检索结果-南通市图书馆

基因组学与应用生物学 2022年第6期41卷 1215-1226页

作者：王伟刘喆邢永强内蒙古科技大学生命科学与技术学院包头014010 内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室包头014010

本工作从NCBI数据库(https://www.***.nlm.***.gov/)获取了秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)自胚胎分离的120 min到分离后480 min共5个时序点(T0、T1、T2、T3、T4)的10个肠组织样本的RNA-seq测序数据,质控后平均读段数1.3×10^(7);构建了秀丽隐杆线虫肠组织发育过程中的基因表达矩阵(20191/基因数×10/样本数),识别了不同时序点间的差异表达基因;建立了每个时序点的可变剪接图谱,并识别了不同时序点间的差异可变剪接事件。结果表明,随着原肠形成的进行,源于内胚层的肠组织中大量基因的表达量上调,保证了原肠运动过程中细胞大量增殖的精准调控。可变3′在肠组织5个时序点中的平均占比最高,外显子跳跃、可变5′、内含子保留的平均占比相近。相较其他4个时序点,T1时序点的可变剪接丰度最大,表明可变剪接在原肠运动起始阶段有着重要的调控作用。肠组织增殖期的起始阶段(T0)与增殖期后期(T3)和型态形成期(T4)间的差异可变剪接事件丰度较高,表明部分基因通过形成不同的异构体参与秀丽隐杆线虫肠发育调控。不同发育阶段的基因表达和可变剪接事件的功能分析显示,可变剪接在发育成肠组织的内胚层原肠形成过程中有着重要的调控作用。该工作为从可变剪接层次研究秀丽隐杆线虫肠发育调控机制和相关实验的开展提供了重要的参考。

关键词：秀丽隐杆线虫差异表达基因可变剪接时序特异性

来源：

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