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拟南芥蛋白磷酸酶PPH1的结构预测与功能分析

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应用与环境生物学报 2013年第1期19卷 69-73页

作者：韩永光骆玥魏徵霄唐秋菊杜林方四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610064

拟南芥PPH1属于蛋白磷酸酶2C(PP2C)家族,主要参与捕光色素复合物LHCⅡ蛋白去磷酸化调控与光系统的状态转移,与STN7蛋白激酶共同参与调控LHCⅡ的磷酸化与去磷酸化.为了解此酶的具体的催化机制和空间结构,使用生物信息学的方法对PPH1的疏... 详细信息

拟南芥PPH1属于蛋白磷酸酶2C(PP2C)家族,主要参与捕光色素复合物LHCⅡ蛋白去磷酸化调控与光系统的状态转移,与STN7蛋白激酶共同参与调控LHCⅡ的磷酸化与去磷酸化.为了解此酶的具体的催化机制和空间结构,使用生物信息学的方法对PPH1的疏水性、跨膜区、膜体和二级结构进行分析,构建系统进化树并通过同源建模的方法建立其核心结构域的三级结构,围绕蛋白磷酸酶的结构和可能的作用机制关系进行探讨.在以上分析的基础上选择特异位点合成多肽后,免疫家兔并成功制备抗体.蛋白印迹结果显示制备得到了PPH1特异抗体,证实此磷酸酶结构得以正确地预测.研究为今后进一步研究其结构和功能以及突变体的设计提供了理论基础.

关键词： PPH1 去磷酸化 PP2C 核心结构域抗体

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拟南芥TAK蛋白激酶的结构预测与功能分析

应用与环境生物学报 2009年第5期15卷 610-614页

作者：蒋佳宏王东胡源杜林方四川大学生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610064 四川大学纳米生物医学技术与膜生物学研究所成都610041

TAK1、TAK2和TAK3属于TAK蛋白激酶家族,由拟南芥核基因编码,其中TAK1参与了主要捕光色素复合物LHCⅡ蛋白磷酸化调控与光系统的状态转移.本文使用生物信息学手段对TAK1、TAK2和TAK3蛋白进行了较为系统的分析,发现TAK1、TAK2和TAK3为单次... 详细信息

TAK1、TAK2和TAK3属于TAK蛋白激酶家族,由拟南芥核基因编码,其中TAK1参与了主要捕光色素复合物LHCⅡ蛋白磷酸化调控与光系统的状态转移.本文使用生物信息学手段对TAK1、TAK2和TAK3蛋白进行了较为系统的分析,发现TAK1、TAK2和TAK3为单次跨膜蛋白,具有保守的激酶活性域、疏水性强的N端跨越类囊体膜、亲水性高的C端处于基质中等特点.在PDB中找到了不少与TAK1、TAK2和TAK3同源性大于30%的蛋白序列,其中大部分也带有酪氨酸激酶保守域,使用同源建模的方法,建立了拟南芥蛋白激酶TAKs核心结构域的三维结构,围绕蛋白激酶的结构和作用机制关系进行了探讨,设计出多肽抗体,并进行蛋白印迹检测抗体的专一性,为TAKs蛋白激酶进一步的功能研究奠定了基础.

关键词： TAK 磷酸化 LHCII 核心结构域同源建模抗体

拟南芥STN7和STN8蛋白激酶的结构预测和功能分析

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生物物理学报 2008年第2期24卷 99-106页

作者：胡源杜林方蒋佳宏四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610064 四川大学纳米生物医学技术与膜生物学研究所

STN7和STN8蛋白激酶分别参与了LHCⅡ蛋白和PSⅡ核心蛋白的磷酸化。作者用折叠识别的方法建立了拟南芥蛋白激酶STN7和STN8核心结构域的三维结构,同时结合其他生物信息学方法对STN7和STN8蛋白的结构和作用机制进行了探讨,选择特异位点合... 详细信息

STN7和STN8蛋白激酶分别参与了LHCⅡ蛋白和PSⅡ核心蛋白的磷酸化。作者用折叠识别的方法建立了拟南芥蛋白激酶STN7和STN8核心结构域的三维结构,同时结合其他生物信息学方法对STN7和STN8蛋白的结构和作用机制进行了探讨,选择特异位点合成多肽,并制备抗体。结果表明STN7和STN8蛋白激酶活性区域的电荷和形状互补性决定了两者作用底物蛋白的差异,蛋白印迹结果显示分别制备得到了STN7特异抗体和STN8特异抗体,证实结构预测的正确。

关键词：光系统Ⅱ 蛋白磷酸化 STN7 STN8 核心结构域

基于生物信息学对NAD(P)H辅酶氧化酶的结构识别

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生物物理学 2014年第3期2卷 30-37页

作者：王世珍王雅丽李红春李昊方柏山厦门大学化学化工学院化工与生物化工系厦门

辅酶再生是推动氧化还原酶大规模工业化应用的关键。辅酶氧化酶(NOX)是工业上用于NADH和NADPH再生的理想用酶。基于序列比对等生物信息学手段,分析NOX的氨基酸序列和蛋白质高级结构特点,为今后对辅酶氧化酶的识别和改造研究奠定基础。... 详细信息

辅酶再生是推动氧化还原酶大规模工业化应用的关键。辅酶氧化酶(NOX)是工业上用于NADH和NADPH再生的理想用酶。基于序列比对等生物信息学手段,分析NOX的氨基酸序列和蛋白质高级结构特点,为今后对辅酶氧化酶的识别和改造研究奠定基础。基于生物信息学的方法,利用ClustalX 2.0、PyMOL 1.0等相关软件,对来源于粪肠球菌(Enterococcus faecalis),乳酸链球菌(Lactococcus lactis),詹氏甲烷球菌(Methanocaldococcus jannaschii),生殖支原体(Mycoplasma genitalium),肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae),化脓链球菌(Streptococcus pyogenes)中的辅酶氧化酶(已知型或推断型)进行序列比对、同源建模,分析其催化活性位点、活性位点的氨基酸残基保守性特点及反应机理,识别辅基及周围重点氨基酸残基。大量的比对分析结果表明,NOX的催化活性位点存在重点作用残基Cys42和辅基FAD,周围存在高度保守性残基His10,Leu40或Ser40和Gly43。研究结果可用于今后指导酶的筛选,在分子层面修饰和酶结构的改造。

关键词：辅酶氧化酶生物信息学核心结构域构效关系活性位点

橡胶树HbFCA启动子在转基因烟草中的功能缺失分析

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热带农业科学 2017年第7期37卷 62-66,74页

作者：李季戴雪梅孙芳黄天带华玉伟黄华孙中国热带农业科学院橡胶研究所/农业部橡胶树生物学重点开放实验室海南儋州571737

利用5′缺失设计一系列引物,扩增HbFCA启动子质粒,获得5个启动子缺失片段,用这些片段分别替换PBI121载体中的CaMV35S启动子,得到5个HbFCA的5′缺失表达载体,即pA、pB、pC、pD和pE。利用农杆菌介导叶盘法进行烟草遗传转化,对组培瓶内生... 详细信息

利用5′缺失设计一系列引物,扩增HbFCA启动子质粒,获得5个启动子缺失片段,用这些片段分别替换PBI121载体中的CaMV35S启动子,得到5个HbFCA的5′缺失表达载体,即pA、pB、pC、pD和pE。利用农杆菌介导叶盘法进行烟草遗传转化,对组培瓶内生根较好的烟草叶片GUS染色,结果发现,长度为最小片段的276 bp的pE可以较好地实现HbFCA启动子的功能。对橡胶树体细胞胚瞬时表达检测发现,pE片段也能启动表达,有较好的GUS活性,可以实现HbFCA启动子的功能。

关键词：橡胶树 HbFCA 启动子 5′端缺失分析法核心结构域

二聚体RNA解旋酶CsdA的结构生物学研究及其C端区域的重要功能

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科学新闻 2018年第4期 157-157页

作者： Ling Xu Lijun Wang Junhui Peng Fudong Li Lijie Wu Beibei Zhang Mengqi Lv Jiahai Zhang Qingguo Gong Rongguang Zhang Xiaobing Zuo Zhiyong Zhang Jihui Wu 唐雅珺施蕴渝中国科学技术大学生命科学学院中国科学院

文章简介RNA解旋酶Csd A在大肠杆菌50S核糖体的生物合成和低温下rpos的基因表达调控过程中发挥重要作用,然而一直以来人们并不清楚Csd A的结构和长片段C端区域的功能。本研究解析了Csd A两个解旋酶核心结构域和C端

关键词：解旋酶核心结构域 RNA