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食品科学 2017年第24期38卷 47-52页

作者：石秀清周秀娟施春雷张芬史贤明上海交通大学农业与生物学院中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室上海200240

以美国国家生物技术信息中心(NCBI)已公布的28株沙门菌(14个血清型)全基因组序列为研究对象,对前期研究获得的7个沙门菌属特异性检测靶点在不同血清型间的单核苷酸多态性进行比较分析,结果表明,S9和S69为碱基差异位点最多的两个靶点,具... 详细信息

以美国国家生物技术信息中心(NCBI)已公布的28株沙门菌(14个血清型)全基因组序列为研究对象,对前期研究获得的7个沙门菌属特异性检测靶点在不同血清型间的单核苷酸多态性进行比较分析,结果表明,S9和S69为碱基差异位点最多的两个靶点,具有沙门菌分子血清分型的潜在能力。随后,通过分析S9和S69在沙门菌不同血清型菌株中的差异位点,分别绘制两个血清分型靶点的差异位点表,从而获得了这两个靶点同时用于14个沙门菌血清型的快速分子血清分型的差异位点组合。在这些组合中,同一血清型具有相同的差异位点,不同血清型可以通过差异位点得以区分。最后,采集食品样品192份,用国标方法获得疑似沙门菌21株;利用血清分子分型靶点S9和S69进行快速分型,并同时用传统玻片凝集反应鉴定方法进行验证,两种方法鉴定结果的符合率为100%。鉴定结果为:21株沙门菌共包括4个不同血清型,其中肠炎沙门菌10株、鼠伤寒沙门菌7株、鸡沙门菌2株、纽波特沙门菌2株。基因组序列分析结果和分离株分型结果均表明,沙门菌特异分子检测靶点S9和S69相结合具备沙门菌的分子血清分型能力,以差异位点表为基础建立的血清分型方法有望替代传统的玻片凝集血清分型这一繁杂步骤,从而降低沙门菌血清鉴定的时间与成本,为聚合酶链式反应技术应用于沙门菌分子血清分型提供新思路。

关键词：沙门菌分子血清分型特异性检测靶点食品样品血清鉴定

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沙门氏菌分子血清分型靶点的发掘及其PCR方法的建立

沙门氏菌分子血清分型靶点的发掘及其PCR方法的建立

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作者：石秀清上海交通大学

学位级别：硕士

沙门氏菌（Salmonella）是引发食物中毒最主要的致病菌之一,由其引发的食物中毒病例在世界范围内居首位,严重威胁着人类健康。建立快速准确的沙门氏菌检测方法是其防控研究的首要任务。目前全世界已分离出沙门氏菌的血清型多达2610种,... 详细信息

沙门氏菌（Salmonella）是引发食物中毒最主要的致病菌之一,由其引发的食物中毒病例在世界范围内居首位,严重威胁着人类健康。建立快速准确的沙门氏菌检测方法是其防控研究的首要任务。目前全世界已分离出沙门氏菌的血清型多达2610种,我国约有300种血清型,复杂多样的血清型增加了传统免疫方法对它鉴定的难度。因此,建立快速准确的沙门氏菌分子血清分型方法对沙门氏菌的防控具有重要意义。课题组前期利用沙门氏菌基因组数据,通过比较基因组学和生物学再验证相结合的方法,获得了7个沙门氏菌特异检测靶点,具有沙门氏菌属内保守性和单核苷酸多态性（SNPs）。本文利用NCBI上已公布的28株沙门氏菌（14个血清型）全基因组序列,对已获得的7个沙门氏菌属特异性检测靶点在不同血清型间的SNPs进行了比较分析。结果表明,S9和S69为碱基差异位点最多的两个靶点,推测它们可能具有沙门氏菌分子血清分型的潜在能力。随后,参照MLST中对看家基因片段进行分型聚类的原理,我们分析了S9和S69在沙门氏菌不同血清型菌株中的差异位点,绘制出两个血清分型靶点的差异位点表,从而获得这两个靶点同时用于14个沙门氏菌血清型快速分子血清分型的差异位点组合。在这些组合中,同一血清型具有相同的差异位点,不同血清型可以通过差异位点得以区分,进一步验证了S9和S69的分子血清分型潜力。随后,针对我国常见的38种沙门氏菌血清型,利用筛选得到的靶点S9和S69,对已知血清型的190株沙门氏菌菌株的DNA进行PCR扩增,并对扩增产物进行测序。通过分析测序结果,精细的绘制出针对38种血清型在两个靶点序列中的SNPs差异位点表。结果表明,靶点S9和S69的相互结合能够实现38种沙门氏菌血清型的区分,并证明根据此表可以判别出沙门氏菌的血清型。在实际应用方面,从上海市各超市和菜场采集食品样品821份,利用国标方法获得可疑沙门氏菌102株,利用血清分子分型靶点S9和S69进行快速检测和血清分型,并同时用传统玻片凝集反应进行血清分型验证。两种方法鉴定结果的符合率为100%。鉴定结果为:102株沙门氏菌共包括7个不同血清型,其中肠炎沙门氏菌35株,鼠伤寒沙门氏菌28株,德比沙门氏菌14株,猪霍乱沙门氏菌11株,纽波特沙门氏菌8株,山夫登堡沙门氏菌4株,阿伯丁沙门氏菌2株。综上,我们从沙门氏菌属特异检测靶点中发掘到靶点S9和S69具备沙门氏菌血清分型能力,并能用于我国常见38种沙门氏菌血清型的分子分型。因靶点S9和S69是沙门氏菌的属特异性分子检测靶点,所以,在沙门氏菌的检测上可用PCR方法取代繁琐的生化鉴定。同时,由于S9和S69在不同血清型间存在SNPs,利用PCR扩增产物的测序结果和以差异位点表为基础建立的血清分型方法有望替代传统的玻片凝集血清分型这一繁杂步骤。于是,用一个PCR反应便可同时完成沙门氏菌属鉴定和常用血清型的鉴定,从而降低沙门氏菌血清鉴定的时间与成本,为PCR技术同时应用于沙门氏菌的检测与分子血清分型提供新思路。

关键词：沙门氏菌分子血清分型特异性检测靶点食品样品血清鉴定

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