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中日产川芎的matK、ITS基因序列及其物种间的亲缘关系

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药学学报 2002年第1期37卷 63-68页

作者：刘玉萍曹晖韩桂茹伏见裕利小松かつ子中国中医研究院中药研究所北京100700 国家中药现代化工程技术研究中心广东珠海519020 河北省药品检验所河北石家庄050011 富山医科药科大学和汉药研究所药效解析中心

目的　分析中国产川芎LigusticumchuanxiongHort.及日本产川芎CnidiumofficinaleMakino的核基因组ITS和叶绿体基因组matK序列 ,为探讨中日产川芎物种间的亲缘关系提供分子依据。方法　采用PCR直接测序技术测定川芎和日本川芎的ITS基因和... 详细信息

目的　分析中国产川芎LigusticumchuanxiongHort.及日本产川芎CnidiumofficinaleMakino的核基因组ITS和叶绿体基因组matK序列 ,为探讨中日产川芎物种间的亲缘关系提供分子依据。方法　采用PCR直接测序技术测定川芎和日本川芎的ITS基因和matK基因核苷酸序列并作序列变异分析。结果　川芎和日本川芎的matK序列长度均为 12 68bp ,编码 4 2 2个氨基酸。ITS1 5 8S ITS2序列长度均为 699bp ,其中 18SrRNA基因 3′端序列 5 4bp ,ITS1序列 2 15bp ,5 8SrRNA基因序列 162bp ,ITS2序列 2 2 2bp ,2 6SrRNA基因 5′端序列 4 6bp。根据排序比较 ,川芎原植物与其商品药材间的matK基因和ITS基因序列完全相同 ,而川芎与日本川芎间matK基因则仅有 1个变异位点 ,即在上游 95 9nt处 1个转换替代 (T→C) ,反映在氨基酸序列则发生一个非同义取代V(GTG)→A(GCG) ;ITS基因也仅有 1个变异位点 ,即在ITS1上游 5 4nt处 1个转换替代 (T→C)。结论　通过进化速率较快的基因序列同源性分析 ,基本可以认为中日所产川芎基原一致 ,日本川芎学名似应改为LigusticumchuanxiongHort.

关键词：川芎日本川芎 matK基因 ITS基因核苷酸测序

6种川产姜黄属药用植物叶绿体trnK基因序列变异分析及其分子鉴定(英文)

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药学学报 2003年第11期38卷 871-875页

作者：曹晖小松かつ子国家中药现代化工程技术研究中心广东珠海519020 富山医科药科大学和汉药研究所

目的　建立 6种川产姜黄属 (Curcuma)药用植物快速简单的分子鉴定方法。方法　采用叶绿体赖氨酸tRNA基因 (trnK)测序与序列变异分析方法。结果　 6种姜黄属药用植物 (包括姜黄C .longa、莪术C .phaeocaulis、川郁金C .sichuanensis、川... 详细信息

目的　建立 6种川产姜黄属 (Curcuma)药用植物快速简单的分子鉴定方法。方法　采用叶绿体赖氨酸tRNA基因 (trnK)测序与序列变异分析方法。结果　 6种姜黄属药用植物 (包括姜黄C .longa、莪术C .phaeocaulis、川郁金C .sichuanensis、川郁金C .chuanyujin、川黄姜C .chuanhuangjiang、川莪术C .chuanezhu)完整trnK基因长度在2 6 99～ 2 70 5bp。序列可变区包括matK基因编码区和trnK外显子与matK内含子之间区域 ,共有 6个单核苷酸多态性 (SNPs)位点、1个 9 bp的缺失重复序列和 2个 4 bp、14 bp插入重复序列。结论　trnK基因序列可变位点可以作为6种川产姜黄属药用植物快速简单的分子鉴定标记。

关键词：姜黄属核苷酸测序 trnK基因分子鉴定

变铅青链霉菌66中对噬菌ΦHAU3显示抗性的基因（ψHAU3￣R）的核苷酸定序和分析

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病毒学报 1995年第4期11卷 365-370页

作者：周秀芬邓子新华中农业大学生命科技学院

杂合质粒ｐＩＪ８３１０是链霉菌低拷贝质粒ｐＩＪ９２２１携带了１０．８ｋｂ来自变铅青链霉菌ＪＴ４６菌株，编码对噬菌体ΦＨＡＵ３抗性的ＤＮＡ片段。已知Ｔｎ４５６０插到该克隆中３ｋｂ的ＥｃｏＲＩ或３．３ｋｂ的ＢａｍＨＩ片段... 详细信息

杂合质粒ｐＩＪ８３１０是链霉菌低拷贝质粒ｐＩＪ９２２１携带了１０．８ｋｂ来自变铅青链霉菌ＪＴ４６菌株，编码对噬菌体ΦＨＡＵ３抗性的ＤＮＡ片段。已知Ｔｎ４５６０插到该克隆中３ｋｂ的ＥｃｏＲＩ或３．３ｋｂ的ＢａｍＨＩ片段（这两个片段之间有２．５ｋｂ的重叠区）上，中断了ΦＨＡＵ３抗性基因的表达。已将３．０ｋｂ的ＢｃｏＡＩ片段分别以两种不同的取向克隆到ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔＳＫ（＋）上。核苷酸序列分析揭示出一个１．３ｋｂ的ＯＲＦ的存在，其所编码的４７８个氨基酸组成的蛋白与λ噬菌体的ｅａ５９基因所编码的氨基酸序列显示了高度的同源性，其氨基酸序列的同一性高达３７％，相似性达５８％，而λ噬菌体的ｅａ５９基因是编码赖ＡＴＰ和单键ＤＮＡ的核酸内切酶Ｉ的，该区域与λ的复制无关。此外，这段具有高度同源性的ＤＮＡ区域的Ｇ＋Ｃ％只有６０％，低于变铅青霉菌ＤＮＡＧ＋Ｃ％的平均值（７４％）。

关键词：变铅青链霉菌噬菌体抗性基因核苷酸测序

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小菜蛾击倒抗性基因频率检测

农业生物技术学报 2015年第11期23卷 1430-1437页

作者：赵丽萍田素芬田厚军陈艺欣魏辉顾晓军福建农林大学植物保护学院福建省农业科学院植物保护研究所西藏职业技术学院农林系

小菜蛾(Plutella xylostella(Linn.))是十字花科蔬菜为害最重的害虫,对拟除虫菊酯类农药已经普遍产生了严重抗性。为完整了解小菜蛾对拟除虫菊酯类农药抗性特点,本研究采用核苷酸测序法检测了室内饲养种群及小菜蛾田间种群的击倒抗性基... 详细信息

小菜蛾(Plutella xylostella(Linn.))是十字花科蔬菜为害最重的害虫,对拟除虫菊酯类农药已经普遍产生了严重抗性。为完整了解小菜蛾对拟除虫菊酯类农药抗性特点,本研究采用核苷酸测序法检测了室内饲养种群及小菜蛾田间种群的击倒抗性基因频率,及氰戊菊酯处理后死亡个体的基因型组成。结果显示,本研究中仅检测到L1014F和T929I两个位点突变;室内饲养的小菜蛾2~4龄幼虫2个位点突变频率均为98.75%~100%,福建、浙江、内蒙古、北京等地小菜蛾田间种群在2个位点突变频率分别为90.00%~100%和88.75%~100%;2010-11~2011-11福州埔垱菜区田间小菜蛾2个位点突变频率相同,均为98.75%~100%;因氰戊菊酯处理死亡的个体在2个位点均为抗性纯合子。研究结果表明,小菜蛾抗性基因型较为单一;不同龄期、同一季节不同地区、同一地区不同季节小菜蛾抗性基因频率变化均较小;T929I突变在L1014F突变基础上产生,但当L1014F突变位点为杂合子时,T929I突变位点便为抗性杂合子或敏感纯合子;突变位点基因型不是小菜蛾对氰戊菊酯敏感性的唯一决定因素。本研究有助于更好了解小菜蛾对拟除虫菊酯类农药抗性的发生特点。

关键词：小菜蛾击倒抗性核苷酸测序钠离子通道

上海地区1株SARS-Cov N基因序列分析及表达

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中国公共卫生 2005年第11期21卷 1341-1343页

作者：翁康生张曦滕峥朱兆奎张胜年郭常义上海市疾病预防控制中心公共卫生与基因研究室 200336

目的通过基因克隆、序列分析以及在大肠埃希菌中的表达和分离纯化,研究上海地区1株SARS-CovN蛋白编码基因变异情况,为SARS-Cov N蛋白应用于检测SARS感染作基础.方法用RT-PCR法从患者血清样品中扩增获取SARS-Cov N蛋白编码基因,并重组于... 详细信息

目的通过基因克隆、序列分析以及在大肠埃希菌中的表达和分离纯化,研究上海地区1株SARS-CovN蛋白编码基因变异情况,为SARS-Cov N蛋白应用于检测SARS感染作基础.方法用RT-PCR法从患者血清样品中扩增获取SARS-Cov N蛋白编码基因,并重组于质粒pGEX-2T.双脱氧法双向测定N基因序列,与GenBank公布的89株SARS-Cov N基因序列比对分析;重组N蛋白编码基因在***中表达,亲和层析法分离纯化表达产物.结果RT-PCR扩增获取SARS-Coy N基因1 269 bp,测定的核酸序列与GenBank中公布SARS-Coy N基因序列比对,变异位点数1～4 bp,其中导致1～3个编码氨基酸突变.重组N基因的表达质粒pGEX-2T/SARS-Cov N转化大肠埃希菌JM109,经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导,N基因在大肠埃希菌中高效表达,经亲和层析,得纯度＞90%的表达产物,表达的融合蛋白分子量为74000 Da.结论上海地区1株SARS-Coy N蛋白编码基因与已公布的89株毒株核酸同源性为99.92%～99.68%,编码氨基酸同源性为99.8%～99.3%;该基因在***中表达,经分离纯化得到高纯度表达产物,为进一步应用于SARS-Cov感染检测打下基础.

关键词： SARS冠状病毒核壳蛋白基因克隆核苷酸测序表达

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罕见cisAB血型家族的遗传学分析

医学研究生学报 2013年第12期26卷 1279-1281页

作者：相晓侯涛赵广超陈艳丽栾建凤朱培元南京军区南京总医院输血科南京210002

目的 cisAB是一种罕见的ABO表型,常表现为正反定型不符。文中对1例在常规血型鉴定中发现的罕见cisAB血型及其家族成员进行鉴定。方法抽取先证者及其家族成员共计7人的外周抗凝血液,采用试管法分析血型血清型;以PCR-SSP基因分型法和直接... 详细信息

目的 cisAB是一种罕见的ABO表型,常表现为正反定型不符。文中对1例在常规血型鉴定中发现的罕见cisAB血型及其家族成员进行鉴定。方法抽取先证者及其家族成员共计7人的外周抗凝血液,采用试管法分析血型血清型;以PCR-SSP基因分型法和直接测序法分析这些样本的ABO基因。结果血清学方法证实该家系6份样本的红细胞都有接近正常的A抗原和较弱的B抗原,血清中含有弱的抗-B抗体。PCR-SSP基因分型显示该6份样本均为cisAB01型。ABO基因测序结果:6份样本的第7外显子均存在467C>T和803G>C点突变;在第6外显子,先证者出现261delG和297G>A,2例标本出现261delG和297AA,3例标本表现为只有297AA。结论该家系6名成员的表型均为cisAB01型,先证者基因型为cisAB/O02。

关键词： cisAB ABO基因分型核苷酸测序

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血友病携带者与产前基因诊断

中国输血杂志 2008年第4期21卷 259-264页

作者：陆晔玲丁秋兰戴菁王鸿利奚晓东王学锋上海交通大学医学院附属瑞金医院临床输血科上海200025 上海血液学研究所基因组学国家重点实验室

目的建立1种简便、快速的血友病携带者检测与产前诊断体系。方法对38个血友病A家系,用长链PCR及序列特异PCR作F8基因内含子22及1倒位检测;有家族史家系可联合F8基因内外的8个多态性位点进行遗传连锁分析,DXS 52(ST14)位点多态性以PCR产... 详细信息

目的建立1种简便、快速的血友病携带者检测与产前诊断体系。方法对38个血友病A家系,用长链PCR及序列特异PCR作F8基因内含子22及1倒位检测;有家族史家系可联合F8基因内外的8个多态性位点进行遗传连锁分析,DXS 52(ST14)位点多态性以PCR产物凝胶电泳法检测,7个STR位点(F8C ivs13、CA22、DXS15、DXS9901、G6PD、DXS1073、DXS1108)的多态性以多重荧光PCR法检测,产前诊断加用性别位点(Amelo);对于散发家系,通过直接核苷酸测序查找先证者的基因突变,继而对家系女性成员作携带者与产前诊断。对12个血友病B家系采用直接核苷酸测序法确定基因突变,多重荧光PCR法检测F9基因外6个STR位点(DXS1192、DXS1211、DXS8094、DXS8013、DXS1227、DXS102)的多态性。结果38个血友病A家系中,10名先证者的F8基因内含子22倒位检测为阳性,1例先证者为F8基因内含子1倒位阳性,对于有家族史的家系,综合应用倒位检测和遗传连锁分析,携带者与产前诊断率均为100%;4个散发家系均可找到致病突变;38个血友病A家系的携带者及产前诊断总诊断率为94.81%。12个血友病B家系中有10个家系通过直接测序可找到突变,联合F9基因外6个STR位点对血友病B家系的遗传连锁分析的可诊断率为96.88%。结论F8基因内含子22及1倒位筛检联合F8基因内、外多个位点的遗传连锁分析可以进行血友病A的携带者及产前诊断;直接核苷酸测序可确定F9基因突变,而联合基因外多个多态性位点检测并进行遗传连锁分析,是血友病B携带者检测与产前诊断的简便、快速的方法。

关键词：血友病携带者检测产前诊断倒位检测核苷酸测序

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儿童白血病基因表达谱研究进展

中国小儿血液与肿瘤杂志 2010年第6期15卷 245-247页

作者：郑胡镛首都医科大学附属北京儿童医院血液病中心北京100045

随着人类基因组计划全部核苷酸测序的完成,人们可以通过对全基因组的分析来了解个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下的大量基因信息和相应生物功能。由此应运而生的基因芯片技术以其无可比拟的信息量、高通量、快速、准确地分析基... 详细信息

随着人类基因组计划全部核苷酸测序的完成,人们可以通过对全基因组的分析来了解个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下的大量基因信息和相应生物功能。由此应运而生的基因芯片技术以其无可比拟的信息量、高通量、快速、准确地分析基因的本领,已被广泛用于生物研究领域,[第一段]

关键词：基因表达谱儿童白血病人类基因组计划生长发育阶段基因芯片技术生物功能核苷酸测序基因信息

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四川省德阳市埃柯病毒6型的基因特征分析

预防医学情报杂志 2015年第12期31卷 993-996页

作者：何杨伍剑代泽伟杨成林刘泉刘灵韵童文彬德阳市疾病预防控制中心四川德阳618000 四川省疾病预防控制中心成都610031

目的了解四川省德阳市埃柯病毒6型(echovirus 6,E6)的基因特征。方法对2013年德阳市手足口病咽拭子标本的病毒分离阳性株进行核苷酸测序,获取的E6毒株序列与世界各地的E6参考株序列构建进化树并分析基因特征。结果4株E6分离株中,3株VP1... 详细信息

目的了解四川省德阳市埃柯病毒6型(echovirus 6,E6)的基因特征。方法对2013年德阳市手足口病咽拭子标本的病毒分离阳性株进行核苷酸测序,获取的E6毒株序列与世界各地的E6参考株序列构建进化树并分析基因特征。结果4株E6分离株中,3株VP1区核苷酸序列一致,与另1株仅有1个核苷酸差异。同E6原型株(D'Amori)比较,核苷酸一致性≥77.0%。进化树分析显示,德阳市E6分离株为C2基因亚型,与部分山东分离株聚集在同一进化分支上。结论德阳市E6为C2基因亚型。其中3份标本来自同一地区的不同月份,提示E6在此地持续传播。

关键词：埃柯病毒6型核苷酸测序基因特征