检索结果-南通市图书馆

基于生物信息学分析预测瘢痕疙瘩发病过程中的核心基因及互作miRNA的研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国皮肤性病学杂志 2020年第12期34卷 1372-1378页

作者：李初颖皮龙泉金美彤罗银利金哲虎延边大学附属医院皮肤科吉林延吉133000

目的使用生物信息学方法,揭示瘢痕疙瘩发病过程中参与的核心基因,并预测与其互作的潜在微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,miRNA)。方法从NCBI Gene database中获取GSE7890基因芯片集,应用LIMMA软件,条件限制为P1.5筛选出差异基因。... 详细信息

目的使用生物信息学方法,揭示瘢痕疙瘩发病过程中参与的核心基因,并预测与其互作的潜在微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,miRNA)。方法从NCBI Gene database中获取GSE7890基因芯片集,应用LIMMA软件,条件限制为P1.5筛选出差异基因。通过DAVID(database for annotation,visualization and integrated discovery)对筛选出的差异基因进行功能富集分析。使用STRING(search tool for the retrieval of interacting genes)官方平台和MCODE(molecular complex detection)软件进一步建立PPI(protein-protein interaction)网络图并通过分析连接度分出有意义的集簇模块。最后,CyTargeLinker用于预测与核心基因相互作用的潜在miRNA的分析。结果本研究共获得69个上调基因和174个下调基因。从中主要有5个核心基因(CXCL8,KIT,SOX9,CCNB1,NGF),从包含162个节点与408条连线的PPI网络中筛选得出4个具有意义的簇集模块。同时,预测出18个miRNA可能与其中3个基因形成靶向性相互作用网络。结论筛选核心基因和预测与之相互作用的miRNA为瘢痕疙瘩发病机制和治疗靶点的研究提供了理论基础。同时,通过对核心基因富集功能的分析为建立瘢痕疙瘩疾病新科学假说提供依据。

关键词：瘢痕疙瘩核心基因生物信息学 miRNA

用生物信息学分析预测绝经后骨质疏松症核心基因与互作miRNA的研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国骨质疏松杂志 2018年第10期24卷 1267-1272页

作者：柴毅谭峰樊巧玲南京中医药大学江苏南京210046

目的揭示参与绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)生理病理过程的核心基因,并预测可能与之相互作用的微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,miRNA)。方法选取NCBI基因表达综合数据库基因芯片GSE57273,应用GEO2R和Morpheus分析软件获得差异基因(differentially expressed genes,DEGs),并通过DAVID(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)进行功能富集分析。应用STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes)、Cytoscape和MCODE(Molecular Complex Detection)软件建立蛋白相互作用网络计算DEGs的各个连接度并分析网络集簇模块。由CyTargetLinker预测与核心基因互作的miRNA。结果本研究共获得841个DEGs,其功能主要富集于基因表达过程,细胞大分子生物合成过程等。蛋白相互作用网络共包含523个节点与2 026条连线。本研究列出了前3个集簇模块,同时筛选出10个核心基因:HSP90AA1、EP300、SMARCA2、RANBP2、ASH1L、EIF4E、PTEN、CNOT6L、RPL7、KRAS,并预测出37个miRNA可与其中7个核心基因靶向性相互作用。结论核心基因与其相互作用的miRNA的发现可能有助于了解PMOP的病理机制,或为药物的开发提供治疗靶点。同时,通过对核心基因富集功能的鉴定为PMOP建立新的科学假说提供依据。

关键词：骨质疏松,绝经后生物信息学蛋白互作网络核心基因微小核糖核酸

结肠癌核心基因和独立预后因子筛选的生物信息学分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

吉林大学学报（医学版） 2022年第3期48卷 755-765页

作者：刘迁祁国萍于华裔戴宇阳陆文斌金建华江苏大学附属武进医院徐州医科大学武进临床学院肿瘤科江苏常州213017

目的:挖掘基因表达综合(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠癌基因表达数据,探讨引发结肠癌的潜在核心基因及独立预后因子。方法:采用TCGA数据库检索结肠癌中基因表达水平和临床特征数据,采用GEO数据库检索结肠癌和癌旁组织... 详细信息

目的:挖掘基因表达综合(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠癌基因表达数据,探讨引发结肠癌的潜在核心基因及独立预后因子。方法:采用TCGA数据库检索结肠癌中基因表达水平和临床特征数据,采用GEO数据库检索结肠癌和癌旁组织中核心基因表达水平,行加权基因共表达网络分析(WGCNA)、维恩分析、蛋白-蛋白互作(PPI)网络构建和Hub基因筛选、基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析、泛癌基因的免疫细胞亚型分析、核心基因的泛癌热图和相关性分析、核心基因与肿瘤微环境的相关性分析和核心基因的风险回归模型分析,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)、Westernblotting和免疫组织化学法检测结肠癌组织及癌旁组织中NKD1与AXIN2表达水平,进一步证实筛选结果。结果:TCGA数据分析得出1208个基因高表达;GSE37182芯片中有252个基因高表达。对4组差异分析数据取交集,维恩分析获得13个共有基因,并进行PPI网络构建,发现7个基因(ARID3A、SALL4、NKD1、KND2、AXIN2、CA9和TACSTD2)为结肠癌潜在的核心基因。GO富集分析,这7个基因主要参与Wnt信号通路进行正/负调控,基底外侧质膜或结合泛素蛋白连接酶;KEGG富集分析,这7个基因主要作用于Hippo信号通路和Wnt信号通路。泛癌基因分析,7个核心基因在结肠癌组织中均明显高表达,NKD1和AXIN2基因在结肠癌组织中的表达呈正相关关系(r=0.69);TACSTD2基因在C1、C2、C3和C6免疫细胞亚型中呈高表达。核心基因的表达与样品中肿瘤微环境之间的相关性分析,结肠癌组织中NKD2、AXIN2、ARID3A和NKD1基因的表达与综合打分呈负相关关系(P基因表达水平呈显著正相关关系(P核心基因,其中AXIN2为结肠癌患者独立预后因子,结肠癌组织中NKD1的AXIN2基因表达水平呈正相关关系。

关键词：结肠肿瘤核心基因预后因子加权基因共表达网络分析生物信息学

同方期刊数据库博看期刊评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

《考工记》与中华工匠精神的核心基因

民族艺术 2018年第4期 47-53页

作者：潘天波江苏师范大学传媒与影视学院 221009

《考工记》是中华工匠文化的元典,它潜藏的中华工匠精神核心基因是由信念、行为与价值三部分构成,并具有物质性与信息性的双重属性。在物质层面,中华工匠精神主要是通过工匠行为(法象、工巧、美饰、善合)而体现于物态化(行为基因)形式存... 详细信息

《考工记》是中华工匠文化的元典,它潜藏的中华工匠精神核心基因是由信念、行为与价值三部分构成,并具有物质性与信息性的双重属性。在物质层面,中华工匠精神主要是通过工匠行为(法象、工巧、美饰、善合)而体现于物态化(行为基因)形式存在;在信息层面,中华工匠精神主要凭借工匠信念(宇宙)与工匠价值(致用)而凸显出工匠的生活态度、生存方式与价值信仰。发掘中华工匠精神基因,能增益于中华工匠精神基因传承的社会化路径选择,并能复兴中华民族精神,从而为应对全球化而贡献中国方案、中国经验与中国精神。

关键词：《考工记》工匠精神核心基因中国精神文化传承

丙型肝炎病毒核心基因重组腺病毒的构建、鉴定与表达

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

免疫学杂志 2006年第2期22卷 221-223,226页

作者：马臻郭进军陈国民沈钦海黄爱龙 Tong-Chuan He 重庆医科大学附二院肝炎研究所重庆400010 美国芝加哥大学分子肿瘤中心美国芝加哥il60637

目的构建HCV C基因重组腺病毒,以期用于HCV C蛋白的功能研究。方法以含有丙肝病毒1b亚型核心基因的质粒pcDNA3.1/HCV-C为模板,PCR扩增HCV C基因,PCR产物双酶切后亚克隆至穿梭质粒pAdTrack-CMV上,与骨架质粒pAdEasy-1在BJ5183细菌内同源... 详细信息

目的构建HCV C基因重组腺病毒,以期用于HCV C蛋白的功能研究。方法以含有丙肝病毒1b亚型核心基因的质粒pcDNA3.1/HCV-C为模板,PCR扩增HCV C基因,PCR产物双酶切后亚克隆至穿梭质粒pAdTrack-CMV上,与骨架质粒pAdEasy-1在BJ5183细菌内同源重组,获得重组腺病毒质粒pAd-C,PacⅠ酶切线性化后脂质体法转染293细胞进行包装,获得重组腺病毒Ad-C,继之在293细胞内扩增,利用报告基因GFP监测病毒滴度和感染效率,Western blot检测HCV C蛋白的表达。结果PCR及Western blot结果均证实重组腺病毒Ad-C构建成功。结论成功构建了重组腺病毒Ad-C,为进一步研究核心蛋白的生物学功能奠定了基础。

关键词：丙型肝炎病毒核心基因重组腺病毒

成骨分化内源性竞争性lncRNA-miRNA-mRNA网络与核心基因的研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国骨质疏松杂志 2021年第12期27卷 1792-1799页

作者：周子墨柳达陈森相覃森中国医科大学附属盛京医院骨科辽宁沈阳110004

目的揭示成骨分化中内源性竞争性长链非编码核糖核酸lncRNA(long noncoding RNA,lncRNA)与下游潜在的微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid, microRNA,miRNA)及信使核糖核酸(messenger RNA,mRNA)的表达关系,构建内源性竞争性lncRNA-miRNA-mRNA网络。方法选取NCBI基因表达综合数据库基因芯片GSE89330、GSE72429、GSE74837,应用GEO2R获得差异基因(differentially expressed genes, DEGs)、差异lncRNA(differentially expressed lncRNA,DElncRNAs)和差异miRNA (differentially expressed miRNA,DEmiRNAs)。通过DAVID数据库(Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)进行DEGs功能富集分析(GO analysis)和KEGG分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes analysis)。利用miRWalk在线工具、DIANA在线分析工具lncBASE 2.0预测DEGs的上游潜在靶点和DEmiRNAs的lncRNA潜在靶点,互相比对,利用Cytoscape构建lncRNA-miRNA-mRNA互作网络。应用STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes)、Cytoscape和MCODE(Molecular Complex Detection)软件建立蛋白相互作用网络(PPI network),计算DEGs的各个连接度并分析和筛选网络集簇模块,并进行关键基因(hub gene)筛选。结果共获得186个DEGs,包含81个下调基因和105个上调基因;89个DEmiRNA,包括25个下调miRNA和64个上调miRNA;441个DElncRNA,包括205个下调lncRNA和236个上调lncRNA。最终筛选出84个DEGS和7个DEmiRNA及11个DElncRNAs构建lncRNA-miRNA-mRNA互作网络。对186个DEGs GO分析发现其功能主要富集在炎症反应和血管生成中,其分子功能主要在生长因子活化中。通过PPI网络分析,筛选出两个网络集簇模块,并得到10个关键基因(IL6、CXCL12、CXCL8、CCL2、HGF、LEP、VCAM1、CXCL1、SAA1、FOS)。结论通过lncRNA-miRNA-mRNA互作网络,预测了新的潜在内源性竞争性lncRNA与下游miRNA-mRNA存在联系。

关键词：成骨分化生物信息学非编码RNA 核心基因

平面细胞极性通路核心基因与神经管畸形的相关性

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

陕西师范大学学报（自然科学版） 2013年第2期41卷 59-64页

作者：杨章民王丽娜杨雪艳王红艳陕西师范大学生命科学学院陕西西安710062 复旦大学生命科学学院上海200433

对平面细胞极性(planar cell polarity,PCP)信号通路中6种核心蛋白质(Frizzled、Flamingo、Vangl、Dishevelled、Prickle及Diego)的基本结构、在神经管畸形发生过程中的作用以及在人类神经管畸形患者中发现的相关突变位点的研究现状进... 详细信息

对平面细胞极性(planar cell polarity,PCP)信号通路中6种核心蛋白质(Frizzled、Flamingo、Vangl、Dishevelled、Prickle及Diego)的基本结构、在神经管畸形发生过程中的作用以及在人类神经管畸形患者中发现的相关突变位点的研究现状进行了综述.研究表明,接受Wnt信号通路刺激后这6个蛋白结合形成不对称性分布的膜复合物,经下游Rho/Rac信号通路来共同决定神经元的平面细胞极性及神经管的闭合.目前已在Frizzled、Vangl、Flamingo及Prickle 4个基因中发现了多个特异性错义突变,在Dishevelled基因中发现有SNP位点改变,Diego基因在神经管畸形中的突变不明.未来研究应在阐明核心基因与环境因素如何互作、核心基因SNP位点或突变如何影响其蛋白功能,从而参与神经管畸形发生方面进行突破.

关键词：神经管畸形平面细胞极性信号通路核心基因

多重生物信息分析预测免疫相关基因FN1为干燥综合征发病核心基因

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国免疫学杂志 2022年第23期38卷 2847-2851页

作者：薛娜肖莹董晶孙伟吉林省白城医学高等专科学校白城137000 吉林大学第二医院急诊科长春130000 长春市二道区妇幼保健计划生育服务中心长春130000

目的:利用多重生物信息分析挖掘和预测干燥综合征(SS)发病过程的核心基因及关键通路。方法:GEO数据库下载SS基因数据GSE97614,利用R语言中limma数据包进行均一化数据处理,GEO2R分析筛选差异表达基因(DEGs)。多重生物信息分析软件对GSE97... 详细信息

目的:利用多重生物信息分析挖掘和预测干燥综合征(SS)发病过程的核心基因及关键通路。方法:GEO数据库下载SS基因数据GSE97614,利用R语言中limma数据包进行均一化数据处理,GEO2R分析筛选差异表达基因(DEGs)。多重生物信息分析软件对GSE97614数据进行分析。DAVID在线软件对DEGs进行GO分析及KEGG信号通路预测。STRING在线软件对DEGs进行蛋白互作(PPI)网络分析。Cytoscape对互作网络结果进行可视化处理,并应用内置软件cytohubba筛选出SS发病的核心基因。结果:GSE97614包含9例SS患者及3例正常对照者,共对32321个基因进行检测,limma数据包均一化数据处理并筛选出96个差异上调和65个差异下调表达的基因。基因热图显示全部DEGs具有可聚类性。GO分析主要富集于细胞外基质、细胞外间隙及整合素结合过程。信号通路主要富集于MAPK通路及VEGF通路。PPI网络显示共有141个基因间存在224条联系,cytohubba计算出FN1、IL1B、TIMP1、THBS1、PLAU、SERPINE1、FOS、ITGB3、VCAN、ADAMTS1为前10位发病核心基因。其中FN1综合分析得分为32分,ADAMTS1综合分析得分为10分。结论:多重生物信息分析发现免疫相关基因FN1为SS发病过程的核心基因,可能作为SS快速诊断和治疗的血清标志物及潜在的药物干预靶点。

关键词：生物信息学 GEO数据库核心基因信号通路

利用WGCNA挖掘种公鸡睾丸和附睾中影响精子活力的核心基因

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

江苏农业学报 2023年第3期39卷 762-769页

作者：原佳妮赵延辉侍玉梅倪和民郭勇盛熙晖齐晓龙王相国邢凯北京农学院动物科学技术学院北京102206

种公鸡的精子活力对养禽业的可持续发展至关重要,通过加权基因共表达网络(WGCNA)分析法挖掘种公鸡睾丸、附睾中调控精子活力的基因共表达模块和核心基因,并构建与种公鸡精子活力相关的调控网络。基于团队前期对不同精子活力种公鸡睾丸... 详细信息

种公鸡的精子活力对养禽业的可持续发展至关重要,通过加权基因共表达网络(WGCNA)分析法挖掘种公鸡睾丸、附睾中调控精子活力的基因共表达模块和核心基因,并构建与种公鸡精子活力相关的调控网络。基于团队前期对不同精子活力种公鸡睾丸、附睾组织转录组测序数据的分析,用WGCNA方法构建基因共表达网络,识别与表型性状显著相关的基因模块,并对关键模块基因进行GO功能注释、KEGG通路富集分析。用Cytoscape软件筛选每个关键模块的核心基因并构建可视化共表达网络。结果表明,14227个基因聚类到11个模块,以决定系数(R2)≥0.6、P基因进行功能分析,发现这些基因显著富集在核苷酸切除修复、同源重组、细胞色素P450对异类物质代谢、MAPK信号通路和细胞凋亡等通路上。选出的IFT家族基因与HMOX2、CYP4B1、ANG、ITGB2基因是与种公鸡精子活力相关的核心基因,可作为提高精子活力的潜在基因。

关键词：种公鸡精子活力加权基因共表达网络(WGCNA) 核心基因

维普期刊数据库博看期刊