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广东省某三甲医院溶血性葡萄球菌的群体结构、耐药性及毒力研究

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广东省某三甲医院溶血性葡萄球菌的群体结构、耐药性及毒力研究

作者：秦明洋新乡医学院

学位级别：硕士

背景溶血性葡萄球菌（Staphylococcus haemolyticus）是临床感染中第二常见的凝固酶阴性葡萄球菌（coagulase-negative staphylococci,Co NS）,属于机会致病菌,能够导致肺炎、败血症、腹膜炎等感染性疾病的发生。其对抗生素的多重耐药性... 详细信息

背景溶血性葡萄球菌（Staphylococcus haemolyticus）是临床感染中第二常见的凝固酶阴性葡萄球菌（coagulase-negative staphylococci,Co NS）,属于机会致病菌,能够导致肺炎、败血症、腹膜炎等感染性疾病的发生。其对抗生素的多重耐药性（multi-drug resistance,MDR）极大地阻碍了临床抗感染治疗。同时,溶血性葡萄球菌在Co NS中毒力最强,大部分菌株能够形成生物膜。近年来,溶血性葡萄球菌在我国院内出现小型暴发,引发临床关注,但目前缺少医院来源的溶血性葡萄球菌基于全基因组测序（whole genome sequencing,WGS）的群体结构、耐药性和毒力研究。目的阐明广东省某三甲医院内多样本来源溶血性葡萄球菌的分子流行病学特征,明确菌株的耐药及毒力特点,为溶血性葡萄球菌相关感染性疾病提供监测指引及应对策略。方法1.于广东省某三甲医院进行临床采样,收集病人和病房环境来源样本,随后进行溶血性葡萄球菌的培养、分离、鉴定及保存;结合临床信息阐明菌株的院内流行分布情况。2.溶血性葡萄球菌群体结构特征的研究1)挑取97株溶血性葡萄球菌进行WGS;同时下载NCBI数据库所有溶血性葡萄球菌WGS数据,共336个。2)基于WGS数据,进行多位点序列分型（multiple-locus sequence typing,MLST）、克隆复合体（clonal complex,CC）聚类分析及系统进化发育分析,阐明溶血性葡萄球菌基因组特征及院内分子流行分布情况。3.溶血性葡萄球菌耐药性基因型和表型研究1)基于WGS,使用ABRicate v0.8.7软件、ISFinder数据库及SCCmec Finder 1.2数据库,鉴定97株溶血性葡萄球菌的耐药基因（antibiotic resistance genes,ARGs）和可移动元件,分析菌株耐药基因的流行分布情况。2)利用NCBI基因组数据分析全球溶血性葡萄球菌ARGs流行分布情况。3)测定97株溶血性葡萄球菌对抗生素的药物敏感性,评估菌株的耐药表型。4.溶血性葡萄球菌毒力特征的研究1)基于WGS,使用VFDB数据库鉴定97株溶血性葡萄球菌的毒力基因,分析菌株毒力基因的流行分布情况。2)通过NCBI基因组数据分析全球溶血性葡萄球菌毒力基因的流行分布情况。3)采用生物膜定量测定实验评估菌株生物膜形成能力。4)使用大蜡螟毒力侵染实验评估菌株的毒力。结果1.在1213份样本中分离鉴定到311株溶血性葡萄球菌,其中病房环境来源176株、肛拭子来源83株、鼻拭子来源43株、肺泡灌洗液来源7株、咽拭子来源2株;此外,菌株多富集于呼吸道疾病患者。2.溶血性葡萄球菌的基因组群体结构特点1)本研究测序的97株菌共鉴定到9种已知和27种新序列分型（sequence typing,ST）,其中优势克隆谱系为ST42;同时,ST42聚类为CC29;ST42与ST3存在一个管家基因的差异。2)系统进化树显示本研究97株菌基因组结构具有多样性,形成多个连锁群,多来源的ST42菌株形成特定进化分支。3.溶血性葡萄球菌的耐药性特征1)本研究测序的97株菌中共鉴定出23个ARGs,其中bla Z流行率为79.4%,mec A和msr（A）为57.7%,mph（C）为51.5%等。2)ST42型菌株携带ARGs数量显著高于非ST42菌株。3)56株mec A阳性菌株中,3株菌携带葡萄球菌盒式染色体（Staphylococcal Cassette Chromosome,SCC）mec元件。4)NCBI的336个基因组共鉴定到38个ARGs,其中bla Z流行率为71.4%,mec A为59.8%,mph（C）为51.2%等。5)本研究75.3%（77/97）的溶血性葡萄菌为多重耐药菌。其中ST42菌株的最小抑菌浓度（minimum inhibitory concentration,MIC）显著高于非ST42菌株。4.溶血性葡萄球菌的毒力特征1)本研究新测序的97株菌中共鉴定出20个毒力基因,其中atl、ebp和nuc流行率为100%,lip、cap M流行率为99%。2)NCBI的336个基因组共鉴定到21个毒力基因,其中atl、ebp、nuc和cap M基因的流行率为99.1%。3)ST42菌株的毒力基因携带率显著高于非ST42菌株。4)在胰蛋白胨大豆液体培养条件下,56.7%的菌株产生物膜。其中,29.9%的菌株产生的生物膜属于弱粘附型,19.6%为中等粘附型,7.2%为强粘附型。5)ST42菌株感染的大蜡螟幼虫在24h内的死亡率显著高于非ST42菌株。结论1.本研究分离获得的溶血性葡萄球菌来源丰富多样、分布广泛,提示医院是其潜在储蓄库;同时发现院内出现新兴流行克隆谱系ST42溶血性葡萄球菌。2.本研究院内新出现的具有高负担耐药特征及高毒性的ST42型溶血性葡萄球

关键词：溶血性葡萄球菌 ST42 多重耐药毒力分子流行病学

一大型规模猪场附红细胞体和溶血性葡萄球菌混合感染的诊治

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中国动物检疫 2022年第8期39卷 120-126页

作者：赵以恒崔颢月郭鑫罗健雅黄紫贝陈诗涵刘金彪王海燕刘文博扬州大学兽医学院江苏扬州225009 江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心江苏扬州225009 江苏农牧科技职业学院江苏泰州225300 扬州大学动物疾病检测与技术服务中心江苏扬州225009

2020年8月底,江苏省某猪场断尾、阉割仔猪出现大量急性死亡,病情持续2个月左右。为确诊引起死亡的原因,11月中旬,对送检的4只发病仔猪进行了剖检和实验室诊断。根据流行史、临床症状、剖检病变,以及心血涂片和脏器触片检查结果进行初步... 详细信息

2020年8月底,江苏省某猪场断尾、阉割仔猪出现大量急性死亡,病情持续2个月左右。为确诊引起死亡的原因,11月中旬,对送检的4只发病仔猪进行了剖检和实验室诊断。根据流行史、临床症状、剖检病变,以及心血涂片和脏器触片检查结果进行初步诊断,结合细菌和分子生物学检测结果进行确诊。结果显示:剖检病变多呈黄染、败血性变化,脏器触片检查观察到大量球形、圆形蓝紫色细菌;经16S rRNA序列比对,病变组织中分离、纯化的细菌被鉴定为溶血性葡萄球菌;心血涂片检查发现大量红细胞变形,呈星芒状、锯齿状和半月状等不规则形状,符合附红细胞体特征,且经PCR扩增出特异性条带。最终确诊,引起该规模猪场仔猪死亡的病因为附红细胞体与溶血性葡萄球菌混合感染。根据诊断结果针对性给药,5 d后该猪场疫情得到有效控制。本病例的诊断结合了现代分子生物学方法和经典检测方法,这对于混合感染的诊断有着重要作用。

关键词：附红细胞体溶血性葡萄球菌混合感染猪

溶血性葡萄球菌医院感染危险因素的病例对照研究

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中国预防医学杂志 2011年第12期12卷 1008-1010页

作者：练发杨许能銮陈愉生许能锋福建医科大学公共卫生学院福建福州350108 福建省立医院

目的探讨溶血性葡萄球菌医院感染危险因素。方法采用1∶1配对病例对照研究方法,于2010年3～5月调查福建省某综合性三级甲等医院2008年1月至2010年1月各病区发生溶血性葡萄球菌医院感染的住院患者及其对照组共98对。结果多因素分析显示,A... 详细信息

目的探讨溶血性葡萄球菌医院感染危险因素。方法采用1∶1配对病例对照研究方法,于2010年3～5月调查福建省某综合性三级甲等医院2008年1月至2010年1月各病区发生溶血性葡萄球菌医院感染的住院患者及其对照组共98对。结果多因素分析显示,APACHE-II评分(OR:6.06,95%CI:1.75～20.97)、应用β-内酰胺类+酶复合制剂(OR:9.61,95%CI:2.34～39.55)、气管插管(OR:9.53,95%CI:1.54～58.97)、留置鼻饲管(OR:11.53,95%CI:2.17～61.20)为溶血性葡萄球菌医院感染的独立危险因素。结论留置导管要切实做到无菌操作,尽量缩短留置时间,合理使用抗菌药物等措施将有利于降低溶血性葡萄球菌医院感染的发病率。

关键词：医院感染溶血性葡萄球菌危险因素病例对照研究

一株兔源溶血性葡萄球菌的分离鉴定及进化树分析

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当代畜牧 2021年第5期50卷 36-41页

作者：廖娟杨子艺王钢喻世刚石英子冯丹妮梁梓乐山师范学院川南地方品种鸡产业化四川省高等学校工程研究中心四川乐山614000

笔者对从患肺炎死亡兔肺脏分离得到的一株疑似病原菌进行鉴定及耐药性分析。对可疑菌进行了分离培养、染色镜检、生化鉴定、16SrDNA基因序列分析、构建系统发育树以及药敏试验等。结果显示,该分离菌为溶血性葡萄球菌、分离株16SrRNA序... 详细信息

笔者对从患肺炎死亡兔肺脏分离得到的一株疑似病原菌进行鉴定及耐药性分析。对可疑菌进行了分离培养、染色镜检、生化鉴定、16SrDNA基因序列分析、构建系统发育树以及药敏试验等。结果显示,该分离菌为溶血性葡萄球菌、分离株16SrRNA序列长度为1450 bp,基因序列与GeneBank登录号为MH542264.1溶血性葡萄球菌的同源性高达99%,药敏试验结果表明,分离株对呋喃唑酮、头孢哌酮、头孢拉定、万古霉素类抗生素高度敏感;对头孢呋辛、头孢曲松、多粘菌素B中度敏感;对诺氟沙星、克林霉素、复方新诺明、卡那霉素、氨苄西林、头孢他啶、丁胺卡那、氧氟沙星、庆大霉素耐药。希望此次研究能为溶血性葡萄球菌病的诊断及治疗提供参考。

关键词：兔肺炎溶血性葡萄球菌分离鉴定药敏试验

耐甲氧西林溶血性葡萄球菌的耐药机理和检测方法

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世界最新医学信息文摘 2017年第60期17卷 161-163页

作者：谈义青赵丽君南京中医药大学附属扬州市中医院扬州市第三人民医院

溶血性葡萄球菌(taphylococcus haemo1yticus)是临床各类感染中较常见的病原菌,常表现为多重耐药,可同时对MLSB(M=大环内酯类、L=林可酰胺类、SB=链阳霉素B型)类抗菌药物产生耐药。其对甲氧西林抗菌药主要有以下2点耐药机理,即固有耐药... 详细信息

溶血性葡萄球菌(taphylococcus haemo1yticus)是临床各类感染中较常见的病原菌,常表现为多重耐药,可同时对MLSB(M=大环内酯类、L=林可酰胺类、SB=链阳霉素B型)类抗菌药物产生耐药。其对甲氧西林抗菌药主要有以下2点耐药机理,即固有耐药和获得性耐药。由于耐甲氧西林溶血性葡萄球菌(MRSH)的不均一耐药性,给其检测带来了一定的困难,目前主要是分两大类方法,其一检测其表型,主要的检测方法有:有纸片扩散法(K-B法)、肉汤稀释法(MIC法)等等。其二要对其基因型进行检测,主要的检测方法为:DNA探针杂交法、PCR方法。另外还可以直接检测mec A基因表达的青霉素结合蛋白2a(PBP2a)。

关键词：溶血性葡萄球菌甲氧西林耐药机理检测

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溶血性葡萄球菌性败血症伴急性肝损害一例

中华国际医学杂志 2004年第3期4卷 182-182,211页

作者：李敏玉许昭辉张丽云第二军医大学附属长海医院住院二部五病区中国上海200433

患者女，59岁，因发热伴纳差、关节酸痛一月入院。缘于2003年9月10日，淋雨后出现发热，伴咽痛、关节酸痛、纳差，无咳嗽咳痰、无腹痛、腹泻等，2d后寒战高热不退，就诊当地医院，胸片示“支气管炎”，WBC5．8×10^9／L，N0．68，肥达... 详细信息

患者女，59岁，因发热伴纳差、关节酸痛一月入院。缘于2003年9月10日，淋雨后出现发热，伴咽痛、关节酸痛、纳差，无咳嗽咳痰、无腹痛、腹泻等，2d后寒战高热不退，就诊当地医院，胸片示“支气管炎”，WBC5．8×10^9／L，N0．68，肥达反应阴性，ESR 30 mm／h，肝功正常。2周内先后应用多种头孢。

关键词：溶血性葡萄球菌败血症耐药性

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阴茎结核疹合并溶血性葡萄球菌感染1例

中国中西医结合皮肤性病学杂志 2016年第2期15卷 123-124页

作者：牛彬石年陈用军湖北省黄石市中心医院黄石435000

1临床资料患者男,52岁。因龟头起丘疹、溃烂1个月于2014年10月22日就诊于我院。患者1个月前开始无明显诱因龟头处起数个红丘疹,感轻痒及疼痛不适,以行走摩擦时明显,丘疹迅速溃破、糜烂,无畏寒、发热,无咳嗽、咳痰,无腰腹部疼痛,无尿痛... 详细信息

1临床资料患者男,52岁。因龟头起丘疹、溃烂1个月于2014年10月22日就诊于我院。患者1个月前开始无明显诱因龟头处起数个红丘疹,感轻痒及疼痛不适,以行走摩擦时明显,丘疹迅速溃破、糜烂,无畏寒、发热,无咳嗽、咳痰,无腰腹部疼痛,无尿痛、尿急及尿道口流脓等,也无口腔溃疡及皮肤起结节、关节、肌肉疼痛等症状,曾在当地诊所输液治疗（头孢类、左氧氟沙星）12 d,外用双氧水、碘伏、复方紫草油，部分皮疹好转，以点状凹陷性疤痕愈合，但仍有部分皮疹融合为较大的溃疡和不断新发皮疹。

关键词：结核疹溶血性葡萄球菌阴茎

重症监护室溶血性葡萄球菌医院感染危险因素病例对照研究

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中国感染控制杂志 2011年第5期10卷 357-360页

作者：连双庆陈愉生许能銮许能锋福建医科大学公共卫生学院福建福州350108 福建省立医院福建福州350001

目的探讨重症监护室(ICU)溶血性葡萄球菌医院感染的危险因素。方法对某综合性三级甲等医院2007—2009年所有发生溶血性葡萄球菌医院感染的ICU患者(28例)进行1:4匹配的病例对照研究,并采用条件Logistic回归分析。结果单因素分析发现基础... 详细信息

目的探讨重症监护室(ICU)溶血性葡萄球菌医院感染的危险因素。方法对某综合性三级甲等医院2007—2009年所有发生溶血性葡萄球菌医院感染的ICU患者(28例)进行1:4匹配的病例对照研究,并采用条件Logistic回归分析。结果单因素分析发现基础疾病数、入住ICU天数、住ICU调整天数、抗菌药物使用天数、联合使用抗菌药物、使用广谱抗菌药物、翻身拍背、吸痰、气管插管、使用呼吸机、留置鼻胃管及中心静脉置管与溶血性葡萄球菌医院感染有关。多因素回归分析显示,留置鼻胃管(OR=4.89)、使用呼吸机(OR=5.32)为溶血性葡萄球菌医院感染危险因素,而翻身拍背(OR=0.21)为保护因素。结论合理有效翻身拍背,使用无创通气及减少各种侵入性操作,将有利于预防和控制ICU溶血性葡萄球菌医院感染的发生。

关键词：溶血性葡萄球菌凝固酶阴性葡萄球菌医院感染危险因素病例对照研究重症监护室

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溶血性葡萄球菌致眼睑、结膜脓肿1例

临床眼科杂志 2011年第1期19卷 68-68页

作者：沙英阿依努尔赵秀蓉蒋晨陈星新疆维吾尔自治区人民医院眼科乌鲁木齐830001

患者男性,43岁。患者以右眼红肿5d、加重3d入院。患者5d前,出现右眼下睑红肿、疼痛,自购滴眼液（不详）治疗。3d来,红肿加重,疼痛剧烈,遂来我院,并以＂右眼睑结膜脓肿＂收住入院。既往史：6岁曾患肺结核,已愈。

关键词：眼睑结膜溶血性葡萄球菌脓肿患者红肿滴眼液肺结核既往史