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基于相互作用网络的大型工程项目组织结构风险分析

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系统工程理论与实践 2011年第10期31卷 1966-1973页

作者：杨婧陈英武沈永平国防科学技术大学信息系统与管理学院管理系长沙410073

为解决在工程项目管理中将组织和项目隔离的问题,提出了大型工程项目系统的组织-任务相互作用网络模型.在随机失效和故意攻击的条件下,分别对随机型、集权型和金字塔型组织网络结构对项目工期的影响进行了解析和仿真分析.研究结果表明:... 详细信息

为解决在工程项目管理中将组织和项目隔离的问题,提出了大型工程项目系统的组织-任务相互作用网络模型.在随机失效和故意攻击的条件下,分别对随机型、集权型和金字塔型组织网络结构对项目工期的影响进行了解析和仿真分析.研究结果表明:只需攻击一定比例的组织节点即可导致整个网络完全瘫痪,从而造成工期严重延误.当组织中较少比例节点遭受故意攻击时,项目工期将明显多于同样比例节点存在随机失效的情况.以广州-珠海城际轨道交通工程项目为例,构建了该项目的相互作用网络并对其组织节点面临随机失效和故意攻击的情况下进行了风险分析.

关键词：相互作用网络复杂网络抗毁性大型工程项目组织结构任务网络

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相互作用网络的攻击模型与渗流研究

西南大学学报（自然科学版） 2017年第2期39卷 135-141页

作者：陈垂波杨春付传技杨程成陈小龙电子科技大学数学科学学院成都611731 电子科技大学物理电子学院成都610054

针对相互作用网络的蓄意攻击问题,本文提出了一种一般性的蓄意攻击模型,将该模型应用于2个完全随机耦合的ER网络与SF网络,并对渗流现象进行数值模拟与理论分析.本文主要结论为:相互作用网络较为脆弱,但对度大的和具有度大依赖顶点的顶... 详细信息

针对相互作用网络的蓄意攻击问题,本文提出了一种一般性的蓄意攻击模型,将该模型应用于2个完全随机耦合的ER网络与SF网络,并对渗流现象进行数值模拟与理论分析.本文主要结论为:相互作用网络较为脆弱,但对度大的和具有度大依赖顶点的顶点进行保护可以有效地提高整个相互作用网络的鲁棒性.具体表现为:1在耦合ER网络中,降低对度大顶点的攻击概率,对网络的破坏程度会降低,但攻击概率降低到一定程度后不再起作用;2在耦合SF网络中,发现需要同时保护2个网络的度大顶点,才能提高整个网络的鲁棒性;3对上面2种网络,即使同时保护2个网络的度大顶点,整个网络依然存在级联失效风险;4对混合ER-SF网络,需要同时保护2个网络的度大顶点,但保护ER网络的度大顶点更为有效.本文提出的蓄意攻击模型更符合实际相互作用网络的受攻击情况,对评估和研究相互作用网络具有重要的指导意义;同时,本文的研究结果在耦合网络的构建和维护等方面有着潜在的应用前景.

关键词：相互作用网络蓄意攻击渗流鲁棒性

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相互作用网络耦合关系对其鲁棒性的影响

西南大学学报（自然科学版） 2015年第9期37卷 145-149页

作者：杨程成杨春电子科技大学数学科学院成都61000

通过构造带有调控参数α的耦合网络模型,改变两个网络耦合顶点之间的度匹配性,研究了两个相互作用耦合网络在耦合关系变化、节点随机失效情况下的级联失效行为及其鲁棒性.在对两个耦合无标度网络的研究中发现:随着α的减小,渗流阈值pc... 详细信息

通过构造带有调控参数α的耦合网络模型,改变两个网络耦合顶点之间的度匹配性,研究了两个相互作用耦合网络在耦合关系变化、节点随机失效情况下的级联失效行为及其鲁棒性.在对两个耦合无标度网络的研究中发现:随着α的减小,渗流阈值pc也逐渐减小,鲁棒性随之增强;存在临界值αc,当α网络渗流呈现二阶相变,而当α>αc时,呈现一阶相变.然而,在对两个耦合随机网络的研究中发现,参数α对渗流阈值的影响相对较小.

关键词：相互作用网络耦合关系鲁棒性渗流阈值

抑郁症易感基因和抗抑郁药物靶点相关神经细胞类型及相互作用网络分析

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生物信息学 2023年

作者：赵弘毅丁伟健冯飞翔宋文正刘书齐高蕾山东第一医科大学(山东省医学科学院)生命科学学院生物信息系

基于抑郁症的全基因组关联分析研究（GWAS），对于获得的单核苷酸多态性位点（SNP）使用Haploreg软件进行基因注释，得到SNP注释的102个易感基因.。使用MAGMA软件对GWAS的汇总统计数据做基因水平的分析，获得了270个校正之后显著的基因... 详细信息

基于抑郁症的全基因组关联分析研究（GWAS），对于获得的单核苷酸多态性位点（SNP）使用Haploreg软件进行基因注释，得到SNP注释的102个易感基因.。使用MAGMA软件对GWAS的汇总统计数据做基因水平的分析，获得了270个校正之后显著的基因，两者合并共得到320个抑郁症易感基因。通过药物数据库Drugbank获取133个抗抑郁药物靶点基因。使用EWCE包对抑郁症易感基因和抗抑郁药物靶点在三套脑组织单细胞测序数据中分别进行神经细胞类型富集分析，结果发现大脑皮质的GABA神经元(抑制性神经元)和谷氨酸能神经元（兴奋性神经元）是抑郁症易感基因和抗抑郁药物靶点共同的神经元，这两种类型的神经细胞可能是抗抑郁药物与抑郁症易感基因相互作用的神经细胞，另外少突胶质前体细胞可能是抑郁症特有的易感神经细胞。使用Network Calculator软件构建网络并进行进行网络拓扑学参数分析，结果表明抑郁症易感基因与抗抑郁药物靶点组成了一个具有显著的相互连接的网络。本研究从单细胞层面揭示抑郁症的遗传机制，在网络层面为寻找新的抗抑郁药物靶点提供了一定的启示。

关键词：单细胞测序抑郁症易感基因抗抑郁药物靶点神经细胞相互作用网络

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相互作用网络的渗流问题研究

相互作用网络的渗流问题研究

作者：陈垂波电子科技大学

学位级别：硕士

当今网络时代中,各种各样的网络给人们的生活质量的提高、社会的进步、经济的发展提供了巨大支持,但同时也给我们带来许多困扰,如断网断电,交通拥堵,网络病毒传播等,这些问题最终归结于网络结构安全,因而研究网络的结构特性和稳定性具... 详细信息

当今网络时代中,各种各样的网络给人们的生活质量的提高、社会的进步、经济的发展提供了巨大支持,但同时也给我们带来许多困扰,如断网断电,交通拥堵,网络病毒传播等,这些问题最终归结于网络结构安全,因而研究网络的结构特性和稳定性具有重要的实际意义。早期对复杂网络的研究主要局限在单一网络,但随着技术的发展与社会的进步,网络之间的依赖关系越来越密切,形成相互依赖网络。在相互依赖网络中,部分节点的失效会导致与之依赖的节点失效,从而产生级联失效现象,这种级联失效往往导致整个相互依赖系统的崩溃。在相互依赖网络研究的早期阶段,人们一般通过工程科学、统计学等手段对现实中的相互作用网络或基础设施系统进行研究,直到2010年S.V.Buldyrev等人使用渗流理论和生成函数的数学方法,为相互作用网络的研究提出了一个数学框架后,相互作用网络的研究才进入了一个崭新的阶段。对相互依赖网络的研究主要涉及级联控制与防御策略、攻击策略、级联模型和网络鲁棒性等方面。本论文主要以渗流理论,生成函数为数学手段,分别研究了相互作用网络中的级联失效机制和蓄意攻击模型。首先,研究了级联失效对网络渗流相变的影响,提出了一个能够减缓级联失效的参数模型,发现存在一个参数区域min max[,]c cq q,使得当控制参数cminq?q,渗流相变类型为二阶相变,当q处于min max[,]c cq q之间时,渗流相变呈现混合相变,即一阶相变与二阶相变同时存在,而当cmaxq?q时,渗流相变过程为典型的一阶相变,这一结果表明减小q的值可以有效减缓级联失效。其次,研究了蓄意攻击对渗流相变的影响,提出基于依赖度与顶点度的攻击概率模型,发现耦合随机网络中,降低对度大顶点攻击概率,对网络的破坏程度会降低,但攻击概率降低到一定程度后,对网络的破坏程度不会再下降。此外在耦合的无标度网络中,还发现需要同时保护两个网络的度大节点,才能使得整个相互作用网络的鲁棒性有极大提升,该研究结果说明在不同的网络结构中顶点度与其依赖度在不同蓄意攻击方式下起着不同影响。

关键词：相互作用网络渗流理论生成函数级联失效蓄意攻击

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相互作用网络的鲁棒性研究

相互作用网络的鲁棒性研究

作者：杨程成电子科技大学

学位级别：硕士

随着科学技术的快速发展,衍生出了越来越多的复杂网络系统,这使我们的生活步入了泛网络化时代。2010年之前,人们对复杂网络的研究主要集中于单个网络,但现代基础设施总是以及其复杂的方式相互耦合、相互依赖和相互作用。这些基础设施的... 详细信息

随着科学技术的快速发展,衍生出了越来越多的复杂网络系统,这使我们的生活步入了泛网络化时代。2010年之前,人们对复杂网络的研究主要集中于单个网络,但现代基础设施总是以及其复杂的方式相互耦合、相互依赖和相互作用。这些基础设施的最大特征是:某个基础设施受到攻击,往往导致与之耦合的基础设施产生相应的故障,进而在整个耦合系统中产生级联失效。基于此,人们提出了被誉为复杂网络第二次革命的“相互依赖网络”概念,并在近5年中对其展开了广泛深入的研究。2010年,Sergey V.Buldyrev等[11]在Nature杂志上提出了相互作用网络的理论化模型和数学分析方法,引起了国内外学者的广泛关注。从那以后,相互作用网络模型被不断得到改进,从最初的一对一模型到多对多模型,从全局耦合模型到部分耦合模型,从一般的级联模型到负载级联模型等。目前,对相互作用网络的研究主要集中在鲁棒性、级联控制与防御、攻击策略、级联模型的构建以及研究的数学方法的探索等。其中,最为核心的问题是相互作用网络的鲁棒性研究。本文主要从相互作用网络的耦合方式和网络结构出发来考察网络的鲁棒性。首先,从数学和模拟两个方面入手探究了耦合方式对网络鲁棒性的影响,提出了网络与网络之间依赖边连接的概率模型,通过研究发现:随着模型控制参数?的减小,渗流阈值cp也逐渐减小,鲁棒性随之增强;存在临界值c?,当c???时,网络渗流呈现二阶相变,而当c???时,呈现一阶相变。然而,在对两个耦合随机网络的研究中发现,参数?对渗流阈值的影响相对较小。其次,我们探究了网络结构对相互作用网络鲁棒性的影响,提出了由多局域世界网络耦合而成的相互作用网络模型,通过使用网络的渗流理论、度分布理论等作为理论分析依据,同时采用计算机模拟的方法分析了网络遭受打击后最大连通分支的变化过程,发现了有趣现象:随着网络结构的局域化程度变化,渗流阈值出现了突变点;同时还发现:存在一个临界区域,使得在临界区域内,网络处于安全状态,而一旦超出临界区,网络突然转变为脆弱状态。

关键词：相互作用网络鲁棒性渗流理论耦合方式局域世界网络

长白山高山草甸植物-传粉昆虫相互作用网络可视化及格局分析

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林业科学 2012年第12期48卷 141-147页

作者：郭彦林孟庆繁高文韬北华大学林学院吉林132013 吉林省林业调查规划院长春130022

传粉昆虫在显花植物起源和演化的早期起着决定性的作用（任东等,1998）,对现存有花植物的生存、繁衍也具有重要的作用。在显花植物中,大约有85%的物种属于虫媒传粉,利用传粉昆虫可显著地提高作物的产量。花通过提供花粉、花蜜等酬报以... 详细信息

传粉昆虫在显花植物起源和演化的早期起着决定性的作用（任东等,1998）,对现存有花植物的生存、繁衍也具有重要的作用。在显花植物中,大约有85%的物种属于虫媒传粉,利用传粉昆虫可显著地提高作物的产量。花通过提供花粉、花蜜等酬报以及休息、狩猎、觅偶交配和取暖的场所吸引访花昆虫访花,而昆虫在访花过程中或多或少地携带了花粉,触动了柱头,对所访的花产生授粉作用（钦俊德,1987）。

关键词：显花植物传粉昆虫相互作用网络结构格局物种度 Pajek软件

基于“蛋白质相互作用网络-分子对接技术-体外实验”三维模式分析青黛对慢性粒细胞白血病的作用机制

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中国实验方剂学杂志 2017年第21期23卷 206-211页

作者：刘存刘丽娟周超庄静刘宏孙长岗山东中医药大学济南250014 潍坊市中医院山东潍坊261041 青岛海慈医疗集团山东青岛266033

目的:在慢性粒细胞白血病(CML)蛋白质相互作用网络构建与分子对接技术指导体外实验模式构建下,探讨青黛干预CML K562细胞的有效分子学机制。方法:使用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)筛选CML相关基因,String 10.0用于进一步文本挖掘并构... 详细信息

目的:在慢性粒细胞白血病(CML)蛋白质相互作用网络构建与分子对接技术指导体外实验模式构建下,探讨青黛干预CML K562细胞的有效分子学机制。方法:使用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)筛选CML相关基因,String 10.0用于进一步文本挖掘并构建CML可视化蛋白质相互作用网络,将互作数据读入Cytoscape 3.4.0,通过插件Centi Sca Pe 2.1实现网络拓扑分析;青黛活性小分子物质从第三方数据库获取,Chemoffice 8.0与Sybyl 8.1对其再构建、优化,得到青黛小分子配体结构库,通过Surflex-Dock模块与受体靶点进行分子对接,打分后得到关键靶标。随后针对其进行实验验证,通过噻唑蓝(MTT)比色法检测空白组(无药血清)与试验组(10%,20%和30%含药血清)在24,48,72 h时对K562细胞的增殖抑制率,利用蛋白免疫印迹法(Western blot)检测两面神激酶(JAK)2蛋白的表达情况。结果:构建了由425个节点(蛋白质)和2 799条边(相互作用)组成的蛋白质相互作用网络,分析得出关键靶标JAK2。研究表明青黛能抑制K562细胞的增殖并能降低JAK2蛋白的表达。结论:CML是一个受多基因调控的复杂疾病,JAK2很可能是其关键节点,而青黛的有效成分靛玉红可通过降低JAK2的表达来干预K562细胞增殖。

关键词：青黛慢性粒细胞白血病蛋白质相互作用网络分子对接两面神激酶2 靛玉红

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系统发育谱法研究牛蛋白质相互作用网络

畜牧兽医学报 2011年第1期42卷 8-17页

作者：沈庆航徐加豹江明锋钟金城动物遗传育种学国家民委-教育部重点实验室成都610041 西南民族大学生命科学与技术学院成都610041 四川大学生命科学学院成都610064

旨在对牛蛋白质相互作用网络进行研究,除了为牛的后基因组学提供研究基础外,其研究成果还可运用到牛的生产实践中。本研究通过系统发育谱法,利用线虫、酵母和人的蛋白相互作用数据对牛的蛋白相互作用进行预测。结果,得到了一个包含2 95... 详细信息

旨在对牛蛋白质相互作用网络进行研究,除了为牛的后基因组学提供研究基础外,其研究成果还可运用到牛的生产实践中。本研究通过系统发育谱法,利用线虫、酵母和人的蛋白相互作用数据对牛的蛋白相互作用进行预测。结果,得到了一个包含2 953个蛋白、3 034对相互作用关系的牛蛋白相互作用网络。分析表明该网络具有scale-free属性,同时对预测出的ENSBTAP00000011562等23个未知功能蛋白进行了诠释。通过结合已有的生物学知识和蛋白的已知功能信息对脂代谢相关蛋白的局部网络进行分析,进一步认识了脂代谢相关机理,为改进牛奶质量和提高牛奶产量提供了有效信息。

关键词：牛蛋白相互作用相互作用网络功能预测脂代谢