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食品与发酵工业 2024年

作者：田桂铭周润芝吴琼赵飞燕李伟程于洁内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室

该研究团队前期从健康婴儿粪便分离得到有较好耐酸耐胆盐能力的两歧双歧杆菌（Bifidobacterium bifidum）B1628，其灭活菌体可以缓解炎症性肠病(inflammatory bowel disease， IBD)小鼠结肠炎症性水肿，具有潜在应用价值。该研究基于生... 详细信息

该研究团队前期从健康婴儿粪便分离得到有较好耐酸耐胆盐能力的两歧双歧杆菌（Bifidobacterium bifidum）B1628，其灭活菌体可以缓解炎症性肠病(inflammatory bowel disease， IBD)小鼠结肠炎症性水肿，具有潜在应用价值。该研究基于生物信息学分析探究B. bifidum B1628的遗传背景和潜在益生基因，为其开发应用提供理论指导。对B. bifidum B1628进行Illumina与Oxford Nanopore结合的全基因组测序，结合NCBI Refseq数据库中119株B. bifidum基因组进行比较基因组学分析。B. bifidum B1628基因组仅有1条2 234 414 bp的环状染色体且不含质粒，GC含量为62.4%，包含1 769个蛋白质编码区。120株B. bifidum共包含6 554个泛基因，呈开放型。基于987个核心基因构建系统发育树，120株B. bifidum聚为8个不同的分支，呈地区聚集性，B. bifidum B1628属于分支1，该分支菌株均分离自中国。功能分析发现B. bifidum B1628包含叶酸、色氨酸、乳酸合成基因，耐酸、耐胆盐、氧化应激等与环境压力相关基因以及CRISPR-Cas适应性免疫系统。该研究揭示了B. bifidum B1628全基因组特征，发现多个潜在益生基因，为该菌株开发利用及产业化提供数据参考。

关键词：两歧双歧杆菌比较基因组学遗传背景潜在益生基因

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27株关中黑猪肠道食淀粉乳杆菌基因组分析

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饲料研究 2024年

作者：萧犹睿郝泽华刘好静肖攀王松锐何伟先杨明明四川省齐全饲料有限责任公司西北农林科技大学动物科技学院

食淀粉乳杆菌是猪肠道微生态区系高丰度菌种，在保障猪的肠道健康中扮演重要角色，本研究拟从基因组水平解析27株关中黑猪肠道源食淀粉乳杆菌的遗传背景和功能基因特征，为进一步研究这些菌株的生理功能，提供遗传学基础。方法：采用Ill... 详细信息

食淀粉乳杆菌是猪肠道微生态区系高丰度菌种，在保障猪的肠道健康中扮演重要角色，本研究拟从基因组水平解析27株关中黑猪肠道源食淀粉乳杆菌的遗传背景和功能基因特征，为进一步研究这些菌株的生理功能，提供遗传学基础。方法：采用Illumina测序技术完成了27株食淀粉乳杆菌的全基因组测序、框架图组装，通过平均核苷酸一致性分析、系统进化分析、泛基因组分析等比较基因组学方法分析菌株间同源性和分子进化规律，使用eggNOG、CAZy、ResFinder、VFDB等数据库注释功能基因。结果显示，27株食淀粉乳杆菌平均基因组序列大小为1.8 Mbp，平均GC含量为38.10%，菌株间具有高度同源性和遗传多样性；功能基因注释显示这些菌株具备良好生存能力和安全性，同时还具有环境应激、氧化应激、核黄素合成、胞外多糖分泌以及群体感应等潜在益生基因。结果表明，分离自关中黑猪肠道的27株食淀粉乳杆菌益生潜力显著，适合作为候选益生菌株进行进一步研究。

关键词：食淀粉乳杆菌全基因组测序功能注释潜在益生基因

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干酪乳杆菌Zhang分类学地位及潜在益生相关基因分析

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中国食品学报 2023年第8期23卷 14-23页

作者：孙佳琦李伟程钟智张和平内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室呼和浩特010018 内蒙古农业大学农业农村部奶制品加工重点实验室呼和浩特010018 内蒙古农业大学内蒙古乳业生物技术与工程重点实验室呼和浩特010018

干酪乳杆菌Zhang是本研究团队筛选出的具有优良特性的益生乳酸菌菌株。传统方法难以区分干酪乳杆菌及其近缘物种。因最近乳杆菌的系统分类进行了更新,故导致Zhang的分类地位需重新确认。本研究利用比较基因组学方法分析Zhang的分类学地... 详细信息

干酪乳杆菌Zhang是本研究团队筛选出的具有优良特性的益生乳酸菌菌株。传统方法难以区分干酪乳杆菌及其近缘物种。因最近乳杆菌的系统分类进行了更新,故导致Zhang的分类地位需重新确认。本研究利用比较基因组学方法分析Zhang的分类学地位、耐药基因、致病性基因和环境抗性基因特征,探究该菌株基因组上携带的细菌素基因簇和潜在益生基因。比较基因组学结果显示Zhang与副干酪乳酪杆菌模式菌株ATCC 25302^(T)的平均核苷酸一致性值是98.49%,通过分类学数据库比对和系统发育分析确认Zhang的分类学地位为副干酪乳酪杆菌。Zhang的基因组不含有耐药基因、致病性基因和环境抗性基因。在其基因组上注释到核心肽、Lan T转运和引导切割及免疫或运输功能等Carnocin细菌素基因簇。此外,Zhang的基因组编码了谷胱甘肽合成、核黄素合成、黏附因子和分泌胞外多糖等潜在益生基因。本研究更新了Zhang的分类学地位为副干酪乳酪杆菌,揭示其不含有耐药基因、致病性基因及环境抗性基因,并注释到多个潜在益生基因,为该菌株进一步开发及产业化提供了数据参考。

关键词：副干酪乳酪杆菌比较基因组学细菌素基因簇潜在益生基因

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