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黑色突变貉生产性能测定及毛色基因TYR、DCT单核苷酸多态性分析

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黑色突变貉生产性能测定及毛色基因TYR、DCT单核苷酸多态性分析

作者：陈明帅中国农业科学院

学位级别：硕士

貉作为毛皮经济动物,毛色类型和毛皮色彩决定了经济价值,近年来,在貉的品种培育过程中,发现了黑色突变个体(简称黑貉),作为一种新的突变资源,被毛纯净、色彩鲜亮,有着极高的科研和利用价值。黑貉的基础研究还较为薄弱,明确黑貉的生物学... 详细信息

貉作为毛皮经济动物,毛色类型和毛皮色彩决定了经济价值,近年来,在貉的品种培育过程中,发现了黑色突变个体(简称黑貉),作为一种新的突变资源,被毛纯净、色彩鲜亮,有着极高的科研和利用价值。黑貉的基础研究还较为薄弱,明确黑貉的生物学特性,了解其毛色突变机理对加快黑貉新品种的培育具有重要的理论意义。本研究对黑貉繁殖性能、生长性能、毛皮品质及血液生理生化等指标进行测定,选取影响黑貉毛色的潜在基因TYR、DCT进行SNP分析,在分子水平上揭示黑色突变的原因。主要研究结果如下:1.本研究以乌苏里貉为对照,对黑貉繁殖性能、生长性能、毛皮性能、血液生理生化指标进行了测定。结果表明,在相同的饲养和管理条件下,黑貉和乌苏里貉窝产仔数都在5～6.5只,分窝成活率都在80%以上,两种毛色间差异不显著(P>0.05);不同毛色个体在出生45-210日龄体重和体高差异不显著(P>0.05);黑貉背部针绒毛长度显著高于乌苏里貉(P0.05);ALT、AST、Glu、Urea、TP、D-HDL-C、LDH、CHO、ALP等指标在种间和性别上没有差异(P>0.05)。2.通过PCR、克隆测序技术获得黑貉和乌苏里貉TYR、DCT基因的完整编码区序列,通过比较基因组学对这两个基因进行鉴定和生物信息学分析。最终结果显示,貉TYR基因编码序列长1593bp,编码530个氨基酸。貉DCT基因的完整编码区序列长1650bp,编码549个氨基酸。3.通过分析测序结果,对获得的TYR、DCT基因编码区开展SNPs检测,将基因突变位点形成的基因型和貉毛色表型进行关联分析。测序和比对结果表明,貉TYR基因在两种毛色间存在一个突变位点c.1497C>G,该突变位点只在黑貉中存在且为CG基因型,乌苏里貉为CC基因型,该突变与与黑貉毛色形成有关;DCT基因编码区在黑貉和乌苏里貉两种毛色之间没有突变。

关键词：乌苏里貉生产性能毛色基因多态性

疣猴亚科相关毛色基因分析及川金丝猴SNP位点筛选

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疣猴亚科相关毛色基因分析及川金丝猴SNP位点筛选

作者：杜丽娜广西师范大学

学位级别：硕士

毛色作为动物一个十分重要的形态特征,其丰富的性状主要是由黑色素决定的。黑色素有真黑素和褐黑素两种类型。目前,国内外已有很多关于动物相关毛色基因的研究。疣猴亚科是灵长类猴科的两个亚科之一,主要分布在非洲和东南亚的森林中,其... 详细信息

毛色作为动物一个十分重要的形态特征,其丰富的性状主要是由黑色素决定的。黑色素有真黑素和褐黑素两种类型。目前,国内外已有很多关于动物相关毛色基因的研究。疣猴亚科是灵长类猴科的两个亚科之一,主要分布在非洲和东南亚的森林中,其物种的毛色均有明显的特征,但是关于疣猴亚科物种毛色差异的研究暂未见有报道。本研究第一部分对引起疣猴亚科毛色差异的相关毛色基因进行了初步探讨,以期能够对其适应性进化研究提供一些帮助基础信息。主要研究结果如下：通过PCR扩增、分子克隆等方法成功获得了东黑白疣猴、黑脊叶猴、川金丝猴、长鼻猴、黑腿白臀叶猴、长尾叶猴和黑叶猴七个疣猴亚科物种的MC1R、ASIP、MITF、MLPH、 TYR、TYRP1和SLC45A2共七个相关毛色基因各个外显子的序列;运用DNAstar、MEGA等软件对MC1R、ASIP、MITF、MLPH、TYR、TYRP1和SLC45A2七个相关毛色基因的测序结果比对拼接,获得它们完整的编码区序列,并对这七个相关毛色基因在疣猴亚科七个物种中发生的碱基和氨基酸突变进行了分析;采用PAMLX软件分别对七个相关毛色基因进行位点模型计算,在MLPH基因中发现第272个密码子受到正选择作用,我们推测MLPH基因第272个密码子的突变可能是形成疣猴亚科毛色差异的原因之一。川金丝猴属于疣猴亚科金丝猴属,是中国特有的珍稀濒危灵长类物种,同时也是中国生物保护的旗舰物种。因为人类活动的影响和捕猎,其种群数量受到了严重的威胁。为了更好的管理和保护川金丝猴,科学家们运用了各种分子标记如线粒体标记、微卫星标记等对川金丝猴的保护遗传学进行了各种研究。本研究第二部分采用了一种新技术(HRM),对川金丝猴的SNP位点进行基因分型,并将筛选的SNP位点用于川金丝猴的个体识别。主要研究结果如下：我们共获得了124个候选SNP位点,根据候选SNP位点的上下游序列设计合成了85对SNP位点引物,一共筛选出37对SNP位点引物能够成功进行PCR扩增且可以用于HRM分型;对37个SNP位点的七只川金丝猴个体的血液DNA样品的HRM分型进行了验证,37个SNP位点七只个体的HRM分型结果和测序结果完全一致,HRM分型准确率为100%;对15份粪便样品进行了HRM分型和个体识别,筛选出的37对SNP位点引物在15份粪便样品中有34个SNP位点全部分型成功,成功率为91.89%：利用获得的34个SNP位点的基因型,使用cervus 3.0进行Identity Analysis分析,分析结果和取样结果一致,15份粪便样品来自于7只川金丝猴个体：对34个SNP位点的个体识别能力进行估算,34个SNP位点的个体识别率在0.0364～0.4993之间,累计个体识别率CDP为99.99%;根据Heaton等人的研究构建SNP位点个体识别能力估算模型,34个SNP位点最高可识别的个体数为40,000只个体。川金丝猴目前的个体数量约为22,000只。因此,我们认为这34个SNP位点有足够的能力识别所有川金丝猴种群。

关键词：疣猴亚科川金丝猴毛色基因 SNP HRM 个体识别

基于重测序解析贵州香猪群体遗传结构及毛色基因筛选

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基于重测序解析贵州香猪群体遗传结构及毛色基因筛选

作者：袁巍贵州大学

学位级别：硕士

中国是全球最大的猪肉生产和消费国家,猪在中国农业生产和生活中发挥着重要作用。贵州省作为中国南方山区的一个重要猪肉生产区,具有丰富的地方猪种资源。研究地方种群的群体遗传结构和遗传变异情况,有助于进一步了解该猪种的遗传多样... 详细信息

中国是全球最大的猪肉生产和消费国家,猪在中国农业生产和生活中发挥着重要作用。贵州省作为中国南方山区的一个重要猪肉生产区,具有丰富的地方猪种资源。研究地方种群的群体遗传结构和遗传变异情况,有助于进一步了解该猪种的遗传多样性和进化历史。地方猪种的毛色是其形态选择和品种识别的重要依据之一,也是重要的质量性状和育种性状,可作为评判品种纯度、遗传稳定性、亲缘关系等的遗传标记。贵州香猪毛色多样,包括被毛全黑和两头乌等毛色。深入了贵州香猪的遗传多样性和毛色基因的遗传机制,有助于制定科学合理的种质资源保护和遗传改良策略。本研究通过重测序技术分析了贵州香猪的遗传变异情况,并进一步分析了其群体遗传结构,最后通过群体选择分析和比较基因组筛选了可能影响毛色表型的候选基因。试验结果如下:1.成功搭建了实验室生物信息分析平台服务器。本研究成功搭建了一个生物信息分析平台服务器,并且成功地安装了常用的生物信息软件和工具。这些工具和软件能够满足各种生物信息分析的需求,包括基因组测序、转录组分析、蛋白质组学研究等等。通过使用搭建的平台,研究人员可以更加高效、快速地进行各种生物信息分析。2.完成了贵州香猪全基因组重测序及其变异检测。对从江香猪和剑白香猪各五头进行重测序,在从江香猪和剑白香猪中共鉴定到了大量的SNPs和INDELs,从江香猪中共鉴定到25,622,055个SNPs和5,381,169个INDELs,剑白香猪中共鉴定到22,478,786个SNPs和4,721,047个INDELs。从江香猪和剑白香猪群体共有的SNPs 16,158,002个,INDEls 3,275,375个,其中从江香猪特有的SNPs和INDELs分别为6,863,992和1,674,081个;剑白香猪特有的SNPs和INDELs为分别4,275,660和1,114,248个。从江香猪和剑白香猪SNPs中高影响突变位点分别为4,752和4,357个;非同义突变分别为138,612和121,069个;同义突变分别为258,506和222,437个;颠换位点分别为29,496,213和29,717,526个。从江香猪和剑白香猪INDELs中高影响突变位点分别为15,703和14,131个;插入缺失标记分别为5,195,368和4,572,091个。3.贵州香猪的群体遗传结构与选择分析。系统发育树和基因交流事件表明,剑白香猪与宁乡猪、通城猪、二花脸猪、姜曲海猪和撒坝猪的基因交流较多,从江香猪与同样为小型猪种的五指山猪、巴马香猪的基因交流较多。主成分分析、群体遗传结构分析和遗传多样性参数表明,剑白香猪和从江香猪可以明显地分为两个亚群,两个群体之间有微弱的基因交流。同时,剑白香猪与其他猪的群体分化程度更加明显,与其他猪种的遗传关系较远。LD衰减分析和遗传多样性参数显示,从江香猪的LD衰减速度大于剑白香猪,从江香猪的核酸多样性高于剑白香猪,LD衰减速度更快。此外,二者之间存在一定的群体多态性损失,且两个群体之间存在明显的种群分化。4.基于比较基因组与群体选择筛选出毛色基因。用比较基因组比较方法,发现猪、牛、羊、小鼠、鸡和羊驼共有基因家族12,592个,其中KEGG鉴定到176个,GO鉴定到288个基因与毛色相关。在剑白香猪的选择区域中鉴定出了775个基因,其中10个与猪的毛色相关,包括F2D8、GNAI2、KIT、EDNRB、MIF、GOT2、PDGFC、PPAR、AP1M1和PMEL基因。上述研究结果表明,在贵州地方猪种的从江香猪和剑白香猪中存在高度的遗传多样性,这表明它们具有潜在的遗传改良和选育价值。尽管两个群体之间存在一定的基因交流,但也存在明显的种群分化。此外,研究还筛选出了F2D8、GNAI2、KIT、EDNRB、MIF、GOT2、PDGFC、PPAR、AP1M1和PMEL基因,这些基因可能影响贵州从江香猪和剑白香猪的毛色表型。这些研究在保护贵州地方猪种资源、改良选育方面以及了解其适应环境能力等方面具有一定意义。同时深入了解地方猪种的遗传多样性和毛色基因的遗传机制,可为种质资源保护和遗传改良提供一定参考。

关键词：香猪重测序群体遗传结构毛色基因种质资源保护

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DXB／c小鼠毛色基因的测试

四川动物 1996年第4期15卷 182-182,169页

作者：牛荣魏泓焦有烈史燕燕郑亚萍重庆第三军医大学实验动物中心

ＤＸＢ／ｃ小鼠毛色基因的测试牛荣，魏泓，焦有烈，史燕燕，郑亚萍１．重庆第三军医大学实验动物中心重庆６３００３８２．军事医学科学院遗传上的高度纯合性是对近交系动物的基本要求。在于近交系小鼠的遗传监测方法，国际上通用的已... 详细信息

ＤＸＢ／ｃ小鼠毛色基因的测试牛荣，魏泓，焦有烈，史燕燕，郑亚萍１．重庆第三军医大学实验动物中心重庆６３００３８２．军事医学科学院遗传上的高度纯合性是对近交系动物的基本要求。在于近交系小鼠的遗传监测方法，国际上通用的已有很多。其中，毛色基因的测定是近交...

关键词：医用实验动物学 DXB/c小鼠毛色基因

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TS/N猫的毛色基因报告

医学动物防制 2008年第12期24卷 881-882页

作者：胡卫平孙秋燕米秋菊唐珊波张丽蓉刘福英华北制药有限责任公司石家庄市050015 河北医科大学河北省实验动物重点实验室石家庄市050017

目的TS/N猫的毛色基因观察报告。方法通过30年来对十余代华药虎皮猫TS/N封闭选育的观察,总结了种群毛色基因的情况。结果华药虎皮猫TS/N封闭群毛色基因型为:"AA,BB,CC,DD,HH,LL,oo,RR,ss,tbtb,ww"。结论华药虎皮猫TS/N封闭群的11个毛色... 详细信息

目的TS/N猫的毛色基因观察报告。方法通过30年来对十余代华药虎皮猫TS/N封闭选育的观察,总结了种群毛色基因的情况。结果华药虎皮猫TS/N封闭群毛色基因型为:"AA,BB,CC,DD,HH,LL,oo,RR,ss,tbtb,ww"。结论华药虎皮猫TS/N封闭群的11个毛色基因位点(A,B,C,D,H,L,O,R,S,T,W)均纯合。

关键词：华药虎皮猫TS/N 毛色基因封闭群

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白化小鼠毛色基因测试法

实验动物与比较医学 1982年第4期 221-224页

作者：孙靖卫生部药品生物制品检定所

为了保证近交系动物遗传上的高度纯合性及其品系特征,及时发现造成遗传变异和污染的各种原因是非常重要的。国际上用于近交系小鼠遗传鉴测方法,在形态学方面有毛色等位基因测试法,下颌骨形态分析法,以及染色体C带检查法,在免疫学方面有... 详细信息

为了保证近交系动物遗传上的高度纯合性及其品系特征,及时发现造成遗传变异和污染的各种原因是非常重要的。国际上用于近交系小鼠遗传鉴测方法,在形态学方面有毛色等位基因测试法,下颌骨形态分析法,以及染色体C带检查法,在免疫学方面有同系异体皮肤移植法,组织相溶

关键词：小鼠隐性基因基因型小家鼠遗传型毛色基因纯系动物近交系动物测试法

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TW近交系小鼠的血液生化及毛色基因检测

中国比较医学杂志 2012年第4期22卷 39-42页

作者：管彤张静姝李大鸣于国德王春花王凤山天津市疾病预防控制中心天津300011

目的建立野生来源TW(Tianjin wild,TW)近交系小鼠的体重和血液生化正常范围并检测其毛色基因纯合性。方法分别选用F23代TW近交系成年小鼠,进行毛色基因测试,并检测动物的体重及血液生化指标。结果 6周龄前,雌雄TW小鼠体重差异无统计学意... 详细信息

目的建立野生来源TW(Tianjin wild,TW)近交系小鼠的体重和血液生化正常范围并检测其毛色基因纯合性。方法分别选用F23代TW近交系成年小鼠,进行毛色基因测试,并检测动物的体重及血液生化指标。结果 6周龄前,雌雄TW小鼠体重差异无统计学意义(P0.05),且与文献报道的其他品系结果不一致。毛色基因测试,F1代小鼠的毛色为白腹野生色,其基因型为AWAWBBccDD。结论 TW小鼠毛色基因已达纯合,且在一些指标上与通用实验小鼠品系不同,具有自身特点。

关键词：近交系小鼠毛色基因血液生化

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灵长类毛色基因研究进展

生命的化学 2017年第6期37卷 1012-1016页

作者：冯平付美莲广西师范大学珍稀濒危动植物生态与环境保护教育部重点实验室桂林541006 广西师范大学生命科学学院桂林541006

毛色在动物生活中起着信息交流和伪装等作用。灵长类不同物种之间、同一物种不同个体之间都有着丰富的毛色,然而,毛色变化的分子机制却研究得较少。已有的研究发现,灵长类毛色变化既不能归因于某些毛色基因的序列差异,也不能归因于毛色... 详细信息

毛色在动物生活中起着信息交流和伪装等作用。灵长类不同物种之间、同一物种不同个体之间都有着丰富的毛色,然而,毛色变化的分子机制却研究得较少。已有的研究发现,灵长类毛色变化既不能归因于某些毛色基因的序列差异,也不能归因于毛色基因表达量的差异。本文对灵长类的毛色、灵长类的毛色基因(主要是MC1R和ASIP基因)的研究进行了简要的概述,以期为灵长类毛色基因的进一步研究提供参考。

关键词：灵长类毛色基因 MC1R ASIP

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近交系和远交系白化小鼠毛色基因的测试

上海畜牧兽医通讯 1982年第4期 204-205页

作者：朱福令上海生物制品研究所

随着生物医学科学的发展,多种基因型的近交系动物,经常用作实验模型。虽然近交系动物的遗传性是稳定的,可是在长期的饲养过程中仍有可能发生变异和基因污染。新培育的品系也需要遗传鉴定和监测,以了解近交系动物的主要遗传性是否改变。

关键词：小鼠远交基因型 DBA 近交系动物遗传性小家鼠遗传型纯系动物毛色基因北京生物制品检定所