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新基因水稻OsLSD1的克隆及拟南芥和水稻类LSD1基因家族的生物信息学分析

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生物化学与生物物理进展 2005年第3期32卷 268-274页

作者：王丽娟田颖川何朝族中国科学院微生物研究所植物基因组学国家重点实验室

类LSD1(LSD1-like) 基因家族是一类特殊的C2C2型锌指蛋白基因,编码植物特有的转录因子. 目前已经研究的2个成员拟南芥LSD1(lesions stimulating disease resistance 1) 和LOL1(LSD-One-Like 1) 基因均参与植物细胞程序化死亡(programmed cell death, PCD) 的调控. 从水稻cDNA文库中克隆到1个类LSD1基因,命名为OsLSD1. 该基因长988 bp,包含一个432 bp的开放阅读框,推导的氨基酸序列(143个氨基酸) 含有3个内部保守的锌指结构域. DNA印迹结果表明OsLSD1基因在水稻基因组中为单拷贝,且在根、茎和叶中表达. 借助于生物信息学分析技术,从拟南芥和水稻数据库中各识别出5个和7个(包括OsLSD1) 类LSD1基因. 分析了这些类LSD1基因的结构,蛋白质结构域组成. 系统进化分析表明,无论基于编码区的核苷酸或氨基酸序列都可以将这些类LSD1基因分为2类. 虽然不存在拟南芥或水稻特有的类LSD1蛋白,但有些结构域是水稻所特有的,也有些基因是来源于复制事件.

关键词：拟南芥结构域锌指蛋白基因氨基酸序列基因家族克隆新基因生物信息学分析表达转录因子

利用线粒体膜电位测定筛选参与细胞凋亡的人类新基因

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生物化学与生物物理进展 2007年第7期34卷 732-737页

作者：骆叶王兰高霞邓唯唯于鹏张晨颖陆阳郝钰石太平国家人类基因组北方研究中心北京100176 北京中医药大学基础医学院免疫学教研室北京100029

细胞凋亡(apoptosis)属于细胞程序化死亡(programmed cell death),是细胞内涉及到许多生化反应的复杂过程.建立了基于细胞水平的凋亡筛选模型,用于筛选人类基因组中功能未知的序列,以发现与细胞凋亡相关的新基因.通过构建人类未知基因... 详细信息

细胞凋亡(apoptosis)属于细胞程序化死亡(programmed cell death),是细胞内涉及到许多生化反应的复杂过程.建立了基于细胞水平的凋亡筛选模型,用于筛选人类基因组中功能未知的序列,以发现与细胞凋亡相关的新基因.通过构建人类未知基因的表达文库,并将未知基因表达载体瞬时转染HeLa细胞,用阳离子染料JC-1标记HeLa细胞线粒体内膜并检测线粒体跨膜电位,用流式细胞术进行阳性结果的验证.经过对未知基因表达文库内600个新基因的筛选,得到7个线粒体跨膜电位下降相关新基因(CHMP6、CGI-38、hCAP-H2、NUDT16L1、ARMC1、PHF17和FLJ21103),经实验验证,其中3个基因(CHMP6、CGI-38和hCAP-H2)与细胞凋亡相关.结果表明,所建立的基于细胞的凋亡筛选模型稳定高效,3个细胞凋亡相关基因将被进行深入研究.

关键词：高通量筛选细胞凋亡线粒体膜电位荧光新基因

利用集落形成实验和成瘤实验初步研究新基因的成瘤作用

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复旦学报（医学版） 2001年第4期28卷 334-336,339页

作者：韩力薇覃文新王晨万大方顾健人上海市肿瘤研究所癌基因与相关基因国家重点实验室上海200032

目的　探讨新基因尤其是肝癌相关新基因的功能。方法　利用集落形成实验和成瘤实验初步分析HC90和HC3898基因的功能。结果　①HC90基因的转染能增加SMMC 772 1肝癌细胞形成的集落数量 ;②注射转染了HC90基因的SMMC 772 1细胞形成的肿瘤... 详细信息

目的　探讨新基因尤其是肝癌相关新基因的功能。方法　利用集落形成实验和成瘤实验初步分析HC90和HC3898基因的功能。结果　①HC90基因的转染能增加SMMC 772 1肝癌细胞形成的集落数量 ;②注射转染了HC90基因的SMMC 772 1细胞形成的肿瘤平均瘤重大于注射SMMC 772 1细胞的自身对照组 ;③HC3898全长cDNA转染SMMC 772 1细胞能显著抑制集落的形成 ;④注射转染HC3898基因的SMMC 772 1细胞组平均瘤重小于注射SMMC 772 1细胞的自身对照组的瘤重 ,抑瘤率为 5 0 % ;⑤HC3898实验组瘤块切片检查可见凋亡细胞及凋亡小体 ,瘤块的组织DNA经 1.5 %琼脂糖电泳分析 ,可发现典型的凋亡“阶梯状DNA条带”。结论　HC90可能是与肝癌恶性表型相关的新基因 ,转染SMMC 772 1肝癌细胞后能促进肝癌细胞的生长。HC3898基因可能诱导凋亡并抑制肝癌细胞的生长。集落形成实验和成瘤实验是对基因功能进行初步分析的有效方法。

关键词：集落形成成瘤凋亡新基因 HCC 肿瘤

生物信息学在新基因全长cDNA序列分析及功能预测中的应用

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生物化学与生物物理进展 2003年第1期30卷 159-163页

作者：张成岗贺福初军事医学科学院放射医学研究所北京100850

差异表达基因的检测与分析已成为研究具有差异的生物学表型的常规策略 .对通过实验所获得的差异基因片段进行生物信息学分析 ,主要包括基于国际互联网的序列相似性分析、片段重叠群分析和全长cDNA序列分析 ,以及如何构建局域网并采用本... 详细信息

差异表达基因的检测与分析已成为研究具有差异的生物学表型的常规策略 .对通过实验所获得的差异基因片段进行生物信息学分析 ,主要包括基于国际互联网的序列相似性分析、片段重叠群分析和全长cDNA序列分析 ,以及如何构建局域网并采用本地服务器进行规模化的数据分析 ,从而为研究人员提供可参考的生物信息学数据分析方案 .

关键词：生物信息学全长cDNA序列分析功能预测 PC机数据分析新基因

新基因ANGPTL4的克隆及其在血管新生中的功能研究

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中华医学杂志 2002年第2期82卷 94-99页

作者：朱洪新李锦军覃文新杨艳华何祥火万大方顾健人上海市肿瘤研究所癌基因及相关基因国家重点实验室 200032 中国科学院生物工程中心

目的　克隆新基因ANGPTL4 ,并探讨其功能。方法　采用以细胞生长为基础的功能筛选方法筛选人胎盘cDNA文库 ,结合RACE PCR方法克隆到一个人全长新基因ANGPTL4 ,用RH PCR方法对其进行染色体定位 ;用原核表达系统对重组ANGPTL4进行蛋白表... 详细信息

目的　克隆新基因ANGPTL4 ,并探讨其功能。方法　采用以细胞生长为基础的功能筛选方法筛选人胎盘cDNA文库 ,结合RACE PCR方法克隆到一个人全长新基因ANGPTL4 ,用RH PCR方法对其进行染色体定位 ;用原核表达系统对重组ANGPTL4进行蛋白表达 ;用四甲基偶氮唑蓝 (MTT)试验、原代猪主动脉内皮细胞 (PAEC)体外迁移试验、PAEC体外浸润试验、PAEC体外管状试验及小鼠体内栓子形成试验探讨了新基因ANGPTL4对体内外血管新生过程的影响。结果　获取的人全长基因ANGPTL4定位于染色体 19p13 3,其原核表达产物对PAEC的体外增殖没有明显作用 (P =0 0 5 04 ) ,但ANGPTL4的 2 μg/ml剂量组对PAEC的体外迁移和浸润均有明显的促进作用 (P 新生有较明显的促进作用。

关键词：血管新生体外新基因体内克隆小鼠浸润人胎盘功能研究 RACE

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定位克隆中寻找新基因的方法

生物化学与生物物理进展 1995年第2期22卷 126-132页

作者：张建之柴建华复旦大学遗传学研究所

在克隆人类遗传病致病基因的过程中，寻找染色体特定区段的转录序列成为主要的限速步骤。早期的努力集中在筛选ｃＤＮＡ文库，找寻进化上保守的ＤＮＡ序列，以及Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交。最近几年，在人类基因组计划的推动下，发展了数种... 详细信息

在克隆人类遗传病致病基因的过程中，寻找染色体特定区段的转录序列成为主要的限速步骤。早期的努力集中在筛选ｃＤＮＡ文库，找寻进化上保守的ＤＮＡ序列，以及Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交。最近几年，在人类基因组计划的推动下，发展了数种有效的寻找基因的新方法。这些方法不但扩展了寻找新基因的染色体区段，而且能在不依赖基因表达的情况下进行筛选。文中综述新旧几种寻找基因的方法，并讨论它们各自的优点与局限。

关键词：新基因识别定位克隆人类基因组基因

应用cDNA芯片分析79个新基因的人胚组织表达谱

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生物化学与生物物理进展 2001年第4期28卷 532-536页

作者：马淑华王敦成邹宗亮沈倍奋王升启军事医学科学院放射医学研究所北京100850 军事医学科学院基础医学研究所北京100850

大规模cDNA测序和生物信息学技术相结合 ,得到来自于商品化的人胚肾cDNA文库 79个代表新基因的表达序列标签 (EST) .随后 ,采用高速度机械手制备这些cDNA的基因芯片 ,用于鉴定 79个新基因的ESTs在2 0周、 2 6周两个胚胎时期 6种组织中... 详细信息

大规模cDNA测序和生物信息学技术相结合 ,得到来自于商品化的人胚肾cDNA文库 79个代表新基因的表达序列标签 (EST) .随后 ,采用高速度机械手制备这些cDNA的基因芯片 ,用于鉴定 79个新基因的ESTs在2 0周、 2 6周两个胚胎时期 6种组织中的基因表达状况 ,以研究这些EST片段代表的新基因功能提供线索 .通过芯片杂交及结果分析 ,得到同一个组织两个不同时相 8个差异表达的基因。

关键词： cDNA芯片新基因表达序列标签差异表达RNA分析人胚组织表达谱

蚯蚓纤溶酶新基因PV_(242)的克隆与表达

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生物化学与生物物理进展 2002年第4期29卷 610-614页

作者：徐义辉梁国栋孙兆军陈飞付士红柴玉波侯云德中国预防医学科学院病毒学研究所

从我国特有的双胸蚓属 (Lumbricusbimastus)蚯蚓体内提取到一种有纤维蛋白平板溶解活性的蛋白质 ,采用聚偏二氟乙烯膜 (PVDF)微量测序法测得蛋白质的N端氨基酸序列 ,依此设计简并引物 ,通过RT PCR获得其对应cDNA .该cDNA全长 888bp ,1～... 详细信息

从我国特有的双胸蚓属 (Lumbricusbimastus)蚯蚓体内提取到一种有纤维蛋白平板溶解活性的蛋白质 ,采用聚偏二氟乙烯膜 (PVDF)微量测序法测得蛋白质的N端氨基酸序列 ,依此设计简并引物 ,通过RT PCR获得其对应cDNA .该cDNA全长 888bp ,1～ 72 6位核苷酸对应读码框架 (ORF) ,编码含 2 4 2个氨基酸的成熟肽 .终止子 (TAG)位于cDNA的 72 7～ 72 9位 ,其余核苷酸序列为 3′端非编码区 .成熟肽命名为蚯蚓纤溶酶PV2 42 .蛋白质预测得知蛋白质等电点为 4 33,含组氨酸 (His4 4 )及丝氨酸 (Ser191)两个活性位点 ;蛋白质由两个结构域组成 ,表面有活性裂隙 ;该蛋白质属丝氨酸蛋白酶超家族胰蛋白酶类 .经国际基因库等多种查询比较未见PV2 42 基因的报道 ,为首次发现的新基因 ,在国际基因库的输入号为GenBankAF10 96 4 8.随后构建了pTrxFUS PV2 42 重组质粒 ,并在大肠杆菌GI72 4中获得融合蛋白TrxA/PV2 42 的可溶性表达 ,采用离子交换层析法纯化表达蛋白 ,融合蛋白有纤维平板溶解活性 .

关键词：蚯蚓纤溶酶新基因 PV242 克隆表达双胸蚓属蛋白质测序

中国强毒赖型钩端螺旋体新基因OmpL17的表达及其免疫原性

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生物医学工程学杂志 2005年第2期22卷 250-253页

作者：朱庆平赵计林鲍朗张会东赵明才黎光四川大学华西基础医学与法医学院感染免疫研究室成都610041

将Omp L17基因克隆于p GEX- 1λT载体,在大肠杆菌JM10 9中表达分子量约为5 4 KDa的GST-Omp L17融合蛋白,凝血酶切割后得到了大小约2 8KDa的Omp L17蛋白。用纯化的Omp L17蛋白免疫大白兔,制备了高滴度的特异性抗体(1∶4 896 )。本研究获... 详细信息

将Omp L17基因克隆于p GEX- 1λT载体,在大肠杆菌JM10 9中表达分子量约为5 4 KDa的GST-Omp L17融合蛋白,凝血酶切割后得到了大小约2 8KDa的Omp L17蛋白。用纯化的Omp L17蛋白免疫大白兔,制备了高滴度的特异性抗体(1∶4 896 )。本研究获得了纯化的Omp L17及其特异性抗体,为该外膜蛋白致病作用及免疫保护力研究奠定基础。

关键词： OmpL17 钩体外膜蛋白 GST融合表达免疫原性赖型钩端螺旋体新基因特异性抗体中国融合蛋白 JM109