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中国广东省18株柯萨奇病毒A6型分离株全基因组特征分析

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病毒学报 2016年第5期32卷 566-573页

作者：曾汉日陆靖郑焕英陈晓丽刘冷郭雪柯昌文李晖广东省疾病预防控制中心广州511430 广东省公共卫生研究院广州511430 广东省人民医院广州510080

为了解2013年广东省引起手足口病的CVa6全基因组特征,探索研究暴发流行期与非流行期CVa6毒株间的基因异同,本研究选取18株广东省CVa6毒株进行全基因组序列扩增及测序,采用DNASTAR6.0、MEGA5.2和SimPlot3.5.1等软件对获取全基因组序列进... 详细信息

为了解2013年广东省引起手足口病的CVa6全基因组特征,探索研究暴发流行期与非流行期CVa6毒株间的基因异同,本研究选取18株广东省CVa6毒株进行全基因组序列扩增及测序,采用DNASTAR6.0、MEGA5.2和SimPlot3.5.1等软件对获取全基因组序列进行遗传进化、比对及重组分析。序列比对显示,18株广东省CVa6毒株基因组长度在7 390～7 392bp之间,与原型株Gdula比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。遗传进化分析显示,18株广东省CVa6毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5%～99.6%和97.5%～99.9%。2013年广东省CVa6流行期毒株在全基因组进化树中处于Ⅲ、Ⅳ两个分支,2011年非流行期毒株只存在于Ⅳ分支。基因重组分析显示,广东省GD870/2013株在P2和P3区存在基因重组现象,GD839/2013株未发现明显的重组来源。结果表明,2013年广东省引起手足口病的CVa6在暴发流行期存在Ⅲ、Ⅳ两条病毒传播链的共同流行,其中Ⅲ传播链在非结构蛋白编码区存在基因重组现象,与Ⅳ传播链相比具有较大基因差异,然而2011年CVa6非流行期间只存在Ⅳ病毒传播链。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A6型全基因组

2014-2018年云南省文山州手足口病病原学监测及柯萨奇病毒A6型的基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2021年第8期41卷 629-634页

作者：周雪花周永明姜黎黎李楠周晓芳寸建萍伏晓庆田炳均云南省文山州疾病预防控制中心检验科 663099 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022

目的对2014-2018年云南省文山州手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例进行病原分析,并对其中分离的柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus a6,CV-a6)进行分子流行病学分析。方法用RD细胞和Hep-2细胞从HFMD病例粪便标本中分离病毒,... 详细信息

目的对2014-2018年云南省文山州手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例进行病原分析,并对其中分离的柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus a6,CV-a6)进行分子流行病学分析。方法用RD细胞和Hep-2细胞从HFMD病例粪便标本中分离病毒,提取病毒RNA,先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行RT-PCR和测序,确定病毒型别,再用各型病毒的相关引物扩增肠道病毒(enterovirus,EV)VP1区全序并测序;按参考文献下载基因库中CV-a6病毒完整VP1区基因参考序列,用MEGA5.2软件构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果5年间共从2848份标本中分离到581株EV,病毒分离率为20.40%(581/2848)。581株病毒中CV-a674份,占阳性总数的12.74%(74/581),CV-A16124份,占21.34%(124/581),EV-A71374份,占64.37%(374/581)。其他病毒9份,占1.55%(9/581)。用MEGA5.2软件对74株CV-a6病毒的VP1基因完整序列(915 bp)作基因进化树,排除序列完全一样的序列后共对22株具有代表性的CV-a6病毒和52株参考株序列共74株病毒作基因进化分析,文山州所有22株均为D3a亚型,其中21株为分支1(cluster 1),1株为分支2(cluster 2)。结论2014-2018年云南省文山州HFMD流行以EV-A71(占64.37%)、CV-A16(占21.34%)和CV-a6(占12.74%)为主。基因特征分析表明,跟往年全国的情况一样,云南省文山州2014-2018年流行的CV-a6为D3a基因亚型,其中进化分支1(cluster 1)是主要的流行分支。

关键词：手足口病病原分析柯萨奇病毒A6型 VP1基因分子流行病学

2012—2015年深圳市重症手足口病患儿柯萨奇病毒A6型VP1~VP4基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2019年第1期39卷 24-29页

作者：姚相杰陈龙王伟琪杨洪孟君张海龙何雅青张仁利许少坚深圳市疾病预防控制中心 518055 广东医科大学东莞523808 深圳市龙华疾病预防控制中心 518109

目的了解2012—2015年深圳市手足口病重症患儿柯萨奇a6型肠道病毒(CVa6)VP1~VP4基因特征。方法对2012—2015年深圳市重症手足口病样本中所有CVa6阳性样本进行VP1~VP4全长序列扩增和测序,运用DNASTAR6.0和MEGa6.02软件进行系统进化分析... 详细信息

目的了解2012—2015年深圳市手足口病重症患儿柯萨奇a6型肠道病毒(CVa6)VP1~VP4基因特征。方法对2012—2015年深圳市重症手足口病样本中所有CVa6阳性样本进行VP1~VP4全长序列扩增和测序,运用DNASTAR6.0和MEGa6.02软件进行系统进化分析。结果深圳市2012—2015年共有4例重症手足口病是由CVa6病毒感染引起的,临床表现均为发热、疱疹和无菌性脑炎等中枢神经系统症状。其中2013年深圳市CVa6重症株与2012年深圳重症株核苷酸的同源性为98.8%~98.9%,氨基酸同源性为99.3%~99.8%,共有2个氨基酸突变(VP2区的G73E和VP1区的S13G)。2015年深圳市CVa6重症株与2013年重症株的核苷酸和氨基酸的同源性分别为95.0%和99.3%,共发现6个氨基酸突变(分别为VP2区的E73G和VP1区的T5A、S27N、A30V、N137S和V242I)。进化分析表明,2012—2015年深圳市引起无菌性脑炎的CVa6重症株均属于D3亚型,其中深圳市2012年CVa6重症株与2012年长沙市分离株(KJ156349)进化关系最近,深圳市2013年CVa6重症株与上海市2013年CVa6分离株(KJ612513)进化关系最近,而深圳市2015年CVa6重症株与山东省2014年潍坊株(KX752785)属于同一进化分支。结论2012—2015年引起深圳市重症手足口病的CVa6重症株均属于D3亚型,其中2015年CVa6重症株VP1区S27N、A30V的氨基酸突变位点均位于线性B细胞抗原表位区域,V242I氨基酸突变位点位于细胞受体PSGL-1结合区域,这可能会影响CVa6重症株与细胞受体的结合力及其对人群的感染力。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A6型重症基因型突变

2018年云南省6地州(市)手足口病病原检测及柯萨奇病毒A6型的基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2019年第12期39卷 885-891页

作者：张勇伏晓庆田炳均徐闻姜黎黎寸建萍周晓芳向以斌云南省疾病预防控制中心昆明650022

目的对2018年云南省6个地州(市)510份手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例粪便标本进行基因检测并对柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus a6,CV-a6)完整VP1区基因特征进行分析。方法用病毒RNA提取试剂盒从粪便标本中直接提取病毒... 详细信息

目的对2018年云南省6个地州(市)510份手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例粪便标本进行基因检测并对柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus a6,CV-a6)完整VP1区基因特征进行分析。方法用病毒RNA提取试剂盒从粪便标本中直接提取病毒RNA,用MD91/OL68-1引物对病毒VP4区基因进行RT-PCR和测序,确定病毒型别,再用相关引物扩增肠道病毒VP1区全序并测序;按参考文献下载基因库中CV-a6病毒完整VP1区基因参考序列,用MEGA5.2软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果从510份标本中获得57份标本的VP4和VP1区基因,核酸检测阳性率为11.17%(57/510),其中CV-a643份,阳性率为8.43%(43/510),CV-A106份,阳性率为1.17%(6/510),EV-A712份,阳性率为0.39%(2/510),CV-A92份,阳性率为0.39%(2/510),另外检测到CV-A4、CV-A5、CV-B1和E11各1株,阳性率均为0.19%(1/510)。基因进化分析表明,云南43株CV-a6均为基因型D的D3亚型。结论510份标本中,CV-a6的检出率最高(8.43%),占阳性数的75.44%(43/57),CV-A10检出率为1.17%(6/510),EV-A71的检出率为0.39%(2/510),2018年云南省发生了以CV-a6为主的HFMD大暴发。基因特征分析表明,跟往年全国的情况一样,云南省2018年暴发的CV-a6为D3基因亚型。

关键词：手足口病病原体柯萨奇病毒A6型 VP4基因 VP1基因基因特征分析

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柯萨奇病毒A6型多克隆抗体的制备及鉴定

中国生物制品学杂志 2020年第10期33卷 1143-1145,1151页

作者：魏真妮孟晓丹陈静王文辉卢佳郭靖吴杰孟胜利王泽鋆陈晓琦申硕武汉生物制品研究所病毒性疫苗研究一室湖北武汉430207 国家联合疫苗工程技术研究中心湖北武汉430207 三峡大学医学院湖北宜昌443000

目的制备兔抗柯萨奇病毒A6型(Coxsackie virus a6,CVa6)多克隆抗体,并鉴定其特异性。方法将杆状病毒-昆虫细胞表达系统中共表达的CVa6病毒样颗粒(virus-like particle,VLP)纯化后免疫日本大耳白兔,制备其多克隆抗体;用CVa6-R69-XY-2016... 详细信息

目的制备兔抗柯萨奇病毒A6型(Coxsackie virus a6,CVa6)多克隆抗体,并鉴定其特异性。方法将杆状病毒-昆虫细胞表达系统中共表达的CVa6病毒样颗粒(virus-like particle,VLP)纯化后免疫日本大耳白兔,制备其多克隆抗体;用CVa6-R69-XY-2016、CVA10-R97-XY-2016、CVA16-V217-XY-2016、EV71-V54-XY-2016及CVa6 Gdula毒株分别感染人恶性胚胎横纹肌瘤RD细胞,体外中和试验及ELISA法检测中和抗体和结合抗体效价,Western blot法及间接免疫荧光试验(indirect immunoinfluscent assay,IFA)检测抗体特异性。结果制备的兔抗CVa6 VLP多克隆抗体与CVa6-R69-XY-2016及CVa6 Gdula毒株的中和抗体效价均可达1024,多克隆抗体仅与这2种病毒的结构蛋白VP1、VP2及VP3产生特异性反应,仅在这2种病毒感染的RD细胞中产生明显的绿色荧光;经ELISA分析,其结合效价达1×10^7。结论成功制备了兔抗CVa6 VLP多克隆抗体,其特异性良好,可为CVa6血清型中和试验鉴别、病毒结构蛋白定性定量分析提供抗体试剂。

关键词：柯萨奇病毒A6型病毒样颗粒多克隆抗体

2014-2018年昆明市重症手足口病病原柯萨奇病毒A6型的流行与遗传变异特点

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中国病原生物学杂志 2021年第9期16卷 1056-1059,1063页

作者：刘艳艳向以斌李文龙简千棋马丽波刘如锦杨瑶朱心侯敏昆明市疾病预防控制中心云南昆明650228 云南省疾病预防控制中心

目的了解2014-2018年昆明市重症手足口病患者感染的柯萨奇病毒a6(Coxsackievirus a6,CV-a6)型流行情况及其全长VP1区基因特征。方法收集2014-2018年昆明市重症手足口病病例资料及标本1064份,采用Real Time RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检... 详细信息

目的了解2014-2018年昆明市重症手足口病患者感染的柯萨奇病毒a6(Coxsackievirus a6,CV-a6)型流行情况及其全长VP1区基因特征。方法收集2014-2018年昆明市重症手足口病病例资料及标本1064份,采用Real Time RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测,分析其流行特征。利用随机数表随机选取63例重症CV-a6阳性标本,对其进行完整VP1区基因序列测定,使用Mega6.0软件进行序列分析并构建系统进化树,并比较其核苷酸、氨基酸同源性及氨基酸变异情况。结果2014-2018年昆明市重症手足口病例中共检出肠道病毒阳性标本666份,其中CV-a6阳性195份。5年中重症手足口病例报告数呈下降趋势,但每年均有重症CV-a6病例报告,发病高峰期在4~7月,呈单峰模式,6月达最高峰。感染病例中男女性别比为2.55∶1,≤2岁儿童居多(73.33%),且重点集中在官渡和西山两区。63个CV-a6毒株均位于D3基因亚型D3a进化分支,与国内多地区CV-a6处于共循环状态。该分支分为3个进化小分支,D3a.1包含2014-2016年的所有毒株及少量2017年、2018年毒株;D3a.2包含绝大多数2017年及2018年毒株,D3a.3只有1株2014年昆明株。VP1区氨基酸在多个位点上与原型株存在特异突变,氨基酸变异已呈现年度间规律性。结论CV-a6是引起昆明市重症手足口病主要抗原之一,持续开展CV-a6分子流行病学检测,对昆明市手足口病的防控具有重要意义。

关键词：重症手足口病柯萨奇病毒A6型流行病学遗传特点

一起柯萨奇病毒A6型引起的手足口病聚集性疫情分子流行病学分析

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中国热带医学 2021年第2期21卷 181-185页

作者：李贺杜波史恒越安宣宁刘文新阜新市疾病预防控制中心辽宁阜新123000

目的对2019年9月辽宁省阜新市某中学一起手足口病聚集性疫情的未分型肠道病毒进行病原学鉴定,分析其种系发生情况。方法使用实时荧光PCR对标本进行初步病原学鉴定,使用巢式PCR对未分型肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进行扩增和测序,BLAST... 详细信息

目的对2019年9月辽宁省阜新市某中学一起手足口病聚集性疫情的未分型肠道病毒进行病原学鉴定,分析其种系发生情况。方法使用实时荧光PCR对标本进行初步病原学鉴定,使用巢式PCR对未分型肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进行扩增和测序,BLAST比对确定肠道病毒型别,利用生物信息学软件将VP1区全长序列与柯萨奇病毒A6型(CV-a6)各亚型参考序列进行同源性和系统进化分析。结果 5份标本经实时荧光PCR检测,结果显示肠道病毒通用型核酸阳性,CV-A16型和EV71型核酸均为阴性,判断为非CV-A16非EV71型肠道病毒感染。对肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进行在线BLAST比对,结果显示5例患者标本均为CV-a6型肠道病毒阳性,其VP1区核苷酸序列同源性为100%。系统进化分析显示,5例标本属于我国广泛流行的CV-a6 D3亚型,且与辽宁省近几年的优势流行株在同一个进化树分支上。结论引起此次聚集性手足口病疫情的病原体为CV-a6型肠道病毒,与近年来辽宁省流行的CV-a6毒株亲缘关系密切,未发生明显变异。

关键词：手足口病聚集性疫情柯萨奇病毒A6型

2013-2017年天津市柯萨奇病毒A6型分离株基因特征分析

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中国病原生物学杂志 2018年第11期13卷 1248-1252页

作者：谭昭麟吕莉琨李力庄志超李佳萌苏旭天津市疾病预防控制中心

目的分析天津市引起手足口病(hand,foot,and mouth disease,HFMD)的柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus a6,CV-a6)VP1区基因特征。方法收集2013-2017年分离自天津市HFMD患者的CV-a6毒株,采用RT-PCR扩增VP1区基因全长序列并测序,使用DNAStar 5.01软件进行同源性分析,使用MEGA 5.05软件进行基于VP1完整编码区的系统进化分析。结果 38株CV-a6分离株之间的核苷酸及氨基酸同源性分别为87.4%~100.0%和93.3%~100.0%;系统进化分析显示,38株CV-a6均为D基因型,其中2013年2株为D2基因亚型,其余36株均为D3基因亚型。D3亚型又可分为D3a和D3b2个进化分支,其中32株属于D3a分支,4株属于D3b分支。结论 2013-2017年天津市致手足口病CV-a6流行株主要为D2和D3基因亚型,D3基因亚型又包括D3a和D3b两个进化分支,并以D3a进化分支为主,且呈隔年高发态势。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A6型系统进化分析

柳州市手足口病病原体柯萨奇病毒A6型VP1基因特征分析

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中国病毒病杂志 2022年第3期12卷 185-190页

作者：余钧池陈柳军杨振兴柳州市疾病预防控制中心微生物检验所广西柳州545007

目的分析柳州市2016—2020年引起手足口病的柯萨奇病毒A6型(CVa6)VP1的基因特征,为手足口病防控提供科学依据。方法收集柳州市2016—2020年临床诊断手足口病病例标本,采用real-time RT-PCR法进行肠道病毒核酸检测,随机抽取50份CVa6阳... 详细信息

目的分析柳州市2016—2020年引起手足口病的柯萨奇病毒A6型(CVa6)VP1的基因特征,为手足口病防控提供科学依据。方法收集柳州市2016—2020年临床诊断手足口病病例标本,采用real-time RT-PCR法进行肠道病毒核酸检测,随机抽取50份CVa6阳性标本进行VP1序列扩增、序列测定,用MEGA 5.0和Interaction Tree of Life V5(iTOLV5)构建进化树,用DNAstar V8.1.3软件对核苷酸和氨基酸同源性及氨基酸位点突变进行分析。结果柳州市50株CVa6流行株均属于D3亚型,核苷酸同源性为90.1%~99.7%,氨基酸同源性为93.8%~97.5%;流行株VP1区共有16个位点的氨基酸发生了变异,在已确认的关键抗原表位存在两种变异方式;氨基酸变异还存在5T、30A、137N和242V共变异;有15株流行株发生了抗原表位氨基酸缺失;CVa6流行从单一传播链向多个传播链发展。结论柳州市2016—2020年引起手足口病的CVa6属于D3亚型,VP1区基因存在关键抗原表位氨基酸变异及缺失,有多个CVa6传播链在柳州市共循环。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A6型 VP1基因基因特征同源性变异