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氨基酸0d-3d信息得分矢量用于人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位点预测及特异性分析

中国科学（B辑） 2008年第7期38卷 607-612页

作者：康丽芳梁桂兆舒茂杨善彬李志良重庆大学生物工程学院重庆400030 重庆大学化学化工学院重庆400030

收集天然氨基酸的1369种0d-3d结构信息参数,经主成分分析得一组新氨基酸描述子—氨基酸0d-3d信息得分矢量,将其用于人免疫缺陷病毒蛋白酶(HIVPR)裂解位点预测,以线性判别分析与支持向量机建模预测HIVPR裂解位点.线性判别分析与支持向量... 详细信息

收集天然氨基酸的1369种0d-3d结构信息参数,经主成分分析得一组新氨基酸描述子—氨基酸0d-3d信息得分矢量,将其用于人免疫缺陷病毒蛋白酶(HIVPR)裂解位点预测,以线性判别分析与支持向量机建模预测HIVPR裂解位点.线性判别分析与支持向量机模型对646个训练集样本的自检验识别、留一法交互验证及对100个测试集样本外部验证的马休斯相关系数分别为0.879和0.911,0.849和0.901,0.822和0.846.经受试者操作特征曲线分析表明,支持向量机对HIVPR裂解位点的预测结果优于线性判别分析.研究显示,氨基酸0d-3d信息得分矢量可进一步用于HIVPR裂解位点预测.

关键词：氨基酸0d-3d信息得分矢量人免疫缺陷病毒蛋白酶(HIV PR) 线性判别分析(LdA) 支持向量机(SVM)

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