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哲罗鲑性别特异性标记筛选

水生生物学报 2021年第4期45卷 728-733页

作者：佟广香唐国盘徐伟张永泉尹家胜匡友谊中国水产科学研究院黑龙江水产研究所黑龙江省冷水性鱼类种质资源及增养殖重点开放实验室哈尔滨150070 河南牧业经济学院动物科技学院郑州450046

研究通过比对哲罗鲑Hucho taimen(Pallas)基因组草图与虹鳟(Oncorhynchus mykiss)Y染色体序列,获得哲罗鲑性别相关的候选序列,并设计3对PCR扩增引物,以此筛选哲罗鲑性别特异性标记。初步筛选结果显示,在设计的3对引物中,引物ST2在雌鱼... 详细信息

研究通过比对哲罗鲑Hucho taimen(Pallas)基因组草图与虹鳟(Oncorhynchus mykiss)Y染色体序列,获得哲罗鲑性别相关的候选序列,并设计3对PCR扩增引物,以此筛选哲罗鲑性别特异性标记。初步筛选结果显示,在设计的3对引物中,引物ST2在雌鱼中无扩增条带,在雄鱼中有153 bp的扩增条带,可作为哲罗鲑雄性特异性候选标记。为了消除样本降解及失误等因素导致的条带缺失,研究以12S rRNA为参照,采用双重PCR法,在12S rRNA引物扩增出条带的前提下,用ST2引物条带的有无来判断性别,雌鱼为单带,无ST2引物条带;雄鱼为双带,有ST2引物条带。同时为了验证本方法的可靠性,对已知性别的哲罗鲑48尾雌、雄样本进行了检测,结果显示该方法遗传性别鉴别准确率为100%。用此标记筛选哲罗鲑雌、雄鱼简单易行,为哲罗鲑遗传学研究、单性养殖和性别控制育种等研究奠定了基础。

关键词：哲罗鲑性别鉴定特异性标记 12S rRNA

广西审定的华占系列杂交稻组合遗传多样性分析

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分子植物育种 2024年第3期22卷 770-780页

作者：唐梅孙富卿冬进黄鹂夏秀忠廖张波唐忠平何聪卢宏琮广西壮族自治区农业科学院水稻研究所广西水稻遗传育种重点实验室广西水稻优质化育种研究人才小高地南宁530007 广西壮族自治区农业科学院种子质量检测中心南宁530007 广西壮族自治区种子管理站南宁530022

分析广西审定的华占系列杂交稻组合的遗传多样性,为培育华占优质组合提供理论依据。本研究利用农业行业标准(NY/T1433-2014)中公布的48对SSR引物,对广西审定的13个华占系列杂交水稻品种进行遗传多样性分析、DNA指纹图谱的构建及特异性... 详细信息

分析广西审定的华占系列杂交稻组合的遗传多样性,为培育华占优质组合提供理论依据。本研究利用农业行业标准(NY/T1433-2014)中公布的48对SSR引物,对广西审定的13个华占系列杂交水稻品种进行遗传多样性分析、DNA指纹图谱的构建及特异性标记的筛选。结果显示,广西、广东和湖南的等位基因数平均值分别为2.67、1.85和2.52,基因多样性指数平均值分别为1.8097、1.6295和1.8885,Shannon’s指数平均值分别为0.6523、0.4720和0.6822,PIC值>0.5占比分别为16.7%、16.7%和29.2%,说明广西和湖南的华占系列杂交稻组合遗传多样性较丰富,而广东的华占系列杂交稻组合遗传多样性水平较低。聚类分析表明,虽然部分组合遗传距离较为接近,但基本上可将广西、广东和湖南配制的组合区分开。本研究为选育华占优质组合、鉴定及分类提供了技术支撑。

关键词：恢复系华占遗传多样性指纹图谱特异性标记

水稻抗稻瘟病基因Pi1的特异性分子标记开发及利用

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西南农业学报 2016年第6期29卷 1241-1244页

作者：刘开强伍豪颜群王威豪陈小林周维永李瑞芳高利军韦善富邓国富广西作物病虫害生物学重点实验室广西南宁530007 广西农业科学院广西南宁530007 广西农业科学院水稻研究所/广西水稻遗传育种重点实验室/国家水稻改良中心南宁分中心广西南宁530007

研究利用Pi1基因与其等位基因Pikm同感病基因序列的差异,开发出Pi1基因的特异性分子标记M-Pi1。并以72个水稻品种及含抗稻瘟病基因Pi1的品种IRBL1-CL与感病品种LTH杂交的F2代分离群体为材料,结合抗病表型和标记检测结果,分析了M-Pi1的... 详细信息

研究利用Pi1基因与其等位基因Pikm同感病基因序列的差异,开发出Pi1基因的特异性分子标记M-Pi1。并以72个水稻品种及含抗稻瘟病基因Pi1的品种IRBL1-CL与感病品种LTH杂交的F2代分离群体为材料,结合抗病表型和标记检测结果,分析了M-Pi1的特异性和选择的准确性。实验结果表明:标记M-Pi1在抗病品种IRBL1-CL中扩增出460 bp的特异性条带,在其他71个水稻材料中无产物;384株F2分离群体中,293株表现抗病,91株表现感病,与标记M-Pi1检测的F2群体的基因型完全一致,说明标记M-Pi1特异性强,能准确用于抗病基因Pi1的辅助选择。

关键词：水稻稻瘟病特异性标记分子标记辅助选择

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松口蘑与假松口蘑特异性分子标记的建立

松口蘑与假松口蘑特异性分子标记的建立

作者：兰西延边大学

学位级别：硕士

松口蘑(Tricholoma matsutake)属口蘑科口蘑属,是一种珍惜且濒危的野生食用菌,体内含有大量营养成分被誉为“蘑菇之王”,长白山松口蘑驰名中外,是我国出口松口蘑的重要产地之一。假松口蘑(Tricholoma bakamatsutake)与松口蘑同属,其外... 详细信息

松口蘑(Tricholoma matsutake)属口蘑科口蘑属,是一种珍惜且濒危的野生食用菌,体内含有大量营养成分被誉为“蘑菇之王”,长白山松口蘑驰名中外,是我国出口松口蘑的重要产地之一。假松口蘑(Tricholoma bakamatsutake)与松口蘑同属,其外观形态与口感均与松口蘑十分相似。按照常规的形态学与显微学难以将松口蘑与假松口蘑准确地辨别。本研究以长白山松口蘑和假松口蘑为材料,利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术分别筛选松口蘑和假松口蘑特异性SRAP分子标记,并经过克隆、测序和重新设计引物分别建立松口蘑和假松口蘑特异性DNA分子标记,从而在分子水平上达到快速、准确地鉴定二者的目的。利用松口蘑和假松口蘑基因池,从300对引物组合中筛选了具有多态性的41对引物组合,其中4对引物ME06和EM26、ME08和EM21、ME09和EM03、ME10和EM06组合在检测的松口蘑个体中均能扩增出422 bp(SK0626-422)、323 bp(SK0821-323)、541 bp(SK0821-541)、280 bp(SK0903-280)、和 650 bp(SK1006-650)的SRAP标记条带,而在假松口蘑个体中未能检出;引物ME01和EM10、ME09和EM07组合在检测的假松口蘑中均能扩增出1168 bp(JSK0110-1168)和563 bp(JSK0907-563)的SRAP标记条带,而在松口蘑个体中未能检出,表明这些SRAP分子标记分别与松口蘑和假松口蘑紧密相关,可用于鉴别松口蘑和假松口蘑。根据引物设计原则针对松口磨 SK0626-422、SK0821-323、SK0821-541、SK0903-280、SK1006-650标记和假松口蘑JSK0110-1168、JSK0907-563标记分别设计了 1对特异性引物,PCR结果在检测的松口蘑个体中均能扩增出243 bp(SK243)和304bp(SK304)的特异条带,而在假松口蘑个体中未能检出;在检测的假松口蘑中均能扩增出502 bp(JSK502)和389 bp(JSK389)的特异条带,而在松口蘑个体中均未能检出。表明松口蘑SK243和SK304和假松口蘑JSK502和JSK389是可靠的、可重复的特异性分子标记,可快速、准确地鉴定松口蘑和假松口蘑。通过引物组合和反应体系优化,获得了一个兼容的多重PCR分子标记SK304和JSK389,PCR结果可以检测到清晰的松口蘑和假松口蘑特异性条带,通过一次PCR即可鉴定二者此外。此外,松口蘑SK243特异性分子标记可在转录水平进行表达,推测该分子标记是基因片段,还有待进一步的鉴定。

关键词：松口蘑假松口蘑 SRAP 特异性标记

宁乡猪全基因组重测序及其特异性标记筛选研究

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宁乡猪全基因组重测序及其特异性标记筛选研究

作者：肖瑜湖南农业大学

学位级别：硕士

宁乡猪是我国优良地方品种,具有较强的抗病性和环境适应性,其肌肉品质优良,肌内脂肪含量远高于外来品种,常作为母本与其他外来品种杂交,但由于前期投入不足,对于宁乡猪优良种质特性研究不够深入,尤其是对宁乡猪的基因组特点及肌内脂肪... 详细信息

宁乡猪是我国优良地方品种,具有较强的抗病性和环境适应性,其肌肉品质优良,肌内脂肪含量远高于外来品种,常作为母本与其他外来品种杂交,但由于前期投入不足,对于宁乡猪优良种质特性研究不够深入,尤其是对宁乡猪的基因组特点及肌内脂肪等性状的调控机制有待解析。本试验综合利用全基因组测序技术及生物信息学手段和PCR技术揭示了宁乡猪的全基因组信息和结构变异特点,以及与宁乡猪遗传关系较近的猪种,并完成了宁乡猪特异性标记的筛选,具体研究结果如下:1.采用PacBio Sequel平台和Illumina Hiseq平台进行测序,用BioNano Genomics Saphyr系统进行光学基因组作图,并结合Hi-C技术完成了宁乡猪基因组的组装,获得基因组质量为contig N50(～1Mb),scaffold N50 140.398Mb的宁乡猪的高质量全基因组序列。2.以杜洛克猪为参考基因组(Sus scrofa 10.2)进行比对,通过Pacbio mapping方法来鉴定结构变异位点(SV),得到结构变异位点共40 926个,这些结构变异位点经注释共鉴定了6 738个基因,DAVID分析表明,这些结构变异(SV)相关基因显著富集在脂质代谢、甘油酯代谢,甘油磷脂代谢通路中。通过对宁乡猪和杜洛克猪进行X连锁扫描性分析,分别鉴定了两品种间128 Mb和126 Mb的同源序列以及X染色体之间的共线性区域,分别为0-48Mb、90-128Mb。并通过二者间在X染色体上的SVs分布比较,确定了宁乡猪特异性SVs聚集在48Mb到90Mb的42Mb区域内,经注释发现该区域内的SVs相关基因与繁殖及脂肪调控有关。4.利用全基因组测序技术对宁乡猪进行了全基因组重测序,结合18个地域分布不同的76个个体和两个野猪群体的重测序数据,共产生了25,542,115个SNPs,通过群体遗传多样性分析,利用这些SNPs变异信息构建亲缘关系进化树,结果表明这些品种被聚类为三个类群,并且宁乡组和沙子岭猪处在同一亚组。主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)和群体遗传结构(Population genetic Structure)分析表明,宁乡猪、沙子岭猪和大围子猪之间可能拥有共同祖先,且沙子岭猪是与宁乡猪遗传关系最近的品种。5.利用BWA软件将宁乡猪重测序数据比对到陆川猪基因组,检测到42,812个插入/缺失位点,并以宁乡猪和陆川猪以及沙子岭猪的DNA为模板通过PCR技术和琼脂糖凝胶电泳验证得到7号染色体和10号染色体上分别存在一个特异性位点,可将宁乡猪从沙子岭猪和陆川猪中鉴定出来。总之,本研究从基因组水平揭示了宁乡猪的生物学特性形成原因,鉴定了和宁乡猪遗传关系最近的品种,并筛选得到宁乡猪的特异性标记位点,这将为宁乡猪与其他猪种间的鉴定提供一定的方法依据,同时,为宁乡猪的鉴定、保护及肉品追溯奠定坚实基础。

关键词：宁乡猪全基因组重测序变异检测群体遗传多样性特异性标记

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特异性的蛋白小分子荧光探针及其标记技术

生命科学 2008年第1期20卷 3-13页

作者：陈磊姚祝军中国科学院上海有机化学研究所生命有机化学国家重点实验室上海200032

活体蛋白荧光标记技术已经被广泛应用于蛋白质功能的可视化研究中。荧光蛋白常被用来研究蛋白质在生物体内的表达和定位,但由于它本身体积比较大,往往会影响目标蛋白的生物活性。特异性的小分子荧光探针以其体积小、膜透性好、背景噪音... 详细信息

活体蛋白荧光标记技术已经被广泛应用于蛋白质功能的可视化研究中。荧光蛋白常被用来研究蛋白质在生物体内的表达和定位,但由于它本身体积比较大,往往会影响目标蛋白的生物活性。特异性的小分子荧光探针以其体积小、膜透性好、背景噪音低以及制备方便的优点成为蛋白质研究的一个有力工具。本文将简要介绍近几年来各类特异性小分子蛋白荧光探针的研究进展。

关键词：蛋白质特异性标记蛋白标记小分子荧光探针

罗非鱼3个养殖群体的遗传多样性及特异性AFLP标记研究

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南方水产 2008年第6期4卷 50-55页

作者：符云钟金香颉晓勇叶卫林碧海陈辉崇张汉华广东省国家级罗非鱼良种场广东广州511453 广东省水产技术推广总站广东广州510222 中国水产科学研究院南海水产研究所广东广州510300

对不同来源的养殖群体进行种质鉴定,探索在种苗阶段即区分新吉富罗非鱼(New GIFT strainOreochromis niloticus)、吉诺玛罗非鱼(GenoMar strainO.niloticus)和奥杂罗非鱼(O.niloticus♀×O.aureus♂)3个养殖群体具有重要的意义。笔者选... 详细信息

对不同来源的养殖群体进行种质鉴定,探索在种苗阶段即区分新吉富罗非鱼(New GIFT strainOreochromis niloticus)、吉诺玛罗非鱼(GenoMar strainO.niloticus)和奥杂罗非鱼(O.niloticus♀×O.aureus♂)3个养殖群体具有重要的意义。笔者选取了5对AFLP(amplified fragment length polymorphism)引物组合对3个罗非鱼养殖群体共60尾个体进行比较分析,引物组合E-ACA/M-CAT表现出较好的区分能力,有7条标记的分布在群体间表现出"有和无"的差别,引物组合E-ACA/M-CAG的扩增图谱中有2条带表现出"有和无"的差别。遗传多样性方面,平均基因多样性在新吉富罗非鱼和吉诺玛罗非鱼分别为0.1605和0.1595,而在奥尼罗非鱼为0.2214,多态位点百分数和Shannnon多样性指数也表现出相近的变化趋势。分析表明新吉富罗非鱼群体在遗传上已较为稳定,吉诺玛罗非鱼遗传多样性偏低。

关键词：罗非鱼养殖群体 AFLP 遗传多样性特异性标记

稻瘟病广谱抗性基因Pigm特异性分子标记的开发和应用

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稻瘟病广谱抗性基因Pigm特异性分子标记的开发和应用

江苏省遗传学会2019年学术研讨会

作者：陈涛孙旭超张善磊梁文化周丽慧赵庆勇姚姝赵凌赵春芳朱镇张亚东王才林江苏省农业科学院粮食作物研究所/江苏省优质水稻工程技术研究中心/国家水稻改良中心南京分中心

来自籼稻品种谷梅4号中Pigm是一个对稻瘟病菌具有广谱、持久抗性的重要基因,开发具有特异性的共显性分子标记进行辅助选择,能有效提高抗病育种的选择效率。本研究在对谷梅4号与测序籼、粳品种Pigm位点基因组序列比对的基础上,寻找特异... 详细信息

来自籼稻品种谷梅4号中Pigm是一个对稻瘟病菌具有广谱、持久抗性的重要基因,开发具有特异性的共显性分子标记进行辅助选择,能有效提高抗病育种的选择效率。本研究在对谷梅4号与测序籼、粳品种Pigm位点基因组序列比对的基础上,寻找特异性核苷酸变异位点,利用Tetraprimer ARMS-PCR和KASP两种不同的基因分型技术开发分子标记对不同品种（品系）以及淮稻9号/谷梅4号的F2分离群体进行基因型检测,并结合穗颈瘟人工接种鉴定对标记的准确性进行评价。序列比对分析表明,谷梅4号Pigm位点中Pigm-Nbs2基因起始密码子上游515 bp处存在一个特殊的单核苷酸变异。利用已开发的两种类型的分子标记可以有效区分3种不同的基因型,且基因型与穗颈瘟人工接种鉴定的表型完全一致。利用Tetra-primer ARMS-PCR和KASP两种不同的分子标记技术,可以实现对Pigm基因型的快速、准确的检测,加快抗稻瘟病水稻新品种的选育进程。

关键词：稻瘟病 Pigm 特异性标记四引物扩增受阻突变体系PCR 竞争性等位基因特异性PCR

来源： cnki会议评论

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糯稻分子标记开发与稻米品质新等位型创制

糯稻分子标记开发与稻米品质新等位型创制

作者：董效灵安徽农业大学

学位级别：硕士

在我国社会经济迅速发展,人民生活质量不断提升的同时,优质和专用稻米需求快速上升。由于其优良的品质性状,糯米被广泛应用于食品保健、酿酒、制作糕点、冷饮和药用,深受人们的欢迎。糯为一种隐性性状,在实际生产中,因杂交、串粉等原因... 详细信息

在我国社会经济迅速发展,人民生活质量不断提升的同时,优质和专用稻米需求快速上升。由于其优良的品质性状,糯米被广泛应用于食品保健、酿酒、制作糕点、冷饮和药用,深受人们的欢迎。糯为一种隐性性状,在实际生产中,因杂交、串粉等原因,很容易导致糯性的丢失甚至劣变,严重影响了种性的保存。在糯稻育种中,杂交后代的糯性性状大都为杂合体,不能通过直链淀粉含量来精确反映糯性性状的存在与否,必须等到杂交后代株系稳定后,才能精确解析,这大大增加了育种的工作量。稻米淀粉的生物合成主要由蜡质基因（Wx）所编码的一种淀粉合成酶（GBSS I）调控。但Wx基因在不同背景中表达不尽相同,且易受环境温度等因素的影响,因此创制稻米品质新等位型,对培育优质稻米具有重要意义。本研究针对糯稻waxy基因第二外显子上的序列差异开发糯性等位型特异性分子标记,建立糯稻高效选择技术体系,为培育优良糯稻新品种提供技术支撑。通过诱变创制稻米品质新等位型,为培育优良的粳稻新品种提供新资源。主要研究结果如下:1、利用测序分析和糯稻waxy基因第二外显子23 bp的插入区域,开发waxy基因专一性功能标记wx-1、wx-2,并通过反应体系和反应程序的优化,建立糯稻特异性判别体系,高效识别是否含有waxy基因,以及含有的waxy基因的杂合或纯合等位型。2、利用建立的糯稻特异性判别体系,辅助选择waxy基因,对优良糯稻品种合丰糯331的核心种质提纯。并应用在辅助选育“中粳糯919”品种中。3、通过Co-Y射线对优良粳稻品种绿香粳28进行诱变,根据田间农艺性状观察、背景分析、米质测定等手段,共筛选出17份有效突变体,其中直链淀粉含量比绿香粳28低的突变体有4份,外观品质比绿香粳28优的突变体有13份。4、Wx基因测序结果显示,17份突变体与绿香粳28无差异,初步推测突变体的直链淀粉含量变化与Wx基因无关,是由新位点突变导致,为优质水稻新品种培育奠定了材料基础。

关键词：糯稻 Waxy基因特异性标记分子标记辅助选择育种稻米品质新等位型的创制