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HIV-1整合酶抑制剂的3D-QSAR研究

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原子与分子物理学报 2019年第6期36卷 889-893页

作者：仝建波曹旭陕西科技大学化学与化工学院

采用Topomer CoMFA方法对26个香豆素衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3 D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.973,0.666和0.960,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.... 详细信息

采用Topomer CoMFA方法对26个香豆素衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3 D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.973,0.666和0.960,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.运用这些信息进行分子对接,在理论上验证所构建的模型具有较高的可信性.此外,QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考.

关键词：三维定量构效关系易位体比较分子场分子对接

Topomer CoMFA及分子对接用于抗艾滋病药物研究

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Topomer CoMFA及分子对接用于抗艾滋病药物研究

作者：占培陕西科技大学

学位级别：硕士

获得性免疫缺陷综合症(Acquired immune deficiency syndrome,AIDS),是由人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)引起的一种致命性疾病,HIV能够阻断细胞和体液免疫过程,使免疫系统受损,导致人们感染艾滋病。HIV病毒密码是... 详细信息

获得性免疫缺陷综合症(Acquired immune deficiency syndrome,AIDS),是由人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)引起的一种致命性疾病,HIV能够阻断细胞和体液免疫过程,使免疫系统受损,导致人们感染艾滋病。HIV病毒密码是由逆转录酶(Reverse transcriptase,RT)、蛋白酶(Protease,PR)和整合酶(Integrase,IN)这3种关键酶来表达,抗AIDS药物的研制主要是针对抑制上述重要酶为靶标进行的。艾滋病病毒存在两种类型:HIV-1和HIV-2型,而HIV-1以其容易感染影响最为广泛。本论文通过计算机辅助药物设计方法(Computer aided drug design,CADD),以定量构效关系(Quantitative structure activity relationship,QSAR)、分子对接和分子设计为主要研究手段对抑制剂进行研究,为深入理解相关药物的作用机制和抗艾滋病药物的研发提供了理论依据。本文的研究内容分为如下几个方面:1.采用易位体比较分子场(Topomer comparative molecular field analysis,Topomer CoMFA)方法对24个二芳基苯胺衍生物进行三维定量构效关系研究,建立3D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数(r)、交互验证系数(q)以及外部验证的复相关系数(Q)分别为0.928、0.654和0.940,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力。采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示药物与HIV-1逆转录酶的LYS172、GLU138、LYS101等位点作用明显。运用这些信息进行分子设计,获得了一些具有较高活性新的二芳基苯胺类抗艾滋病药物,并且将这些分子对接到靶点,分析两者的结合模式。2.采用Topomer Co MFA方法研究了52个吲哚衍生物的三维结构和其生物活性关系,建立稳定性和预测能力较好的3D-QSAR模型,该模型的非交叉验证相关系数(r)、交互验证系数(q)以及外部验证的复相关系数(Q)分别为0.996、0.651和0.764。Topomer CoMFA模型等势面图提供了立体场和静电场可视化图像,直观地揭示了这一系列化合物中不同取代基结构对其生物活性的影响。运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了一些具有较高活性新的吲哚衍生物分子。3.采用Topomer CoMFA方法对64嘧啶衍生物进行了3D-QSAR研究,所建模型的非交叉验证相关系数(r)、交互验证系数(q)以及外部验证的复相关系数(Q)分别为0.922、0.723和0.935,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力。采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果表明受体活性口袋中的氨基酸残基和该类抑制剂小分子产生氢键作用。4.采用Topomer CoMFA和全息定量构效关系(Hologram quantitative structure-activity relationships,HQSAR)两种方法对48喹啉酮羧酸衍生物衍生物进行了定量构效关系研究,建立QSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数(r)、交互验证系数(q)以及外部验证的复相关系数(Q)分别为0.967、0.775、0.915和0.967、0796、0.955。研究结果表明获取模型具有良好的稳定性和预测能力。Topomer CoMFA模型等势面图和HQSAR色码图揭示了不同的取代基结构对其生物活性的影响。借助分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示药物与HIV-1整合酶的THR80、VAL82、GLY27、ASP29、ARG8等位点作用明显。5.采用Topomer CoMFA方法对40个二芳基三嗪类HIV-1逆转录酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究,建立3D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉验证相关系数(r)、交互验证系数(q)以及外部验证的复相关系数(Q)分别为0.958、0.800和0.965,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力。采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果表明,药物与HIV-1逆转录酶的GLU138、THR139、LYS101等位点作用明显。该研究结果可在理论上为实验工作者合成一些具有较高活性新的抗艾滋病药物提供理论参考。

关键词：抗艾滋病药物定量构效关系易位体比较分子场分子对接

吡喃酮类化合物的3D-QSAR及分子对接研究

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陕西科技大学学报 2020年第6期38卷 75-80,86页

作者：吴鲁阳王天浩冯怡张星仝建波陕西科技大学化学与化工学院陕西省轻化工助剂重点实验室陕西西安710021

采用易位体比较分子场(Topomer CoMFA)方法对18个吡喃酮类化合物进行三维定量构效关系研究,建立了3D-QSAR模型,主要参数分别为N=3,F=23.879,r 2=0.888,q 2=0.554,r 2 stderr=0.20,q 2 stderr=0.40,SEE=0.199,结果表明所建模型具有良好的预测能力.利用Topomer search技术在ZINC分子数据库中进行虚拟筛选,设计出活性优于模板分子的7个化合物.采用分子对接技术研究了新化合物与大分子蛋白1EE0的作用模式,结果表明,配体分子与1EE0的B/ARG274、B/ARG312、B/LYS67等位点作用显著.

关键词：吡喃酮类化合物三维定量构效关系易位体比较分子场分子设计分子对接

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吲哚衍生物的3D-QSAR研究和分子设计

陕西科技大学学报（自然科学版） 2016年第5期34卷 137-141页

作者：仝建波占培李凌霄吴英纪李康南陕西科技大学化学与化工学院陕西西安710021

采用Topomer CoMFA方法对52个吲哚衍生物进行了三维定量构效关系研究,建立3D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉验证相关系数、交叉验证相关系数以及外部验证的复相关系数分别为0.996、0.651和0.764,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测... 详细信息

采用Topomer CoMFA方法对52个吲哚衍生物进行了三维定量构效关系研究,建立3D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉验证相关系数、交叉验证相关系数以及外部验证的复相关系数分别为0.996、0.651和0.764,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.Topomer CoMFA模型等势面图提供的立体场和静电场可视化图像,直观地揭示了这一系列化合物中不同的取代基结构对其生物活性的影响,运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了一些具有较高活性新的吲哚衍生物抗艾滋病药物,该QSAR的研究结果可为实验工作者合成新药提供理论参考.

关键词：三维定量构效关系易位体比较分子场分子设计吲哚衍生物