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基于环介导等温扩增的三种马属动物疫病病原核酸检测方法的建立

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中国兽医科学 2023年第12期53卷 1480-1487页

作者：高家乐钮冰陈沁王艳上海大学生命科学学院上海200444 上海海关动植物与食品检验检疫技术中心上海200135

本研究根据GenBank数据库中登录的非洲马瘟病毒、西尼罗病毒和日本脑炎病毒基因序列(GenBank accession No.:NC_006011,No.:NC_009942和No.:NC_001437),构建重组质粒(命名为pUC57-AHSV,pUC57-WNV和pUC57-JEV)并设计合成特异性引物,采用环介导等温扩增方法(LAMP)进行检测,并进行特异性、敏感性和重复性试验。结果显示,该方法能够在1 h内准确检测靶标,与其他8种核酸均无交叉反应,且最低检测限为10 copies。重复性试验显示,Cq值变异率均小于5%。上述结果表明,本研究建立了一种速度快、成本低、特异性好及灵敏度高的LAMP检测方法,可用于马属动物的有效监测和快速检测。

关键词：非洲马瘟病毒西尼罗病毒日本脑炎病毒环介导等温扩增核酸检测

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HCV核酸检测用于临床诊断的研究进展

中华流行病学杂志 2021年第1期42卷 153-159页

作者：徐冰赫晓霞任雅楠王俊邢文革中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心参比实验室北京102206 北京市理化分析测试中心北京市食品安全分析测试工程技术研究中心北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心100089

HCV感染呈全球流行,发病隐匿。实验室检测是临床诊断的主要依据,其检测方法主要为抗体检测和核酸检测。为实现对HCV感染的早发现、早诊断,选择最佳检测方法和诊断策略尤为重要。本文从HCV核酸检测方法,试剂的性能评价以及目前的HCV检测... 详细信息

HCV感染呈全球流行,发病隐匿。实验室检测是临床诊断的主要依据,其检测方法主要为抗体检测和核酸检测。为实现对HCV感染的早发现、早诊断,选择最佳检测方法和诊断策略尤为重要。本文从HCV核酸检测方法,试剂的性能评价以及目前的HCV检测策略进行综述。

关键词： HCV 核酸检测检测策略

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基于微流控芯片巢氏等温扩增核酸检测仪设计

机械设计与研究 2023年第4期39卷 224-229页

作者：方进晖李祥韩明明上海交通大学机械与动力工程学院上海200240 上海仕欧炆基因科技有限公司上海200131

针对呼吸道病原体检测需要依靠实验室内固定设备和专业技术人员,难以实现现场快速即时检测的问题和多种病原体同时检测的需求,开发了一种基于微流控芯片和重组聚合酶(RPA)等温扩增技术的便携式巢式等温扩增核酸检测仪。使用微流控芯片... 详细信息

针对呼吸道病原体检测需要依靠实验室内固定设备和专业技术人员,难以实现现场快速即时检测的问题和多种病原体同时检测的需求,开发了一种基于微流控芯片和重组聚合酶(RPA)等温扩增技术的便携式巢式等温扩增核酸检测仪。使用微流控芯片完成核酸纯化和扩增;模糊PID算法控制RPA需要的37℃等温扩增环境;读取扩增室的荧光值与判断阈值比较,定性检测核酸扩增结果;使用触摸屏进行人机交互操作,打印检测结果。通过对甲型H1N1流感病毒DNA质粒进行等温扩增和荧光检测,证明该仪器能够用于呼吸道病原核酸扩增检测,是一种理想的便携式现场核酸检测设备。

关键词：核酸检测等温扩增荧光检测人机交互系统微流控芯片

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儿童呼吸道感染病原体核酸检测专家共识

中华实用儿科临床杂志 2022年第5期37卷 321-332页

作者：谢正德邓继岿任丽丽张燕陈祥鹏张海邻赵林清徐保平钟礼立秦强卢根郑跃杰赵德育尚云晓曹玲陈志敏殷勇刘瀚旻申阿东应斌武符州李昌崇钱渊许文波王健伟申昆玲国家儿童医学中心首都医科大学附属北京儿童医院北京市儿科研究所国家呼吸系统疾病临床医学研究中心中国医学科学院儿童危重感染诊治创新单元北京100045 深圳市儿童医院感染科深圳518038 中国医学科学院&北京协和医学院病原生物学研究所卫生部病原系统生物学重点实验室北京100730 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室世界卫生组织西太平洋地区麻疹/风疹参比实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所麻疹室北京102206 温州医科大学附属第二医院育英儿童医院儿童呼吸科温州325027 首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020 国家儿童医学中心国家呼吸系统疾病临床医学研究中心首都医科大学附属北京儿童医院呼吸科北京100045 湖南省人民医院儿童医学中心儿童呼吸病学湖南省重点实验室长沙410005 广州医科大学附属妇女儿童医疗中心呼吸科广州510623 深圳市儿童医院呼吸科深圳518038 南京医科大学附属儿童医院呼吸科南京210008 中国医科大学附属盛京医院小儿呼吸内科沈阳110004 首都儿科研究所附属儿童医院呼吸科北京100020 国家儿童健康与疾病临床医学研究中心浙江大学医学院附属儿童医院呼吸内科杭州310052 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心呼吸科上海200127 四川大学华西第二医院儿科出生缺陷与相关妇儿疾病教育部重点实验室(四川大学)国家卫生健康委员会时间生物学重点实验室(四川大学)成都610041 国家儿童医学中心国家呼吸系统疾病临床医学研究中心首都医科大学附属北京儿童医院北京市儿科研究所北京100045 四川大学华西医院实验医学科成都610044 重庆医科大学附属儿童医院呼吸中心儿童发育疾病研究教育部重点实验室国家儿童健康与疾病临床医学研究中心儿童发育重大疾病国家国际科技合作基地儿科学重庆市重点实验室重庆400014

急性呼吸道感染是儿童最常见的感染性疾病,严重威胁儿童生命健康。快速准确的病原学诊断对于该类疾病的临床诊疗及防控具有重要意义。核酸检测方法因具有较高的灵敏度和特异性,得以快速地在临床推广应用,成为呼吸道感染病原体诊断的主... 详细信息

急性呼吸道感染是儿童最常见的感染性疾病,严重威胁儿童生命健康。快速准确的病原学诊断对于该类疾病的临床诊疗及防控具有重要意义。核酸检测方法因具有较高的灵敏度和特异性,得以快速地在临床推广应用,成为呼吸道感染病原体诊断的主要方法。为规范儿童呼吸道感染病原体核酸检测的临床应用,提升病原体的诊断水平,特组织相关领域专家,撰写《儿童呼吸道感染病原体核酸检测专家共识》,以指导儿童呼吸道感染病原体的核酸检测,整体提升儿童呼吸道感染病原体的诊断能力。

关键词：儿童急性呼吸道感染病原体核酸检测共识

成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识(2023)

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协和医学杂志 2023年第5期14卷 959-971页

作者：中华检验医学培训工程专家委员会中华医学会呼吸病学分会徐英春瞿介明陈新飞沈宁苏欣吴文娟王瑶王一民奕巧莲张栋张静周华周敏不详中国医学科学院北京协和医院检验科北京100730 上海交通大学医学院附属瑞金医院呼吸与危重症医学科上海200025 中国医学科学院北京协和医院北京大学第三医院南京大学医学院附属鼓楼医院上海市东方医院同济大学附属东方医院中日友好医院武汉市金银潭医院复旦大学附属中山医院浙江大学医学院附属第一医院上海交通大学医学院附属瑞金医院

呼吸道感染性疾病在临床中极为常见,病原体的快速检测和精准诊断是其有效治疗的前提。传统微生物学及免疫学技术对呼吸道病原体检测的灵敏度偏低,核酸检测技术的发展和临床应用大幅提高了呼吸道病原体的诊断能力。如何基于患者基础疾病... 详细信息

呼吸道感染性疾病在临床中极为常见,病原体的快速检测和精准诊断是其有效治疗的前提。传统微生物学及免疫学技术对呼吸道病原体检测的灵敏度偏低,核酸检测技术的发展和临床应用大幅提高了呼吸道病原体的诊断能力。如何基于患者基础疾病、呼吸道感染类型及病原谱合理选择核酸检测技术并正确理解其临床应用价值,成为重要的临床问题。为此,中华检验医学培训工程专家委员会联合中华医学会呼吸病学分会组织我国多学科专家共同撰写了《成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识(2023)》。该共识参考国内外指南及文献,分析了实时荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)技术、等温扩增技术、数字PCR技术、核酸即时检测技术和病原体高通量测序技术的临床应用场景、技术特点和性能验证要求,以及该类技术在成人急性上呼吸道感染、气管支气管炎、社区获得性肺炎、医院获得性肺炎/呼吸机相关性肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、肺结核和免疫功能受损人群呼吸道感染中的应用,以供临床参考借鉴。

关键词：呼吸道感染成人病原诊断核酸检测专家共识

核酸检测一体化微流控芯片设计与液滴操纵分析

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机械科学与技术 2021年第10期40卷 1590-1594页

作者：杭跃航任晓龙刘竹丽赵子龙郭攀郑州大学机械与动力工程学院郑州450001 广东顺德创新设计研究院广东佛山528300

设计了一种基于磁珠法的两相流液滴微流控芯片,包含样品提纯、扩增和检测一系列连续的生化过程,可用于快速核酸检测。首先建立了磁珠和液滴在两相流体系内的动力学模型,并借助有限元仿真平台对磁珠微团所处环境进行了磁场仿真,得到不同... 详细信息

设计了一种基于磁珠法的两相流液滴微流控芯片,包含样品提纯、扩增和检测一系列连续的生化过程,可用于快速核酸检测。首先建立了磁珠和液滴在两相流体系内的动力学模型,并借助有限元仿真平台对磁珠微团所处环境进行了磁场仿真,得到不同体积磁珠微团所受的磁力。进一步还分析了磁珠微团、液滴体积、永磁体移动速度对液滴运动状态的影响,最终总结出液滴操纵图。

关键词：核酸检测微流控芯片液滴操纵有限元仿真

高速卡口货运司乘人员新型冠状病毒抗原与核酸双检测措施效果评估

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中国公共卫生 2022年第8期38卷 965-967页

作者：洪航方挺丁克琴易波许国章宁波市疾病预防控制中心宁波315010

目的对高速卡口货运司乘人员新型冠状病毒抗原与核酸双检测措施效果评估。方法对2022年3月20日—4月17日在宁波市北仑区8个高速卡口48734名有浙江省外旅居史货运的司乘人员进行新型冠状病毒抗原与核酸双检测,并对检测结果进行描述性统... 详细信息

目的对高速卡口货运司乘人员新型冠状病毒抗原与核酸双检测措施效果评估。方法对2022年3月20日—4月17日在宁波市北仑区8个高速卡口48734名有浙江省外旅居史货运的司乘人员进行新型冠状病毒抗原与核酸双检测,并对检测结果进行描述性统计分析。结果共检出9例Omicron变异株感染者,其中确诊病例6例(均为轻型),无症状感染者3例,未发现阳性感染者续发病例;抗原检测试剂的灵敏度和特异度分别为55.5%(5/9)和99.9%(48717/48725),阳性预测值和阴性预测值分别为38.5%(5/13)和99.9%(48717/48721);阳性感染者中抗原阳性组ORF1ab和N基因Ct值M(P_(25),P_(75))分别为19.0(17.1,21.5)、19.0(16.6,22.5),抗原阴性组Ct值均显著高于抗原阳性组(P检测试剂灵敏度较低但特异度高。建议在高速卡口对货运司乘人员实施抗原与核酸双检测策略,既保障物流畅通,又有效降低输入性病例引起本土疫情风险。

关键词：新型冠状病毒 Omicron变异株抗原检测核酸检测

基于Argonaute的病毒核酸检测技术研究进展

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病毒学报 2023年第5期39卷 1414-1424页

作者：刘妍孙凯田春雨马宁付康俞晓平申屠旭萍中国计量大学生命科学学院、浙江省生物计量及检验检疫技术重点实验室杭州310018

病毒性传染病对人类社会构成严重威胁,特别是近年来由新型冠状病毒SARS-CoV-2引起的冠状病毒肺炎(COVID-19)暴发,引发了全球大流行,严重危害人类生命健康。快速、敏感、便携的病毒鉴定技术对于疾病监测、控制和治疗至关重要。近年来,以c... 详细信息

病毒性传染病对人类社会构成严重威胁,特别是近年来由新型冠状病毒SARS-CoV-2引起的冠状病毒肺炎(COVID-19)暴发,引发了全球大流行,严重危害人类生命健康。快速、敏感、便携的病毒鉴定技术对于疾病监测、控制和治疗至关重要。近年来,以clustered regularly interspaced short palindromic repeats(CRISPR)基因编辑系统为代表的新型检测方法因其在核酸识别方面的高灵敏度、特异性和可编程性而被广泛用于分子诊断。然而CRISPR检测技术也面临着诸多挑战,包括protospacer adjacent motif(PAM)对检测序列的限制,以及多重目标检测的困难。Argonaute(Ago)蛋白是一种广泛存在于生物体内的高度保守的蛋白,它可以通过"引导RNA"或"引导DNA"裂解互补链RNA或DNA,且无PAM序列的限制。这种蛋白有望克服CRISPR基因编辑核酸检测技术的缺点,并进一步提高测定的效率。本研究概述了最近关于基于Ago的病毒核酸检测技术,讨论了这些新兴生物传感器的潜在应用及挑战,以期为开发新一代高灵敏度核酸检测平台提供新的思路。

关键词： Argonaute 病毒检测核酸检测核酸酶快速检测

基于RAA-CRISPR/Cas12a的猴痘病毒核酸检测方法的建立

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中华实验和临床病毒学杂志 2023年第2期37卷 193-200页

作者：罗美惠赵莉吴长城陆柔剑阿茹罕黄保英邓瑶任皎王慧娟叶飞王文田厚文王文玲谭文杰中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206

目的建立一种基于RAA-CRISPR/Cas12a的特异性强、灵敏度高的猴痘病毒核酸检测方法。方法根据已知猴痘病毒基因保守区设计合成重组酶介导等温核酸扩增(recombinase-aided amplification,RAA)引物和成簇规律间隔的短回文重复序列RNA(clust... 详细信息

目的建立一种基于RAA-CRISPR/Cas12a的特异性强、灵敏度高的猴痘病毒核酸检测方法。方法根据已知猴痘病毒基因保守区设计合成重组酶介导等温核酸扩增(recombinase-aided amplification,RAA)引物和成簇规律间隔的短回文重复序列RNA(clustered regularly interspaced short palindromic repeats RNA,CRISPR RNA,crRNA),利用荧光检测技术筛选特异crRNA,通过荧光计数读取CRISPR/Cas12a检测结果,同时对所建立方法的灵敏性和特异性进行评价。结果建立了基于RAA-CRISPR/Cas12a的猴痘病毒核酸检测方法,其灵敏度为2.5拷贝/反应,且与鼠痘病毒、痘苗病毒无交叉反应,具有高特异性。结论建立了基于RAA-CRISPR/Cas12a的猴痘病毒核酸检测方法,为高效、快速、特异性检测猴痘病毒感染提供了有力工具。

关键词：猴痘病毒 CRISPR/Cas12a 核酸检测重组酶介导等温核酸扩增