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细胞焦亡相关基因与肝细胞癌进展及预后关系的生物信息学分析

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中国现代普通外科进展 2024年第2期27卷 98-104页

作者：郝晓东任一丹丰茂晓王允山山东大学第二医院检验科山东济南250033

目的:探究细胞焦亡相关基因(PRGs)在肝细胞癌(HCC)中的表达,及其与HCC进展和预后的关系。方法:利用TCGA数据库,分析原发性HCC中细胞PRGs的遗传改变和表达模式的差异,并聚类分析鉴定HCC焦亡亚型;比较HCC焦亡亚型之间患者预后及免疫微环... 详细信息

目的:探究细胞焦亡相关基因(PRGs)在肝细胞癌(HCC)中的表达,及其与HCC进展和预后的关系。方法:利用TCGA数据库,分析原发性HCC中细胞PRGs的遗传改变和表达模式的差异,并聚类分析鉴定HCC焦亡亚型;比较HCC焦亡亚型之间患者预后及免疫微环境差异;焦亡评分量化每个样本中PRGs的综合表达,分析焦亡评分与各免疫评分的相关性。结果:原发性HCC存在两种不同的PRGs亚型,PRGs的不同表达模式与原发性HCC的预后和肿瘤微环境密切相关。PRGs高表达的亚型预后较差,功能富集分析发现部分促瘤通路和PD-1检查点通路、与免疫抑制相关的细胞和免疫检查点在该亚型中富集。焦亡评分与肿瘤浸润巨噬细胞、髓源性抑制细胞和Treg细胞浸润呈正相关。结论:PRGs可能在HCC中发挥促瘤及免疫抑制作用,有助于评估HCC患者病情发展和预后。

关键词：肝细胞癌焦亡相关基因预后生物信息学

利用TCGA数据库分析焦亡相关基因预测膀胱癌预后的研究

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利用TCGA数据库分析焦亡相关基因预测膀胱癌预后的研究

作者：张涵语东南大学

学位级别：硕士

目的:本课题旨在通过对现有基因数据库中膀胱癌的基因数据及对应的临床信息进行生物信息学分析,探究细胞焦亡相关基因预测膀胱癌预后的价值。方法:从GDC网站获取癌症基因组图谱(TCGA)数据集,并从中筛选膀胱癌的基因数据和临床特征相关... 详细信息

目的:本课题旨在通过对现有基因数据库中膀胱癌的基因数据及对应的临床信息进行生物信息学分析,探究细胞焦亡相关基因预测膀胱癌预后的价值。方法:从GDC网站获取癌症基因组图谱(TCGA)数据集,并从中筛选膀胱癌的基因数据和临床特征相关数据。采用相关分析来筛选出焦亡相关的差异表达基因,然后对相关差异表达基因进行单、多因素Cox回归分析筛选与膀胱癌患者预后相关的焦亡相关基因,并根据风险评分对预后进行预测并分组。通过富集分析探究潜在调控机制,并分析各种免疫细胞在两组之间的浸润水平的差异。结果:利用TCGA数据筛选出了30个在膀胱癌组织和癌旁的正常组织中差异表达的焦亡相关基因。根据这些差异表达基因(DEGs),所有BC病例可分为两种亚型。利用TCGA队列评估每个与焦亡相关基因对生存的预后价值,应用LASSO Cox回归方法,建立了一个包含3个基因(CHMP4C、CHMP6、GSDMB)的预后模型,并将患者分为高、低风险组。低风险组BC患者的总生存期(OS)明显高于高危组(P焦亡相关基因在膀胱癌患者癌组织和癌旁组织中存在差异表达。这些差异表达的焦亡相关基因可能参与膀胱癌发生发展的过程,在肿瘤免疫中发挥了重要作用。基于焦亡相关基因表达水平构建的风险模型可以很好地预测膀胱癌患者的预后。

关键词：膀胱癌焦亡相关基因预后生物信息学分析

焦亡相关基因在胃腺癌中的表达及预后相关性分析

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实用肿瘤杂志 2023年第2期38卷 133-146页

作者：惠娟赵晓迪卢瑗瑗王新空军军医大学唐都医院消化内科陕西西安710038 空军军医大学西京消化病医院肿瘤生物学国家重点实验室消化疾病国家临床研究中心陕西西安710032

目的通过生物信息学方法筛选与胃腺癌(stomach adenocarcinoma,STAD)诊断、预后及免疫浸润相关的焦亡相关基因(pyroptosis-related genes,PRGs)。方法从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载数据,利用Networkanalyst数据库筛选在STAD中差异表达的PRGs,通过STRING数据库构建差异表达PRGs的蛋白互作(proteinprotein interaction,PPI)网络。利用Cox回归分析鉴定与STAD患者预后相关的PRGs,并构建列线图展示预后风险模型。利用GSE54129和GSE27342数据集对相关结论进行验证。TIMER数据库分析差异表达PRGs与STAD中免疫细胞浸润的相关性。结果筛选出STAD中41个差异表达PRGs,其中有36个PRGs表达升高,5个PRGs表达降低(均P相关的PRGs有5个,分别是带电多泡体蛋白3(charged multivesicular body protein 3,CHMP3)、焦孔素E(gasdermin E,GSDME)、白介素1α(interleukin 1 alpha,IL1A)、NIMA相关激酶7(NIMA related kinase 7,NEK7)及胎盘生长因子(placental growth factor,PGF;均P焦亡等过程。将相关系数│r│>0.5设为筛选标准,发现9个与STAD免疫细胞浸润具有相关性的PRGs,分别是鸟苷酸结合蛋白5(guanylate binding protein 5,GBP5)、载脂蛋白E(apolipoprotein E,APOE)、组织蛋白酶G(cathepsin G,CTSG)、黑色素瘤缺失基因2(absent in melanoma 2,AIM2)、含NLR家族CARD域蛋白4(NLR family CARD domain containing 4,NLRC4)、髓系细胞表达的触发受体2(triggering receptor expressed on myeloid cells 2,TREM2)、Z-DNA结合蛋白质1(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)、中性粒细胞弹性蛋白酶(elastase, neutrophil expressed,ELANE)及CD274。这些PRGs主要和STAD中T细胞、调节性T细胞、巨噬细胞以及树突状细胞的浸润具有相关性(均P相关。

关键词：胃腺癌生物信息学焦亡焦亡相关基因预后免疫浸润白介素1α

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基于焦亡相关基因的肝细胞癌临床预后模型的建立和评估

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大理大学学报 2022年第10期7卷 52-59页

作者：刘川铭李谢卢熙奎曾点点陈洁大理大学药学院云南大理671000 大理大学公共卫生学院云南大理671000 昆明市第三人民医院药学部昆明650041

目的:探究与肝细胞癌(HCC)预后密切相关的焦亡相关基因(PRGs),构建相应的预后风险模型以评估HCC患者的生存和预后情况。方法:利用TCGA数据库获取HCC的转录组数据和临床数据,筛选出差异表达的PRGs。采用COX分析确定与HCC预后相关的PRGs... 详细信息

目的:探究与肝细胞癌(HCC)预后密切相关的焦亡相关基因(PRGs),构建相应的预后风险模型以评估HCC患者的生存和预后情况。方法:利用TCGA数据库获取HCC的转录组数据和临床数据,筛选出差异表达的PRGs。采用COX分析确定与HCC预后相关的PRGs并构建风险评分模型,通过K-M生存曲线、受试者操作特征曲线(ROC曲线)和列线图分析该模型的准确性及预后价值。结果:筛选得到58个差异表达的PRGs,GO功能富集分析结果显示其主要涉及细胞焦亡,KEGG信号通路分析显示其主要富集在NOD样受体信号传导途径、非酒精性脂肪性肝病和Toll样受体信号传导途径等信号通路。COX分析确定了8个与HCC预后相关的PRGs并构建了预后风险评分模型,ROC曲线显示该风险评分的曲线下面积值为0.802,高于其他临床数据,可作为一个独立的预后因素。结论:8个PRGs构建的预后风险模型可有效预测HCC患者的预后情况。

关键词：肝细胞癌焦亡相关基因预后模型 TCGA数据库生物信息学

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基于焦亡相关基因构建肾细胞癌预后风险模型

临床医学研究与实践 2023年第1期8卷 1-5页

作者：陈驰何思萍杨夏威李海滨吴基华陆兵李明虎孙煦勇广西医科大学广西南宁530021 广西医科大学第二附属医院广西南宁530007

目的基于焦亡相关基因构建肾细胞癌(RCC)预后风险模型。方法从TCGA数据库下载RCC组及正常组mRNA数据及临床数据,筛选焦亡相关差异基因,将单因素Cox回归分析和Lasso回归最终筛选出的焦亡相关基因用于预后风险模型的构建。根据风险评分中... 详细信息

目的基于焦亡相关基因构建肾细胞癌(RCC)预后风险模型。方法从TCGA数据库下载RCC组及正常组mRNA数据及临床数据,筛选焦亡相关差异基因,将单因素Cox回归分析和Lasso回归最终筛选出的焦亡相关基因用于预后风险模型的构建。根据风险评分中位数将患者分为高风险组、低风险组。通过基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)及单样本基因集富集分析(ssGSEA)进行差异表达基因功能分析与免疫分析。结果共筛选出了42个焦亡相关差异基因,通过单因素Cox回归分析和Lasso回归最终筛选出5个焦亡相关基因用作预后风险模型的构建。GO与KEGG分析表明,差异表达基因主要与适应性免疫反应、病毒介导的细胞免疫和炎性细胞的趋化等有关;ssGSEA表明,高风险组免疫细胞浸润水平、免疫相关途径活性总体高于低风险组。结论基于5个焦亡相关基因构建的预后风险模型为RCC的诊断、治疗和靶点预测提供了新的方向。

关键词：肾细胞癌焦亡相关基因预后风险模型

基于焦亡相关基因子宫颈癌预后模型的构建及意义

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中国妇产科临床杂志 2023年第4期24卷 392-396页

作者：陈凡朱姣姣丁瑶瑶秦天生甘肃中医药大学第一临床医学院甘肃省人民医院妇科兰州730000

目的探讨焦亡相关基因预后模型在子宫颈癌中的预后价值,并分析预后模型与子宫颈癌免疫治疗的相关性。方法利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库,对304例子宫颈癌组织和3例正常组织做差异分析和Cox回归模型分析,筛选出差异表达、预后相关的焦... 详细信息

目的探讨焦亡相关基因预后模型在子宫颈癌中的预后价值,并分析预后模型与子宫颈癌免疫治疗的相关性。方法利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库,对304例子宫颈癌组织和3例正常组织做差异分析和Cox回归模型分析,筛选出差异表达、预后相关的焦亡基因。通过最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)和Cox法构建预后模型,计算风险评分。依据风险评分的中位值,将子宫颈癌患者平均分为两组:高评分组(152例)和低评分组(152例),分析焦亡与子宫颈癌预后、免疫治疗的关联。结果在子宫颈癌组织与正常组织之间差异表达的焦亡基因中,经Cox法筛选出染色质修饰蛋白4C(chromatin-modifying protein 4C,CHMP4C)、白细胞介素1A(interleukin 1A,IL1A)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、含核苷酸结合寡聚结构域蛋白1(nucleotide-binding oligomerization domain-containing protein 1,NDD1)、颗粒酶B(granzyme B,GZMB)和TP53基因是与子宫颈癌患者总生存期相关的预后焦亡基因(P基因的表达量构建预后模型,通过亚组分析、生存分析进行验证。预后模型将子宫颈癌患者分为高评分组与低评分组,以风险评分中位值为截断值评估发生子宫颈癌风险,提示高评分组的总体生存率显著低于低评分组(P0.5)。在肿瘤免疫图谱(TCIA)数据库获取免疫治疗的数据,分析高、低评分组接受免疫治疗后的反应差异,发现低评分组患者较高评分组接受免疫治疗效果更好,差异有统计学意义(P=0.020)。结论CHMP4C、TNF、NDD1、GZMB、TP53焦亡相关基因与子宫颈癌预后、免疫治疗相关。

关键词：焦亡相关基因预后模型子宫颈癌

基于焦亡基因构建和验证肺腺癌的新型预后模型及预测免疫微环境

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云南民族大学学报(自然科学版) 2023年

作者：柏茂树王玲玲蔡蕊唐顺莉刘馨达州市中西医结合医院肿瘤科昆明医科大学第三附属医院/云南省肿瘤医院分子诊断中心

为了建立肺腺癌（Lung Adenocarcinoma， LUAD）患者的预后模型及预测其免疫微环境，从癌症基因组图谱——肺腺癌数据集中筛选出焦亡相关的差异表达基因，通过LASSO cox回归方法建立预后模型，并将其中的所有LUAD患者分为两组，使用Kapl... 详细信息

为了建立肺腺癌（Lung Adenocarcinoma， LUAD）患者的预后模型及预测其免疫微环境，从癌症基因组图谱——肺腺癌数据集中筛选出焦亡相关的差异表达基因，通过LASSO cox回归方法建立预后模型，并将其中的所有LUAD患者分为两组，使用Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作曲线来评估预测性能；并运用数据集GSE50081验证该模型的预测性能，并进行该模型的功能富集分析及组间免疫活性比较。结果发现，利用训练集构建了由9个焦亡相关基因(CASP6、NLRP1、GSDMC、PLCG1、CASP1、NOD1、TIRAP、NLRP3和PYCARD)组成的预后模型.在训练集和验证集中，根据该模型中患者总生存期的风险评分中位值将患者分为高、低危组 (P相关方面，且在高危组中免疫功能降低。结论如下：本研究构建的焦亡相关基因预后模型，对预测LUAD患者的总生存期和免疫微环境情况具有重要意义.

关键词：焦亡相关基因肺肿瘤总生存期预后模型免疫微环境