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云南省2013年柯萨奇病毒A6型基因特征分析

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中国病毒病杂志 2016年第4期6卷 265-269页

作者：寸建萍田子颖徐闻尹洁姜黎黎周晓芳田炳均云南省疾病预防控制中心云南昆明650022

目的对2013年云南省22株柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus a6,CV-a6)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2013年手足口病实验室监测系统分离到的22株CV-a6病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-a6病毒VP1区基因参... 详细信息

目的对2013年云南省22株柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus a6,CV-a6)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2013年手足口病实验室监测系统分离到的22株CV-a6病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-a6病毒VP1区基因参考序列,用MEGA 5.0软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果 2013年云南省在711份非肠道病毒71型(EV-A71)、非柯萨奇病毒A16型(CV-A16)肠道病毒中共检出CV-a6病毒22份,占3.09%(22/711),CV-a6的阳性总检出率为0.32%(22/6 912)。基因特征分析表明,云南22株CV-a6均为基因1型(Genotype 1)。它们分为3个不同的进化分支,1株为China cluster,6株为Yunnan cluster 1,15株为Yunnan cluster 2。结论除原型株Gdula(AF081297)外,国内外CV-a6病毒存在两个基因型,基因型2又分为8个进化分支,云南分离株分布在3个不同的进化分支,2013年云南省CV-a6的流行存在3个传播链。

关键词：柯萨奇病毒A6型 VP1基因基因特征分析

基于重组酶聚合酶扩增技术的柯萨奇a6型病毒的快速检测方法的建立

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基于重组酶聚合酶扩增技术的柯萨奇A6型病毒的快速检测方法的建立

作者：王凯风南方医科大学

学位级别：硕士

背景和目的:手足口病(HFMD,hand foot mouth disease)是全世界,尤其是在亚太地区流行的病毒性传染病,主要感染5岁以下儿童,严重威胁儿童健康和生命。HFMD由多种病毒导致,主要包括肠道病毒71(EV71 enterovirus 71)型、柯萨奇病毒(CA,coxs... 详细信息

背景和目的:手足口病(HFMD,hand foot mouth disease)是全世界,尤其是在亚太地区流行的病毒性传染病,主要感染5岁以下儿童,严重威胁儿童健康和生命。HFMD由多种病毒导致,主要包括肠道病毒71(EV71 enterovirus 71)型、柯萨奇病毒(CA,coxsakievirus)A16、A4、a6、A10、B3、B5 以及艾克病毒 30 型等。近年来,多项研究表明HFMD的致病病原体谱发生改变,Ca6成为越来越重要的病原体,在全世界范围内已导致多起HFMD暴发。Ca6可以引起重症HFMD病例,并可导致部分重症患儿死亡。Ca6常引起非典型的HFMD,容易导致误诊。HFMD尚无有效治疗药物,针对EV71的CA16的单价以及双价疫苗已进入临床试验阶段。但针对多种病毒的多价疫苗进展缓慢。HFMD主要预防和控制措施是切断传播,对症治疗以减少并发症的出现。加强HFMD的全球流行病学和实验室病原学监测,预测新的暴发疫情将有助于HFMD的预防和控制,而病原体的快速检测则是HFMD有效监测和诊断的关键。重组酶聚合酶扩增技术(RPA,recombinase polymerase amplification)是英国Twist DX公司商业化的新型核酸扩增检测技术,该技术不依赖于昂贵的仪器,在37-42度的恒温条件下可完成对目的基因的扩增和检测,有多种探针可应用于产物检测,大大提高了检测的特异性。另外,其扩增产物也可以进行测序分析,增加了其可核对性。RPA技术可以在20min内实现对病原体的检测,是目前最快速的核酸扩增检测方法,已被广泛用于病原体的快速检测。所以,RPA技术非常适合于传染病暴发现场的快速检测。本研究旨在建立针对Ca6的实时荧光逆转录一步法重组酶聚合酶(RT-RPA,reverse transcription remconbinase polymerase amplification)快速检测方法。方法:在Genbank下载Ca6病毒的VP1蛋白的基因序列,并比对序列寻找保守区。针对保守区设计特异性的引物,进行引物筛选并设计相应的探针,随后建立针对Ca6的实时荧光RT-RPA快速检测方法。将含有目的片段的cDNA连接至载体,并进行体外转录,计算核酸浓度并转换成拷贝数/μ1,随后进行10倍梯度稀释,每个梯度设置8个重复,分别用实时荧光RT-RPA检测和商业化Ca6荧光定量PCR检测试剂盒检测,概率元分析计算其95%检测限。用RT-RPA检测对照病毒,分析其特异度。分别利用RT-RPA和商业化Ca6荧光定量PCR检测试剂盒检测234份EV71和CA16阴性的HFMD病例的粪便样本,分析检测结果一致性,计算Kappa值。结果:RT-RPA检测方法的反应时间为20min。RT-RPA检测方法只与Ca6发生反应,产生扩增曲线,没有与任何对照病毒发生反应,其特异度为100%。RT-RPA的95%检测限低至231拷贝/反应,与商业化荧光定量PCR无差别。临床样本的检测结果显示RT-RPA检测方法与商业化Ca6荧光定量PCR检测试剂盒的kappa值为0.93,pa6的实时荧光RT-RPA具备良好的特异性和灵敏度,反应快速,将有助于Ca6相关的HFMD的监测和诊断。

关键词：柯萨奇病毒A6型重组酶聚合酶扩增快速检测

福州地区2012年柯萨奇a6型肠道病毒分子特征分析

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中国人兽共患病学报 2013年第11期29卷 1124-1126,1130页

作者：陈智伟姚栩陈霄璐谢乃鸿陈艳张晓阳福州市疾病预防控制中心福州350004

目的对2012年福州地区分离的其他肠道病毒CVa6进行分子鉴定，并对其VP1部分序列进化分析。方法肛拭子标本采用RD细胞进行病毒分离，通过RT—PCR对分离株的VP1部分序列进行扩增、克隆和测序；经过Blast程序比对来确定病毒的基因型；通过M... 详细信息

目的对2012年福州地区分离的其他肠道病毒CVa6进行分子鉴定，并对其VP1部分序列进化分析。方法肛拭子标本采用RD细胞进行病毒分离，通过RT—PCR对分离株的VP1部分序列进行扩增、克隆和测序；经过Blast程序比对来确定病毒的基因型；通过Mega4．0软件对不同病毒株VP1部分序列的差异进行比较。结果从10份其他肠道病毒患者的肛拭子标本中分离到6株CVa6病毒。测序结果显示，该6株CVa6病毒核苷酸序列具有高度一致性，但与福州周边国家或地区CVa6的核苷酸一致性为91．8％～97．3％。结论2012年福州市HFMD的病源除Ev71和CVA16外，还包含CVa6病毒。序列分析表明，因此，应加强对手足口病例中其他肠道病原体的检测，并掌握其流行以及病毒遗传进化特征，为HFMD的防控提供科学依据。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A6型 VP1基因序列分析

2022年绵阳市柯萨奇病毒A6型基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第5期44卷 414-422页

作者：宫悦宗可鑫程迁王璐璐朱人和罗琴王衍海梅国勇韩俊宋芹芹内蒙古科技大学包头医学院公共卫生学院包头014000 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所病毒资源中心北京102206 中国疾病预防控制中心传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室北京102206

目的调查2022年绵阳市手足口病病例的感染情况,分析柯萨奇病毒A6型(CVa6)的进化特征。方法采集2022年绵阳市手足口病患者咽拭子,采用实时荧光定量PCR检测样本中的肠道病毒。对肠道病毒阳性样本使用肠道病毒分型引物进行巢式PCR扩增部分... 详细信息

目的调查2022年绵阳市手足口病病例的感染情况,分析柯萨奇病毒A6型(CVa6)的进化特征。方法采集2022年绵阳市手足口病患者咽拭子,采用实时荧光定量PCR检测样本中的肠道病毒。对肠道病毒阳性样本使用肠道病毒分型引物进行巢式PCR扩增部分VP1基因,进一步鉴定病毒型别。通过PCR对所有CVa6阳性样本的VP1编码区和部分样本的全基因组进行扩增及测序。对绵阳市流行株进行系统进化、基因同源性、氨基酸变异和基因重组分析。结果共采集2022年绵阳市手足口病患者咽拭子151份,实时荧光定量PCR检测肠道病毒阳性样本104份,总检出率为68.87%(104/151)。分型结果显示CVa6有77例,阳性率为50.99%(77/151)。本研究扩增测序并成功拼接了77株CVa6 VP1基因全长,系统发育分析表明77株均为D3基因型,与参考株相比,绵阳市流行株存在多处氨基酸变异位点。扩增测序并成功拼接了20条全基因组序列,经同源性分析,20条阳性序列之间核苷酸同源性为97.0%~99.9%。进行系统进化和基因重组分析显示,本次研究流行株在各编码区均未发生基因重组现象。结论2022年绵阳市手足口病病例中主要病原体为CVa6 D3亚型,与2022年全国流行情况一致。

关键词：手足口病病原谱柯萨奇病毒A6型基因重组遗传进化

柯萨奇a6型病毒致重症手足口病危险因素分析

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江苏预防医学 2018年第4期29卷 374-377页

作者：熊田甜孟瑜刘坚黄娇赵荣仙吴泰顺魏晟深圳市宝安区疾病预防控制中心广东深圳508101 华中科技大学公共卫生学院深圳市宝安区人民医院

目的探讨柯萨奇a6型病毒(CVa6)感染所致重症手足口病的危险因素。方法采用1∶1匹配的病例对照研究方法,收集深圳市宝安人民医院2015年5月-2016年11月实验室确诊的CVa6感染所致重症和轻症手足口病例各101例,采用向后逐步回归的多因素logi... 详细信息

目的探讨柯萨奇a6型病毒(CVa6)感染所致重症手足口病的危险因素。方法采用1∶1匹配的病例对照研究方法,收集深圳市宝安人民医院2015年5月-2016年11月实验室确诊的CVa6感染所致重症和轻症手足口病例各101例,采用向后逐步回归的多因素logistic回归方法筛选影响因素。结果出现丘疹、患儿经常咬玩具、照看人文化程度高中以下和发热最高体温≥39℃为CVa6感染所致重症的危险因素,母乳喂养和发病诊断时间间隔较短为保护因素。结论及早诊断和母乳喂养可降低CVa6所致重症手足口病风险,丘疹和高热可作为手足口病重症早期识别指征。

关键词：手足口病重症柯萨奇病毒A6型危险因素

致手足口病柯萨奇病毒A6型和A10型相关疫苗的研究进展

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病毒学报 2023年第4期39卷 1193-1202页

作者：黄琼姿朱瑞徐龙发程通国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心厦门大学公共卫生学院厦门361102

手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)是一种由人肠道病毒(Human enterovirus,HEV)感染引起的儿童常见的全球性急性传染病,多发于5岁以下婴幼儿。我国是HFMD的主要流行地区,近年来每年的感染报告病例数居高不下,已经严重影响我... 详细信息

手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)是一种由人肠道病毒(Human enterovirus,HEV)感染引起的儿童常见的全球性急性传染病,多发于5岁以下婴幼儿。我国是HFMD的主要流行地区,近年来每年的感染报告病例数居高不下,已经严重影响我国儿童的生命健康。柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus a6,CVa6)和柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10,CVA10)是导致HFMD的主要病原体。然而,目前尚未有CVa6和CVA10的预防疫苗或特效治疗药物。为此,本文基于致手足口病CVa6和CVA10,对其疫苗最新研究进展以及疫苗研发中的挑战作一综述,以期为HFMD的科学防控及疫苗研发提供有价值的信息。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A6型柯萨奇病毒A10型疫苗

检测柯萨奇病毒a6、A10型的双重荧光定量RT-PCR方法及应用

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检测柯萨奇病毒A6、A10型的双重荧光定量RT-PCR方法及应用

柯萨奇病毒A6型空心和实心病毒抗原检测系统的建立和应用

2014年浙江省检验医学学术年会

作者：崔大伟谢国良杨先知楼剑洲陈瑜浙江大学医学院附属第一医院检验科分子实验室

目的为柯萨奇病毒a6、A10型引起的手足口病疫情提供快速准确的检测。方法运用一步法双重实时荧光定量RT-PCR,采用柯萨奇病毒A6型和柯萨奇病毒A10型高度特异的引物和荧光标记探针,在同一个反应管内检测患者粪便标本中柯萨奇病毒a6、A10... 详细信息

目的为柯萨奇病毒a6、A10型引起的手足口病疫情提供快速准确的检测。方法运用一步法双重实时荧光定量RT-PCR,采用柯萨奇病毒A6型和柯萨奇病毒A10型高度特异的引物和荧光标记探针,在同一个反应管内检测患者粪便标本中柯萨奇病毒a6、A10型的核酸。结果成功建立了柯萨奇病毒a6、A10型的RT-PCR检测方法和定量标准曲线。实验结果表明,本检测方法特异性强,与其他肠道病毒如肠道病毒71型、柯萨奇病毒A16型、柯萨奇病毒A2型、柯萨奇病毒A5型、柯萨奇病毒B1型、柯萨奇病毒B3型、埃克病毒30型,及甲型流感病毒、呼吸道合胞病毒、博卡病毒的阳性核酸均无交叉反应;该方法检测灵敏度高,分别达到102、102copies/ml;对已标定拷贝数(copies/ml)的柯萨奇病毒A6型合成片段(107copies/ml)和柯萨奇病毒A10型合成片段(107copies/ml)分别稀释后对每一个指定浓度的阳性核酸稀释液进行重复性实验,变异系数均低于1.38%。结论本方法能同时对a6、A10型柯萨奇病毒进行快速检测,且灵敏度高、特异性强、重复性好,并可应用于柯萨奇病毒a6、A10型引起暴发疫情的实验室应急诊断、快速筛查、临床诊断及手足口病的流行病学的研究。

关键词：柯萨奇病毒A6型柯萨奇病毒A10型双重荧光定量RT-PCR

来源： cnki会议评论

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中国疫苗和免疫 2022年第5期28卷 554-558页

作者：戈小琴张克武瑞霞安燕秋李雅静李文麒胡雅灵北京科兴生物制品有限公司北京100085 北京科兴中维生物技术有限公司北京102601 聊城市传染病医院山东聊城252000

目的建立和应用柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus a6,CV-a6)空心和实心病毒抗原检测系统。方法利用蔗糖密度梯度分离CV-a6空心和实心病毒颗粒,采用CV-a6病毒纯化液免疫Balb/c小鼠,筛选出特异性强的CV-a6空心和实心病毒单克隆抗体,进行效... 详细信息

目的建立和应用柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus a6,CV-a6)空心和实心病毒抗原检测系统。方法利用蔗糖密度梯度分离CV-a6空心和实心病毒颗粒,采用CV-a6病毒纯化液免疫Balb/c小鼠,筛选出特异性强的CV-a6空心和实心病毒单克隆抗体,进行效价测定;CV-a6单克隆抗体与多克隆抗体进行酶联免疫吸附试验双抗夹心系统匹配,建立病毒抗原检测系统,验证其线性、灵敏度、结合能力和特异性;应用其检测CV-a6疫苗研发过程中的抗原含量。结果本研究获得了特异性强的CV-a6空心和实心病毒颗粒单克隆抗体,效价分别为10^(7)和10^(6);分别与CV-a6兔多克隆抗体匹配出ELISA双抗夹心病毒抗原检测系统。该系统与其他肠道病毒无交叉反应,与CV-a6空心和实心病毒抗原含量存在明显的剂量效应关系,对CV-a6疫苗研究过程中的各工序段样品含量的检测结果准确。结论本研究建立的CV-a6空心和实心病毒抗原检测系统符合定性和定量检测需求,为CV-a6疫苗研究提供了一种快捷和准确的抗原含量检测方法。

关键词：柯萨奇病毒A6型空心病毒颗粒实心病毒颗粒单克隆抗体双抗夹心酶联免疫吸附试验病毒抗原检测系统

引起两起手足口病聚集性疫情的柯萨奇病毒a6的VP1基因特征及其分子流行病学研究

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中国卫生检验杂志 2015年第2期25卷 161-164页

作者：查杰马智龙周纯葆泰州市疾病预防控制中心江苏泰州225300 中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心北京100190

目的了解两起疫情的Cox a6的VP1基因特征的异同,研究其分子流行病学特征。方法测定其VP1基因全序列,用分析软件对VP1基因做适应性进化分析。结果从两起聚集性疫情中分离到的Cox a6分别属于2013年流行的2个流行亚群,其中1个亚群在氨基酸... 详细信息

目的了解两起疫情的Cox a6的VP1基因特征的异同,研究其分子流行病学特征。方法测定其VP1基因全序列,用分析软件对VP1基因做适应性进化分析。结果从两起聚集性疫情中分离到的Cox a6分别属于2013年流行的2个流行亚群,其中1个亚群在氨基酸254位发生R→K的突变,该突变被推测是受正向选择作用的结果。而且两起聚集性病例的分枝分化时间分别是在2012年第3季度-第4季度和2012年第4季度-2013年第1季度。结论在本地区2013年流行的手足口肠道病毒Cox a6的2个主要的流行亚群的分化时间在2010年冬季-2011年春季,经过2年～3年的低流行期后目前在本地区进入高流行期,并在本市分别引起了两起手足口病聚集性疫情。

关键词：手足口病聚集性疫情柯萨奇病毒A6型流行亚群