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白菜、甘蓝和甘蓝型油菜PAP1/2同源基因的鉴定及分析

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园艺学报 2022年第6期49卷 1301-1312页

作者：陈道宗刘镒沈文杰朱博谭晨赣南师范大学生命科学学院赣州市设施蔬菜重点实验室江西赣州341000

PAP1/2转录因子是参与形成MBW复合体从而调控花青素合成的主要MYB转录因子。以拟南芥PAP1/2转录因子核酸和蛋白序列比对及Pfam验证,研究白菜、甘蓝和甘蓝型油菜等芸薹属植物中PAP1/2转录因子调控花青素代谢的确切同源拷贝数、进化关系... 详细信息

PAP1/2转录因子是参与形成MBW复合体从而调控花青素合成的主要MYB转录因子。以拟南芥PAP1/2转录因子核酸和蛋白序列比对及Pfam验证,研究白菜、甘蓝和甘蓝型油菜等芸薹属植物中PAP1/2转录因子调控花青素代谢的确切同源拷贝数、进化关系及表达情况:在白菜、甘蓝及甘蓝型油菜中鉴定到的PAP1/2转录因子同源拷贝数分别为3、4和9个;通过进化分析和PAP1/2转录因子同源拷贝所在区段微共线性分析进一步明确了其不同拷贝间的进化关系,厘清了A7和C6染色体上PAP1/2转录因子不同拷贝的相互关系;结合白菜、甘蓝和甘蓝型油菜不同组织转录组测序数据进行表达情况分析,阐明了PAP1/2转录因子同源拷贝在不同组织中的表达情况。

关键词：白菜甘蓝甘蓝型油菜同源基因保守结构域花青素 R2R3-MYB转录因子 PAP1/2

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胞质雄性不育白菜叶绿体ndhJ-trnF区域序列发生变异

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生物化学与生物物理进展 2007年第5期34卷 497-502页

作者：蒋明曹家树浙江大学蔬菜研究所细胞与分子生物学实验室杭州310029

以来自Polima胞质甘蓝型油菜雄性不育源转育获得的不育白菜'Bpol97-05A'和其回交亲本即保持系'Bajh97-01B'为材料,利用cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP)技术获得一条长约330bp的特异片段P1708,RT-PCR验证确认该序列为不育白菜材料所特... 详细信息

以来自Polima胞质甘蓝型油菜雄性不育源转育获得的不育白菜'Bpol97-05A'和其回交亲本即保持系'Bajh97-01B'为材料,利用cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP)技术获得一条长约330bp的特异片段P1708,RT-PCR验证确认该序列为不育白菜材料所特有,经测序和BLAST比对,发现该片段除54bp的插入序列外,其余部分与大白菜和甘蓝叶绿体ndhJ-trnF基因之间的一段序列完全一致.根据基因区域两端的保守部位设计引物,以Polima不育白菜DNA和可育甘蓝型油菜的DNA为模板,分别获得了长约1900bp的序列,比较序列发现:不育白菜与可育白菜、甘蓝型油菜的DNA序列存在一定差异,'Bpol97-05A'中除多个位点发生变异外,另有108bp的插入序列,该插入由2个长度为54bp的重复序列组成,重复序列中除5′端3个碱基CTT外,其余部分均与trnF基因3′端51bp完全相同.

关键词：白菜 cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP) ndhJ-trnF区域序列变异细胞质雄性不育叶绿体基因

白菜小孢子发育相关基因BcMF3的分离及序列分析

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Acta Genetica Sinica 2004年第11期31卷 1302-1308页

作者：王永勤余小林曹家树浙江大学蔬菜研究所细胞与分子生物学实验室农业部园艺植物生长发育与生物技术重点开放实验室北京农业生物技术研究中心北京100089

利用cDNA AFLP技术对‘矮脚黄’白菜 (BrassicacampestrisL .ssp .*** .Aijiaohuang)雄性不育两系不育株系与可育株系的表达差异进行分析 ,结果以A18和T16引物为引物对在可育的中蕾和大蕾中筛选出一条 4 74bp特异表达的差异条带BA18 T1... 详细信息

利用cDNA AFLP技术对‘矮脚黄’白菜 (BrassicacampestrisL .ssp .*** .Aijiaohuang)雄性不育两系不育株系与可育株系的表达差异进行分析 ,结果以A18和T16引物为引物对在可育的中蕾和大蕾中筛选出一条 4 74bp特异表达的差异条带BA18 T16 ,配合RACE方法扩增了该片段的 3′和5′末端 ,获得了该基因的cDNA全长序列BcMF3。BcMF3全长 2 0 82bp ,开放阅读框长度为 175 5bp ,编码 5 84个氨基酸。序列分析结果表明 ,BcMF3基因与油菜、大白菜和拟南芥的花药特异表达果胶甲酯酶 (PME)基因具有较高的相似性 ,由此推定。

关键词：白菜 Brassica campestris L. 雄性不育两用系 cDNA-AFLP BcMF3 果胶甲酯酶

基于荧光光谱结合宽度学习的白菜农药残留量检测方法

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农业机械学报 2023年第10期54卷 198-204页

作者：刘翠玲李佳琮孙晓荣殷莺倩张善哲吴静珠北京工商大学人工智能学院北京100048 北京工商大学食品安全大数据技术北京市重点实验室北京100048

为了高效监控蔬菜中农药残留情况,利用荧光光谱技术检测白菜中吡虫啉农药残留量。首先通过三维荧光光谱确定400nm为吡虫啉的最佳激发波长;其次通过分析6种预处理算法和2种降维算法,分别选出多元散射校正(Multiple scattering calibratio... 详细信息

为了高效监控蔬菜中农药残留情况,利用荧光光谱技术检测白菜中吡虫啉农药残留量。首先通过三维荧光光谱确定400nm为吡虫啉的最佳激发波长;其次通过分析6种预处理算法和2种降维算法,分别选出多元散射校正(Multiple scattering calibration,MSC)和无信息变量消除(Uninformative variable elimination,UVE)作为最佳的预处理与波长选择方法;宽度学习系统(Broad learning system,BLS)用于荧光光谱建模,同时与偏最小二乘回归(Partial least squares regression,PLSR)、支持向量机(Support vector machine,SVM)和深度极限学习机(Deep extreme learning machines,DELM)等经典模型进行比较。结果显示BLS模型获得了最佳吡虫啉含量预测效果,测试集决定系数R^(2)_(p)达0.949,均方根误差(Root mean square error,RMSE)达0.347 mg/kg。表明了荧光光谱技术结合宽度学习预测农药残留量的可行性,可以为在线检测农药残留量系统的开发提供理论依据。

关键词：白菜农药残留三维荧光光谱宽度学习系统波段选择

白菜叶形发育相关基因BrLOM2的克隆与表达分析

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园艺学报 2016年第10期43卷 2029-2038页

作者：张淑娟闫芳芳鱼昭君张明科惠麦侠西北农林科技大学园艺学院农业部西北地区园艺作物生物学与种质资源创新重点实验室陕西杨凌712100

为了揭示白菜(Brassica rapa ***)BrLOM2基因在叶发育中的调控机制,以白菜圆叶、裂叶近等基因系为材料,同源克隆得到BrLOM2基因,分析其时空表达特性及对激素的响应。结果显示,BrLOM2的ORF全长为549 bp,编码182个氨基酸,含有GRAS家族保... 详细信息

为了揭示白菜(Brassica rapa ***)BrLOM2基因在叶发育中的调控机制,以白菜圆叶、裂叶近等基因系为材料,同源克隆得到BrLOM2基因,分析其时空表达特性及对激素的响应。结果显示,BrLOM2的ORF全长为549 bp,编码182个氨基酸,含有GRAS家族保守结构域,定位于细胞核,两种材料中的氨基酸序列在保守结构域存在两处突变。进化分析表明,BrLOM2属于十字花科LOM2分支,与大白菜(XP_009138823.1)亲缘关系最近。RT-PCR结果显示,BrLOM2在圆叶白菜中的表达量高于同期裂叶白菜,两种材料茎尖、第1片叶中表达量最高;裂叶中的表达量与叶缘裂刻数呈现同步增加的趋势,6-BA和GA_3分别抑制和促进叶片中的表达,说明BrLOM2低表达可能是裂叶表型产生的主要原因。

关键词：白菜 LOM2 裂叶基因克隆表达特性

白菜脱水应答转录因子BpDREB1基因的克隆及功能研究

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作物学报 2013年第2期39卷 230-237页

作者：刘晓颖陈丽媛张竞秋李嘉玮高越王振英天津师范大学生命科学学院/天津市细胞遗传与分子调控重点实验室天津300387

DREB1/CBF类转录因子在植物抵抗外界胁迫上起重要作用,利用这些基因改良作物抗逆性具有重要意义。本研究在白菜中分离到一个DREB类转录因子基因BpDREB1(GenBank登录号为EF219470)。该基因序列全长647bp,推测编码蛋白含213个氨基酸,相对... 详细信息

DREB1/CBF类转录因子在植物抵抗外界胁迫上起重要作用,利用这些基因改良作物抗逆性具有重要意义。本研究在白菜中分离到一个DREB类转录因子基因BpDREB1(GenBank登录号为EF219470)。该基因序列全长647bp,推测编码蛋白含213个氨基酸,相对分子量为23kD,理论等电点为5.11,与白菜中该类转录因子序列同源性为94%。进化树表明,BpDREB1属于DREB亚家族中A1亚族。基因的诱导表达模式分析显示,BpDREB1被低温强烈、迅速诱导表达,并对干旱胁迫也有一定程度的响应,但对高盐处理几乎没有响应。过表达BpDREB1的转基因拟南芥经低温诱导后,其体内可溶性糖及脯氨酸含量大幅度提高。以上结果显示BpDREB1转录因子基因具有家族成员基因结构的特征,在低温、干旱应答途径中起重要作用。

关键词：白菜 BpDREB1 低温干旱

白菜和甘蓝基因组转座子表达及其对基因调控的潜在影响

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遗传 2013年第8期35卷 1014-1022页

作者：赵美霞张彪刘胜毅马渐新中国农业科学院油料作物研究所农业部油料作物生物学重点实验室武汉430062 美国普渡大学农学系西拉法叶47907

转座子或转座元件是大多数真核生物基因组的主要组成成分。甘蓝(Brassica oleracea)基因组比白菜(***)大主要是转座子的扩增差异造成的。然而,这两个芸薹属近缘物种转座子表达水平以及对基因的调控和功能的影响目前还不清楚。文章对白... 详细信息

转座子或转座元件是大多数真核生物基因组的主要组成成分。甘蓝(Brassica oleracea)基因组比白菜(***)大主要是转座子的扩增差异造成的。然而,这两个芸薹属近缘物种转座子表达水平以及对基因的调控和功能的影响目前还不清楚。文章对白菜和甘蓝叶、根、茎3个器官的转录组数据进行了初步分析。结果显示,转座子的表达量很低,转录组reads中有1%来自转座子的转录本;转座子的表达存在器官差异,且不同类别和家族的转座子表达量相差很大,相同类别和同一家族的转座子在白菜和甘蓝基因组中的表达活性也不相同。进一步鉴定到转录读出的LTR反转座子,其与下游基因距离小于2 kb的有41个,小于100 bp的有9个,这些LTR的转录读出很可能通过正义或反义的转录本激活或干扰下游基因的表达。同时,具有转录读出的intact LTR比solo LTR具有更强的读出活性。通过深入分析转座子的插入位点发现,白菜基因组中转座子插入基因内部的频率比甘蓝基因组中的高;与反转座子相比,DNA转座子更偏向于插入或保留在基因的内含子当中。这些结果为认识转座子对其他蛋白编码基因的影响提供了基础。

关键词：白菜甘蓝转座子转录组转录读出转座子插入位点

白菜(Brassica campestris ***)BcMAX2调控腋芽生长的功能分析

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园艺学报 2023年第5期50卷 972-984页

作者：徐兰兰赵天孜张玮宗琛黄菲艺王建军侯喜林李英南京农业大学园艺学院作物遗传与种质创新国家重点实验室农业农村部华东地区园艺作物生物学与种质创新重点实验室南京210095

MAX2(MORE AXILLARY GROWTH 2)是独脚金内酯信号转导相关基因,其功能与腋芽生长有关。以白菜(Brassica campestris ***)分蘖菜品种‘马耳头’和普通白菜品种‘苏州青’为材料,探究MAX2对腋芽生长的影响。结果表明:从两种材料中克隆得到... 详细信息

MAX2(MORE AXILLARY GROWTH 2)是独脚金内酯信号转导相关基因,其功能与腋芽生长有关。以白菜(Brassica campestris ***)分蘖菜品种‘马耳头’和普通白菜品种‘苏州青’为材料,探究MAX2对腋芽生长的影响。结果表明:从两种材料中克隆得到的BcMAX2其开放阅读框序列没有差异,‘马耳头’的BcMAX2启动子序列有2个碱基的缺失。亚细胞定位分析表明BcMAX2定位在细胞核。在拟南芥中过表达BcMAX2抑制腋芽生长,BRC1表达量升高。在‘马耳头’中沉默BcMAX2能引起BcBRC1表达量降低并促进腋芽伸长。通过对白菜cDNA文库筛选得到197个与BcMAX2互作的候选蛋白,其中多数候选互作蛋白具有结合活性和催化活性,部分候选蛋白还参与植物的信号转导和逆境响应。通过酵母双杂交和双分子荧光互补技术验证最终得到2个与BcMAX2互作的蛋白。试验表明,白菜BcMAX2可能通过促进BcBRC1的表达来负调控腋芽的生长。

关键词：白菜腋芽生长 BcMAX2 BcBRC1

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白菜健康株与根肿病患病株的土壤微生物群落和功能差异

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中国生态农业学报（中英文） 2023年第4期31卷 530-542页

作者：张智浩邓毅书聂强解国玲吴流通邸雪嫣石浩付克剑张继来林春张乃明苏友波云南农业大学资源与环境学院昆明650201 云南农业大学建筑工程学院昆明650201 红河恒林有限责任公司红河652399 云南农业大学农学与生物技术学院昆明650201

根肿病严重制约着十字花科蔬菜产业的发展,而土壤微生物多样性与组成的变化不仅与十字花科作物根肿病密切相关,且对土壤健康、农业生产系统的可持续发展和人体健康至关重要。因此,了解十字花科根肿病发生与土壤微生物群落结构的关系十... 详细信息

根肿病严重制约着十字花科蔬菜产业的发展,而土壤微生物多样性与组成的变化不仅与十字花科作物根肿病密切相关,且对土壤健康、农业生产系统的可持续发展和人体健康至关重要。因此,了解十字花科根肿病发生与土壤微生物群落结构的关系十分必要。采用Illumina MiSeq高通量测序技术对白菜健康株和患根肿病病株的根围土壤的细菌16S rDNA和真菌ITS序列进行测序,将结果质控后与相关数据库进行比对;测定了根围土壤理化性质,分析了样本间的微生物群落结构与组成差异,探讨土壤理化、土壤微生物群落和根肿病间的关系;并对样本细菌和真菌功能进行了预测。结果表明:1)健康白菜植株根围土壤细菌群落均匀度及多样性程度均高于患根肿病植株,患根肿病白菜植株根围土壤真菌群落丰富度、均匀性和多样性程度均高于健康白菜植株根围土壤。2)放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)是所测土壤样本中的主要优势细菌门,芽孢杆菌属(Bacillus)、Gaiella、Defluviicoccus、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)和类诺卡氏属(Nocardioides)是所测土壤样本中的主要优势细菌属;根围土壤优势真菌类群为子囊菌门(Ascomycota)、被孢霉门(Mortierellomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和壶菌门(Olpidiomycota),主要的真菌属为赤霉属(Gibberella)、被孢霉属(Mortierella)、梭孢壳属(Thielavia)和Basipetospora。3)新陈代谢、环境信息处理、细胞过程和有机系统是健康株与患病株根围土壤细菌群落具有显著差异的4类细菌功能;患根肿病植株根围土壤真菌群落中赤霉属、梭孢壳属、丝壳属(Kernia)和镰刀菌属(Fusarium)的功能丰度均大于健康株。4)主坐标分析结果表明健康植株与患根肿病植株根围土壤细菌和真菌群落结构差异明显,冗余分析结果显示,pH、全氮、碱解氮、速效钾和阳离子交换量是根围土壤微生物群落变化的主要影响因素。白菜健康株与根肿病患病株根围土壤中真菌群落的差异比细菌群落大。本文为研究十字花科作物微生物区系提供了新的依据,并为研究有益合成菌群抑制病原菌从而控制根肿病的方法提供了可能性,同时也为缓解土壤退化和重建健康土壤提供了途径。

关键词：白菜根围土壤根肿病高通量测序微生物群落结构微生物群落功能