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四川农业大学学报 2022年第5期40卷 664-669页

作者：白诗睿马志杰梅萨陈生梅陈付菊郭卫兴青海大学畜牧兽医科学院西宁810016 农业农村部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室西宁810016 青海省高原家畜遗传资源保护与创新利用重点实验室西宁810016 青海大学农牧学院西宁810016 青海省果洛州班玛县畜牧兽医站青海班玛814399

【目的】从分子水平上探究青海省果洛藏族自治州3个牦牛群体(即达日、玛沁和岗龙群体)的母系遗传多样性水平、分化状况、聚类关系及其遗传背景。【方法】对33头岗龙牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行了测定,后从GenBank中下载了已... 详细信息

【目的】从分子水平上探究青海省果洛藏族自治州3个牦牛群体(即达日、玛沁和岗龙群体)的母系遗传多样性水平、分化状况、聚类关系及其遗传背景。【方法】对33头岗龙牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行了测定,后从GenBank中下载了已报道的37条达日牦牛和32条玛沁牦牛的相应序列,对共计102条mtDNA D-loop序列进行综合分析。【结果】根据638 bp D-loop区分析序列间核苷酸变异共确定了32种单倍型,其中达日、玛沁和岗龙牦牛群体分别拥有特有单倍型8、6和8种。3个牦牛群体总的单倍型多样度和核苷酸多样度为0.921±0.014和0.020±0.010,其中岗龙牦牛的单倍型多样度最高(0.951±0.019),达日牦牛的单倍型多样度居中(0.901±0.034),而玛沁牦牛的单倍型多样度最低(0.887±0.033)。岗龙牦牛与达日牦牛(F_(st)=0.118;N_(m)=1.869)、玛沁牦牛(F_(st)=0.129;N_(m)=1.688)群体间均呈中等遗传分化水平,基因交流贫乏,而达日牦牛和玛沁牦牛间(F_(st)=0.021;N_(m)=11.655)分化程度很弱,基因交流相对频繁。达日牦牛与玛沁牦牛最先聚为一类,后与岗龙牦牛再聚为一类。3个牦牛群体均由2个母系遗传分支组成,推测各群体均有2个母系起源。【结论】青海省果洛藏族自治州3个牦牛群体均拥有特有的母系遗传信息,岗龙、达日牦牛群体相比玛沁牦牛具有更丰富的母系遗传多样性;岗龙牦牛与达日、玛沁牦牛群体间遗传分化程度较高,而达日牦牛和玛沁牦牛间分化水平较低;各群体均由2个母系遗传分支组成,推测其均有2个母系起源。

关键词：牦牛 mtDNA D-loop区母系遗传多样性分化系统发育

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青海省祁连牦牛的母系遗传多样性及群体遗传结构分析

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青海畜牧兽医杂志 2022年第1期52卷 1-6页

作者：杨振菲马志杰陈生梅白诗睿李广祯李文浩李剑青海大学畜牧兽医科学院西宁810016 青海省高原家畜遗传资源保护与创新利用重点实验室西宁810016 青海省祁连县畜牧兽医站祁连810400

为明确青海省祁连牦牛的母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成及母系遗传背景,本研究对33头祁连牦牛的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定,结合Genbank中已报道的22条祁连牦牛D-loop区序列,用BioEdit7.2.5、Arlequin3.11和Mega5等... 详细信息

为明确青海省祁连牦牛的母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成及母系遗传背景,本研究对33头祁连牦牛的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定,结合Genbank中已报道的22条祁连牦牛D-loop区序列,用BioEdit7.2.5、Arlequin3.11和Mega5等生物信息学软件对共计55条序列进行综合分析,探究其母系遗传多样性、群体遗传结构及系统发育关系。结果表明:在祁连牦牛mtDNA D-loop区692bp序列比对分析中,排除2处插入/缺失后共发现33处多态位点,其中单一多态位点3处、简约信息位点30处;共确定了17种单倍型,其中单倍型H2由19个个体共享,为优势单倍型;计算得到祁连牦牛群体的单倍型多样度为0.850±0.037,核苷酸多样度为0.016±0.008。与野牦牛及大通、青海高原、天祝等其他家牦牛品种相比,祁连牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体的母系遗传变异较低,具有较低的母系遗传多样性。系统发育分析表明祁连牦牛的17种单倍型分属于5种单倍型组(即A、B、C、D和E),可分为2个大的母系支系(即支系Ⅰ和支系Ⅱ),推测其有2个母系起源。

关键词：祁连牦牛 mtDNAD-loop区母系遗传多样性群体结构母系起源

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青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性及支系组成

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中国牛业科学 2022年第2期48卷 33-38页

作者：白诗睿马志杰李广祯杨振菲陈生梅谢银禄郭东风陈立青海大学畜牧兽医科学院青海省高原家畜遗传资源保护与创新利用重点实验室西宁810016 青海省格尔木市畜牧兽医站青海格尔木816000 青海省格尔木市唐古拉山镇兽医站青海格尔木816099

[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单... 详细信息

[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示:格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰富的母系遗传多样性,由3个母系支系组成,推测其有3个母系起源。

关键词：格尔木牦牛 mtDNA D-loop区母系遗传多样性支系组成

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建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

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中国畜牧兽医 2020年第1期47卷 63-73页

作者：周凡莉黄卫平金素钰杨世忠黄林饶开晴郑玉才西南民族大学动物遗传资源保护与利用四川省重点实验室成都610041 四川省凉山州畜牧科学研究所西昌615042

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型... 详细信息

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。

关键词：建昌马 mtDNA D-loop 母系遗传多样性系统进化

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