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核糖体dna在dna损伤反应中的作用机制研究进展

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中华劳动卫生职业病杂志 2018年第1期36卷 70-74页

作者：贾君麟楼建林浙江省医学科学院杭州310013

煤尘、六价铬、苯及其同系物等职业危害因素均可致dna损伤，若未经有效修复，可致癌症等疾病。为维持基因组的稳定，防止dna损伤引起的恶性转变，细胞进化出了一系列复杂的信号通路网络，统称为dna损伤反应（dna damage response，DDR... 详细信息

煤尘、六价铬、苯及其同系物等职业危害因素均可致dna损伤，若未经有效修复，可致癌症等疾病。为维持基因组的稳定，防止dna损伤引起的恶性转变，细胞进化出了一系列复杂的信号通路网络，统称为dna损伤反应（dna damage response，DDR）。当dna受损伤时，ATM（ataxia telangiectasia mutated），ATR（ataxia telangiectasia and Rad3-related）或dna-PK（dna-dependent protein kinase）能感知损伤并将信号传导给下游的靶蛋白，激活dna修复通路并调控各类细胞过程，如dna复制、转录，细胞周期阻滞、衰老和凋亡。核糖体dna（ribosomal dna，rdna）是细胞中最丰富也最重要的管家基因，且从细菌到人类均高度保守。其主要作用是编码核糖体RNA，以完成后续的核糖体装配和蛋白质加工。由于其重复序列的特性，rdna是真核细胞基因组中最脆弱的区域之一，且影响细胞功能如衰老。有研究发现，细胞rdna拷贝数的丢失会提高其对dna损伤的敏感度，由此可推断rdna与dna损伤反应可能存在一定关联。为此，我们就rdna在dna损伤反应中的作用进行综述。

关键词：核糖体dna 损伤反应真核细胞基因组 dna损伤 protein dna修复细胞过程 rdna

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核糖体dna调控肿瘤发生的研究进展

沈阳药科大学学报 2022年第1期39卷 92-97页

作者：张红颖王新栋郭长缨中国药科大学生命科学与技术学院江苏南京210009

目的对核糖体dna(ribosomal dna,rdna)不稳定性在肿瘤发生发展中的关键作用进行综述,以加深对肿瘤发展机制的了解。方法查阅国内外发表的36篇rdna与肿瘤发生的相关文献,分析并总结rdna不稳定性在肿瘤中的作用。结果rdna是基因组中最脆... 详细信息

目的对核糖体dna(ribosomal dna,rdna)不稳定性在肿瘤发生发展中的关键作用进行综述,以加深对肿瘤发展机制的了解。方法查阅国内外发表的36篇rdna与肿瘤发生的相关文献,分析并总结rdna不稳定性在肿瘤中的作用。结果rdna是基因组中最脆弱的位点,肿瘤细胞中易发生rdna拷贝数丢失、dna双链断裂以及重排等。更重要的是,rdna不稳定性调节异染色质的状态并影响全基因组的转录。结论rdna不稳定性在恶性肿瘤发生发展中发挥了至关重要的作用。有关rdna不稳定性的研究将深入理解肿瘤发生发展的过程并对癌症预防和治疗产生重大影响。

关键词：核仁核糖体dna 肿瘤基因组不稳定性

核糖体dna内转录间隔区序列在植物系统学研究中的应用

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生物学教学 2007年第6期32卷 4-5页

作者：沙伟赵子峰黑龙江省齐齐哈尔大学生命科学学院 161006

本文介绍了植物核糖体dna内转录间隔区序列的分布组成、特点以及在植物系统学中的应用现状。

关键词：核糖体dna 内转录间隔区序列植物系统与进化

核糖体dna ITS序列分析在药用植物研究中的应用

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时珍国医国药 2009年第4期20卷 959-962页

作者：赵欢吴卫郑有良潘红梅翟娟园四川农业大学农学院四川雅安625014 四川农业大学小麦所四川雅安625014

药用植物核rdna是高度重复的串联序列,由于同步进化的力量,大多数物种中这些重复单位间已发生纯合或接近纯合。5.8Srdna把核rdna的内转录间隔区分为ITS1和ITS2两部分。由于ITS序列变异较快,能够提供较丰富的变异位点和信息位点,已在药... 详细信息

药用植物核rdna是高度重复的串联序列,由于同步进化的力量,大多数物种中这些重复单位间已发生纯合或接近纯合。5.8Srdna把核rdna的内转录间隔区分为ITS1和ITS2两部分。由于ITS序列变异较快,能够提供较丰富的变异位点和信息位点,已在药用植物鉴别、道地性研究、栽培与野生药用植物遗传差异分析、较低分类阶元的系统发育和分类研究中发挥重要作用。

关键词：核糖体dna ITS区药用植物

核糖体dna ITS区序列在植物分子系统学研究中的价值

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植物资源与环境学报 2000年第2期9卷 50-54页

作者：赵志礼徐珞珊董辉王峥涛中国药科大学生药学研究室南京210038

本文就近年来国内外有关被子植物核糖体dna中的内转录间隔区 (ITS)序列在植物属内、近缘属间乃至科内系统发育研究中的应用 ,结合作者在中国姜科山姜属 (AlpiniaRoxb .)上的研究 ,对ITS区序列在植物分子系统学研究中的价值作一简要综述。

关键词：分子系统学核糖体dna ITS区序列植物

新疆石竹属野生种核糖体dna的ITS序列与亲缘关系

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Acta Genetica Sinica 2002年第6期29卷 549-554页

作者：张露蔡友铭诸葛强邹惠渝黄敏仁南京林业大学林木遗传和基因工程重点实验室

新疆是我国石竹属植物分布和分化中心 ,种质资源丰富。通过采用PCR直接测序法 ,对新疆石竹属 (Di anthus)植物野生种共 8个种及外类群 (LychniscoronataThunb)rdna的ITS区 (包括ITS 1、5 .8Srdna和ITS 2 )进行序列测定。研究结果说明 ,... 详细信息

新疆是我国石竹属植物分布和分化中心 ,种质资源丰富。通过采用PCR直接测序法 ,对新疆石竹属 (Di anthus)植物野生种共 8个种及外类群 (LychniscoronataThunb)rdna的ITS区 (包括ITS 1、5 .8Srdna和ITS 2 )进行序列测定。研究结果说明 ,新疆石竹属植物的ITS序列总长度为 6 17～ 6 2 1bp ,长度变异较小 ,仅相差 4bp ,种间序列同源性很高 ,达 97.6 %～ 99.8% ,外类群的序列同源性为 80 %左右。ITS区序列在石竹属内是相当保守的。石竹属物种间序列变异位点基本上是转换多于颠换 ,且转换率较高 ,转换 /颠换率为 1.0～ 3.0。系统地位和亲缘关系分析表明分布于中国的石竹属植物 3个组即齿瓣组 (***)与石竹组 (***)、瓣组 (*** briatumWilliams)的亲缘关系较远 ,而***与***的亲缘关系较近。ITS系统发育树揭示了石竹组起源早于瓣组和齿瓣组。

关键词：新疆石竹属野生种核糖体dna ITS序列亲缘关系花卉

核糖体dna拷贝数变异与六价铬暴露的关系研究

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核糖体DNA拷贝数变异与六价铬暴露的关系研究

作者：贾君麟浙江省医学科学院

学位级别：硕士

目的研究六价铬暴露对职业人群rdna拷贝数的影响及其影响因素,并在体外实验中进一步验证六价铬致rdna拷贝数变异的效应及可能机制。方法在人群研究中,选取浙江某电镀厂六价铬暴露工人112例为暴露组,以无六价铬暴露且近3个月内未接触有... 详细信息

目的研究六价铬暴露对职业人群rdna拷贝数的影响及其影响因素,并在体外实验中进一步验证六价铬致rdna拷贝数变异的效应及可能机制。方法在人群研究中,选取浙江某电镀厂六价铬暴露工人112例为暴露组,以无六价铬暴露且近3个月内未接触有毒有害化学物质与电离辐射的普通人群68例作为对照组。采用自制健康调查表收集研究对象一般人口学信息。采集两组人群肝素抗凝外周血后,用电感耦合等离子体质谱仪检测铬等重金属的浓度。提取全血dna后,使用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测rdna拷贝数,比较暴露和对照人群rdna拷贝数差异,分析rdna拷贝数与工龄、血铬等因素之间的相关性,随后用多元线性回归明确rdna拷贝数的影响因素。在体外实验中,采用0-20μM和0-4μM的重铬酸钾分别对人淋巴母细胞系(***)和人正常肺上皮细胞(BEAS-2B)处理24 h,清洗去毒后再修复3 d,收集暴露24 h和去毒后3 d的细胞,提取细胞dna后检测rdna拷贝数。采用5μM的重铬酸钾对***和人外周血单个核细胞(PBMC)处理24 h,清洗去毒后修复3 d至7 d,分别收集暴露24 h,去毒后3 d和7 d的细胞,提取细胞dna后检测rdna拷贝数。分别收集5μM的重铬酸钾暴露24 h,去毒后3 d和7 d的***细胞,提取细胞总RNA后进行转录组测序,采用GO和KEGG富集分析差异表达mRNAs可能的生物学功能,通过Genecard和NPD数据库筛选核仁蛋白,随后用RT-qPCR验证核仁蛋白的mRNA表达。采用脂质体转染法将核仁蛋白相应的siRNA转染进***中,转染同时进行重铬酸钾染毒,暴露24 h后PBS清洗去毒,收集暴露24 h的细胞,检测rdna拷贝数和核仁蛋白的mRNA表达情况。结果六价铬暴露人群血铬浓度的中位数为1.26(0.04-4.53)ppb,高于对照人群的0.04(0.04-0.08)ppb(Pdna的标准化拷贝数(NCN)分别为1.14(0.85-10.69)、1.49(1.13-15.51)、1.37(0.91-14.21)和1.22(0.94-2.69),均显著高于对照组(Pdna拷贝数的影响因素为年龄(β=0.440,95%CI=0.170.711)、血铬水平(β=1.385,95%CI=0.771.000)和血锌水平(β=-0.003,95%CI=-0.0050.001);5S rdna拷贝数的影响因素为年龄(β=0.075,95%CI=0.026.124)和血铬水平(β=0.143,95%CI=0.037.249)。重铬酸钾(0-20μM)染毒的***细胞中,rdna NCN随染毒浓度的升高而增加(Pdna NCN未发生显著变化(P>0.05),去毒后3 d时2μM和4μM染毒组的细胞rdna NCN升高(Pdna NCN呈现逐渐上升的趋势(Pdna各片段的NCN都呈现出先上升后下降的趋势(Pdna损伤反应、核糖体生物合成等。在差异表达的基因中筛选出40个核仁蛋白进行mRNA表达验证,除TRIM35外,暴露组其余核仁蛋白的mRNA表达至少在一个时间点存在统计学差异。我们选择去毒后3 d时mRNA表达水平显著上调的HRAS核仁蛋白进行深入研究,该核仁蛋白的mRNA表达在暴露24 h时与对照组无差异;去毒后3 d和去毒后7 d时,相对表达量分别为2.17±0.10和1.45±0.08,均高于对照组(Pdna的NCN分别为1.29±0.04、1.53±0.05、1.39±0.04和1.32±0.01,均高于Mock组(Pdna拷贝数升高,且与血铬浓度呈正相关。六价铬处理可致***细胞rdna拷贝数升高,呈浓度效应关系,且去毒后修复过程呈先升高后降低至正常水平的动态变化规律。六价铬暴露对HMy

关键词：六价铬核糖体dna 拷贝数核仁蛋白

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中华绒螯蟹核糖体dna全序列分析

水产学报 2010年第5期34卷 696-703页

作者：俞菊华李红霞戈贤平李建林唐永凯中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业部水生动物遗传和养殖生物学重点实验室

核糖体dna通常被选作系统发育研究的分子标记,核糖体dna中IGS部分序列的变异在一定程度上影响着生物的生长。报道了中华绒螯蟹核糖体dna全序列的分离和序列特征。中华绒螯蟹核糖体dna全长11660bp,包括18S(1873bp),ITS1(317bp),5.8S(163b... 详细信息

核糖体dna通常被选作系统发育研究的分子标记,核糖体dna中IGS部分序列的变异在一定程度上影响着生物的生长。报道了中华绒螯蟹核糖体dna全序列的分离和序列特征。中华绒螯蟹核糖体dna全长11660bp,包括18S(1873bp),ITS1(317bp),5.8S(163bp),ITS2(614bp),28S(4461bp)和IGS(4240bp);不同部分AT含量在40.1%～48.6%之间,低于果蝇(55.8%～80.0%),高于鲤(22.0%～43.7%)。平均100个核苷酸含简单重复序列(SSR)数由高到低依次为ITS2(0.98%),IGS(0.49%),28S(0.38%),ITS1(0.32%),18S(0.21%),5.8S(0%)。个体内差异分析结果表明,中华绒螯蟹个体内存在两类ITS2序列,其中一类在405nt处有一12bp(CGCAGGACCACC)插入序列。中华绒螯蟹rdna的IGS部分长4240bp,AT含量为42.6%。IGS部分包含一个有约7个连续136～139bp单元组成的重复序列区,重复序列单元中存在XhoⅠ内切酶位点,为河蟹特有的重复序列;重复序列区后有一个由182个碱基对形成的柄和21bp的环组成的发夹结构。中华绒螯蟹核糖体dna序列的揭示将为继续研究不同地理种群间的差异标记和挖掘与生长率相关的核糖体dna分子特性提供理论基础。

关键词：中华绒螯蟹核糖体dna 个体内差异 IGS结构

江苏省小麦禾谷孢囊线虫群体核糖体dna-ITS区序列分析

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南京农业大学学报 2010年第6期33卷 55-62页

作者：王暄梁中伟裴世安乐秀虎李红梅彭德良南京农业大学农业部作物病虫害监测与防控重点开放实验室江苏南京210095 中国农业科学院植物保护研究所/植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193

对采集自江苏省徐州、宿迁、连云港和盐城4个地区的15个小麦禾谷孢囊线虫群体进行核糖体dna-ITS区的RFLP分析。结果表明:测定的所有群体均具有相同的酶切图谱,既具有与国外"B"型群体(印度群体)相同的AluⅠ和RsaⅠ酶切图谱,同时也具有中... 详细信息

对采集自江苏省徐州、宿迁、连云港和盐城4个地区的15个小麦禾谷孢囊线虫群体进行核糖体dna-ITS区的RFLP分析。结果表明:测定的所有群体均具有相同的酶切图谱,既具有与国外"B"型群体(印度群体)相同的AluⅠ和RsaⅠ酶切图谱,同时也具有中国群体独特的HinfⅠ和Tru9Ⅰ酶切图谱("C"型)。采用Neighbor-Joining法(MEGA4.0)构建的ITS序列系统进化树显示:所有15个江苏群体均聚在小麦禾谷孢囊线虫组(Heterodera avenae group)下的小麦禾谷孢囊线虫复合种群(*** complex)分支内,且多数江苏群体与草地孢囊线虫(***)德国和俄罗斯群体的遗传距离相对较近。通过江苏群体与其他近源群体的ITS序列分析比较,河南郑州群体与澳州孢囊线虫(***)的遗传距离较近,青海群体和河南郑州群体在分子遗传水平上具有明显的地域性,而江苏省和我国其他省份的小麦孢囊线虫群体具有丰富的遗传多样性。

关键词：禾谷孢囊线虫核糖体dna ITS区序列系统发育