检索结果-南通市图书馆

中国畜牧兽医 2019年第2期46卷 489-496页

作者：董依萌刘华淼玉手英利刘汇涛鞠妍邢秀梅何金明鞠贵春吉林农业大学长春130118 中国农业科学院特产研究所长春130112 日本山形大学

试验旨在研究梅花鹿SRY基因的遗传多样性及其父系类型。选取东北亚种、北海道亚种、本州亚种、指名亚种、屋久岛亚种5个亚种的144个个体,利用试剂盒和传统酚/仿(1∶1)法进行DNA的提取,采用PCR扩增和直接测序法分析梅花鹿的核苷酸多样性(... 详细信息

试验旨在研究梅花鹿SRY基因的遗传多样性及其父系类型。选取东北亚种、北海道亚种、本州亚种、指名亚种、屋久岛亚种5个亚种的144个个体,利用试剂盒和传统酚/仿(1∶1)法进行DNA的提取,采用PCR扩增和直接测序法分析梅花鹿的核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、遗传距离及系统进化关系。结果显示,试验所获序列长度为1 613bp,在第47、62、602、1 148、1 569、1 604bp处共检测到6个SNPs多态位点,占核苷酸总数的0.3%,碱基替换以碱基转换为主。通过6个SNPs多态位点确立了6种单倍型:Hap-1、Hap-2、Hap-3、Hap-4、Hap-5和Hap-6,其中Hap-4、Hap-5和Hap-6为新发现单倍型。遗传多样性由高至低依次为:指名亚种、屋久岛亚种、东北亚种、本州亚种、北海道亚种。各亚种间遗传距离最小为北海道亚种与本州亚种的距离(0.000056),最大为东北亚种与指名亚种的距离(0.001733)。基于单倍型利用邻接法构建系统进化树,结果显示,与日本梅花鹿相比,东北亚种与马鹿关系更近,东北亚种存在两大分支,日本梅花鹿各亚种间无明显分支,其他单倍型均是由Hap-3进化而来,单倍型最小跨度网络图与系统进化树一致。结果表明,东北梅花鹿存在两大父系类型,日本梅花鹿存在一个父系类型,单倍型Hap-3是日本梅花鹿的原始单倍型。

关键词：梅花鹿 SRY 基因遗传多样性父系类型

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应用mtDNA和Y染色体基因片段解析梅花鹿种公鹿的母系及父系类型

应用mtDNA和Y染色体基因片段解析梅花鹿种公鹿的母系及父系类型

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作者：周永娜中国农业科学院

学位级别：硕士

梅花鹿(Cervus nippon)属于哺乳纲(Mammalia)、偶蹄目(Artiodactyla)、鹿科(Cervidae)、鹿属(Cervus),雌性无角,雄性有角,是重要的经济动物,具有极高的观赏价值、药用价值和食用价值。中国有着丰富的梅花鹿资源和悠久的梅花鹿驯养历史,... 详细信息

梅花鹿(Cervus nippon)属于哺乳纲(Mammalia)、偶蹄目(Artiodactyla)、鹿科(Cervidae)、鹿属(Cervus),雌性无角,雄性有角,是重要的经济动物,具有极高的观赏价值、药用价值和食用价值。中国有着丰富的梅花鹿资源和悠久的梅花鹿驯养历史,已经育成的品种有双阳梅花鹿、敖东梅花鹿、四平梅花鹿、东丰梅花鹿、兴凯湖梅花鹿和西丰梅花鹿,育成的品系有长白山梅花鹿。但现有品种退化现象严重,种间杂交严重,种源系谱混乱,遗传背景不清晰。种公鹿的选育主要是根据产茸性能、年龄、体质外貌、遗传性能、繁殖性能等表型性状进行选择,无分子水平上的数据支撑。本文通过PCR产物直接测序法对来自双阳梅花鹿、敖东梅花鹿、四平梅花鹿、东丰梅花鹿、兴凯湖梅花鹿、长白山梅花鹿、东大梅花鹿群体的145只种公鹿的mtDNA全序列和198只种公鹿的Y染色体AMELY、DBY、USP9Y、SRY基因片段进行测序分析,探讨我国梅花鹿种公鹿的遗传多样性,摸清我国梅花鹿种公鹿的母系类型和父系类型,为我国梅花鹿的种质资源保护和育种工作提供数据支撑与理论指导。梅花鹿种公鹿mtDNA全长为16426bp6435bp,由13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和控制区(D-loop区)组成。本文分别从mtDNA的13个蛋白质编码基因和非编码区(D-loop区)进行分析。145只梅花鹿种公鹿mtDNA的13个蛋白质编码基因长度均为11406bp,共有267个突变位点,定义了62种单倍型(P162),P1、P2和P3是优势单倍型,P1频率为24.13%,P2频率为17.24%,P3频率为11.72%。7个梅花鹿种公鹿群体的单倍型多样性为0.8997,核苷酸多样性为0.00477。D-loop区全序列的长度为98894bp,共有55处碱基突变,其中9处碱基缺失/插入和46处碱基替换,定义了15种单倍型(D115),D1和D2是优势单倍型,D1频率为60.00%,D2频率为17.24%。7个梅花鹿种公鹿群体的单倍型多样性为0.6047,核苷酸多样性为0.01308。两种分析方法的数据均表明我国梅花鹿种公鹿的线粒体具有较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,NJ进化树和structure群体结构分析的结果显示我国梅花鹿种公鹿有两个母系类型,命名为M1和M2,其中M1频率为15.86%,M2频率为84.14%,M2是优势母系类型,M1和马鹿的亲缘关系较近,M2和马鹿的亲缘关系较远,M1和M2内部单倍型序列差异较大。除四平梅花鹿种公鹿均来自M2,其余梅花鹿种公鹿群体均为M1和M2的混合群体。198只梅花鹿种公鹿AMELY、DBY、USP9Y、SRY基因片段总长度是4775bp,共有8个突变位点,AMELY1、AMELY2、DBY、USP9Y、SRY基因片段分别有3个、2个、1个、1个、1个突变位点,定义了10种单倍型(H1、H2、H3、H4、H5、H6、H9、H11、H12、H13),其中H1、H2、H3是优势单倍型,H1存在于7个梅花鹿种公鹿群体中,频率为49.47%,H2频率为21.72%,H3频率为11.61%。H5和H12为东丰梅花鹿种公鹿独有,H9是最原始的单倍型。7个梅花鹿种公鹿群体的单倍型多样性为0.69041,核苷酸多样性为0.00034,表明我国梅花鹿种公鹿Y染色体具有较高的单倍型多样性和极低的核苷酸多样性。NJ进化树和structure群体结构分析的结果显示我国梅花鹿种公鹿有3个父系类型,命名为Y1、Y2和Y3,其中Y1由单倍型H9组成,Y2由H3、H5和H12组成,Y3由H1、H2、H4、H6、H11和H13。除双阳梅花鹿种公鹿和四平梅花鹿种公鹿均来自Y3,其余梅花鹿种公鹿群体均为多父系类型。利用mtDNA的13个蛋白质编码基因和D-loop区对28只鹿王评比梅花鹿的母系类型进行鉴定,M1占4.6%,M2占95.4%。利用Y染色体AMELY、DBY、USP9Y、SRY基因片段对24只鹿王评比的梅花鹿进行父系类型鉴定,所有梅花鹿均属于父系类型Y3。鹿王评比的梅花鹿一般都是鹿茸产量较高的梅花鹿,对这些梅花鹿母系类型和父系类型的鉴定,为我国梅花鹿种公鹿和种母鹿的选择提供了分子水平上的数据支撑与理论依据。

关键词：梅花鹿种公鹿 mtDNA 母系类型 Y染色体父系类型

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