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基于病毒传播网络的基因序列表示学习

计算机研究与发展 2021年第8期58卷 1642-1654页

作者：马扬刘泽一梁星星程光权阳方杰成清刘忠国防科技大学系统工程学院长沙410073

基因序列数据中往往存在大量的非编码和缺失序列,现有的基因序列表示大多通过人工方法对高维的基因序列进行特征提取,不仅非常耗时且成功的预测很大程度依赖于生物学知识的正确利用.基于病毒传播网络构建了一种基于图上下文信息的基因... 详细信息

基因序列数据中往往存在大量的非编码和缺失序列,现有的基因序列表示大多通过人工方法对高维的基因序列进行特征提取,不仅非常耗时且成功的预测很大程度依赖于生物学知识的正确利用.基于病毒传播网络构建了一种基于图上下文信息的基因序列表示方法,对目标节点病毒序列进行编码后,使用注意力机制对其邻居节点的序列信息进行聚合,从而得到目标节点病毒序列的新的低维表示.进而依据病毒传播网络中相邻节点的基因序列相似性高于不相邻节点的特征,对基因序列表示模型进行优化,训练后得到的新的表示不仅可以有效表达基因序列的特征,同时极大地降低了序列的维度,提高了计算效率.分别在仿真病毒传播网络、新型冠状病毒和艾滋病毒传播网络数据上训练基因序列表示模型,并在相应的网络上进行未采样感染者发现任务.实验结果充分验证了模型的有效性,与其他方法的比较证明了模型的高效性,模型可以有效地在病毒传播网络上发现未采样感染者,这在流行病调查领域也具有一定的实际意义.

关键词：复杂网络基因表示机器学习图神经网络病毒传播

潜伏机制下网络病毒传播SEIQRS模型及稳定性分析

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哈尔滨工业大学学报 2019年第5期51卷 131-137页

作者：王刚陆世伟胡鑫马润年空军工程大学信息与导航学院中国人民解放军95507部队

针对新型潜伏病毒传播特性,研究潜伏机制下的网络病毒传播模型及其稳定性,为潜伏型病毒扩散机理及防御策略研究提供理论参考.首先,从新型网络病毒的潜伏特点入手,分析处于潜伏状态的网络节点存在的三种转化模式,提出了潜伏机制下的网络... 详细信息

针对新型潜伏病毒传播特性,研究潜伏机制下的网络病毒传播模型及其稳定性,为潜伏型病毒扩散机理及防御策略研究提供理论参考.首先,从新型网络病毒的潜伏特点入手,分析处于潜伏状态的网络节点存在的三种转化模式,提出了潜伏机制下的网络病毒传播模型;其次,运用劳斯稳定判据,论证了网络病毒传播平衡点的局部稳定性,求解系统的基本再生数R_0;最后,给出了潜伏状态下三种转移参数对系统稳定性影响的仿真验证.理论分析和仿真结果表明,当R_0≤1时,网络在无病毒平衡点局部渐近稳定;当R_0>1时,网络在感染源平衡点局部渐近稳定.通过调整优化潜伏状态下三种转移概率,可以减小系统基本再生数R_0,使网络维持在无病毒健康状态.增大潜伏状态到易感状态转移概率θ,减小潜伏状态到感染状态转移概率γ和增大潜伏状态到免疫状态转移概率b,可以将潜伏病毒入侵的网络控制稳定在无病毒平衡点,从而维护网络安全.

关键词：网络安全潜伏机制病毒传播模型稳定性

贵州省贞丰县疫苗衍生脊髓灰质炎病毒传播的流行病学调查

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中华预防医学杂志 2005年第5期39卷 321-323页

作者：童亦兵张大勇邹建张丽俞昊刘铭贵州省疾病预防控制中心传染病防治所贵阳550004

目的分析2004年8月贵州省黔西南州贞丰县挽澜乡窑上村发生的疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(VDPV)的传播及其影响因素。方法对报告的2例急性弛缓性麻痹(AFP)患儿和同村21名5岁以下儿童的粪便标本进行病毒分离;对窑上村59名儿童的常规疫苗接种... 详细信息

目的分析2004年8月贵州省黔西南州贞丰县挽澜乡窑上村发生的疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(VDPV)的传播及其影响因素。方法对报告的2例急性弛缓性麻痹(AFP)患儿和同村21名5岁以下儿童的粪便标本进行病毒分离;对窑上村59名儿童的常规疫苗接种、贞丰县AFP发病及监测系统指标完成情况进行调查。结果2例明确诊断为Ⅰ型VDPV病例;3名同村儿童的粪便中也分离到Ⅰ型VDPV。贞丰县自2002年来共漏报7例AFP病例。挽澜乡常规免疫接种处于较低水平;窑上村属免疫空白点。结论我国是用脊髓灰质炎减毒活疫苗(OPV)预防脊髓灰质炎的国家,此次在贞丰县发生VDPV的传播,对消灭脊髓灰质炎提出了新的挑战;防范VDPV的发生,要加强常规免疫,并保持高水平的AFP监测。

关键词：脊髓灰质炎病毒流行病学研究疫苗衍生脊髓灰质炎病毒病毒传播流行病学调查贵州省丰县脊髓灰质炎减毒活疫苗 5岁以下儿童常规免疫接种

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采用可交互信任值机制的病毒传播抑制策略

西安交通大学学报 2021年第7期55卷 41-51页

作者：王刚冯云伍维甲马润年空军工程大学信息与导航学院西安710077

为了更加精准地抑制病毒传播,提出了采用可交互信任值机制的病毒传播抑制策略。改进了信任值模型,提出了可交互信任值机制,主要改进措施包括:①为便于数据处理和交互,采用离散信任值;②结合病毒传播免疫机理和直接信任模型,借鉴TCP拥塞... 详细信息

为了更加精准地抑制病毒传播,提出了采用可交互信任值机制的病毒传播抑制策略。改进了信任值模型,提出了可交互信任值机制,主要改进措施包括:①为便于数据处理和交互,采用离散信任值;②结合病毒传播免疫机理和直接信任模型,借鉴TCP拥塞控制算法,设计了直接信任值更新算法,实现了对感染信息的初步处理和信任值的恢复;③结合间接信任模型,借鉴RIP路由协议,设计了信任值交互算法,通过节点间共享信任值,实现对感染信息的进一步利用。提出了采用可交互信任值机制的病毒传播抑制策略:节点以信任值为依据判定自身所处安全环境,自主决定中断链路的范围;根据网络新增感染节点数量,自适应地调整信任阈值及不可信链路中断比例参数,实现了链路中断范围随网络安全动态调节。仿真结果表明:在所提参数条件下,通过信任值交互,漏检率下降6%以上,最低信任值处正确率提高了1倍,较高信任值处正确率基本不变,使得正确率关于信任值的曲线由上凸变为下凹,综合作用使得信任值较低处的不可信链路密度更高;在病毒防御过程中,所提策略中断链路比例的最高值仅为随机链路中断策略平均值的63%,不计感染节点清零后的部分,所提策略中断链路的总数为随机链路中断策略的21%。

关键词：病毒传播抑制策略信任值交互动态调节

蜱在非洲猪瘟传播中的作用及对中国的潜在威胁

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病毒学报 2024年第3期40卷 658-670页

作者：王振忠李金明胡永新齐传翔吴晓东钱莺娟王志亮南京农业大学动物医学院教育部动物健康与食品安全国际合作联合实验室江苏省外国专家工作室南京210095 中国动物卫生与流行病学中心青岛266000

非洲猪瘟(African swine fever, ASF)是由非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)感染家猪和欧亚野猪引起的一种传染性强、死亡率高的病毒性疾病。2018年,ASF传入中国,短时间内在中国的多个省份暴发和流行,给中国养猪业造成重... 详细信息

非洲猪瘟(African swine fever, ASF)是由非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)感染家猪和欧亚野猪引起的一种传染性强、死亡率高的病毒性疾病。2018年,ASF传入中国,短时间内在中国的多个省份暴发和流行,给中国养猪业造成重大损失。经过几年的时间,ASF在中国得到有效控制。ASFV是目前已知的唯一的虫媒DNA病毒,软蜱在ASF的传播过程中起重要作用。国外已有ASFV在软蜱体内复制并将病毒传染给猪的报道,中国尚缺乏这方面的系统研究,其给ASF防控带来的风险有待评估。本文将就蜱在ASF传播中的作用和中国的蜱感染并传播ASF的潜在能力进行分析,以期为我国ASF的综合防控提供参考。

关键词：非洲猪瘟蜱病毒传播风险评估

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基于复杂网络的病毒传播模型及其稳定性

华中科技大学学报（自然科学版） 2011年第1期39卷 114-117页

作者：关治洪亓玉娟姜晓伟李涛华中科技大学控制科学与工程系湖北武汉430074 长江大学自动化系湖北荆州434023

针对目前病毒传播率中节点度引入的不同方式,在分析病毒传播特点的基础上,运用复杂网络理论,提出了与度相关的更加准确的病毒传播率.根据病毒传播过程,建立基于复杂网络的新的病毒传播模型.运用稳定性理论中的特征值判据,分析系统平衡... 详细信息

针对目前病毒传播率中节点度引入的不同方式,在分析病毒传播特点的基础上,运用复杂网络理论,提出了与度相关的更加准确的病毒传播率.根据病毒传播过程,建立基于复杂网络的新的病毒传播模型.运用稳定性理论中的特征值判据,分析系统平衡点的稳定性,得出系统稳定的条件,并选取相应的系统参数,对系统进行数值仿真,验证了所得结论的正确性.

关键词：复杂网络病毒传播网络理论传播率稳定性数值仿真

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基于复杂网络的禽流感病毒传播

系统仿真学报 2008年第18期20卷 5001-5005页

作者：杨洪勇张嗣瀛鲁东大学计算机科学与技术学院烟台264025 东北大学信息科学与工程学院沈阳110004

基于复杂网络理论,研究了禽流感病毒的传播机制。根据实证数据分析,建立了一个禽流感病毒传播的小世界网络模型。通过对病毒传播中个体的接触程度、传染概率、潜伏期等因素研究,分析了现在对禽流感病毒预防措施的有效性。最后,通过对世... 详细信息

基于复杂网络理论,研究了禽流感病毒的传播机制。根据实证数据分析,建立了一个禽流感病毒传播的小世界网络模型。通过对病毒传播中个体的接触程度、传染概率、潜伏期等因素研究,分析了现在对禽流感病毒预防措施的有效性。最后,通过对世界卫生组织公布的各地禽流感病毒爆发的数据进行统计,说明了用小世界网络模型模拟禽流感病毒传播的可行性。

关键词：复杂网络病毒传播禽流感预防和控制

不同网络结构特征下呼吸道传播病毒传播动力学研究

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中华卫生应急电子杂志 2023年第1期9卷 1-8页

作者：王双燕邓云峰中共中央党校(国家行政学院)应急管理教研部北京100089

呼吸道传播病毒传播动力学特征的研究对于预测病毒传播趋势、掌握病毒传播特性、推演病毒传播控制策略至关重要。在病毒传播动力学研究方面,传统上采用系统动力学方法构建病毒传播仓室模型进行模拟和病毒传播推演,其中最为典型的病毒传... 详细信息

呼吸道传播病毒传播动力学特征的研究对于预测病毒传播趋势、掌握病毒传播特性、推演病毒传播控制策略至关重要。在病毒传播动力学研究方面,传统上采用系统动力学方法构建病毒传播仓室模型进行模拟和病毒传播推演,其中最为典型的病毒传播仓室模型是SIR(易感susceptible、感染infective、清除removal)[1]模型。

关键词：病毒传播网络结构特征动力学特征系统动力学方法控制策略推演

维普期刊数据库评论

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维普期刊数据库

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病毒传播与级联故障相互作用过程的研究

计算机工程 2017年第8期34卷 178-183页

作者：陈利姜东东陆靖桥上海外国语大学贤达经济人文学院上海200083 许继集团有限公司发电产品研发中心河南许昌461000 广东工业大学计算机学院广州510006

为研究聚类系数对病毒传播与级联故障相互作用的影响,提出一种改进的病毒传播与级联故障相互作用模型。通过改变平均度和三角连接概率调节网络聚类系数,以此观察病毒传播与级联故障相互作用过程。当不考虑三角连接概率时,平均度越小,网... 详细信息

为研究聚类系数对病毒传播与级联故障相互作用的影响,提出一种改进的病毒传播与级联故障相互作用模型。通过改变平均度和三角连接概率调节网络聚类系数,以此观察病毒传播与级联故障相互作用过程。当不考虑三角连接概率时,平均度越小,网络抵制相互作用的能力越强,且区分度越明显,但也会增强级联故障子过程的破坏力。当平均度较小时,三角连接概率越大,网络抵制相互作用的能力越弱。当平均度较大时,不同三角连接概率对应的网络抵制相互作用的效果相似。仿真结果表明,对比单一病毒传播模型,相互作用模型在同一时刻的破坏力更大。

关键词：聚类系数可调聚类系数无标度网络病毒传播级联故障动态相互作用