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利用SSR标记和SNP芯片对小麦EMS突变体进行真实性鉴定

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核农学报 2019年第1期33卷 1-6页

作者：耿皆飞王娜蒋宏宝刘录祥许喜堂魏红升王成社谢彦周西北农林科技大学农学院/旱区作物逆境生物学国家重点实验室陕西杨凌712100 中国农业科学院作物科学研究所北京100081

为鉴定EMS突变的真实性,本研究利用SSR标记和90 K SNP芯片对小麦品系H261及其EMS突变体进行检测。SSR检测结果表明,H261与LF2010和LF2099的差异SSR标记为0个,但与LF2100的差异SSR标记为10个,多态性比例为47.62%。SNP芯片分析结果表明,H... 详细信息

为鉴定EMS突变的真实性,本研究利用SSR标记和90 K SNP芯片对小麦品系H261及其EMS突变体进行检测。SSR检测结果表明,H261与LF2010和LF2099的差异SSR标记为0个,但与LF2100的差异SSR标记为10个,多态性比例为47.62%。SNP芯片分析结果表明,H261与LF2010和LF2099之间的差异位点分别为66和12个,分别占总数的0.080 9%和0.014 7%,2个突变体与H261的纯合差异SNP数目均为0;而H261与LF2100之间的差异位点为2 846个,占总数的3.487 9%,二者之间纯合差异SNP为784,占总数的0.960 8%。综上所述,LF2010和LF2099突变体与亲本H261的遗传背景高度一致,是H261经过EMS诱变的后代,而LF2100是天然异交或机械混杂产生的假突变体。本研究结果为更好地发挥小麦突变体在遗传改良和功能基因组研究奠定了一定的理论基础。

关键词：普通小麦 90K基因芯片 SSR标记突变体真实性鉴定

基于SSR分子标记的‘汇丰2号’辣椒杂交种子纯度和真实性鉴定

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广东农业科学 2023年第11期50卷 59-65页

作者：赵威徐晓美徐小万衡周王恒明陈金金吴智明仲恺农业工程学院园艺园林学院广东广州510225 广东省农业科学院蔬菜研究所/广东省蔬菜新技术研究重点实验室广东广州510640

【目的】‘汇丰2号’辣椒为杂交一代新品种,具有中早熟、抗病性强、耐储运和品质佳等特性,深受农户和消费者喜爱。为保障种子质量,拟建立一套快速、简便的种子纯度和真实性鉴定方法。【方法】基于辣椒基因组已公开的SSR分子标记资源,以... 详细信息

【目的】‘汇丰2号’辣椒为杂交一代新品种,具有中早熟、抗病性强、耐储运和品质佳等特性,深受农户和消费者喜爱。为保障种子质量,拟建立一套快速、简便的种子纯度和真实性鉴定方法。【方法】基于辣椒基因组已公开的SSR分子标记资源,以‘汇丰2号’父、母本为材料,筛选多态明显、条带清晰且扩增稳定的SSR标记,对‘汇丰2号’杂交种子进行纯度鉴定,并结合田间形态鉴定验证分子标记鉴定的准确性。此外,利用筛选出的SSR标记对‘粤红1号’、‘汇丰1号’、‘汇丰2号’和‘汇丰5号’4个品种进行真实性鉴定。【结果】筛选出2个SSR标记L0143和L0622,其多态明显,且条带清晰、扩增稳定。其中,标记L0143在母本W2280中PCR扩增条带为149 bp,在父本W2102中的扩增条带为141 bp;标记L0622在母本和父本中的扩增条带分别为208 bp和196 bp。2个标记单独使用时均可以准确鉴定‘汇丰2号’种子纯度,且2个标记同时使用可以将‘粤红1号’、‘汇丰1号’、‘汇丰2号’和‘汇丰5号’4个品种区分开,即可鉴定它们的真实性。【结论】筛选出的SSR分子标记L0143和L0622能够快速、准确、低成本、有效的对‘汇丰2号’杂交种子进行纯度和真实性鉴定,该鉴定方法操作简单,能够替代传统杂交种子纯度和真实性鉴定的方法,具有较高的商业应用前景。

关键词：辣椒 ‘汇丰2号’ 种子纯度 SSR分子标记真实性鉴定

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基于SSR分子标记的‘粤秀3号’黄瓜杂交种子纯度及真实性鉴定

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广东农业科学 2023年第9期50卷 49-58页

作者：金庆敏林毓娥王瑞钟玉娟吴廷全广东省农业科学院设施农业研究所广东广州510640 广东省农业科学院蔬菜研究所/广东省蔬菜新技术研究重点实验室广东广州510640

【目的】‘粤秀3号’黄瓜具有生长势强、产量高、抗病及抗逆性强的特点,是华南地区推广面积较多的品种,本研究以期为其建立一套快速、准确、有效的种子纯度鉴定方法。【方法】利用200对SSR引物,根据杂种带为父母本互补带型的原则,对‘粤... 详细信息

【目的】‘粤秀3号’黄瓜具有生长势强、产量高、抗病及抗逆性强的特点,是华南地区推广面积较多的品种,本研究以期为其建立一套快速、准确、有效的种子纯度鉴定方法。【方法】利用200对SSR引物,根据杂种带为父母本互补带型的原则,对‘粤秀3号’黄瓜及其亲本进行特异性SSR标记物的筛选。将种子纯度鉴定结果与田间生物学鉴定结果进行比较,鉴定所筛选SSR引物的准确性。选取‘中农108’‘园丰6号’‘津绿5号’‘中农8号’‘津研四号’5个黄瓜品种种子及其他49份黄瓜种质材料,与‘粤秀3号’黄瓜品种同时检测,对所筛选的SSR引物特异性进行鉴定。【结果】从200对引物中筛选出符合父母带间成互补带要求的两对SSR引物(3B-10和2B-41)。3B-10引物经PCR扩增后产生160 bp的母本特异条带(P1-A)及190 bp的父本特异条带(P2-B),测序比对这两条特异性条带,发现P2-B在49~79 bp处比P1-A多了5个6碱基的简单重复序列。2B-41引物经PCR扩增后产生218 bp的母本特异条带(P1-C)和206 bp的父本特异条带(P2-D),经测序比对后发现,与P2-D相比,P1-C在120~131 bp处有12个碱基的缺失。表明两对SSR引物均可有效区分‘粤秀3号’杂交种子及其父母本,可快速准确地鉴定‘粤秀3号’黄瓜种子纯度。此外,两对SSR引物的种子纯度鉴定结果均与田间生物学鉴定结果一致。两对引物均可有效区分‘粤秀3号’黄瓜种子与‘中农108’‘园丰6号’‘津绿5号’‘中农8号’‘津研四号’5个黄瓜品种种子及其他49份黄瓜种质资源。但3B-10在49份种质资源中多态性较高,故SSR标记2B-41更适用于‘粤秀3号’的真实性鉴定。【结论】3B-10和2B-41两对SSR引物可快速、准确、有效地对‘粤秀3号’杂交种子纯度进行鉴定,鉴定操作较简单、成本较低,可替代传统杂交种子纯度鉴定的方法,其商业应用价值极高。

关键词：黄瓜 ‘粤秀3号’ 种子纯度 SSR分子标记真实性鉴定田间性状鉴定

基于iPBS标记的石斛兰杂交子代真实性鉴定

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热带作物学报 2023年第6期44卷 1153-1160页

作者：赵秋菊崔学强邓杰玲黄昌艳李佳蔚张自斌广西大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室广西南宁530004 广西大学林学院广西森林生态与保育重点实验室广西南宁530004 广西壮族自治区农业科学院花卉研究所广西南宁530007

石斛兰为石斛属所有植物的总称,是兰科植物中重要的花卉资源,具有极高的观赏和药用价值。杂交育种是培育石斛兰新品种的主要方法,但石斛兰的育种年限较长,整个育种周期通常需要几年的时间。种质资源的鉴定是育种工作的基础,本研究对石... 详细信息

石斛兰为石斛属所有植物的总称,是兰科植物中重要的花卉资源,具有极高的观赏和药用价值。杂交育种是培育石斛兰新品种的主要方法,但石斛兰的育种年限较长,整个育种周期通常需要几年的时间。种质资源的鉴定是育种工作的基础,本研究对石斛兰杂交后代株系进行鉴定,以期为石斛兰杂种后代的早期选择及新品种(系)的快速鉴定提供分子依据,进一步缩短育种周期,加快石斛兰育种工作进程。iPBS标记作为一种新型的分子标记,无需预先获取LTR序列,相较于其他分子标记具有简单、高效且应用范围广等优点,本研究采用iPBS分子标记技术对广美石斛×黄钻戒石斛的19个杂种F_(1)株系进行杂种真实性鉴定,并进行遗传多样性和聚类分析。研究结果表明:从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物用于石斛兰杂交子代真实性鉴定;7条引物共扩增出69条条带,其中多态性条带为51条,多态性比率为73.91%;较多的父本遗传信息导入子代个体中,供试的19个杂种F_(1)株系均能扩增出父本特征性条带,鉴定为真杂种;聚类分析表明,绝大多数杂交后代在亲缘关系上先倾向于父本后倾向于母本;遗传相似系数分析结果表明,杂交后代与父本的平均遗传相似系数大于母本,说明供试杂交后代在遗传上更倾向于父本,与聚类结果吻合;该杂交组合子代植株偏父本遗传。研究结果证明,iPBS分子标记技术可作为石斛兰杂交育种早期杂交种筛选鉴定的有效方法。该研究结果为进一步揭示石斛兰种群亲本与子代间的遗传多样性提供科学依据。

关键词：石斛兰 iPBS标记杂交子代真实性鉴定

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基于SSR标记的区试棉花品种纯度和真实性鉴定

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分子植物育种 2020年第19期18卷 6399-6409页

作者：赵程杰钟文王文良张传云杜召海陈煜张军山东师范大学生命科学学院济南250014 山东棉花研究中心农业部黄淮海棉花遗传改良与栽培生理重点实验室济南250100 山东省种子管理总站济南250100

利用SSR标记进行棉花品种纯度检测和真实性鉴定,可以为棉花品种审定提供重要依据。本研究在前期工作基础上,选择26对覆盖棉花每条染色体的SSR核心引物,以2018年参加山东省区试的53个棉花品种为材料,进行纯度检测和真实性鉴定。结果显示... 详细信息

利用SSR标记进行棉花品种纯度检测和真实性鉴定,可以为棉花品种审定提供重要依据。本研究在前期工作基础上,选择26对覆盖棉花每条染色体的SSR核心引物,以2018年参加山东省区试的53个棉花品种为材料,进行纯度检测和真实性鉴定。结果显示,26对SSR核心引物在53个品种中共检测到111个等位基因位点,遗传距离为0.01~0.91,平均为0.44;分子遗传纯度≥95%的品种占64.15%,鉴定棉花区试品种的真实性和纯度,可以有效降低品种低代参试以及同一品种重复参试和重复审定现象的发生,对维护区域试验的权威性和育种家的合法权益具有重要意义。

关键词：棉花纯度检测真实性鉴定 SSR标记遗传多样性分析

稳定同位素质谱在植源性食品真实性鉴定和产地溯源中的应用综述

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江苏农业科学 2021年第14期49卷 26-32页

作者：孙雨茜王宁杨晨晔王同江苏省农业科学院兽医研究所江苏南京210095

随着食品安全问题频发,食品安全领域的食品真实性鉴定和产地溯源问题越来越受到消费者的关注,稳定同位素技术成为食品真实性鉴定和产地溯源方面强有力的分析手段,并具有可追溯性、绿色、无放射性、易操作等特点。在植物源性食品安全领域... 详细信息

随着食品安全问题频发,食品安全领域的食品真实性鉴定和产地溯源问题越来越受到消费者的关注,稳定同位素技术成为食品真实性鉴定和产地溯源方面强有力的分析手段,并具有可追溯性、绿色、无放射性、易操作等特点。在植物源性食品安全领域,通过稳定同位素技术获取的同位素指纹主要集中于C、N、H、O、S同位素。作为轻同位素,C、N、H、O、S同位素主要通过同位素比率质谱(IRMS)进行分析。本文主要介绍基于IRMS的稳定同位素分析的原理、分类,重点回顾IRMS在植物源性食品安全领域的应用,主要包括食品的掺假鉴别、有机食品的鉴定和食品产地溯源3个方面,旨在推动同位素食品安全数据库的建立,促进同位素技术在食品安全领域的研究和应用。

关键词：稳定同位素比质谱植源性食品真实性鉴定产地溯源同位素指纹食品安全数据库

基于SSR分子标记的甜瓜杂交种子纯度及真实性鉴定

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种子 2024年第3期43卷 48-54页

作者：梁昕景夏玲王学林杨小锋三亚市林业科学研究院海南三亚572025 海南大学南繁学院(三亚南繁研究院) 海南三亚572025

本研究以广泛种植的甜瓜杂交种‘金蜜6号’和杂交新品种‘南疆蜜1号’及其亲本为试验材料,采用简单重复序列分子标记(SSR)检测技术,选取18对甜瓜多态性丰富的SSR核心引物进行纯度和真实性鉴定。结果表明,‘金蜜六号’和‘南疆蜜1号’在1... 详细信息

本研究以广泛种植的甜瓜杂交种‘金蜜6号’和杂交新品种‘南疆蜜1号’及其亲本为试验材料,采用简单重复序列分子标记(SSR)检测技术,选取18对甜瓜多态性丰富的SSR核心引物进行纯度和真实性鉴定。结果表明,‘金蜜六号’和‘南疆蜜1号’在18对SSR核心引物筛选中均获得多对特异性引物,表现出多态性条带,可以用来鉴定种子纯度,‘金蜜六号’种子的纯度为97.87%,特异性引物:SSR12833(A)、CMBR052(C)、ECM147(I)、CMBR002(K)、CM26(L)、MU9175-1(M)、MU5554-1(N)、SSR00398(O)、TJ10(Q)、CMBR154(R),其中,编号C、I、K、N、O引物条带清晰,特异性强;‘南疆蜜1号’的种子纯度为97.56%,特异性引物:SR12833(A)、CMBR097(F)、MU4104-1(G)、NR38(H)、ECM147(I)、CMBR002(K)、MU9175-1(M)、MU5554-1(N)、CMBR154(R),其中,编号F、G、H、I、N、R引物条带清晰,特异性强。SSR分子标记鉴定结果与田间鉴定结果一致。SSR分子标记方法速度快、时间短,鉴定结果准确,可为室内开展杂交种‘金蜜六号’和‘南疆蜜1号’的纯度鉴定工作提供技术保障。

关键词：甜瓜 SSR 种子纯度真实性鉴定

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玉米品种真实性鉴定中SSR技术体系的优化

安徽农业科学 2008年第15期36卷 6220-6222页

作者：刘勋辉陆徐忠钟昌松马卉汪名春李莉杨剑波安徽农业大学研究生学院安徽合肥230039 安徽省农业科学院水稻研究所安徽合肥230031 广西玉米研究所广西南宁530227

[目的]优化玉米品种真实性鉴定中的SSR技术体系。[方法]以11份玉米骨干自交系为材料,通过对影响SSR扩增质量的Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶的浓度等因素进行优化和比较,建立了适于玉米品种真实性鉴定的SSR标记技术体系,并以5个玉米... 详细信息

[目的]优化玉米品种真实性鉴定中的SSR技术体系。[方法]以11份玉米骨干自交系为材料,通过对影响SSR扩增质量的Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶的浓度等因素进行优化和比较,建立了适于玉米品种真实性鉴定的SSR标记技术体系,并以5个玉米杂交种为例,验证该体系在玉米杂交种真实性鉴定中的可行性。[结果]Mg2+浓度为2.5 mmol/L时,扩增效果最佳。dNTPs浓度为0.3 mmol/L时,扩增效果最好。引物浓度为0.2μmol/L较为适宜。TaqDNA聚合酶浓度为1.0 U时,扩增效果较好。优化后的PCR反应体系为:1×PCR缓冲液,2.5 mmol/LMg2+,0.3 mmol/L dNTPs,0.2μmol/L正、反向引物,1.0 UTaqDNA聚合酶,40 ng样品DNA,总体积25μl。[结论]该研究优化的SSR技术体系可以有效地对玉米杂交种进行真实性鉴定。

关键词：玉米 SSR标记真实性鉴定

SSR和SNP两种标记技术在玉米品种真实性鉴定中的比较分析

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分子植物育种 2014年第5期12卷 1000-1004页

作者：李雪田红丽王凤格赵久然李云伏王蕊扬扬易红梅北京农学院北京102206 北京市农林科学院玉米研究中心北京100097

SSR和SNP被推荐为玉米品种DNA指纹鉴定优选标记技术。本研究选用大面积推广的11套玉米杂交种及其亲本作为试验材料,基于SNP芯片分型平台和SSR荧光毛细管电泳平台分析比较两种标记在玉米品种真实性鉴定中的应用。基于上述两种检测平台获... 详细信息

SSR和SNP被推荐为玉米品种DNA指纹鉴定优选标记技术。本研究选用大面积推广的11套玉米杂交种及其亲本作为试验材料,基于SNP芯片分型平台和SSR荧光毛细管电泳平台分析比较两种标记在玉米品种真实性鉴定中的应用。基于上述两种检测平台获得3 072个SNP位点和40对SSR引物的基因型数据,分析比较各个参数。结果显示：（1）两种标记数据获得率均较高,3 072个SNP位点平均数据获得率为98.4%,40对SSR引物平均数据获得率为99.47%。（2）两种标记均具备较高品种区分能力,3 072个SNP位点平均MAF（minor allele frequency）值为0.357,MAF值大于0.30占71%,平均DP（discrimination power）值为0.515,DP大于0.5的占56%;40对SSR引物平均PIC（polymorphism information content）值为0.605,PIC大于0.51有32对,平均DP值为0.745,DP值大于0.71有29对。（3）两种标记位点鉴定样品杂合率、亲子关系方面结果是一致的,样品杂合率均介于0.4~0.6之间,平均杂合率分别为0.525和0.514;SNP数据显示符合亲子关系位点百分比介于95.2%~99.9%之间,SSR数据显示符合亲子关系位点介于36~40个之间。综上所述,SSR和SNP两种标记在数据完整性、区分品种能力、位点稳定性等方面差别较小。

关键词：玉米 SSR SNP 真实性鉴定