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应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统探讨毛干样本线粒体DNA异质性

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法医学杂志 2021年第1期37卷 21-25页

作者：程凤张庆霞陈成建李万婷张家榕张更谦严江伟山西医科大学法医学院山西太原030001 北京市公安司法鉴定中心北京100192

目的应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统对毛干样本线粒体全基因组分型结果的异质性进行探讨。方法采集8名无关个体的口腔拭子、血液及同一个体不同部位毛干样本,使用Precision ID mtDNA Whole Genome Panel对线粒体全基因组进行扩... 详细信息

目的应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统对毛干样本线粒体全基因组分型结果的异质性进行探讨。方法采集8名无关个体的口腔拭子、血液及同一个体不同部位毛干样本,使用Precision ID mtDNA Whole Genome Panel对线粒体全基因组进行扩增,应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统对线粒体全基因组进行分析检测。结果2名个体的颞部毛干样本线粒体DNA出现异质性,其余6名无关个体的口腔拭子、血液及不同部位毛干样本的线粒体全基因组分型结果均一致。8名无关个体共观察到119个碱基变异,个体的变异位点数目分别为29、40、38、35、13、36、40和35。结论应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统可全面了解序列多态性。

关键词：法医遗传学 DNA,线粒体全基因组 HID Ion GeneStudio^(TM)S5测序系统毛干

毛干DNA提取中四种细菌清除方法的比较研究

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野生动物学报 2020年第4期41卷 924-929页

作者：周永恒马跃崔靓玉徐艳春杨淑慧东北林业大学野生动物与自然保护地学院哈尔滨150040 国家林业和草原局野生动植物检测中心哈尔滨150040 国家林业和草原局野生动物保护与利用工程技术研究中心哈尔滨150040

毛发(无根)作为一种非损伤性的生物样本,在保护遗传学和分子生态学研究中发挥着十分重要的作用。以毛干中提取的DNA为模板做PCR扩增时,mtDNA片段扩增效果较好,但核基因的扩增成功率极低。人们将其归因于核DNA质低量少所致。然而我们在... 详细信息

毛发(无根)作为一种非损伤性的生物样本,在保护遗传学和分子生态学研究中发挥着十分重要的作用。以毛干中提取的DNA为模板做PCR扩增时,mtDNA片段扩增效果较好,但核基因的扩增成功率极低。人们将其归因于核DNA质低量少所致。然而我们在前期研究中发现,从毛干中得到的总DNA混有大量的细菌DNA,是导致核基因扩增困难的主要因素之一。为此我们尝试建立一种高效、快速、低成本,而且不影响DNA提取的清除毛干细菌的方法。本研究以蓝狐被毛为材料,经过普通清洗后,以4种方法处理毛干,随后使用磁珠法进行总DNA提取,并通过荧光定量PCR检测总DNA中细菌DNA的含量,以此评估4种方法的有效性。结果表明,未经处理的毛干(V#1—V#3样本)总DNA中,mtDNA和细菌pDNA的Ct值分别为(15.53±0.15)和(16.82±0.03),二者的比值为(0.923±0.009)。以SDS和NaOH(方案I)、溶菌酶(方案II)和triton X-100(方案III)处理的毛干样本,细菌DNA的含量没有明显降低。用65℃的4 mol/L NaOH溶液处理毛干样本20 s(方案IV),可把pDNA的拷贝数降低近1000倍,而动物DNA的拷贝数没有明显降低。延长处理时间至35 s以上会降低DNA的提取效果甚至提取失败。因此,我们推荐在提取毛干总DNA之前,采用方案IV处理毛干样品。

关键词：毛干清洗 DNA提取细菌DNA

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毛干DNA提取方法概述

中国生物工程杂志 2012年第10期32卷 128-134页

作者：管政陈爱亮中国农业科学院农业质量标准与检测技术研究所北京100081

毛干作为最容易取得的一种无创、运输和储存方便的生物样本,对从核酸分子水平上进行各方面研究有着十分重要的意义。但毛干中DNA含量低,不易提取,而且存在大量角蛋白和色素,纯化不净会对下游PCR扩增等反应产生抑制作用。基于毛干DNA提... 详细信息

毛干作为最容易取得的一种无创、运输和储存方便的生物样本,对从核酸分子水平上进行各方面研究有着十分重要的意义。但毛干中DNA含量低,不易提取,而且存在大量角蛋白和色素,纯化不净会对下游PCR扩增等反应产生抑制作用。基于毛干DNA提取现状,综述并比较了近三十年动物及人类毛发的毛干DNA提取、纯化等相关方法,拟为毛干DNA提取在分子生物学各领域的推广应用提供充分的文献支持和参考。

关键词：毛干 DNA 提取

毛干mtDNA单倍型母系家系排查法侦破命案

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中国法医学杂志 2010年第1期25卷 48-49,73页

作者：程宝文刘永剑李文富刘红梅何玮李貌翟滇云南省公安厅云南昆明650228 云南省永胜县公安局云南丽江674200 玉溪市公安局云南玉溪653100

群体遗传学研究发现,不同种族人群mtDNA的高变区和编码区区域内有一些特异的多态点,其界定的mtDNA单倍型具有种族特异性[5]. 在少数民族聚居且游客较多的丽江,可用于作为区分本地或外地人的参考. 经对现场多份毛发mtDNA 16081-1639区域... 详细信息

群体遗传学研究发现,不同种族人群mtDNA的高变区和编码区区域内有一些特异的多态点,其界定的mtDNA单倍型具有种族特异性[5]. 在少数民族聚居且游客较多的丽江,可用于作为区分本地或外地人的参考. 经对现场多份毛发mtDNA 16081-1639区域的测序检测,死者胸部和膝关节上毛发 mtDNA序列与死者杨某血痕的相同,应为死者本人毛发,而死者指尖粘附毛干的mtDNA有3个多态点,其中16304 T→C、16309 A→G为mtDNA R单倍型的特征多态点,与死者及其丈夫不同,应为犯罪嫌疑人所留

关键词：法医物证学 mtDNA 毛干母系

毛干中线粒体DNA 4977bp缺失突变与老年性聋功能损害程度的关系

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毛干中线粒体DNA 4977bp缺失突变与老年性聋功能损害程度的关系

作者：刘红山东大学

学位级别：硕士

目的：通过检测人毛干线粒体DNA的状态及缺失突变情况,探讨毛干线粒体DNA4977bp缺失突变与老年性耳聋的关系,进一步阐明毛干线粒体DNA的获得性损伤在老年性耳聋发病中的意义。方法： 1、病例选择：收集山东大学附属省立医院耳鼻咽喉... 详细信息

目的：通过检测人毛干线粒体DNA的状态及缺失突变情况,探讨毛干线粒体DNA4977bp缺失突变与老年性耳聋的关系,进一步阐明毛干线粒体DNA的获得性损伤在老年性耳聋发病中的意义。方法： 1、病例选择：收集山东大学附属省立医院耳鼻咽喉头颈外科门诊2013年6月至2013年11月就诊的老年性耳聋患者,通过问卷调查和严格的听力筛查项目(纯音听阈和鼓室图)来收集样本。纳入研究标准：受试者必须是双侧、感音神经性听力损失;受试者双侧听力在同一频率差异在10分贝以内;每个受试者纯音听阈阈值增加26分贝以上;每位受试者鼓室图显示没有明显其它能引起听阈增高的病变。调查问卷详细地包括了受试者以往的药物史、家族史、既往及现病史,排除有明确的其它引起听力损失疾病的就诊者。 2、毛干总线粒体DNA的提取：每位纳入研究的受试者收集4-6根毛干,使用chelex-100法提取毛干中线粒体DNA。 3、普通PCR：使用普通PCR方法进一步验证毛干中线粒体DNA提取成功。 4、巢式PCR：采用巢式PCR检测患者毛干中线粒体DNA状态及线粒体DNA4977bp缺失比率。 5、DNA测序：使用ABI3730型自动测序仪对巢式PCR扩增的DNA缺失片段进行测序,进一步验证缺失片段为线粒体DNA4977bp。 6、实时定量荧光PCR：检测受试者毛干中线粒体DNA4977bp缺失程度,观察线粒体DNA4977bp缺失突变率与老年人群听力功能受损程度的关系。结果： 1、经过严格听力检测及问卷调查标准筛选的87例单纯性老年性耳聋患者(60-83岁)和95例听力正常老年人(63-81岁)为对象,每位受试者收集4-6根毛干。 2、普通PCR结果显示：所有标本均可扩增出135bp线粒体DNA保守片段,表示每位受试者毛干提取DNA均为线粒体DNA。 3、巢式PCR结果显示：线粒体DNA4977bp缺失突变阳性标本首次PCR可以扩增出618bp的目标片段,而未发生缺失突变的DNA样本由于Taq酶功能的限制和延伸时间不足的限制不能扩增出长约5kb的片段;经首次PCR证实缺失突变阳性的标本,再次PCR,可扩增出396bp的目标片段。老年性聋组线粒体DNA4977bp缺失突变发生率为59/87。其中,听力损失在26-55dB之间,表现为轻中度听力损失患者,缺失突变发生率为22/43;听力损失在56-90dB之间以全频损失,表现为中重度、重度听力损失患者,缺失突变发生率为25/31;听力损失>90dB,表现为极重度听力损失的患者,缺失突变发生率为12/13。而听力损失毛干中均存在线粒体DNA4977bp缺失突变;2、老年性耳聋患者毛干线粒体DNA4977bp缺失突变率明显高于正常听力老年人群;3、老年人群听力功能受损程度与患者毛干线粒体DNA缺失突变量呈正相关。

关键词：老年性聋毛干常见缺失巢式PCR 测序实时定量PCR

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藏酋猴毛干DNA的3种提取方法

东北林业大学学报 2010年第2期38卷 58-61页

作者：徐怀亮汪宴廷姚永芳黄晓峰倪庆永程安春潘阳四川农业大学雅安625014 昆明动物园

为寻求一种从藏酋猴毛干中提取总DNA的有效方法,从一藏酋猴个体背部剪取数量不等的毛干样品(不含毛囊),经蛋白酶K消化后,分别采用高盐沉淀抽提法、酚氯仿抽提法、纳米磁珠抽提法分离获得用于PCR扩增的模板DNA,通过紫外分光光度计测定OD... 详细信息

为寻求一种从藏酋猴毛干中提取总DNA的有效方法,从一藏酋猴个体背部剪取数量不等的毛干样品(不含毛囊),经蛋白酶K消化后,分别采用高盐沉淀抽提法、酚氯仿抽提法、纳米磁珠抽提法分离获得用于PCR扩增的模板DNA,通过紫外分光光度计测定OD值并计算出质量浓度,同时进行琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增检测,分析3种方法提取藏酋猴毛干DNA的质量差异。每处理设置10个重复。结果表明,纳米磁珠法提取藏酋猴毛干中DNA是一种快捷、简便、经济、高效、安全的有效方法;进行毛发取样时以5～10根较为合适。

关键词：藏酋猴毛干 DNA 高盐沉淀抽提法酚氯仿抽提法磁珠抽提法

毛干及自然脱落毛囊复合扩增Amel及13个STR基因座检验的实验研究

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中国法医学杂志 2003年第5期18卷 294-296,310页

作者：刘开会郭燕霞季安全邱宁王坚常彩琴公安部物证鉴定中心北京100038

刑事案件案发现场往往会遗留有毛发.人为拔下的毛发,毛囊用常规方法一般可成功检见Amel及STR基因座,达到同一认定,毛干可进行mtDNA检验.自然脱落毛囊一般不能进行Amel及STR基因座检验.Barbaro等报道,通过增加循环圈数的方法分别扩增同... 详细信息

刑事案件案发现场往往会遗留有毛发.人为拔下的毛发,毛囊用常规方法一般可成功检见Amel及STR基因座,达到同一认定,毛干可进行mtDNA检验.自然脱落毛囊一般不能进行Amel及STR基因座检验.Barbaro等报道,通过增加循环圈数的方法分别扩增同一个单位点STR基因座4-5次后,采用激光荧光仪检测,综合分析结果,可以确定3-4cm长1根毛干Amel及8个STR基因座,这种检测方法已用于实际案件检验~[1].我们受该文启发,较为系统的研究了毛干及自然脱落毛囊复合扩增Amel及13个STR基因座,报道如下.

关键词：毛干自然脱落毛囊复合扩增Amel STR基因座检验实验研究法医物证学

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应用毛干进行微卫星分型的初步研究

应用毛干进行微卫星分型的初步研究

作者：应璐东北林业大学

学位级别：硕士

本研究以北极狐为研究对象,以同一个体的皮肤组织为对照样品研究了35个个体的毛干微卫星分型情况。采用苯酚—氯仿法提取皮肤和毛干的基因组DNA,设计了12个位点PCR引物。通过PCR扩增体系的优化,从12个位点中筛选出5个在皮肤DNA扩增较为... 详细信息

本研究以北极狐为研究对象,以同一个体的皮肤组织为对照样品研究了35个个体的毛干微卫星分型情况。采用苯酚—氯仿法提取皮肤和毛干的基因组DNA,设计了12个位点PCR引物。通过PCR扩增体系的优化,从12个位点中筛选出5个在皮肤DNA扩增较为稳定的微卫星位点,其中AJ411682是单态性位点。以皮肤DNA的扩增结果为参照,计算了毛干DNA扩增的阳性率、正确率、等位基因频率、基因型频率、表观杂合度、期望杂合度、匹配概率、个体识别能力和累计个体识别能力等指标,研究和评估了毛干样品DNA的分型情况。结果显示,毛干在微卫星位点X94309、AJ269545、AY223968、AJ132981和AJ411682扩增阳性率分别是100.00%、80.00%、82.35%、60.00%和60.00%,扩增正确率分别是91.43%、74.29%、73.53%、48.00%和60.00%;皮肤和毛干在四个多态性微卫星位点的表观杂合度、期望杂合度、匹配概率和个体识别能力之间没有显著统计学差异。皮肤累计个体识别能力是0.975055097,毛干累计个体识别能力是0.969098611。上述结果表明,(1)毛干中提取的基因组DNA可以成功扩增出100bp左右的微卫星产物,240bp左右的片段难以成功扩增;(2)毛干的扩增正确率因微卫星位点而异;(3)毛干微卫星分型成功率最重要的影响因素是毛干能够提供的模板量;(4)针对毛干样品的微卫星位点在实际应用之前必须对基本遗传学参数进行比较和评估。

关键词：微卫星毛干基因分型

小孢子真菌发癣患儿毛干超微结构改变的扫描电镜观察

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电子显微学报 2005年第6期24卷 597-599页

作者：王丽胡莎莎姜斌雷建章河北医科大学电镜实验中心河北石家庄050017 河北医科大学附属第四医院皮肤科河北石家庄050011 河北工程学院医学部附属医院皮肤科河北邯郸056038

为了唤起社会关注及探究发癣的超微病理变化,提醒社会及家庭,尽量使儿童远离宠物或不养宠物,减少任何可能的传染源。本文对6例确诊为小孢子菌癣患儿的毛发,按常规制备扫描电镜样品,扫描电镜下观察分析。结果显示小孢子菌对毛干损害部位... 详细信息

为了唤起社会关注及探究发癣的超微病理变化,提醒社会及家庭,尽量使儿童远离宠物或不养宠物,减少任何可能的传染源。本文对6例确诊为小孢子菌癣患儿的毛发,按常规制备扫描电镜样品,扫描电镜下观察分析。结果显示小孢子菌对毛干损害部位主要在毛小皮,而毛干主体的皮质柱则少见损伤。毛小皮细胞的超微变化特征在于使原来呈叠瓦且贴附平整规律的毛小皮,逐步干裂翘起失去固有形象,毛干逐渐由圆滑润泽变成毛刺状,最后导致毛小皮细胞解体或脱落,毛根松动,毛干易折断。上述超微结构改变可能与毛小皮硬角质受体蛋白分子有关。

关键词：小孢子菌毛干扫描电镜