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62种细菌基因组中密码子碱基位置上碱基分布的差异性及相关性

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中国微生态学杂志 2003年第3期15卷 134-136页

作者：钟东赵贵军刘宇虎杨兴龙徐安龙张振书第一军医大学南方医院消化疾病研究所广东广州510515 中山大学生命科学学院生物化学系广东广州510275

应用生物信息学方法 ,对已完成测序的 6 2种细菌基因组进行 :1 同一密码子碱基位置上不同碱基分布频率的比较 ;2 不同密码子碱基位置上同一碱基分布频率的比较。结果显示 :1 三个密码子碱基位置上及四种碱基的分布频率差异存在显著性 ;... 详细信息

应用生物信息学方法 ,对已完成测序的 6 2种细菌基因组进行 :1 同一密码子碱基位置上不同碱基分布频率的比较 ;2 不同密码子碱基位置上同一碱基分布频率的比较。结果显示 :1 三个密码子碱基位置上及四种碱基的分布频率差异存在显著性 ;2 三个密码子碱基位置上的四种碱基的分布频率显著相关。结论提示 ,在细菌的进化过程中 ,任一密码子碱基位置上任一碱基的分布有可能受到所处密码子碱基位置及其他三种碱基分布的影响。

关键词：细菌基因组碱基分布差异性相关性密码子碱基位置

黑腹果蝇蛋白质编码区碱基分布与起始密码子及终止密码子的关系

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内蒙古科技大学学报 2007年第4期26卷 341-344页

作者：蔡禄崔向军刘辉内蒙古科技大学生物与化学工程学院内蒙古包头014010

对黑腹果蝇染色体上基因组进行统计分析,结果表明,蛋白质编码区(CDS)碱基分布具有不均匀性.对单核苷酸、双核苷酸及密码子的使用进行统计,结果表明,与起始密码子对应的组分中,NTG的使用倾向值相对高,终止密码子(TGA,TAA,TAG)对应的组合... 详细信息

对黑腹果蝇染色体上基因组进行统计分析,结果表明,蛋白质编码区(CDS)碱基分布具有不均匀性.对单核苷酸、双核苷酸及密码子的使用进行统计,结果表明,与起始密码子对应的组分中,NTG的使用倾向值相对高,终止密码子(TGA,TAA,TAG)对应的组合使用倾向值相对很低.由此得出结论:起如密码子对蛋白质编码区碱基的使用有一定的影响,终止密码子对蛋白质编码区碱基的使用具有较强限制作用.

关键词：起始密码子终止密码子碱基分布黑腥果蝇限制作用

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蛋白质编码区碱基分布与终止密码子的关系

山东理工大学学报（自然科学版） 2004年第2期18卷 95-98页

作者：齐立省王永宏展永于慧赵同军纪青河北工业大学物理系天津300130

对11种具有不同G+C含量的微生物基因组蛋白质编码区进行统计分析,结果显示蛋白质编码区3个密码子位碱基分布具有明显的不对称性,与终止密码子对应的一些单、双核苷酸出现的频率很低,由此得出结论:终止密码子对编码区碱基的使用起重要限... 详细信息

对11种具有不同G+C含量的微生物基因组蛋白质编码区进行统计分析,结果显示蛋白质编码区3个密码子位碱基分布具有明显的不对称性,与终止密码子对应的一些单、双核苷酸出现的频率很低,由此得出结论:终止密码子对编码区碱基的使用起重要限制作用.

关键词：蛋白质编码区碱基分布终止密码子基因组保守性

密码子位点特征初步研究和组蛋白基因进化动力学比较

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密码子位点特征初步研究和组蛋白基因进化动力学比较

作者：赵国焓南京师范大学

学位级别：硕士

采用生物信息学的方法，对GenBank和KEGG和DW等数据库中记录的20个物种187511个CDS的密码子碱基分布和各类真核生物H2A和H2B基因的分子数据进行了较为系统的分析，取得了以下主要研究结果： 1．某种碱基在各位点上的含量与该碱基的总含... 详细信息

采用生物信息学的方法，对GenBank和KEGG和DW等数据库中记录的20个物种187511个CDS的密码子碱基分布和各类真核生物H2A和H2B基因的分子数据进行了较为系统的分析，取得了以下主要研究结果： 1．某种碱基在各位点上的含量与该碱基的总含量都存在正相关。碱基含量对该碱基在第三密码位的分布的影响要远大于其他的两个密码位。这一现象起到对蛋白质进化稳定性的调节作用。 2．密码子的使用过程中T在第二位使用的频率远大于第一位，G在第一位的使用频率则比第二位高的多。这一现象同密码表中该位点的碱基所编码的氨基酸特征有极大的关系。 3．同一基因在不同物种中T在第二密码位和第一密码位的比值与基因组比值的差距各不相同，这可能是在生物由低级向高级进化过程中，非保守基因含量的增加有关。 4．在动物中组蛋白H2A、H2B的表达效率与GC含量和GC3含量呈显著的正相关，真菌恰好相反，两者呈负相关，而植物却表现出不相关。表明三类生物H2A、H2B密码子偏爱使用所承受的选择压力明显不同，其中，动物的正选择压是密码子与反密码子作用的稳定性，真菌的正选择压则是密码子与反密码子作用的效率性，植物则选择了稳定和效率的平衡。 5．H2A、H2B基因的ps和pN在三类生物的种间和种内的表现为：动物和植物PS>>PN，真菌PSN，单细胞酵母PS<

关键词：密码子碱基分布组蛋白进化模式

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基于变值体系在基因序列上的研究与拓展

基于变值体系在基因序列上的研究与拓展

作者：杜流云云南大学

学位级别：硕士

由于测序技术的不断进步,生物信息学的快速发展,随着激增的海量数据,使全世界生物信息学领域的有关研究学者都面临严峻的挑战,尤其是此次新型冠状病毒疫情的暴发,对前沿的研究进展也是一项巨大的考验。如何对生物信息学中的海量数据进... 详细信息

由于测序技术的不断进步,生物信息学的快速发展,随着激增的海量数据,使全世界生物信息学领域的有关研究学者都面临严峻的挑战,尤其是此次新型冠状病毒疫情的暴发,对前沿的研究进展也是一项巨大的考验。如何对生物信息学中的海量数据进行科学的分析和处理,以便从中发现有关规律指导生物学上的实验和研究,是当前生物信息学所要研究的重要内容,其中,可视化一直是生物信息学研究领域的热点。迄今为止,基于生物基因序列的可视化方法已经产生了许多的研究成果,著名的有图形表示法中的Z曲线、图像表示法中的郝柏林方法等。但目前可视化前沿领域许多方法都存在一定程度上的局限性,对数据的包容性不强、信息易退化丢失、方法晦涩难懂、时间复杂度高、可视化效果差等。针对以上问题,提出了一种基于变值逻辑体系的可视化模型,主要研究工作有:（1）从以变值为基础的三个主要模块出发,详细介绍了包括逻辑模块、测量模块、可视化模块的运行流程,以土壤细菌、冠状病毒基因序列作为样本数据展示二维和三维上的可视化结果,从多个维度可以看到样本基因序列中的结构特征和隐藏信息。并以厚壁菌作为对象,对比了本文模型与郝柏林方法的优劣性。（2）在测量模块和可视化模块上对变值体系模型进行了拓展应用和研究。将测度值参数中的固定分段长度改变为不定步长,以及对投影组合的改变,图像化结果也变为图形化结果,并将九种冠状病毒作为典型应用与基础变值逻辑体系对比可视化结果,进一步丰富了变值逻辑体系理论方法。本文的主要工作重点在于提出了一个适合生物信息学领域中的研究基因序列的可视化模型,并对其进行拓展研究。与其他方法比较,本方法具有计算速度快、时间复杂度低、可视化效果清晰明了的特点,可以从多维度看到序列特征,直观性和理解性较强,且应用非常广泛。本文也将始终围绕基因序列可视化这一主题进行阐述,实验结果也能非常直观的体现四种碱基之间的某种联系特征以及分布规律。

关键词：变值逻辑体系可视化基因序列分段碱基分布

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Z曲线,显示和分析DNA序列的直观工具

自然杂志 1995年第1期17卷 34-37页

作者：张任张春霆上海医科大学天津大学

基于正四面体的对称性,我们将一DNA序列与三维空间中一条曲线,称为Z曲线,建立起一、一对应映射。对于任一给定DNA序列,可求出唯一的一条Z曲线与之对应,反之亦然。Z曲线一般是具有丰富的折叠结构的三维空间曲线,它反映了DNA序列中碱基分... 详细信息

基于正四面体的对称性,我们将一DNA序列与三维空间中一条曲线,称为Z曲线,建立起一、一对应映射。对于任一给定DNA序列,可求出唯一的一条Z曲线与之对应,反之亦然。Z曲线一般是具有丰富的折叠结构的三维空间曲线,它反映了DNA序列中碱基分布的局部细节与总体特征。Z曲线的对称性、渐近性、回路性等性质被全面加以介绍。并探讨了Z曲线在分子生物学中可能的应用。Z曲线的提出,开创了一个利用几何学分析和研究DNA序列的崭新领域。我们深信,利用现代计算机图形学装备起来的Z曲线,将成为研究和分析DNA序列的新的强大工具。

关键词： Z曲线 DNA序列碱基分布计算机图形学

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大肠杆菌基因结构的统计分析

河北工业大学学报 2004年第4期33卷 58-62页

作者：刘金伟王永宏河北工业大学理学院天津300130

详细研究大肠杆菌蛋白质编码基因的结构特征.对已知功能基因的组分进行统计分析,结果表明大肠杆菌基因中各种单核苷酸、双核苷酸及密码子出现频率有很大差异,与终止密码子相关的组分出现的频率很低.这表明终止密码子在不同层次上限制基... 详细信息

详细研究大肠杆菌蛋白质编码基因的结构特征.对已知功能基因的组分进行统计分析,结果表明大肠杆菌基因中各种单核苷酸、双核苷酸及密码子出现频率有很大差异,与终止密码子相关的组分出现的频率很低.这表明终止密码子在不同层次上限制基因组分的使用,是影响基因碱基分布的因素之一.此外,本文还对高表达基因密码子使用进行统计,发现其具有明显倾向性.

关键词：基因组基因密码子终止密码子碱基分布