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小麦条锈菌看家基因SNP引物的开发及多态性位点研究

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分子植物育种 2018年第5期16卷 1539-1544页

作者：李明菊 Md.Ashraful Alam 李昊星程加省丁明亮云南省农业科学院农业环境资源研究所昆明650205 孟加拉国农业研究所小麦研究中心孟加拉迪纳杰布尔5200 华中农业大学生命科学技术学院武汉430070 云南省农业科学院粮食作物研究所昆明650205

利用NCBI数据库进行小麦条锈菌看家基因SNP引物开发,从NCBI搜索到15个基因的序列,利用Primer Premier 5.0软件设计了22对引物,利用其进行条锈菌DNA的PCR扩增、测序,并与标准序列比对,从而筛选出SNP引物。在候选基因中,柠檬酸盐合酶(Cs)... 详细信息

利用NCBI数据库进行小麦条锈菌看家基因SNP引物开发,从NCBI搜索到15个基因的序列,利用Primer Premier 5.0软件设计了22对引物,利用其进行条锈菌DNA的PCR扩增、测序,并与标准序列比对,从而筛选出SNP引物。在候选基因中,柠檬酸盐合酶(Cs)、热休克蛋白hsp90(Hsp)、泛素活化酶E1(Uba)及泛素结合酶E2(Ubc)4个基因的5对SNP引物表现多态性,能检测到条锈菌SNP位点依次为4、6~7、4和7个,均为系统发生信息位点,并摸索出优化的PCR反应体系及条件。利用开发的引物研究条锈菌群体结构,可揭示病原菌起源、进化、传播,为病害治理提供依据。

关键词：小麦条锈菌看家基因单核苷酸序列多态性引物开发

斑茅两个看家基因片段的克隆及其在基因芯片中的应用

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热带亚热带植物学报 2007年第4期15卷 277-283页

作者：张积森李伟阙友雄阮妙鸿张木清陈如凯福建农林大学农业部甘蔗生理生态与遗传改良重点实验室

根据已发表的同源基因序列,利用RT-PCR技术分离了斑茅(Erianthus arundinaceus)的GAPDH和APRT两个看家基因片段,用它们作为cDNA芯片阳性参照,以未经聚乙二醇(PEG)胁迫处理的斑茅叶片为对照,和PEG胁迫的4组材料同cDNA芯片进行杂交分析。... 详细信息

根据已发表的同源基因序列,利用RT-PCR技术分离了斑茅(Erianthus arundinaceus)的GAPDH和APRT两个看家基因片段,用它们作为cDNA芯片阳性参照,以未经聚乙二醇(PEG)胁迫处理的斑茅叶片为对照,和PEG胁迫的4组材料同cDNA芯片进行杂交分析。杂交结果显示,GAPDH杂交的Cy5与Cy3平均信噪比(Signal/Noise,S/N)分别为56.12和60.8,APRT杂交的Cy5与Cy3平均信噪比分别为51.06和47.25,信噪比均很高;同时两个看家基因的杂交都显示出极强的信号,其中GAPDH的杂交信号值大于10000,APRT也在8000以上,杂交结果可靠。分析了PEG胁迫4个时段BADH与两个看家基因的表达,BADH的表达有明显变化,而看家基因表达均较稳定。上述结果表明所克隆的两个看家基因在斑茅中表达量高,且PEG胁迫下表达较为稳定,是基因芯片理想的阳性参照。

关键词：斑茅看家基因基因芯片 PEG

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链霉菌看家基因引物的设计与验证

微生物学报 2007年第6期47卷 1080-1083页

作者：郭银平黄英中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室

看家基因的扩增与测序是进行多基因系统进化分析首先需要解决的问题。针对链霉菌这一群高(G+C)mol%革兰氏阳性细菌,选定4个看家基因:atpD、recA、rpoB和trpB,利用NCBI数据库中已有的2个链霉菌和3个分枝杆菌的全基因组序列,以及另两个链... 详细信息

看家基因的扩增与测序是进行多基因系统进化分析首先需要解决的问题。针对链霉菌这一群高(G+C)mol%革兰氏阳性细菌,选定4个看家基因:atpD、recA、rpoB和trpB,利用NCBI数据库中已有的2个链霉菌和3个分枝杆菌的全基因组序列,以及另两个链霉菌的recA基因序列,通过软件分析设计了各基因的扩增和测序引物,并优化了扩增反应条件。从所试验的55株链霉菌中,均特异地扩增出了上述4个基因的片段,并成功进行了序列测定,验证了所设计引物的实用性。所归纳的引物设计方法可用于高(G+C)mol%革兰氏阳性细菌的其它看家基因,以促进多基因系统进化研究的开展。

关键词：看家基因引物链霉菌扩增测序高(G+C)mol%

猪各种组织及其中脂肪组织和肌肉组织中mRNA看家基因稳定性评估

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猪各种组织及其中脂肪组织和肌肉组织中mRNA看家基因稳定性评估

作者：阮向军四川农业大学

学位级别：硕士

看家基因作为内源性参照通常被认为在不同组织细胞中和在一些特定环境下依旧能稳定地高表达,然而越来越多的报道证明这些看家基因并非在不同组织、不同实验条件下均能稳定表达,所以为了标准化一组荧光定量的数据,对看家基因的选择至关... 详细信息

看家基因作为内源性参照通常被认为在不同组织细胞中和在一些特定环境下依旧能稳定地高表达,然而越来越多的报道证明这些看家基因并非在不同组织、不同实验条件下均能稳定表达,所以为了标准化一组荧光定量的数据,对看家基因的选择至关重要。本实验采用荧光定量技术（q-PCR）检测了20个看家基因分别在56个不同的正常组织,10个脂肪组织,及5个肌肉组织中的表达差异,（在56个组织中根据经济性状分出1个脂肪组织,5个肌肉组织）并利用geNorm软件评估了其表达稳定性和不同实验条件下的理想看家基因数目。结果显示：在所有56个检测组织中,HSPCB/TOP2B是最稳定的基因配对（M=0.67）,而HMBS是最不稳定的基因（M=2.05）,有13个基因显示出可靠的稳定性（M＜I.50）;在10个脂肪组织中,HSPCB/ALDOA显示出最高的稳定性（M=0.41）,而HMBS是最不稳定的基因（M=1.53）。共有18个基因显示出可靠的稳定性（M＜1.50）;而在5个肌肉类型的组织中,HSPCB/TOP2B这一对显示出最高的稳定性（M=0.32）,而5S rRNA是稳定性最低的基因（M=I.64）。17个基因显示出可靠的稳定性。其中,HSPCB和TOP2B在56个组织和5个肌肉组织中均为最稳定表达的看家基因。在对荧光定量实验中选择最优数目看家基因进行数据标准化的分析中,我们的实验结果显示：在所有分析56个正常组织样本中,使用16个看家基因可以获得最低的V值（V=0.11）;在脂肪组织中,11个看家基因可以获得最低的V值（V=0.07）,而在肌肉组织中是15个看家基因可以获得最低的V值（V=0.07）。说明在所有56个的正常组织样本中、脂肪组织和肌肉组织中,理论上最优的看家基因数目分别为16个、11个和15个为了在验证我们推荐选用3个最稳定表达的看家基因能否足以对荧光定量数据进行准确的标准化,我们对由3个推荐的看家基因得到的标准化因子（NF3）和由理论数目看家基因得到的标准化因子（NFopt）进行了相关性分析,结果显示：通过geNorm软件计算得到三个最稳定表达的看家基因与理论上的最优看家基因数量来优化所得结果是呈现高度正相关（r≥0.94）。在我们所研究的所有56个组织中r=0.94;在10个脂肪组中,r=0.98;而在5个肌肉组织中,r=0.99。说明使用三个最稳定的看家基因进行q-PCR数据的标准化已足够准确。综上所述,我们建议：在综合的56个组织中,能够用来准确标准化q-PCR数据的最稳定的三个看家基因是TOP2B、HSPCB和YWHAZ;在研究猪脂肪组织的基因表达时,最稳定、最适合做内参基因的分别为HSPCB.ALDOA和GAPDH;而在肌肉组织中则分别为TOP2B、HSPCB和YWHAZ。本研究可为通过荧光定量技术研究猪不同组织中基因表达实验筛选看家基因提供重要的参考和基础数据。

关键词：看家基因标准化猪定量PCR

小麦看家基因鉴定和水培体系磷胁迫响应基因筛选

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小麦看家基因鉴定和水培体系磷胁迫响应基因筛选

作者：杨秀君河南农业大学

学位级别：硕士

本研究在建立小麦水培体系的基础上,对小麦磷胁迫生理反应特征进行了系统检测,并对此体系下的小麦磷胁迫响应基因进行了初步筛选。研究还对基于mRNA检测的小麦看家基因的转录水平进行了鉴定分析。本研究为在营养严格可控的条件下,研究... 详细信息

本研究在建立小麦水培体系的基础上,对小麦磷胁迫生理反应特征进行了系统检测,并对此体系下的小麦磷胁迫响应基因进行了初步筛选。研究还对基于mRNA检测的小麦看家基因的转录水平进行了鉴定分析。本研究为在营养严格可控的条件下,研究小麦磷胁迫反应建立了实验基础,筛选出的看家基因和磷响应基因具有进一步利用和发掘价值;研究体系和结果对发掘磷高效利用小麦基因和进行小麦种质资源的筛选都具有重要意义。研究主要结果如下:1、采用改进的Hoagland培养基,建立并优化了小麦温室水培体系,对不同基因型小麦在水培条件下对磷饥饿胁迫的生理反应进行了研究。(1)在建立的水培体系中,小麦植株生长正常并对磷饥饿胁迫条件做出形态建成水平的反应;半定量RT-PCR分析显示在此体系中小麦磷响应基因在转录水平上差异显著。(2)在水培条件下,不同基因型小麦对磷饥饿胁迫的反应总体上表现在根系长度和根冠比所提高,但不同基因型小麦的反应特点有差异即在供试品种中,中国春和周麦18对磷饥饿做出的反应较为迟缓,而太空6号、豫农202和偃展4110则在较早时间对磷饥饿做出发育水平反应,随后呈现平台趋势;值得注意的是郑麦9023在对磷饥饿较早做出形态适应反应后出现明显恢复,暗示其可能存在某种显著的补偿机制。对这些反应特征的分子机理的深入分析,可为深入解析小麦代谢调控的基因网络和有效筛选磷高效小麦基因资源提供线索。2、参考已经发表的部分拟南芥看家基因,在NCBI数据库中搜索得到10个小麦同源性较高的ESTs,通过半定量RT-PCR方法,分析了各候选基因在不同基因型小麦(偃展4110、郑麦9023)中的时空表达情况。结果表明:小麦泛肽结合酶基因(AY736121)、翻译延伸因子I-α亚基基因(M90077)和δ-液泡膜内蛋白基因(U86763)在偃展4110和郑麦9023小麦各个时期不同组织中均稳定表达,具有作为看家基因的应用潜力。3、利用比较基因组学方法,参考已发表的拟南芥和水稻的磷响应基因,在NCBI数据库中搜索,筛选得到10个与已知磷响应基因同源性较高的小麦ESTs,利用半定量RT-PCR对各候选基因的表达情况进行了分析。结果表明:在候选基因中有4个基因显示出磷胁迫下转录增强,显示其可能在磷调控基因网络中发挥重要作用;其中,CJ916459和CJ895163基因的转录水平在小麦根系中显著高于地上部,而DQ512334和BE418377基因则相反,但BE418377基因表达量均相对较弱。研究结果可为进一步分析磷代谢相关基因表达网络和克隆磷高效关键基因提供参考。

关键词：不同基因型小麦磷胁迫水培体系根冠比半定量RT-PCR 看家基因响应基因基因表达

泛耐药鲍氏不动杆菌看家基因和水平转移基因样本聚类分析

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中国微生态学杂志 2012年第3期24卷 259-260,264页

作者：陈贤君王乐见郑蓓佳梁军兵台州市中心医院检验科浙江台州318000

目的了解20株泛耐药鲍氏不动杆菌的菌株亲缘性。方法完成该组泛耐药鲍氏不动杆菌2种与耐药相关的看家基因和54种水平转移获得与β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关基因以及13种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动遗... 详细信息

目的了解20株泛耐药鲍氏不动杆菌的菌株亲缘性。方法完成该组泛耐药鲍氏不动杆菌2种与耐药相关的看家基因和54种水平转移获得与β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关基因以及13种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动遗传元件遗传标记检测,并对检测结果作样本聚类分析。结果 20株泛耐药鲍氏不动杆菌已经发生演化,并存在2个克隆传播:1-4-6号菌株和2-5-7-8-9-10-11-12-13-14-15-16-17-18-19号菌株。结论与耐药相关的看家基因和水平转移获得的耐药基因均为显性遗传,本研究耐药菌所观察的表型与之相对应,为追溯耐药菌传播途径提供了方便。

关键词：鲍氏不动杆菌看家基因水平转移基因菌株亲缘性分析泛耐药

转座子测序技术（Tn-seq）对水稻黄单胞菌看家基因和致病相关基因的鉴定

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转座子测序技术（Tn-seq）对水稻黄单胞菌看家基因和致病相关基因...

作者：张晶晶广西大学

学位级别：硕士

水稻黄单胞菌是引起水稻发生病害的一类病原菌,严重影响水稻的产量和品质。水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)和水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc)分别引起水稻白叶枯病和水稻条斑病,Xoo和Xoc... 详细信息

水稻黄单胞菌是引起水稻发生病害的一类病原菌,严重影响水稻的产量和品质。水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)和水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc)分别引起水稻白叶枯病和水稻条斑病,Xoo和Xoc是与水稻互作研究的重要模式菌,部分菌株的全基因组序列已经获得,但对其功能基因学的了解十分有限,看家基因和致病相关基因仍未被鉴定。传统功能基因组学的研究方法通常是通过插入转座子来构建饱和突变体库,或逐个敲除基因,然后进行低通量表型筛选。这些方法通常耗时长,需要大量的人力和财力,因此成为基因型和表型研究关联的瓶颈。近十年来,转座子诱变技术与高通量测序技术结合,克服了传统功能基因组学的不足。这种方法被称为转座子测序技术(Transposon sequencing technology,Tn-seq),这一方法大大加快了一些动物和人类病原体功能基因组学的研究。本研究对Xoo K74和Xoc GX01使用随机转座子插入的超饱和突变文库分别在丰富培养基PSA和水稻叶片中进行了Tn-seq分析,鉴定出Xoo K74和Xoc GX01分别有348个和339个可能的看家基因。这些看家基因参与DNA的复制、转录和蛋白翻译、氧化磷酸化等基本生命过程。根据DEG数据库中记录的看家基因,对两个菌株可能的看家基因进行搜索,结果发现Xoo K74和Xoc GX01独有的看家基因分别有104个和105个。此外,在Xoo K74和Xoc GX01中分别鉴定出其他47和45个基因可能是水稻叶内生长的必需基因。为了进一步验证Tn-seq结果的准确性,对两个菌株可能的看家基因和致病相关基因进行突变和表型分析。结果表明Xoo K74中GTK60＿12135和Xoc GX01中XOCgx＿RS04200较难被缺失突变,表明这两个基因极有可能是看家基因。Xoo K74和Xoc GX01分别选取5个和8个可能的致病相关基因进行整合突变。Xoo K74的5个突变体NK5915、NK5955、PNK18190、NK18215、NK18230的致病力分别降低了86.15%、67.6%、63.68%、95.95%、95.77%,致病力均显著降低。Xoc GX01的8个突变体NK01720、NK03665、NK03970、NK04080、NK06720、NK07065、NK08800、NK10200的致病力分别降低了59.66%、0.1%、31.78%、66.53%、53.08%、38.82%、69.36%、67.75%。其中XOCgx＿RS07065和XOCgx＿RS06720(gsh B)是首次在Xoc GX01菌株得到鉴定的致病相关基因。通过本研究,Tn-seq技术首次应用到水稻黄单胞菌中,证明Tn-seq技术的可行性。本研究设计的Tn-seq策略为水稻黄单胞菌看家基因和条件必需基因的鉴定提供了快速、低成本的方法。同时,Tn-seq技术有望应用于其他黄单胞菌的研究中,本研究鉴定出的看家基因和致病相关基因为深入了解黄单胞菌的致病机理和抗菌药物靶标的鉴定提供有力的支持。

关键词：水稻黄单胞菌看家基因致病相关基因超饱和突变体库 Tn-seq

基于16S rDNA和看家基因序列分析技术的鲍鱼养殖水体弧菌种类的鉴定

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应用海洋学学报 2014年第4期33卷 531-538页

作者：龚婷骆祝华于艳萍 JOST Gunter 国家海洋局第三海洋研究所、国家海洋局海洋生物遗传资源重点实验室福建厦门361005 德国莱布尼兹波罗的海研究所德国罗斯托克D18119

采用TCBS选择性培养基从厦门某鲍鱼养殖场的养殖水体中分离到19株细菌.经16S rDNA序列分析,所有菌株均属于弧菌属(Vibrio),且与最近似的弧菌模式种的同源性都在98.99%以上.由于弧菌种间16S rDNA序列相似度极高,无法仅靠16S rDNA序列比... 详细信息

采用TCBS选择性培养基从厦门某鲍鱼养殖场的养殖水体中分离到19株细菌.经16S rDNA序列分析,所有菌株均属于弧菌属(Vibrio),且与最近似的弧菌模式种的同源性都在98.99%以上.由于弧菌种间16S rDNA序列相似度极高,无法仅靠16S rDNA序列比对来鉴定这些菌株到种的水平.16S rDNA序列的系统发育分析也显示,大多数菌株与弧菌模式种无法归为一簇,表明16S rDNA基因在弧菌种的分类鉴定上分辨率不高.进一步采用基于4种看家基因(rpo A、pyr H、gap A和top A)的多位点序列分析技术(MLSA)对分离到的弧菌菌株进行分类鉴定,结果显示19株海洋弧菌归于溶藻弧菌(Vibrio alginalyticus)与魔鬼弧菌(Vibrio diabolicus)2个种,表明这两种弧菌是该鲍鱼养殖场水体环境中的优势弧菌种,在鲍鱼养殖弧菌病害防治方面需要重点关注.此外,看家基因与16S rDNA基因的多态性分析表明,4种看家基因的多态位点比率均高于16S rDNA.4种看家基因串联后的多态位点比率高达41.1%,远高于16S r DNA基因的13.4%,表明看家基因相较于16S rDNA基因有着更高的分辨率,更适合于海洋弧菌的分类鉴定.

关键词：海洋生物学鲍鱼海洋弧菌 16S rDNA 看家基因多位点序列分析

中枢和外周神经损伤后胞体区看家基因表达的变化

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感染．炎症．修复 2002年第4期3卷 212-214页

作者：吕艺刘淑红葛学铭范明军事医学科学院基础医学研究所神经生物学实验室北京100850

目的:观察并比较几种常用的看家基因,包括β-actin,GAPDH,18s RNA,cyclophilin A 等在中枢和外周神经损伤后胞体分布区神经组织中表达的变化。方法:Wistar 雄性大鼠随机分为右侧坐骨神经夹伤,右侧坐骨神经结扎和胸段脊髓半横断三组。手... 详细信息

目的:观察并比较几种常用的看家基因,包括β-actin,GAPDH,18s RNA,cyclophilin A 等在中枢和外周神经损伤后胞体分布区神经组织中表达的变化。方法:Wistar 雄性大鼠随机分为右侧坐骨神经夹伤,右侧坐骨神经结扎和胸段脊髓半横断三组。手术后7d,用相对定量 RT-PCR 的方法检测几种看家基因在受损神经元胞体分布区神经组织中的表达水平。结果:GAPDH 和 Cyclophilin A 的表达在不同模型中的变化幅度较小,损伤与对照侧比较差异均无显著性。β-actin 和18sRNA 的表达在不同模型中变化不同,在脊髓损伤和坐骨神经结扎后表达的变化有统计学意义。结论:本研究结果为研究神经系统损伤后相关基因表达变化时内参照基因的选择提供参考,同时也为进一步认识看家基因更加广泛的功能提供依据。

关键词：看家基因神经损伤基因表达