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植物根围微生物分子生物学研究方法进展

北方园艺 2014年第13期 202-206页

作者：杨晓峰吕杰马媛新疆大学资源与环境科学学院、绿洲生态教育部共建重点实验室新疆乌鲁木齐830046

植物根围微生物是指在植物根系直接影响的土壤范围内生长繁殖的微生物。根围微生物研究对微生物生态学具有十分重要的意义。现对根围微生物多样性研究的克隆文库、分子指纹图谱技术、实时定量PCR技术、宏基因组文库、转录组合蛋白组分... 详细信息

植物根围微生物是指在植物根系直接影响的土壤范围内生长繁殖的微生物。根围微生物研究对微生物生态学具有十分重要的意义。现对根围微生物多样性研究的克隆文库、分子指纹图谱技术、实时定量PCR技术、宏基因组文库、转录组合蛋白组分析等主要方法进行了综述;并对根围微生物研究的领域加以阐述与展望。

关键词：根围微生物分子生态学研究方法克隆文库基因组学

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根围微生物对植物的生理和防病及生态学意义

农业科技情报（西南农学院） 1991年第1期 14-17页

作者：毛金水

内蒙古白桦根围土壤微生物群落结构及功能多样性研究

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内蒙古白桦根围土壤微生物群落结构及功能多样性研究

作者：高秀宏内蒙古师范大学

学位级别：硕士

本文以内蒙古境内白桦根围土壤为研究对象,采样点由西向东依次为贺兰山国家自然保护区、二龙什台国家森林公园、哈达门国家森林公园、乌兰坝林场和大兴安岭生态定位站,利用Illumina Miseq高通量测序平台对细菌16S rDNA V3-V4区和真菌ITS... 详细信息

本文以内蒙古境内白桦根围土壤为研究对象,采样点由西向东依次为贺兰山国家自然保护区、二龙什台国家森林公园、哈达门国家森林公园、乌兰坝林场和大兴安岭生态定位站,利用Illumina Miseq高通量测序平台对细菌16S rDNA V3-V4区和真菌ITS1区分别进行了高通量测序,分析了白桦根围土壤微生物多样性及群落结构。采用Biolog-ECO法研究微生物代谢功能多样性。结合土壤理化性质pH、AP、TN、OM、AK、AN、NN和WC,探讨微生物群落结构对环境因子变化的响应。本研究在大尺度范围内对内蒙古地区白桦根围土壤微生物进行了研究,系统地揭示了白桦根围微生物的群落结构特征及微生物代谢功能等研究内容。对于深入认识地下生态系统的结构和功能以及开展微生物多样性资源的保护和利用具有重要意义。主要得到以下研究结果:（1）5个样地白桦根围土壤细菌样本高通量测序共获得26371个OTU,分属于39门147纲446目800科1406属。白桦根围土壤细菌在门水平上（相对丰度大于1%）,主要分布于变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、（Latescibacteria）、Rokubacteria和硝化螺旋菌门（Nitrospirae）;在属水平上（相对丰度大于1%）,以RB41、Candidatus Udaeobacter、Ellin6067、Gaiella、鞘氨醇单孢菌属（Sphingomonas）、MND1、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）、红游动菌属（Rhodoplanes）、硝化细菌属（Nitrospira）、Candidatus Solibacter、苍白杆菌属（Ochrobactrum）、Vibrionimonas、赫黄嗜盐囊菌属（Haliangium）、Granulicella、热酸菌属（Acidothermus）、粘液杆菌属（Mucilaginibacter）、玫瑰弯菌属（Roseiarcus）和苔藓杆菌属（Bryobacter）共18属为主。（2）5个样地白桦根围土壤真菌样本高通量测序共获得4267个OTU,隶属于14门53纲125目276科555属。优势门主要分布于子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）和被孢霉门（Mortierellomycota）;非外生菌根真菌优势属（相对丰度大于1%）为链格孢属（Alternaria）、Archaeorhizomyces、曲霉属（Aspergillus）、短梗霉属（Aureobasidium）、枝孢属（Cladosporium）、镰刀霉属（Fusarium）、赤霉菌属（Gibberella）、湿伞属（Hygrocybe）、Ilyonectria、Lophiostoma、被孢霉属（Mortierella）、小菇属（Mycena）、黑孢霉属（Nigrospora）、青霉属（Penicillium）、Serendipita、产油菌属（Solicoccozyma）和Tetracladium。此外,还包括13种外生菌根真菌,分别为锁瑚菌属（Clavulina）、拟锁瑚菌属（Clavulinopsis）、丝膜菌属（Cortinarius）、蜡伞属（Hygrophorus）、丝盖伞属（Inocybe）、Piloderma、红菇属（Russula）、蜡壳耳属（Sebacina）、棉革菌属（Tomentella）、口蘑属（Tricholoma）、鹅膏属（Amanita）、Helvellosebacina和空团菌属（Cenococcum）。（3）对白桦根围土壤细菌群落的α多样性的分析表明,二龙什台国家森林公园白桦根围土壤中细菌的丰富度和多样性最高,而在贺兰山国家自然保护区中分布最均匀,大兴安岭生态定位站细菌的丰富度和多样性最小,且物种分布不均匀。β多样性结果表明,二龙什台国家森林公园、哈达门国家森林公园和贺兰山国家自然保护区细菌群落组成比较相似,而与大兴安岭生态定位站和乌兰坝林场的细菌群落组成差异较大。（4）对白桦根围土壤真菌群落的α多样性分析表明,贺兰山国家自然保护区白桦根围土壤物种丰富度、多样性最大,分布更均匀;而大兴安岭监测站白桦根围土壤物种丰度和多样性最小,且分布不均匀。β多样性结果说明,二龙什台国家森林公园、哈达门森岭公园、贺兰山国家自然保护区和乌兰坝林场真菌群落组成更相似,与大兴安岭生态定位站的真菌群落组成差异较大。（5）对微生物物种多样性与土壤理化性质的相关性分析表明,细菌物种多样性与含水量呈显著负相关;真菌物种多样性与速效钾和硝态氮呈极显著正相关,与土壤全氮和铵态氮呈极显著负相关。对土壤理化性质

关键词：白桦根围微生物群落结构代谢功能高通量测序 Biolog-ECO

不同施肥方案对露地和盆栽桑树根围土壤微生物的影响

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蚕业科学 2011年第5期37卷 899-906页

作者：于翠胡兴明黄淑君邓文叶楚华熊超湖北省农业科学院经济作物研究所武汉430064 武汉大学生命科学学院武汉430072

土壤中的微生物对土壤肥力的维持与提高有重要作用,而土壤施肥方案又影响微生物种类与数量。采用常规的土壤微生物分离培养技术,分别测定露地和盆栽桑树按3 000 kg/hm2有机-无机桑树专用复混肥(TA)、3 750 kg/hm2有机-无机桑树专用复混... 详细信息

土壤中的微生物对土壤肥力的维持与提高有重要作用,而土壤施肥方案又影响微生物种类与数量。采用常规的土壤微生物分离培养技术,分别测定露地和盆栽桑树按3 000 kg/hm2有机-无机桑树专用复混肥(TA)、3 750 kg/hm2有机-无机桑树专用复混肥(TB)、与TA等氮的尿素(TC)、与TA等氮磷钾的复合肥(TD)4种方案施肥后根围土壤微生物的数量,并对微生物的多样性指数进行分析。施肥处理前,露地和盆栽桑树根围微生物中的细菌约占95%左右。TB施肥方案处理的露地和盆栽桑树在施肥后10、40、90 d,根围细菌数量均高于其它施肥方案处理,且在施肥后90 d根围放线菌和解磷细菌数量高于其它处理,但露地桑树根围真菌数量低于其它处理。露地桑树按TA和TB施肥方案处理的根围细菌多样性随施肥后时间呈升高趋势,而按TC和TD施肥方案处理后则呈降低趋势,施肥后90 d,TA、TB施肥方案处理的露地和盆栽桑树根围细菌多样性指数均高于TC、TD处理;盆栽桑树TA和TB 2种施肥方案处理在施肥后10 d,TC和TD 2种施肥方案处理在施肥后90 d,根围细菌多样性指数最低,且各处理区细菌均匀度指数均于施肥后10 d最低。试验结果表明,有机肥的施用能显著提高桑树根围细菌的数量与多样性。

关键词：桑树土壤有机肥根围微生物多样性指数

深绿木霉T2对微生物种群数量的影响及抗药菌株的筛选

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深绿木霉T2对微生物种群数量的影响及抗药菌株的筛选

作者：尹婷甘肃农业大学

学位级别：硕士

1.通过在土壤中施用深绿木霉T2菌剂，于苜蓿生长过程中各生育期取土样测定其对根围微生物种群数量的影响。研究结果表明，深绿木霉T2菌株对苜蓿根围土壤细菌和真菌有明显的抑制作用，并主要引起种群数量的减少;而对固氮菌有明显的促生... 详细信息

1.通过在土壤中施用深绿木霉T2菌剂，于苜蓿生长过程中各生育期取土样测定其对根围微生物种群数量的影响。研究结果表明，深绿木霉T2菌株对苜蓿根围土壤细菌和真菌有明显的抑制作用，并主要引起种群数量的减少;而对固氮菌有明显的促生作用，对放线菌的影响不大。在苜蓿收获期，对照土壤中的细菌数量最多，达到4.24×10个/g干土，比土壤处理前提高3.56倍，是深绿木霉T2菌剂处理组土壤细菌群落数量的3.79倍;收获期处理土壤中的真菌数量减少的最多，比处理前减少了4.53倍，比对照减少了8.20倍;处理土壤中放线菌的数量与对照均呈波浪式缓慢上升，两者在数量上并无显著差异;处理土壤中固氮菌数量呈大幅度上升，对照土壤中固氮菌数量呈缓慢上升，收获期处理土壤中的固氮菌数量是对照的3.01倍。 2.采用喷雾法在苜蓿叶面喷施深绿木霉T2菌剂，测定其对叶围微生物种群数量的影响。研究结果表明，叶围微生物总体比较丰富，数量差异较大，各类菌群数量排序为细菌>真菌>放线菌。苜蓿叶面喷施深绿木霉T2菌剂后明显引起微生物数量的变化，叶围细菌的数量先缓慢增加后下降，35d后，对照叶围细菌数量达到33.54个/cm，而处理叶围细菌的数量仅为6.13个/cm;真菌数量呈先下降后上升的趋势，对照叶围的真菌数量从8.08个/cm上升到20.57个/cm，而喷施深绿木霉T2菌剂的叶围真菌的数量从8.08个/cm下降到0.59个/cm;放线菌数量没有明显变化。 3.本试验采用生长速率法测定了6种常见杀菌剂和5种常见杀虫剂对深绿木霉T2菌株的室内毒力。结果表明，6种杀菌剂和5种杀虫剂对深绿木霉T2菌的生长均有一定的抑制作用，且随着药剂浓度的增加，抑制作用越明显;不同的药剂对深绿木霉菌丝的毒力不同，其中代森锰锌和高效氯氟氰菊酯的毒力最低，EC50值分别为221.14μg/mL和3.59μl/mL;速克灵和毒死蜱的毒力最高，EC50值分别为26.24μg/mL和0.74μl/mL。根据毒力回归方程和EC50结果得出，6种杀菌剂的毒力大小依次为：速克灵＞扑海因＞多菌灵＞百菌清＞三唑酮＞代森锰锌，5种杀虫剂的毒力大小依次为：毒死蜱＞辛硫磷＞阿维菌素＞氯胺磷＞高效氯氟氰菊酯。 4.为获得对速克灵有抗药性的菌株，首先对深绿木霉T2菌株进行了紫外光照射并挑选出突变菌株，然后在不同浓度的速可灵(50μg/mL－800μg/mL)培养基上驯化，最后得到了4株对速克灵抗药性较强的菌株：T2-1，T2-2，T2-5和T2-6。10次转化、菌落生长速度测定、产孢数量的测定和对灰葡萄孢菌(Botrytiscinerea)的拮抗作用测定结果表明，此4个菌株生物学特性稳定，其中T2-6菌株显著优于其它3株。经过菌和药的协同作用测定发现，抗药性木霉T2-6菌剂(浓度为10个/g)与速克灵药剂(浓度为800μg/mL)配比为8∶2时，对灰葡萄孢菌的协同抑菌率达86.83%，明显高于单独使用木霉菌和速克灵的抑菌率。

关键词：深绿木霉苜蓿根围微生物叶围微生物种群数量杀菌剂杀虫剂毒力测定紫外诱变药剂驯化灰葡萄孢菌协同作用

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烟田拮抗微生物的互作及其应用效果研究

烟田拮抗微生物的互作及其应用效果研究

作者：丁玥琪河南科技大学

学位级别：硕士

为探讨拮抗微生物间的相互作用关系及其对烟草农艺性状与根围微生物的影响,试验在前人研究基础上,以洛阳烟田原位土壤中分离的16株对烟草常见土传病原真菌有良好抑制作用的拮抗真菌、细菌和放线菌为对象,通过改良的平板对峙培养法,测定... 详细信息

为探讨拮抗微生物间的相互作用关系及其对烟草农艺性状与根围微生物的影响,试验在前人研究基础上,以洛阳烟田原位土壤中分离的16株对烟草常见土传病原真菌有良好抑制作用的拮抗真菌、细菌和放线菌为对象,通过改良的平板对峙培养法,测定其相互作用关系,确定相对亲和的拮抗菌株;通过二次发酵培养将拮抗菌株复合菌群与有机辅料结合,制备成微生态制剂;在洛宁县烟田设置不同处理,研究该微生态制剂对烟草不同生育期农艺性状及其根围土壤微生物的影响,结果如下。(1)拮抗菌株之间的相互抑制率测定结果表明,多数拮抗微生物之间存在相互抑制作用,其相互作用关系主要表现在空间位点和营养物质的竞争、产生抗生类物质影响气生菌丝和基内菌丝的生长等;试验筛选出相对亲和的拮抗真菌、细菌与放线菌各3株。(2)拮抗真菌T1、T2与T3相互抑制率均在50%以下,表现为营养竞争,可以协调生长;与拮抗放线菌S2、S4、S7和拮抗细菌B1、B2、B3分别对峙培养时,相互抑制作用较小。拮抗细菌B1、B2与B3之间互作表现为基本亲和,可以协调生长;与拮抗放线菌S2、S4、S7分别对峙培养时,拮抗放线菌均能正常生长,对拮抗细菌抑制作用很强。拮抗放线菌S2、S4与S7之间相互抑制作用较小,可以协调生长。(3)拮抗微生物二次发酵制成的微生态制剂初级产品(复合生物有机肥)物理性状良好,显微检测拮抗微生物能够在其上成功定殖。(4)烟草田间农艺性状测定结果表明,增施有机肥与微生态制剂均能有效增加株高和茎围,扩大叶片数和叶面积。(5)增施有机肥与微生态制剂均能增加烟草采收期根围土壤可培养的微生物菌落数量,与对照相比其真菌数量分别增加了379.12%和78.06%;细菌数量分别增加了16.45%和5.21%;放线菌数量分别增加了9.37%和5.14%。使用微生态制剂的处理根围土壤真菌数量的增加幅度显著低于使用有机肥的处理。(6)增施有机肥的处理,其根围土壤微生物的物种丰富度与群落多样性最高,其次为增施微生态制剂的处理,对照最低。增施有机肥与微生态制剂的两个处理的土壤样本相似度高,且两个土壤样本中的链霉菌和芽孢杆菌相对含量高于对照。试验通过室内筛选与田间调查相结合,明确了多种拮抗微生物之间的相互作用关系,研制开发了复合微生态制剂的初级产品,探讨了该产品对烟草不同生育期农艺性状及其根围土壤微生物的影响,为进一步利用多种拮抗微生物协同防治烟草土传真菌病害奠定了一定的理论与实践基础。

关键词：烟草农艺性状拮抗微生物拮抗作用微生态制剂根围微生物

毒死蜱乳油对辣椒根围土壤细菌群落结构的影响

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微生物学通报 2016年第12期43卷 2657-2666页

作者：陈婷王伟华东理工大学生物反应器国家重点实验室上海200237

【目的】了解有机磷杀虫剂毒死蜱对土壤细菌群落结构的作用。【方法】联合微生物平板计数法、末端限制性片段多态性分析,选择PRIMER 5进行群落结构分析,以研究不同浓度的毒死蜱对辣椒根围可培养和不可培养细菌群落结构的影响。【结果】... 详细信息

【目的】了解有机磷杀虫剂毒死蜱对土壤细菌群落结构的作用。【方法】联合微生物平板计数法、末端限制性片段多态性分析,选择PRIMER 5进行群落结构分析,以研究不同浓度的毒死蜱对辣椒根围可培养和不可培养细菌群落结构的影响。【结果】毒死蜱施入后前30 d,3个处理组的可培养细菌较对照组具有显著差异(P根围细菌生长,从而遏制植物的健康生长,因而有必要及时采取措施以减少大量重复使用毒死蜱所带来的危害。

关键词：毒死蜱根围微生物细菌群落多样性末端限制性片段多样性分析

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水仙根围细菌群落组成

微生物学通报 2017年第5期44卷 1081-1088页

作者：王鑫鑫杨珍珍周婉柔张美玲高红亮卞黎霞张冬梅华东师范大学生命科学学院上海200241 崇明县林业站上海202150 上海市园林科学规划研究院上海200232

【目的】探究水仙(Narcissus tazetta var.chinensis roem)土壤根围微生物组成及其与水仙生长特性的相关性。【方法】分别采集崇明水仙及漳州水仙健康植株根围土壤,抽提根围土壤中细菌总DNA并纯化,扩增16S r RNA基因并进行高通量测序分... 详细信息

【目的】探究水仙(Narcissus tazetta var.chinensis roem)土壤根围微生物组成及其与水仙生长特性的相关性。【方法】分别采集崇明水仙及漳州水仙健康植株根围土壤,抽提根围土壤中细菌总DNA并纯化,扩增16S r RNA基因并进行高通量测序分析比较不同产地植株根围细菌的组成与多样性。【结果】崇明水仙和漳州水仙根围微生物组成的主要细菌门类相同,均为12种,其中,优势菌为Proteobacteria、Chloroflexi、Bacteroidetes和Acidobacteria。根围微生物OTUs(Operational taxonomic units)分布及主成分分析(PCA)表明崇明水仙和漳州水仙根围微生物组成有较大差异,且Planctomycetales和Xanthomonadales在崇明水仙根围分布显著多于漳州水仙,而Chloroflexales和Chlorobiales在漳州水仙根围的丰度较高。【结论】根围微生物的组成,如厌氧氨氧化细菌、机会致病菌和光合细菌的多样性与丰度可能与水仙生长特性有密切的关系。

关键词：水仙根围微生物高通量测序 16S rRNA基因

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枯草芽孢杆菌Bs916防治番茄青枯病

中国生物防治学报 2016年第2期32卷 229-234页

作者：乔俊卿陈志谊梁雪杰刘永锋刘邮洲江苏省农业科学院植物保护研究所南京210014

采用室内MS平板植物组培法、温室盆栽试验和微生物特异性平板分离检测技术,评估了枯草芽孢杆菌Bs916对番茄的促生、防治青枯病的作用,研究了菌株Bs916对番茄根表及茎内青枯菌种群数量的影响和对番茄根围可培养微生物含量的影响。在植物... 详细信息

采用室内MS平板植物组培法、温室盆栽试验和微生物特异性平板分离检测技术,评估了枯草芽孢杆菌Bs916对番茄的促生、防治青枯病的作用,研究了菌株Bs916对番茄根表及茎内青枯菌种群数量的影响和对番茄根围可培养微生物含量的影响。在植物组培MS平板中,枯草芽孢杆菌Bs916对番茄植株鲜重具有促生作用,播种15 d后,其鲜重达79.8 mg,比未处理对照增加9.61%。盆栽试验显示,枯草芽孢杆菌Bs916灌根处理番茄后14 d,对番茄青枯病的防治效果达55.6%;菌株Bs916处理番茄后,番茄根表、茎内青枯菌含量和未处理对照的青枯菌含量变化趋势一致,均呈现随着时间的改变而逐渐下降的趋势,菌株Bs916处理的根表青枯菌含量约为未处理对照的1/100~1/10,而茎内青枯菌含量为未处理对照的1/50~1/2。此外,菌株Bs916的施用对番茄根围土壤中细菌种群具有先抑制后促进的作用,对真菌具有先促进后快速抑制的作用,而对根围放线菌则无显著性影响。以上结果表明,芽孢杆菌Bs916具有潜在的防治番茄青枯病的田间应用前景,也为其田间应用提供了理论基础。

关键词：枯草芽孢杆菌Bs916 番茄青枯病促生生物防治根围微生物