检索结果-南通市图书馆

嗜盐四联球菌CICC 10469盐胁迫应答机制的比较转录组学研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

嗜盐四联球菌CICC 10469盐胁迫应答机制的比较转录组学研究

作者：刘礼崔华南理工大学

学位级别：硕士

嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus CICC 10469)是中度嗜盐革兰氏阳性乳酸菌,是我国酱油生产中常用的发酵菌种之一,对酱油风味的形成具有重要作用。***具有良好的盐耐受能力,对其进行研究将有助于理解盐胁迫的调控机制和提升微... 详细信息

嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus CICC 10469)是中度嗜盐革兰氏阳性乳酸菌,是我国酱油生产中常用的发酵菌种之一,对酱油风味的形成具有重要作用。***具有良好的盐耐受能力,对其进行研究将有助于理解盐胁迫的调控机制和提升微生物的盐耐受能力。本研究对处于对数生长期的***菌体分别进行0M,1M,3.5M Na Cl盐浓度的短时(5h)盐胁迫处理,并提取各处理条件下的总RNA,经纯化和浓缩后得到高质量的RNA样品,分别标记为T1,T2,T3。通过Illumina c DNA文库构建方法构建RNA-seq测序文库,利用Illumina Hi SeqTM 2500高通量测序平台测序。获得了共计约4.51 Gb的高质量干净数据,利用Top Hat进行序列拼接和基因组比对,ANNOVAR进行基因功能注释。通过Cuffdiff软件并结合基因表达水平标准化方法FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads),设定p≤0.05及差异倍数阈值|log2(fold change)|?1.5筛选各比较组T1vs.T2,T3vs.T2,T1vs.T3中的显著差异表达基因(SDEGs)。对这些显著差异表达基因进行了GO基因功能富集分析和KEGG pathway生物通路分析。根据显著差异表达基因的表达情况,对***应对盐胁迫的机制进行了分析和预测,对特异性表达的基因,功能不明确的新异基因进行了分析。另外,本研究还通过实时荧光定量(q-PCR)实验对RNA-seq数据的可靠性和准确性进行了验证。研究发现:当***处于较低盐浓度下时,主要通过高表达一些与转录、翻译、膜系统和细胞分裂相关的基因进行盐适应性调控,这些基因编码核糖体蛋白、核糖体结构成分,或涉及核糖体的生物合成、核糖激酶活性、t RNA二氢尿苷的生物合成、甘油酯代谢、脂质A和脂肪酸生物合成等;当***处于较高盐浓度下时,主要通过高表达一些与热激蛋白(HSPs)和ABC转运系统相关的基因进行盐胁迫应答调节,如基因grp E,gro ES,clp E,hsl V,hsl U,hrc A,dna K,gro EL,rpo D,TEH5170,TEH5190,TEH7310等。同时,还发现大量功能不明确的新异基因在盐胁迫下出现了显著性表达。本研究获得的数据和结论将为阐明***甚至其他耐盐微生物的耐盐机制提供宝贵的素材和研究方向。

关键词：嗜盐四联球菌比较转录组学盐胁迫 RNA-seq 调控机制

远东疣柄牛肝菌与双色牛肝菌比较转录组学研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

远东疣柄牛肝菌与双色牛肝菌比较转录组学研究

作者：刘棒昆明理工大学

学位级别：硕士

随着科学技术的进步与发展,高通量测序技术在转录组学研究方面得到了非常广泛的应用。素有“植物王国”之称的云南,因其得天独厚的自然生长条件,也成了名副其实的“真菌王国”。本研究通过Illumina/HiseqTM2000测序平台,完成了对云南野... 详细信息

随着科学技术的进步与发展,高通量测序技术在转录组学研究方面得到了非常广泛的应用。素有“植物王国”之称的云南,因其得天独厚的自然生长条件,也成了名副其实的“真菌王国”。本研究通过Illumina/HiseqTM2000测序平台,完成了对云南野生食药用大型真菌中牛肝菌科疣柄牛肝菌属的远东疣柄牛肝菌和牛肝菌属的双色牛肝菌的转录组测序工作,通过生物信息学分析对其进行了从头组装,完成了对两种真菌转录组基因的功能注释,并对它们的转录组进行了进一步的比较与分析。在此次研究中,远东疣柄牛肝菌和双色牛肝菌分别鉴定出了2,730个SSRs和1,652个SSRs,然后利用CandiSSR软件,以双色牛肝菌转录组的SSRs为参考序列,将远东疣柄牛肝菌转录组SSRs与参考序列比对后得到了89个在两种真菌中具有多态性的SSRs位点,提取了双色牛肝菌中多态性SSRs位点上、下游各100bp的核苷酸序列,以供引物设计使用。通过两种真菌转录组的比较,对它们在进化过程中直系同源基因所受到的选择性压力进行了研究,并发现了有52个直系同源基因对可能受到了正选择作用,其中有6个直系同源基因对可能受到了较为强烈的正选择作用。最后,完成了对两种真菌的碳水化合物酶有关基因的注释与比较研究。远东疣柄牛肝菌和双色牛肝菌的转录组数据及功能基因的注释,为开展种质资源的保护与发掘利用,进一步研究它们的药用成分的代谢、药理作用及特点奠定了基础。

关键词：高通量测序远东疣柄牛肝菌双色牛肝菌比较转录组学基因注释

基于比较转录组学的黑河下游胡杨异形叶功能性状研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于比较转录组学的黑河下游胡杨异形叶功能性状研究

作者：成莉莉中央民族大学

学位级别：硕士

胡杨(Populus euphratica)是我国特有的荒漠河岸林优势树种,是第三纪残余的古老孑遗植物,具有极强的荒漠环境适应性和极大的生态研究价值。探究胡杨与荒漠环境的适应机制对保护胡杨林具有重要的现实意义。本研究以黑河下游额济纳绿洲中... 详细信息

胡杨(Populus euphratica)是我国特有的荒漠河岸林优势树种,是第三纪残余的古老孑遗植物,具有极强的荒漠环境适应性和极大的生态研究价值。探究胡杨与荒漠环境的适应机制对保护胡杨林具有重要的现实意义。本研究以黑河下游额济纳绿洲中的胡杨为研究对象,选择胡杨不同生长发育阶段典型植株上的代表叶形,开展胡杨叶片的功能性状研究,并采用比较转录组学分析胡杨异形叶适应环境的分子调控机制,为揭示胡杨适应环境的生理生态和分子机制提供新视角,为黑河下游胡杨林的种群保护和当地生态恢复提供科学依据。主要研究结果如下:(1)本研究对不同年龄、不同发育阶段的胡杨叶片进行形态和光合作用机制的研究。结果表明,胡杨叶形态和光合作用机制随树龄、叶龄及叶片的空间分布不同而出现差异。随着胡杨的生长发育以及叶片从树基到树冠垂直空间方向,胡杨叶片的叶面积增加,叶形指数降低,光能捕捉面积增加。幼龄胡杨的光敏感性更高,对弱光的利用程度最高,其光合效率和有机物积累更高。老龄胡杨对光照的调节能力较弱,受光照抑制后,需要更长时间才能恢复光合速率,其光合效率较低。中龄胡杨的代谢能力较强。(2)胡杨对环境的生理生态特征研究表明,在正午光、热条件最强烈的时候,胡杨冠层叶片的蒸腾速率高于基层叶片,干旱胁迫下,胡杨通过提高水分利用效率来提高抗旱性能。此外,高温干旱抑制了胡杨叶片气孔的开放程度。冠层叶片较基层叶片受到更多的太阳光直射,其气孔开放的程度更小。幼龄胡杨和老龄胡杨的气孔调节机制似乎更完善,其光合速率受非气孔限制的调控时间更久,比起气孔调节,幼龄胡杨和老龄胡杨气孔调节机制更多受到自身调节,受环境影响较小。(3)通过对胡杨四个典型发育阶段的典型叶片进行比较转录组分析。设置胡杨幼苗与幼树、幼苗与成树、中树与成树叶片3个比对组,分别筛选出48、1764、196个显著差异基因。对差异基因进行功能分析,其中胡杨幼苗期主要以增加光合效率,促进细胞代谢,保持内部细胞的稳定以促进生长。幼苗期向幼树期的生长发育过程中,完成从营养生长到生殖生长的过渡,合成物质更多,新陈代谢增强,主要在花粉管发育、根系发育、植物激素方面发生了明显的调控。成树期在遗传信息处理和环境响应方面发生了差异,逆境适应能力增强。GO条目互作网络分析发现22个调控胡杨生长发育的关键GO条目,筛选得到与胡杨生长发育紧密联系的7个候选基因,其中LOC105123506、LOC105136548、PsSAMT可能是调控胡杨生长、繁殖、逆境应答的三个重要候选基因,参与胡杨生长的全过程;LOC105098210、LOC105095593在胡杨发育早期起作用,与细胞分裂和生长的调控有关;LOC105139071可能通过调节赤霉素含量,从而调节胡杨的生长和逆境应答,LOC105131320是调控胡杨根系发育、花粉管生长和植物光合作用及多种逆境的响应的重要候选基因。

关键词：胡杨异形叶功能性状比较转录组学候选基因额济纳旗

日本七鳃鳗（Lampetra japonica）血液、肝脏组织的比较转录组学研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

日本七鳃鳗（Lampetra japonica）血液、肝脏组织的比较转录组学...

作者：全俊龙辽宁师范大学

学位级别：硕士

七鳃鳗隶属脊椎动物亚门，圆口纲，七鳃鳗目，七鳃鳗科，七鳃鳗属，是迄今为止所知道的海洋生物中最原始的无颌脊椎动物，与寒武纪晚期底栖的甲胄鱼类有共同的祖先，是名副其实的“活化石”。七鳃鳗不仅是研究脊椎动物起源与进化的关键... 详细信息

七鳃鳗隶属脊椎动物亚门，圆口纲，七鳃鳗目，七鳃鳗科，七鳃鳗属，是迄今为止所知道的海洋生物中最原始的无颌脊椎动物，与寒武纪晚期底栖的甲胄鱼类有共同的祖先，是名副其实的“活化石”。七鳃鳗不仅是研究脊椎动物起源与进化的关键物种，同时也是研究脊椎动物胚胎发育、器官分化的最佳模型。近年来对七鳃鳗的研究已经逐步从形态结构、生态分布等方面，转向基因组学和转录组学方面。本研究分别以日本七鳃鳗(Lampetra japonica)肝脏和外周血为材料构建非标准化cDNA文库，在文库中随机挑选克隆子进行5'端测序，分别得到10077（肝脏）条和12089（血液）条有效的ESTs(Expressed Sequence Tags)序列。通过将日本七鳃鳗EST序列与海七鳃鳗全基因组序列进行比对，大部分EST序列均获得了高相似度的基因组锚定。通过比较转录组学分析发现，日本七鳃鳗肝脏表达基因多与凝血、蛋白合成与降解以及氧化还原功能相关，这与肝脏具有的解毒和凝血功能，以及肩负的一线免疫防御功能密切相关。而血液表达基因则显著富集于细胞粘着和通讯功能，这可能与类淋巴细胞的免疫防御功能相关。另外，肝脏组织表达的多个基因与多种人类疾病相关的通路，如阿尔茨海默症、帕金森症、亨廷顿氏舞蹈症以及心血管相关的疾病的相关基因有极高的相似性，为深入研究这些疾病的发病机制以及药物研发提供了候选材料。综上所述，基于血液和肝脏组织EST序列开展的日本七鳃鳗和海七鳃鳗两个近缘物种的比较转录组学分析，为发现新基因和探究基因组的起源进化以及进一步开展功能基因资源的挖掘和开发提供了理论支持和实践途径。

关键词：日本七鳃鳗肝脏血液 EST 比较转录组学

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国代表性菊头蝠的比较转录组学研究

中国代表性菊头蝠的比较转录组学研究

作者：赵腊梅北京协和医学院

学位级别：硕士

现有研究表明,严重急性呼吸综合征冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV)和新型冠状病毒(SARS-CoV-2)极有可能起源于菊头蝠属的蝙蝠携带的Sarbecovirus亚属冠状病毒。尽管这两种病毒跨种传播到人类社会后... 详细信息

现有研究表明,严重急性呼吸综合征冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV)和新型冠状病毒(SARS-CoV-2)极有可能起源于菊头蝠属的蝙蝠携带的Sarbecovirus亚属冠状病毒。尽管这两种病毒跨种传播到人类社会后引发了大规模的疫情传播和大量人员的死亡,但它们同类型的病毒在定殖的菊头蝠种群中却能够稳定的循环而不引发明显的临床症状。菊头蝠同其他能够飞行的翼手目蝙蝠一样具有多种特殊的适应性特征,如绵长的寿命、增强的疾病耐受性及独特的免疫反应特征等。然而,关于菊头蝠等蝙蝠是如何与病原共存并适应不同的极端环境的潜在机制尚不明晰,这引起了研究者们对相关机制研究的极大兴趣。本研究在中国境内采集了菊头蝠属的12种代表性蝠种的组织样本,利用RNA-Seq测序技术对每种菊头蝠的多个器官组织进行了测序、组装和分析,旨在比较分析人类和菊头蝠的转录水平的差异,并以此确定菊头蝠特殊的适应性进化特征的分子基础。一方面,针对菊头蝠和人类多个器官差异表达基因的功能注释与差异表达的分析,发现了许多抗感染和癌症相关的通路以及大量表达下调的先天性免疫相关基因(immunerelatedgenes,IRGs),这意味着菊头蝠可能存在一套特殊的抗病毒的免疫系统,使其能够持续保持宿主防御与免疫耐受间的平衡,且这些差异IRGs的发现也支持了蝙蝠具有抑制性免疫状态的假设,但其功能需要进一步研究;另一方面,为了探究蝙蝠转录组在进化水平上面的特征,本研究对所有菊头蝠的同源基因进行了正选择压力分析和系统发育进化分析,针对鉴定出的146个正选择基因进行注释后的分析表明大部分正选择基因参与了免疫应答和癌症抑制。同时进化分析的结果与差异表达分析的发现趋于一致。该比较转录组分析揭示了菊头蝠独特的抗病毒免疫响应和抗肿瘤防御等宿主防御系统的分子基础,本研究为菊头蝠相关研究提供了丰富的数据资源,这些结论和发现也为预防和治疗感染性疾病提供新的思路和策略。此外,大量有意义的候选基因有望成为探究最终可用于防控和治疗人类传染病,癌症等相关疾病的分子靶点。

关键词：菊头蝠比较转录组学适应性进化先天性免疫肿瘤抑制

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

比较转录组学分析灵芝子实体发育调控基因

比较转录组学分析灵芝子实体发育调控基因

作者：张紫娟中南林业科技大学

学位级别：硕士

灵芝是可形成子实体的大型药用真菌,其子实体是由菌丝形成原基进一步分化而来,但参与子实体发育的调控基因尚不清楚。本研究通过转录组学分析灵芝子实体发育相关的调控基因,与其他真菌子实体发育转录组数据联合,探究子实体发育调控基因... 详细信息

灵芝是可形成子实体的大型药用真菌,其子实体是由菌丝形成原基进一步分化而来,但参与子实体发育的调控基因尚不清楚。本研究通过转录组学分析灵芝子实体发育相关的调控基因,与其他真菌子实体发育转录组数据联合,探究子实体发育调控基因的保守性;并通过比较基因组学分析灵芝三萜和角质/木栓质/蜡合成基因的进化和起源,主要研究结果如下:（1）对灵芝4个发育阶段的6个样本（菌丝、原基、幼嫩子实体,菌盖、菌孔和菌柄）进行转录组分析,以相邻发育阶段或相邻部位样品筛选差异基因,共筛选出6806个候选的发育调控基因（DRGs）。表达模式将筛选出的DRGs聚为6类,其中13个甲羟戊酸途径（MVA）基因在菌盖中高表达,1 2个CYP450基因与MVA基因表达规律一致,且菌盖中三萜总含量为44.9 mg/g,显著高于其他发育阶段;40个角质/木栓质/蜡合成基因在菌柄中高表达,61个CYP450基因与角质/木栓质/蜡合成基因表达模式一致,推测与菌柄高硬度特征相关。（2）将灵芝与其他6种大型真菌的子实体发育转录谱联合分析,发现75个基因家族在7个真菌中均差异表达,包括GH家族、凝集素和蛋白激酶等;其中CAZymes家族中的GH57,GH16和PL14-like最为保守,参与了7个真菌的子实体发育;小分泌蛋白家族中的疏水蛋白、cerato-platanins蛋白和Kre9/Knh1蛋白等,在7种真菌中的基因拷贝数上存在差异,均参与子实体发育。（3）对涵盖主要分类谱系的41种植物和84种真菌的三萜和角质/木栓质/蜡合成基因家族进行扩张及进化分析,显示几乎所有的真菌都具有完整的MVA基因,但多孔菌中三萜合成相关的CYP450基因家族的拷贝数多于其他真菌;且多孔菌（特别是灵芝）基因组包含角质/木栓质/蜡合成所需的所有已知基因,其中一些基因出现在微孢子虫中,一些基因起源于早期陆地真菌接合菌。该结果从进化角度说明,灵芝具有合成角质/木栓质/蜡的能力。本研究通过多物种比较转录组学分析了子实体发育中保守的调控基因,进一步探究了灵芝三萜和角质/木栓质/蜡合成基因的扩张和进化,为理解灵芝角质层合成提供了新的见解。

关键词：比较转录组学灵芝子实体发育保守的发育调控基因角质层合成

款冬花不同发育阶段的代谢组学和比较转录组学分析

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国生物化学与分子生物学报 2017年第6期33卷 615-623页

作者：贾岩张福生肖淑贤关扎根雷振宏秦雪梅李震宇山西大学中医药现代研究中心太原030006 山西大学化学化工学院太原030006 山西振东道地药材开发有限公司技术中心山西长治047100

以不同发育阶段款冬花(发育初期、中期、中后期、解封期及花朵期)为对象,基于核磁共振的代谢组学技术,分析其次生代谢物种类及含量的合成累积规律,并进行高通量转录组学测序,从差异表达的基因中寻找次生代谢物生物合成的关联酶基因。代... 详细信息

以不同发育阶段款冬花(发育初期、中期、中后期、解封期及花朵期)为对象,基于核磁共振的代谢组学技术,分析其次生代谢物种类及含量的合成累积规律,并进行高通量转录组学测序,从差异表达的基因中寻找次生代谢物生物合成的关联酶基因。代谢组学分析发现,款冬花不同发育阶段的次生代谢物代谢组成明显不同,苯丙素类成分在发育初期至中后期含量较高,之后逐渐降低;黄酮类成分(芦丁、山奈酚)在发育的各个阶段含量均有波动,但总体变化不大。转录组学分析结果显示,与苯丙素类成分生物合成相关的酶基因(COMT、HCT),随着花蕾的发育表达量逐渐降低;与黄酮类成分合成相关的酶基因(FLS、F3H、DFR),其表达量在不同阶段变化不大。转录组测序中的相关酶基因表达量同次生代谢物成分的变化趋势基本一致。本文采用的代谢组学和转录组学结合的方式,对款冬花的次生代谢物累积规律进行分析,为今后款冬花次生代谢物的生物合成调控研究奠定了基础。

关键词：款冬花代谢组学比较转录组学发育阶段

转录因子NeyR调控弗氏链霉菌新霉素的生物合成

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

食品与发酵工业 2024年

作者：程一晗李翔飞韩如梦刘艳薛正莲安徽省工业微生物分子育种工程实验室安徽工程大学生物与食品工程学院

新霉素主要是由弗氏链霉菌(Streptomyces fradiae)发酵生产的一种氨基糖苷类抗生素，广泛应用于医药、畜牧等领域，能够有效地控制和治疗细菌引起的疾病，提高畜禽的生长速度和生产性能。为了提高新霉素产量，该文通过比较转录组学分析... 详细信息

新霉素主要是由弗氏链霉菌(Streptomyces fradiae)发酵生产的一种氨基糖苷类抗生素，广泛应用于医药、畜牧等领域，能够有效地控制和治疗细菌引起的疾病，提高畜禽的生长速度和生产性能。为了提高新霉素产量，该文通过比较转录组学分析原始弗氏链霉菌SF-1和诱变高产菌SF-2的转录组数据，挖掘出转录水平差异显著的转录因子，然后过表达构建重组质粒，再通过接合转移构建出工程菌株。经摇瓶发酵验证筛选出对新霉素合成影响显著的工程菌株，进行启动子优化最终得到高产的生产新霉素工程菌株SF-2/pP-NeyR。随后对发酵培养基组分进行正交优化，最终新霉素B效价为11 843 U/mL。综合优化后新霉素B的效价较初始提高了29.6%。该实验结果为后续代谢机理研究，研究其和弗氏链霉菌新霉素合成基因簇的相互作用，解析调控新霉素合成机理奠定了基础，为进一步提高新霉素效价提供了思路。

关键词：弗氏链霉菌新霉素比较转录组学转录因子启动子优化发酵优化

基于比较转录组学分析揭示中华蜜蜂及意大利蜜蜂幼虫的球囊菌抗性差异机制

同方期刊数据库评论

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国农业大学学报 2019年第5期24卷 106-114页

作者：熊翠玲杜宇王鸿权郑燕珍付中民王海朋张璐陈大福郭睿福建农林大学蜂学学院福州350002

为探究中华蜜蜂(Apis cerana cerana,以下简称中蜂)与意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,以下简称意蜂)幼虫的球囊菌(Ascospahaera apis)抗性差异产生的原因,利用Venn分析、GO分类分析、KEGG代谢通路分析以及Ka/Ks分析对二者的转录... 详细信息

为探究中华蜜蜂(Apis cerana cerana,以下简称中蜂)与意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,以下简称意蜂)幼虫的球囊菌(Ascospahaera apis)抗性差异产生的原因,利用Venn分析、GO分类分析、KEGG代谢通路分析以及Ka/Ks分析对二者的转录组进行比较研究。Venn分析结果显示,中蜂与意蜂的同源基因有17 656个,归属于8 111个基因家族,二者的特有基因分别有1 158和241个,分别归属于468和86个基因家族。GO分类结果显示,中蜂和意蜂的特有基因分别富集在38和28个GO条目。KEGG代谢通路富集分析结果显示,中蜂和意蜂的特有基因分别富集于96和21个代谢通路;进一步分析发现中蜂的特有基因富集在内吞作用、溶酶体、泛素介导的蛋白水解和黑化作用等4个细胞免疫通路,以及MAPK信号通路和Toll-like受体信号通路等2个体液免疫通路,而意蜂仅有1个特有基因富集在MAPK信号通路。Ka/Ks分析结果显示受到强烈正向选择、弱正向选择、中性选择和负向选择的单拷贝同源基因分别有37、281、2 630和3 269个。对受到强烈正向选择的基因进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析,GO结果显示中蜂和意蜂的单拷贝同源基因富集的GO条目类型相同;KEGG结果显示中蜂的单拷贝基因仅富集在氧化磷酸化。上述结果表明免疫相关基因数量的差异是二者的球囊菌抗性差异产生的重要原因之一,中蜂在与球囊菌的协同进化过程中可能通过提高能量利用从而限制球囊菌的增殖。本研究结果可为阐明中蜂及意蜂幼虫的球囊菌抗性差异产生的分子机制提供参考。

关键词：中华蜜蜂意大利蜜蜂幼虫比较转录组学球囊菌