检索结果-南通市图书馆

作者：赵娜中国疾病预防控制中心

学位级别：硕士

目的：应用最小核心组分型方法对布鲁氏菌进行分型和鉴定的研究,为布鲁氏菌的分型分析提供新的思路,并为布鲁氏菌分子流行病学的研究提供新的线索。比较Brucellacapt和iELISA血清学检测方法对于我国布鲁氏菌病的实验诊断效果。估计和评... 详细信息

目的：应用最小核心组分型方法对布鲁氏菌进行分型和鉴定的研究,为布鲁氏菌的分型分析提供新的思路,并为布鲁氏菌分子流行病学的研究提供新的线索。比较Brucellacapt和iELISA血清学检测方法对于我国布鲁氏菌病的实验诊断效果。估计和评价全国8所高校涉及生物安全的实验用动物的使用管理情况,为我国制定实验用动物使用和管理方面的相关政策提供依据。方法：在基因组水平,使用Illumina GA Ⅱx对中国20株布鲁氏菌进行双末端全基因组测序,采用SOAP denovo对测序后的数据进行组装。对从GenBank下载的55株及本实验室测序的20株布鲁氏菌基因组数据,应用SOAPsnp和Mummer程序,进行核心基因组分析和SNP的识别。应用Structure 2.2和MEGA软件,以Ochrobactrum anthropic ATCC 49188作为外群,构建系统发生树。75株布鲁氏菌菌株间的ANI值使用生物软件ANItools计算。通过Blast将各菌株预测的基因与文献查询到的布鲁氏菌毒力基因数据库进行比对,并利用perl程序画出毒力基因的百分比分布热力图。应用Bruce llacapt和iELISA方法,对布鲁氏菌病病人血清75份,非布鲁氏菌病病人血清45份进行血清学检测并比较分析其在实验诊断中的价值。对全国7个省份8所高校991位相关实验人员进行实验用动物管理情况、实验操作人员情况以及实验使用较大实验动物生物安全情况进行问卷调查和座谈访问,应用EXCEL和SAS统计软件对调研结果进行数据分析和描述。结果：1.对75株布鲁氏菌的基因组信息使用MCG分型方法,可将其分为6个MCG *** Group 1到MCG Group 6含有的组内特异性SNP数量分别为2、235、348、4,728、3,819及3,770个。3.组内ANI值的范围是99.27%～100%,最大的组内ANI值为MCG Group 5和MCG Group6均为]00%,组内最小ANI值为MCG Group 1的99.27%,均高于组间的ANI值(97.2%-99.22%)。4.毒力基因在MCG Group 1到MCG Group 6所占的比例分别为90.96%,93.56%,95.89%,86.04%,85.78%及91.87%。5.根据MCG组内的菌株背景信息和进化图,可以将MCG Group 1到MCG Group 3作为经典分支(core clade), MCG 4到MCG 6视为遗传距离较远的较早分化的分支(second clade)。6.脂多糖(lipopo lysaccharides,LPS)合成和Ⅳ型分泌系统相关的毒力基因在core clade内所占的比例高于second clade。7. Brucellacapt检测方法的灵敏度、特异度、符合率、Kappa值和ROC曲线下面积分别为82.7%、88.9%、85.0%、0.69、0.86,相比较的iELISA方法的结果分别为90.7%、64.4%、80.8%、0.57、0.78。8.8所高校有10个专业18门课程需要对实验用动物进行操作。接触实验用动物的人员构成,学生所占比例最大为90.10%,其次为教师6.67%,教辅1.18%,兽医1.18%,科研人员0.65%,饲养人员0.22%。所有人员每学期接触实验用动物的平均天数为45天。9.接触的实验用动物种类,接触羊、牛的人数最多,分别为56.38%和53.30%;其次为犬和猪,分别为38.40%和34.89%;猫的接触人数占18.51%;马为15.00%;鱼、蛙、扇贝等其他动物的接触人数为7.23%。实验用动物的实验操作类型以采血操作最多,其次为外科手术。10.调研的8所学校,仅有3所学校针对实验用动物的管理和操作制定了本学校或实验室生物安全相关的规章制度和标准操作规程,7所学校有针对实验用动物(采购、使用、尸体处理等)的管理办法,6所学校有针对实验用动物的伦理要求,4所学校有专门负责采购实验用动物的部门,但相关的标准和管理规范标准不统一。11.实验用动物的来源主要以市场购买为主,占42.31%,其次为定点农户购买,占23.08%;实验用动物饲养场购买占11.54%;单位内部繁殖、普通饲养场购买和其他方式,均为7.69%,且其他来源主要为流浪猫、犬。12.4所学校组织实验用动物饲养人员参加生物安全等相关培训,6所学校对教师和学生进行实验室生物安全培训,但培训内容不统一。2所高校针对实验用动物操作可能出现的生物安全问题建立了相应的应急预案。13.7所学校内部设有医疗设施(校医院或医务室)。实验中备有手套、口罩、护目镜、防护服四种防护设备的学校分别为5、5、2、4所。被调查人员中854人在实验用动物操作中采取了相关的防护措施,占93.74

关键词：布鲁氏菌最小核心基因组 Brucellacapt 实验用动物安全评价

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浙江省猪链球菌2型人源分离株分子分型特征

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中华传染病杂志 2022年第8期40卷 483-489页

作者：朱水荣陈建才吴卓颖张云怡方磊张严峻浙江省疾病预防控制中心微生物检验所杭州310051

目的了解浙江省猪链球菌2型(Streptococcus suis type 2,SS2)的分子分型特征。方法对浙江省2005年1月至2021年7月29株散发SS2人源分离株进行基因分型检测,采用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)、多位点序列分型(m... 详细信息

目的了解浙江省猪链球菌2型(Streptococcus suis type 2,SS2)的分子分型特征。方法对浙江省2005年1月至2021年7月29株散发SS2人源分离株进行基因分型检测,采用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST),以及最小核心基因组(minimum core genome,MCG)群方法,分别进行分型检测。结果29株菌株经PFGE得到10种PFGE图谱带型,3个主要分支簇群,其中21株(72.41%)被分成2个主要分支群,8株(27.59%)呈遗传多样性,相似性为49.7%~94.7%。29株菌株经MLST得到3种序列型,其中ST7型25株(86.21%),ST1型3株(10.34%),ST25型1株(3.45%)。29株菌株得到3个MCG基因型,其中E型12株(41.38%),Group1型16株(55.17%),Group4型1株(3.45%)。结论浙江省SS2主要流行两大克隆群高致病株,少数菌株传播过程中可能存在遗传变异,进化分析呈遗传多样性。

关键词：猪链球菌多位点序列分型散发人源分离株分子分型电泳凝胶脉冲场最小核心基因组

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