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基于50万人群的大型生物医学队列研究数据库:英国生物银行(UK Biobank)的发展历程及展望

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国际医学放射学杂志 2022年第3期45卷 284-288页

作者：郭翔唐春香张龙江南京大学医学院附属金陵医院/东部战区总医院放射诊断科南京210002

英国生物银行(UK Biobank)是一个由英国政府发起并建立的大型生物医学队列研究数据库。该数据库招募了全英国50万名参与者,通过采集生物样本和调查问卷等多种形式,获得了基于大样本人群的遗传、生活环境和健康数据,并在官网定期公开和... 详细信息

英国生物银行(UK Biobank)是一个由英国政府发起并建立的大型生物医学队列研究数据库。该数据库招募了全英国50万名参与者,通过采集生物样本和调查问卷等多种形式,获得了基于大样本人群的遗传、生活环境和健康数据,并在官网定期公开和更新这些数据。UK Biobank可供全球获得授权的研究人员和科学家访问,主要用于严重威胁人类健康的慢性病为主的各项研究。目前发表的研究论文超过2300篇,对于探究健康与疾病的关系、改善公共健康具有重要贡献。就UK Biobank的发展历程、项目设计、相关研究进展及发展方向进行介绍。

关键词：队列研究生物数据库慢性病心血管病

生物信息学与生物数据库辅助高中生物学教学的实践研究

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生物信息学与生物数据库辅助高中生物学教学的实践研究

作者：杨敏云南师范大学

学位级别：硕士

本研究以生物信息学教育为载体、生物数据库为工具展开研究,将生物科学与计算机科学、数理科学等学科进行综合,提倡学生的全面发展。本文采用文献研究法、问卷调查法和实验研究等方法,在云南省昆明市某一级完全中学开展基于《生物信息... 详细信息

本研究以生物信息学教育为载体、生物数据库为工具展开研究,将生物科学与计算机科学、数理科学等学科进行综合,提倡学生的全面发展。本文采用文献研究法、问卷调查法和实验研究等方法,在云南省昆明市某一级完全中学开展基于《生物信息学与生物数据库的探索》的专题讲座。讲座针对中学生的认知水平和接受能力,设计了一系列基于生物信息学的相关活动,为中学生物教师提供如何将生物信息学数据库融入课堂的实践知识和理论知识;旨在探讨生物信息学及生物数据库辅助教学在高中生物学教学的实践意义。研究结果表明:在高中进行生物信息学教育及生物数据库探索在理论和实践上是可行的。对于教师来说,生物信息学及生物数据库能够作为生物学教学的辅助工具,为一线教师提供专业权威的教学素材以及新颖的教学思路,帮助教师更好地完成教学工作。对于学生而言,该项研究能够促进学生全面发展,帮助学生构建完整的知识体系,增强学生的空间表达、信息处理和创新能力等。本研究在帮助中学生理解现代生命科学的本质内涵;对开发学生潜能、提高学生学习能力、掌握前沿知识有一定的帮助和指导价值。

关键词：生物信息学教育生物数据库 STEM教育

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高血压相关基因生物数据库平台的构建

高血压相关基因生物数据库平台的构建

作者：徐艳丽青海师范大学

学位级别：硕士

高血压是一种复杂的疾病,随着高血压疾病发病率的增加,高血压以及高血压的并发症严重威胁人类的健康。因此提高人们对高血压疾病的重视,对高血压疾病的早预防、早治疗起到关键的作用。随着生物学领域的不断发展,生物数据的不断增加,从... 详细信息

高血压是一种复杂的疾病,随着高血压疾病发病率的增加,高血压以及高血压的并发症严重威胁人类的健康。因此提高人们对高血压疾病的重视,对高血压疾病的早预防、早治疗起到关键的作用。随着生物学领域的不断发展,生物数据的不断增加,从而使大型数据库的数据量不断增长,增加了获得数据难度。为了方便研究人员更快捷高效的获得需要的数据,就要建立本地二级数据库,然后将整合相关的数据存放到本地数据库里。通过对高血压的数据与生物数据库的认识,关于高血压的相关生物数据库也比较少,内容也不够完整,为了能使高血压的数据库不断的更新与完善,将相关基因的数据存放到数据库中,可以通过搜索得到高血压的相关数据,所以设计高血压相关基因的生物数据库来存储这些相关数据,通过高血压数据库的平台,可以更好的获得相关基因数据,从而对高血压数据进行的相关分析研究提供方便。本文针对高血压疾病的研究,建立了本地二级数据库,高血压相关数据主要来自于网络数据库NCBI和实验采集获得的数据,根据高血压相关基因数据的属性特征,设计数据库模块,主要分为基本生物信息库和snp数据库两个模块,为每个数据库创建相关的数据表。高血压相关基因的数据库创建是在Linux操作系统下,搭建集成开发环境Xampp,该环境是Apache服务器,My SQL数据库和PHP编程语言等的集成,基于CS技术上创建以My SQL为基础的关系型数据库,将相关数据导入到数据表中,通过用PHP等相关的编程语言来实现对数据库的关键词的检索,而且该数据库也整合了Blast的搜索方法进行数据的相关检索,使创建的高血压相关数据库得到更好的应用。Bio Linux系统下搭建Bio Mart分析平台,配置Java环境,Cytoscape、JBrowse等分析软件的研究与应用。对样本采集数据进行了基因筛选、基因确定的分析操作和高血压相关数据的分析,对HIF1a基因序列用perl语言编程来实现genbank内容的可视化,对相关的基因序列进行序列比对来分析序列之间的相似性,通过对基因利用相关软件以及一些方法来进行分析,使我们对生物信息学的相关知识有了更好的认识。

关键词：高血压生物数据库高血压相关基因 MySQL perl

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生物压缩数据库工具的开发与应用

生物压缩数据库工具的开发与应用

作者：王一钦上海交通大学

学位级别：硕士

在取得人类基因组完整序列的近十年中,各类大规模生物组学研究方法已渗透到了现代生物学研究的各个方面。而由这些技术所带来的海量高维数据已使得现代生物学越来越趋向于一种针对大规模实验数据进行建模、解释并加以应用的信息科学。... 详细信息

在取得人类基因组完整序列的近十年中,各类大规模生物组学研究方法已渗透到了现代生物学研究的各个方面。而由这些技术所带来的海量高维数据已使得现代生物学越来越趋向于一种针对大规模实验数据进行建模、解释并加以应用的信息科学。在这样一个学科发展的背景下,对各种生物数据的处理与保存就显得尤为重要。目前,一些海量且稳定的生物数据的储存与共享一般利用常规文本文件,如生物序列的FASTA文件,数据自身的冗余进行压缩的方法来处理。但是,此处理在实现节约数据空间的同时,却造成了各种数据在操作上的困难。如需要对数据进行提取、搜索或整合等。为此我们针对生物数据设计了一种压缩数据库模型,并通过编写生物数据储存与管理工具——GZQ(Gene Zip Query Tools)来实现对于压缩数据的各项基本操作。 GZQ数据库的主体设计思想是对生物数据文件中的不同数据项的内容进行独立的分块压缩操作,并可以根据数据的具体特性,选择合适的数据块组织方式与压缩方法。同时,通过结合使用GZQ工具中的压缩模块(compressor)、索引模块(indexer)与查询模块(query module),我们可以在获得更小的文件体积与创建速度的同时,进行多种快捷的数据搜索及任意数据提取的操作。另外,GZQ工具还提供了用于解析与输出不同文件格式的视图模块(view module)及相关的视图格式的定义。

关键词：生物数据库数据库软件压缩算法分块压缩

BioEngine:大型综合生物数据库的搜索引擎

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计算机应用与软件 2010年第10期27卷 65-67,71页

作者：王健李泽赵晓飞张国庆郭景康上海大学生命科学学院上海200444 上海生物信息技术研究中心上海200235

针对开发大型综合生物数据库网站中,对数据检索性能方面的需求,开发了搜索引擎BioEngine。BioEngine目前被应用在上海生物信息技术研究中心开发的综合生物数据库库网站(http://***)上,可以有效支持该综合生物数据库下十余个子数据库的... 详细信息

针对开发大型综合生物数据库网站中,对数据检索性能方面的需求,开发了搜索引擎BioEngine。BioEngine目前被应用在上海生物信息技术研究中心开发的综合生物数据库库网站(http://***)上,可以有效支持该综合生物数据库下十余个子数据库的跨库检索。该搜索引擎使用XML进行配置管理,具有良好的可扩展性,适合不断增加子库的综合生物数据库使用。BioEngine的研发成功不但为国内建设大型综合生物数据库提供了数据检索方面的技术支持,也为进一步深入研究生物数据库检索技术奠定了基础。

关键词：生物数据库搜索引擎数据检索 XML

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生物数据库中关键信息的摘要提取和信息检索

生物数据库中关键信息的摘要提取和信息检索

基于多模态生物特征识别的高校门禁系统设计与实现

2007中国生物医学工程联合学术年会

作者：吴晓明杜建强张虎勤王波西安交通大学生物医学信息工程教育部重点实验室西安交通大学生物医学信息工程教育部重点实验室西安交通大学生物医学信息工程教育部重点实验室西安交通大学生物医学信息工程教育部重点实验室

分析了大量生物数据资源对生物学信息理解所带来的困难,提出了利用Web Service技术,结合数据库编程,构建生物数据库条目核心信息检索功能的方案。主要内容包括原始数据库的移植、关键信息提取和摘要、信息检索功能的实现。该方案也为生... 详细信息

分析了大量生物数据资源对生物学信息理解所带来的困难,提出了利用Web Service技术,结合数据库编程,构建生物数据库条目核心信息检索功能的方案。主要内容包括原始数据库的移植、关键信息提取和摘要、信息检索功能的实现。该方案也为生物数据挖掘等高级应用提供一定的借鉴和支持作用。

关键词： Web Service 生物数据库信息检索服务核心信息

来源： cnki会议评论

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现代电子技术 2024年第2期47卷 37-43页

作者：伍倩崔炜荣汪超王康安康学院信息化建设与管理处陕西安康725000

为解决传统门禁系统对实体校园卡的过度依赖、数据应用能力差、无法形成精细化管理等问题,在已有门禁系统架构基础上,基于一卡通专网,采用分布式架构设计了一种基于多模态生物特征识别的高校智慧门禁系统。该系统集采集管理、生物数据... 详细信息

为解决传统门禁系统对实体校园卡的过度依赖、数据应用能力差、无法形成精细化管理等问题,在已有门禁系统架构基础上,基于一卡通专网,采用分布式架构设计了一种基于多模态生物特征识别的高校智慧门禁系统。该系统集采集管理、生物数据库、算法服务、校门口出入管理、访客出入管理、公寓管理、设备管理和出入权限管理等功能于一体,实现了校园出入口的智慧化管理,提升了校园安全管理效率,为下一步的智慧校园建设奠定了应用基础。

关键词：多模态生物特征识别智慧门禁系统生物数据库校园安全管理智慧校园 B/S架构

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生物数据库专栏导读

中国生物化学与分子生物学报 2017年第8期33卷 749-749页

作者：郑晓飞军事医学科学院放射医学研究所北京100850

近年来，随着生物科技和信息科技的迅猛发展，基于生命组学的大数据积累和应用均已达到了前所未有的程度。多元的生物数据库资源，特别是急剧增长的生物学大数据在生物化学与分子生物学研究中得到了广泛应用，对生物学、生物医学的基础... 详细信息

近年来，随着生物科技和信息科技的迅猛发展，基于生命组学的大数据积累和应用均已达到了前所未有的程度。多元的生物数据库资源，特别是急剧增长的生物学大数据在生物化学与分子生物学研究中得到了广泛应用，对生物学、生物医学的基础研究和转化应用起到了助推器的作用。但是，由于专业的局限性和研究者的着重点不同，部分从事生物学和生物医学的研究者对数据库资源的了解，对大数据的分析、处理和整合能力存在不足，制约了他们对已有数据资源的充分和有效的利用。为此，本期专栏选择了近年来的一些热门研究领域，特邀长期活跃在相关研究领域的一线科研工作者，结合他们自己的相关工作，分别就抗体信息数据库、细胞外囊泡数据库、蛋白质相互作用数据库、细菌sRNA数据库和RNA二级结构数据库的现状、特点和应用进行了较为系统的综述。下面对各篇文章内容给予简单介绍。

关键词：生物数据库生物化学与分子生物学蛋白质相互作用数据库资源导读生物医学科研工作者信息数据库

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Ovid系统生物、农业数据库使用探讨

农业图书情报学刊 2004年第10期16卷 131-133页

作者：周艳熊建平西南农业大学图书馆重庆400716 重庆工学院图书馆重庆400050

笔者详细的介绍了Ovid发展、特点 ,并且对基于Ovid平台的生物、农业数据库主要检索方法、检索工具。

关键词： Ovid系统生物数据库农业数据库检索技巧