142G、A2143G位点单碱基突变导致其克... 详细信息

源自基因组的突变可能会在转录和翻译后改变原蛋白的功能和性质,从而使得生物体发生性状改变,因此部分病原生物基因的碱基突变和缺失将影响疾病的诊断和治疗,如幽门螺杆菌23S r RNA基因中A2142C、A2142G、A2143G位点单碱基突变导致其克拉霉素耐药性产生,影响常规治疗方案的根除效果;而新型冠状病毒基因组中抗原蛋白表达基因的碱基置换和缺失会造成抗原识别位点发生变异,使其对抗体中和的敏感性降低,导致具有更高的感染率变异毒株的出现,增加其传播性,因此实现对病原生物基因中的碱基置换和缺失的快速灵敏检测对于疾病的防控和治疗具有重大意义。目前碱基突变和缺失的主要检测手段为下一代核酸测序(Next Generation Sequencing,NGS),但存在步骤繁琐、设备要求高、周期长等问题。本人所在课题组在前期工作中开发了一种窄变温核酸扩增技术,该技术仅需一台普通的荧光实时PCR仪,可以将扩增时间缩短至30分钟,而且结果实时报告。为了缩短检测时间、加快分析效率,本研究结合上述窄变温核酸扩增技术和序列特异扩增技术,开发出一种新型核酸快速扩增的检测方法——加速循环的聚合酶链式反应(Accelerated Cycling Polymerase Chain Reaction,AC-PCR)用于检测基因组碱基突变和缺失。该方法具有良好的灵敏度和特异性,对幽门螺杆菌A2143G和A2142G/C单碱基突变的检测限分别低至10和100拷贝/反应,并可以检测到样本中比例为0.1%的A2143G突变型核酸。此外,在新型冠状病毒Lambda和Delta变体的分型检测中,该方法对碱基缺失的刺突蛋白表达基因的检测限低至10拷贝/反应,通过模拟咽拭子样本检测结果显示该方法检测下限的十次重复分离系数为3.3%,验证了该方法的稳定性。基于上述加速循环的聚合酶链式反应,本研究建立了胃粘膜样本中耐克拉霉素幽门螺杆菌检测分析方法,可用于临床用药指导分析,减少抗生素耐药性导致的幽门螺杆菌根除失败,并建立了新型冠状病毒Lambda和Delta变体检测方法,有望用于发展中国家新型冠状病毒肺炎疫情的分析和防控。

关键词：碱基突变碱基缺失快速核酸扩增幽门螺杆菌新型冠状病毒