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泛素连接酶E4B表达上调与肝癌预后不良和肿瘤免疫浸润相关

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泛素连接酶E4B表达上调与肝癌预后不良和肿瘤免疫浸润相关

作者：邵旭阳蚌埠医学院

学位级别：硕士

背景:肝细胞癌(HCC)是一个困扰人类多年的健康问题。越来越多的证据表明,泛素连接酶E4B(UBE4B)可能参与各种人类癌症的发生和发展,并可能影响预后。然而,UBE4B在HCC中的具体作用和机制尚未完全明确。方法:利用生物信息学技术对UBE4B的... 详细信息

背景:肝细胞癌(HCC)是一个困扰人类多年的健康问题。越来越多的证据表明,泛素连接酶E4B(UBE4B)可能参与各种人类癌症的发生和发展,并可能影响预后。然而,UBE4B在HCC中的具体作用和机制尚未完全明确。方法:利用生物信息学技术对UBE4B的表达、临床病理特征和预后进行泛癌分析。随后,分析了UBE4B及其上游mi RNA和lnc RNA的表达、预后和相关性。我们研究了UBE4B表达与HCC中免疫细胞浸润、免疫调节因子和趋化因子之间的关系。最后,使用q RT-PCR在HCC细胞系中评估UBE4B及其上游lnc RNA(FGD5-AS1、LINC00858和SNHG16)和mi RNA(hsa-mi R-22-3p)的表达水平。结果:研究结果表明UBE4B在包括HCC在内的多种癌症中都有高表达,并且与HCC患者的低生存率相关。建立竞争内源性RNA(ce RNA)网络,确定了UBE4Bhsa-mi R-22-3p-FGD5-AS1/LIC005858/SNHG16调节轴在HCC中不可或缺的作用。UBE4B表达与HCC中的免疫细胞浸润、免疫调节剂、趋化因子及其受体显著相关。HCC细胞系(7721和Hep G2)中FGD5-AS1、LINC00858、SNHG16和UBE4B的mRNA表达高于正常肝细胞系(LO2),hsa-mi R-22-3p m RNA表达呈下降趋势。结论:我们的研究结果表明,UBE4B的上调与HCC预后不良和肿瘤免疫浸润相关。这些发现将有助于理解UBE4B的相关功能,并为药物开发和预后相关生物标志物的探索提供新的策略。

关键词：泛素连接酶肝细胞癌预后免疫浸润竞争内源性RNA 生物信息学

泛素连接酶E4B介导POLDIP2的泛素化及其降解

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石河子大学学报（自然科学版） 2021年第4期39卷 496-502页

作者：李莎莎赵博上海交通大学药学院上海200240

目的旨在细胞外和HEK293细胞中鉴定聚合酶δ相互作用蛋白2(POLDIP2)是否为泛素连接酶E4B的底物,并探究E4B能否介导POLDIP2经由26S蛋白酶体降解。方法利用BL21表达并纯化POLDIP2蛋白,设置体外E1-E2-E3泛素传递反应,通过western blot检测P... 详细信息

目的旨在细胞外和HEK293细胞中鉴定聚合酶δ相互作用蛋白2(POLDIP2)是否为泛素连接酶E4B的底物,并探究E4B能否介导POLDIP2经由26S蛋白酶体降解。方法利用BL21表达并纯化POLDIP2蛋白,设置体外E1-E2-E3泛素传递反应,通过western blot检测POLDIP2的泛素化;同时,构建pcDNA-Flag-POLDIP2重组质粒并转染进HEK293细胞、E4B敲减稳转株(shE4B)、E4B过表达细胞株(E4B OE)中,通过免疫共沉淀检测E4B表达量的变化是否影响POLDIP2的泛素化水平;其次,进一步通过CHX Chase实验,以及在HEK293细胞中转染依次增量的pLVX-E4B质粒,通过western blot检测POLDIP2蛋白水平的变化。结论胞外泛素化反应和胞内泛素化鉴定均证实泛素连接酶E4B可以将POLDIP2泛素化,并且能够介导其通过26S蛋白酶体进行降解。

关键词：泛素连接酶 E4B 聚合酶δ相互作用蛋白2 泛素化降解

泛素连接酶三基序蛋白21对结直肠癌鞘氨醇激酶2的调控作用及其机制

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精准医学杂志 2022年第4期37卷 294-299页

作者：肖明超孟昭源赵姣姣方文硕蔺吉春马蕾娜青岛大学基础医学院山东青岛266071 青岛大学附属医院肿瘤研究所

目的探讨泛素连接酶三基序蛋白21(TRIM21)对结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中鞘氨醇激酶2(SphK2)的调控作用及机制。方法将转染Flag-SphK2的PLC/RPF/5细胞分为a、b、c、d、e组,分别采用表皮生长因子刺激、葡萄糖饥饿处理、过氧化氢刺... 详细信息

目的探讨泛素连接酶三基序蛋白21(TRIM21)对结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中鞘氨醇激酶2(SphK2)的调控作用及机制。方法将转染Flag-SphK2的PLC/RPF/5细胞分为a、b、c、d、e组,分别采用表皮生长因子刺激、葡萄糖饥饿处理、过氧化氢刺激、缺氧处理、转化生长因子-β刺激,通过质谱鉴定与SphK2互作的蛋白。将HEK-293T细胞分为f、g、h、i、j、k、l、m、n、o组,f~k组分别转染Flag-SphK2、Flag-SphK2+HA-TRIM21质粒、Flag-SphK2、Flag-SphK2+His-Ubquitin、Flag-SphK2+His-Ubquitin+1μg HA-TRIM21质粒、Flag-SphK2+His-Ubquitin+4μg HA-TRIM21质粒,l~o组分别分别转染HA-TRIM21质粒0、0.3、0.6、0.9μg,f~g组进行免疫共沉淀实验鉴定SphK2与TRIM21蛋白的相互作用情况,h~k组进行体内泛素化实验鉴定TRIM21对SphK2泛素化水平的影响,l~o组进行Western-blot实验检测TRIM21过表达对SphK2蛋白水平的影响。将His-TRIM21、GST-SphK2蛋白混合液分为p、q组,分别加入琼脂糖珠、谷胱甘肽琼脂糖珠,进行蛋白体外结合实验鉴定SphK2与TRIM21蛋白的相互作用情况。将EP管分为r、s、t三组,每组分别加入GST-SphK2+E1/E2/Ub、GST-SphK2+His-TRIM21、GST-SphK2+His-TRIM21+E1/E2/Ub蛋白,进行体外泛素化实验鉴定TRIM21对SphK2泛素化水平的影响。将RKO细胞分为u、v、w、x四组,各组分别感染LV-sgTRIM21-1、LV-sgTRIM21-2、LV-sgTRIM21-3、LV-sgControl慢病毒,采用Western-blot实验检测TRIM21敲除对RKO细胞SphK2蛋白水平及半衰期的影响,采用CCK-8实验检测TRIM21敲除对RKO细胞5-氟尿嘧啶(5-Fu)敏感性的影响。结果质谱分析、免疫共沉淀和蛋白质体外结合实验显示TRIM21与SphK2存在蛋白互作。体内、体外泛素化实验确定TRIM21介导SphK2发生多聚泛素化。在HEK-293T细胞中,TRIM21的外源过表达导致SphK2蛋白水平上调(F=196.22,P泛素化,提高了SphK2蛋白的表达水平。敲除TRIM21能提高CRC细胞对5-FU的敏感性。

关键词：结直肠肿瘤泛素连接酶鞘氨醇激酶2 泛素化 HEK-293T细胞 PLC/RPF/5细胞 RKO细胞体外研究

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泛素连接酶UBE4B的研究进展

生物学杂志 2020年第5期37卷 90-93页

作者：陆瑶赵博武正华上海交通大学药学院上海200240

泛素化是一类重要的蛋白质翻译后修饰,参与了体内多种生命活动。UBE4B作为泛素连接酶U-box家族的一员,含有一种约70个氨基酸组成的特征性U-box结构域,负责底物识别和结合。UBE4B还具有一种特殊的E4活性,可以在E1、E2和E3存在的情况下继... 详细信息

泛素化是一类重要的蛋白质翻译后修饰,参与了体内多种生命活动。UBE4B作为泛素连接酶U-box家族的一员,含有一种约70个氨基酸组成的特征性U-box结构域,负责底物识别和结合。UBE4B还具有一种特殊的E4活性,可以在E1、E2和E3存在的情况下继续对泛素链进行延长。UBE4B参与了胚胎发育、神经元保护等一系列重要生命过程,它还可降解多种具有重要生理功能的底物,如p53、EGFR、FEZ1及Ataxin-3等,与癌症、神经退行性疾病、肥胖等疾病的发生发展有关。因此研究UBE4B参与的底物调控对于疾病治疗和新药开发有重大意义。从UBE4B的结构特征、生理功能、相关疾病与底物功能等方面,对近20年的研究进展进行了综述及展望,为后续深入研究UBE4B对生命活动的影响提供理论基础。

关键词：泛素化泛素连接酶 UBE4B U-box E4

泛素连接酶与帕金森病发病机制中线粒体自噬和内质网应激的研究进展

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沈阳医学院学报 2023年第3期25卷 295-300页

作者：梁宇任铭心王凯丽仲光尚叶明刘长青蚌埠医学院临床医学院安徽蚌埠233000 蚌埠医学院生命科学学院蚌埠医学院第一附属医院

帕金森病(Parkinson's disease,PD)是一种常见的多发于中老年的神经退行性疾病,随着我国人口老龄化日益严重,PD的发病人数逐渐增加。泛素蛋白酶体系统可以通过调控线粒体自噬和内质网应激两大过程影响PD的发生发展。泛素连接酶是泛素蛋... 详细信息

帕金森病(Parkinson's disease,PD)是一种常见的多发于中老年的神经退行性疾病,随着我国人口老龄化日益严重,PD的发病人数逐渐增加。泛素蛋白酶体系统可以通过调控线粒体自噬和内质网应激两大过程影响PD的发生发展。泛素连接酶是泛素蛋白酶体系统的重要组成部分,本文重点就泛素连接酶通过线粒体自噬和内质网应激途径与PD发生发展的相关性进行深入的探讨,详细阐述其在泛素依赖型线粒体自噬和内质网应激中的区别与联系,为开展泛素连接酶相关的PD发病机制的研究与临床治疗提供借鉴。

关键词：泛素连接酶帕金森病线粒体自噬内质网应激

ARIH2抑制LUBAC的线性泛素化连接酶活性

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中国生物化学与分子生物学报 2022年第10期38卷 1343-1350页

作者：陈文哲李磊张令强安徽医科大学基础医学院病理生理教研室合肥230032 军事科学院军事医学研究院生命组学研究所国家蛋白质科学中心(北京) 北京102200

线性泛素化修饰在肿瘤及免疫系统中均发挥着重要作用。线性泛素链组装复合体(linear ubiquitin chain assembly complex,LUBAC)是目前已知的唯一能够催化合成线性泛素链的泛素连接酶。本研究发现,泛素连接酶2(ariadne homolog 2,ARIH2)... 详细信息

线性泛素化修饰在肿瘤及免疫系统中均发挥着重要作用。线性泛素链组装复合体(linear ubiquitin chain assembly complex,LUBAC)是目前已知的唯一能够催化合成线性泛素链的泛素连接酶。本研究发现,泛素连接酶2(ariadne homolog 2,ARIH2)作为LUBAC新的相互作用蛋白质,能够抑制LUBAC对底物的线性泛素化修饰水平。通过免疫共沉淀实验发现,ARIH2与HOIP存在相互作用,且GST pull-down结果说明,HOIP通过ZF-NZF结构域与ARIH2发生相互作用。进一步的免疫沉淀结果证明,LUBAC并不能线性泛素化修饰ARIH2。反之,ARIH2能够抑制LUBAC对底物的线性泛素化修饰水平,其机制可能是ARIH2影响了SHARPIN的泛素化水平,从而影响LUBAC酶活性,进而导致LUBAC对底物的线性泛素化水平减弱。

关键词：泛素连接酶线性泛素化修饰线性泛素链组装复合体

甘蔗E3泛素连接酶基因PRT1的生物信息学及表达模式分析

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华北农学报 2023年第1期38卷 168-177页

作者：李姗姗黄梦婷青雨虹许静黄君梅凌辉阙友雄黄宁玉林师范学院生物与制药学院广西高校亚热带生物资源保护与利用重点实验室广西玉林537000 太原师范学院生物系山西晋中030619 福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心福建福州350002

为探究甘蔗PROTEOLYSIS 1(PRT1)基因与黑穗病菌的互作关系,以甘蔗割手密种和栽培品种为研究对象,通过RT-PCR技术对ScPRT1(GenBank登录号:MT747433)基因进行克隆,生物信息学分析、定量PCR、亚细胞定位和基因共表达网络分析。生物信息学... 详细信息

为探究甘蔗PROTEOLYSIS 1(PRT1)基因与黑穗病菌的互作关系,以甘蔗割手密种和栽培品种为研究对象,通过RT-PCR技术对ScPRT1(GenBank登录号:MT747433)基因进行克隆,生物信息学分析、定量PCR、亚细胞定位和基因共表达网络分析。生物信息学分析表明,该基因的cDNA全长为1621 bp,包含一个长度为1260 bp,编码419个氨基酸的完整开放读码框;其编码蛋白的分子量为46.56 ku,为酸性、不稳定的亲水蛋白,无信号肽,具有核定位信号;该蛋白包含2个RING结构域和1个ZZ结构域;ScPRT1蛋白的高级结构元件多为无规则卷曲。定量PCR结果显示,ScPRT1在皮、叶片、芽中的表达量相差不大,在蔗髓中表达量最高。同时该基因的表达受脱落酸胁迫后显著上调;受黑穗病菌胁迫后,在甘蔗抗黑穗病品种中上调表达,在感黑穗病品种中下调表达,都达到了显著水平。亚细胞定位结果揭示,ScPRT1定位于细胞核。寄主甘蔗和病原黑穗病菌的基因共表达网络中,与甘蔗ScPRT1共表达的黑穗病菌基因中,有3个为N端具有芳香族氨基酸残基的黑穗病菌效应蛋白,这暗示它们之间存在直接的相互作用。以上结果表明,ScPRT1在甘蔗激素信号传导以及响应黑穗病菌侵染过程中发挥重要作用。

关键词：甘蔗 ScPRT1 泛素连接酶生物信息学表达模式

E3泛素连接酶调控果蔬生长发育及逆境响应的研究进展

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食品科学 2024年

作者：丁君李富军李晓安张新华山东理工大学农业工程与食品科学学院

蛋白质泛素化作为一种重要的翻译后修饰，在真核细胞的生命活动中发挥着广泛的作用。E3泛素连接酶在泛素-蛋白酶体降解系统中能够特异性地识别目标蛋白，在泛素化途径中起决定性作用。近年的研究表明，E3泛素连接酶在果蔬作物的生长发... 详细信息

蛋白质泛素化作为一种重要的翻译后修饰，在真核细胞的生命活动中发挥着广泛的作用。E3泛素连接酶在泛素-蛋白酶体降解系统中能够特异性地识别目标蛋白，在泛素化途径中起决定性作用。近年的研究表明，E3泛素连接酶在果蔬作物的生长发育及逆境胁迫响应中发挥着广泛的调控作用。本文介绍了果蔬作物中的泛素系统及E3泛素连接酶的种类，并重点综述了近年来E3泛素连接酶在果蔬生长发育及逆境胁迫响应中的调控作用及机制，为深入揭示E3泛素连接酶在果蔬生命活动中的调控作用提供参考。

关键词：果蔬泛素连接酶胁迫生长发育

泛素连接酶Smurf1促进PDK1的多聚泛素化修饰

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军事医学 2017年第12期41卷 947-951页

作者：魏军时慧森党智笙张令强张学利锦州医科大学奉贤中心医院研究生培训基地上海201499 锦州医科大学研究生院锦州121000 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京)北京生命组学研究所北京102206

目的探讨3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(PDK1)发生多聚泛素化修饰的机制。方法免疫共沉淀(COIP)和免疫印迹(WB)分析PDK1的多聚泛素化修饰,MEF细胞内印证泛素连接酶Smad泛素化修饰调节因子1(Smurf1)增强PDK1多聚泛素化修饰,定点突变和CO-IP... 详细信息

目的探讨3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(PDK1)发生多聚泛素化修饰的机制。方法免疫共沉淀(COIP)和免疫印迹(WB)分析PDK1的多聚泛素化修饰,MEF细胞内印证泛素连接酶Smad泛素化修饰调节因子1(Smurf1)增强PDK1多聚泛素化修饰,定点突变和CO-IP及WB确定PDK1多聚泛素化修饰位点。结果 PDK1可发生多聚泛素化修饰,泛素连接酶Smurf1增强PDK1多聚泛素化修饰,且依赖HECT类泛素连接酶Smurf1 K699位点活性;K304是PDK1多聚泛素化修饰位点。结论泛素连接酶Smurf1增强PDK1的多聚泛素化修饰。

关键词：泛素连接酶泛素化修饰免疫共沉淀免疫印迹法 Smurf1 PDK1 PDPK1 细胞增殖质粒突变