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1株2019年云南省西双版纳流行登革热1型病毒全基因组序列分析

中国热带医学 2023年第12期23卷 1254-1259页

作者：孟锦昕胡秋明李楠何于雯王静林云南省畜牧兽医科学院云南省热带亚热带动物病毒病重点实验室云南昆明650224 景洪市人民医院云南景洪666100

目的了解2019年西双版纳暴发登革热主要流行血清型登革热1型病毒(Dengue virus-1,DENV-1)分子特征,为当地登革热流行的预防控制提供依据。方法在C6/36细胞上对1株从2019年西双版纳发热患者血液中分离到的DENV-1病毒(JHS45)进行复壮,采... 详细信息

目的了解2019年西双版纳暴发登革热主要流行血清型登革热1型病毒(Dengue virus-1,DENV-1)分子特征,为当地登革热流行的预防控制提供依据。方法在C6/36细胞上对1株从2019年西双版纳发热患者血液中分离到的DENV-1病毒(JHS45)进行复壮,采用二代测序的方法对该株病毒进行测序,采用CLC Genomics workbench 8.0生物信息学软件对测序数据组装,使用Lasergene软件、MEGA6.1等进行序列比对、系统进化树构建及氨基酸位点分析。结果JHS45株病毒在C6/36细胞上6 d出现细胞病变。测序组装后获得JHS45株病毒1条10687个核苷酸(nt)长序列(GeneBank登录号:OR593353)。遗传进化分析结果JHS45株病毒与我国2019年西双版纳、广州、河南、浙江流行的以及2013年泰国流行的DENV-1基因型Ⅰ病毒形成一个进化分枝,核苷酸同源性为97.6%~99.9%,氨基酸同源性为99.1%~100%;分析发现与2019年云南西双版纳(MW386863)和广州(MW261839)流行的DENV-1基因型Ⅰ病毒位于同一个较小的进化分枝,它们之间同源性最高,核苷酸同源性均为99.9%,氨基酸同源性均为100%;JHS45株病毒与2015年以来西双版纳流行的DENV-1进行氨基酸差异位点分析,在JHS45株病毒编码区共存在40个氨基酸差异位点,主要集中在非结构蛋白的NS3区域和NS5区域。结论全基因序列分析结果显示JHS45株病毒为DENV-1基因型1病毒,该次西双版纳登革热疫情与西双版纳、广州、河南、浙江流行的病毒株遗传进化关系比较密切,为云南省乃至我国的登革热疫情监测、病毒进化研究以及防控策略制定提供科学依据。

关键词：登革热登革热1型病毒遗传进化全基因组序列分析

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TaqMan荧光定量PCR检测1型登革热病毒及临床应用

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中国媒介生物学及控制杂志 2010年第3期21卷 229-232页

作者：白志军刘建伟洪文艳任瑞文陈万山卢业成张复春方美玉林立辉广州军区疾病预防控制中心疾病控制科广州510507 广州市疾病预防控制中心病毒免疫科广州510080 广州市第八人民医院

目的建立登革热1型病毒(DV1)TaqMan荧光定量PCR快速检测方法及应用于临床诊断。方法根据DV15′端非编码区基因保守序列,设计一套特异性引物和TaqMan探针。用4个血清型DV标准毒株为对照,收集40份DV1临床血清为检测标本。通过对DV1标准毒... 详细信息

目的建立登革热1型病毒(DV1)TaqMan荧光定量PCR快速检测方法及应用于临床诊断。方法根据DV15′端非编码区基因保守序列,设计一套特异性引物和TaqMan探针。用4个血清型DV标准毒株为对照,收集40份DV1临床血清为检测标本。通过对DV1标准毒株RT-PCR后,采用体外转录方式获得RNA模板作为阳性对照,检测所建立TaqMan荧光定量PCR方法的特异性。取DV-IgM/IgG用ELISA检测患者血清,将TaqMan荧光定量PCR和DV-IgM/Ig GELISA进行敏感性比较。结果所建立方法的最低检测限约为每反应10个基因拷贝。发病后不同时间采集的登革热患者血清标本检测结果为:发病1～3d的患者RT-PCR阳性检出率最高(81.25%);4～6dELISA-IgM检出率最高(85.00%);7d后ELISA-IgG检出率最高(75.00%)。结论在登革热的早期诊断中建立的RT-PCR具有较高的敏感性、特异性和重复性,可作为DV1的快速诊断方法。

关键词：登革热1型病毒荧光定量RT-PCR TaqMan探针检测

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深圳市大鹏新区首发登革热病例的分子病毒学分析

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上海预防医学 2021年第6期33卷 467-470页

作者：连宪强杨粤王文祥张建波深圳市大鹏新区公共卫生管理服务中心广东深圳518116

[目的]对深圳市大鹏新区首例疑似登革热病例的病原体进行分析及型别鉴定,从分子水平对病毒的生物学特征进行研究,以追溯病毒的地域来源。[方法]采用实时荧光RT-PCR方法对采集的疑似登革热患者血液样本进行登革病毒核酸检测及分型鉴定。... 详细信息

[目的]对深圳市大鹏新区首例疑似登革热病例的病原体进行分析及型别鉴定,从分子水平对病毒的生物学特征进行研究,以追溯病毒的地域来源。[方法]采用实时荧光RT-PCR方法对采集的疑似登革热患者血液样本进行登革病毒核酸检测及分型鉴定。扩增E基因并进行序列测定,与国内外不同地区登革热病毒株进行同源性比较和遗传进化分析。[结果]疑似登革热患者血清中检出登革1型病毒核酸。系统发育树显示分离株DP-DGR19001与MG894965/TW/CHN/2016、LC428079/VNM/2017、MG894867/TW/CHN/2015及MN512242/GX/CHN/2014的亲缘关系较近,属于genotypeⅠ型。E基因核苷酸序列同源性分别为99.87%、99.80%、99.60%和99.46%,氨基酸序列同源性均为100%。患者在发病前14 d内有前往登革热高发区的旅行史。[结论]大鹏新区首发登革热病例为登革1型病毒感染,属于输入性病例。

关键词：登革热登革热1型病毒 E基因系统发育树

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福州市2004年登革热流行病学和病原学特征分析

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中华流行病学杂志 2006年第5期27卷 371-374页

作者：严延生洪荣涛沈晓娜翁育伟蔡少健徐保海李世清何家鑫许龙善林云钦郑能雄林茂林淑华福建省疾病预防控制中心福州350001 福州市疾病预防控制中心福州市台江区疾病预防控制中心

目的对福州市2004年登革热疫情及病原学特征进行分析。方法调查和分析福州市2004年登革热流行病学特点及影响因素;用C6／36细胞分离患者血清标本中病毒,并用单克隆抗体鉴定型别;通过比对核苷酸序列,分析本次疫情可能的传染源。结果福州... 详细信息

目的对福州市2004年登革热疫情及病原学特征进行分析。方法调查和分析福州市2004年登革热流行病学特点及影响因素;用C6／36细胞分离患者血清标本中病毒,并用单克隆抗体鉴定型别;通过比对核苷酸序列,分析本次疫情可能的传染源。结果福州市2004年9月中旬起至10月底发生一起登革热暴发疫情,所确认的93例病例消长情况基本与当地的蚊媒消长情况相一致。从病例的10份血清标本中分离出6株病毒,经单克隆抗体鉴定均为登革热病毒1型,病毒基因的核苷酸序列比对证明同源性与东埔寨分离株(DENV-1／KHM／2001;GenBank Accession No．L0904278)最为接近。结论福州市2004年登革热疫情为感染登革1型病毒所引起;疫情的发生主要为输入性病例流行引起。

关键词：登革热1型病毒疫情序列分析

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