检索结果-南通市图书馆

基于Meta分析与整合生物信息学探究黄葵胶囊治疗慢性肾脏病的有效性、安全性及其机制

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国中药杂志 2023年第16期48卷 4493-4507页

作者：王福平张蕾吕健刘毅谢雁鸣中国中医科学院中医临床基础医学研究所北京100700 中国中医科学院西苑医院北京100091

基于Meta分析及整合生物信息学对黄葵胶囊治疗慢性肾脏病的有效性、安全性及机制进行系统评价与综合分析。检索中国知网(CNKI)、万方(Wanfang)、维普(VIP)、中国生物医学文献服务系统(SinoMed)、Cochrane Library、PubMed、EMbase、Web ... 详细信息

基于Meta分析及整合生物信息学对黄葵胶囊治疗慢性肾脏病的有效性、安全性及机制进行系统评价与综合分析。检索中国知网(CNKI)、万方(Wanfang)、维普(VIP)、中国生物医学文献服务系统(SinoMed)、Cochrane Library、PubMed、EMbase、Web of Science数据库,筛选黄葵胶囊治疗慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)的随机对照试验(randomized controlled trial,RCT),检索时间为建库至2023年1月3日。确定结局指标包括尿蛋白、血肌酐(Scr)、尿素氮(BUN)水平,应用Cochrane Handbook 5.1评价标准和RevMan 5.3软件对纳入文献进行Meta分析。从CNKI搜集黄葵胶囊的活性成分,从GeneCards、OMIM和TTD中收集CKD的疾病靶点,采用Cytoscape 3.8.0构建“药物成分-疾病-靶点”网络和蛋白互作(PPI)网络进行核心成分和靶点筛选。利用GEO数据库中临床样品对黄葵胶囊治疗CKD的核心靶点进行差异分析,找出差异表达的核心靶点,并对核心靶点进行相关性分析与免疫细胞浸润分析。Meta分析共纳入13篇RCTs,总样本量2372例,试验组1185例,对照组1187例。结果显示,在降低尿蛋白方面,黄葵胶囊组与氯沙坦钾组治疗12(MD=19.60,95%CI[-58.66,97.86],P=0.62)、24周(MD=-66.00,95%CI[-264.10,132.11],P=0.51)比较差异均无统计学意义,黄葵胶囊+常规治疗优于单用常规治疗(MD=-0.55,95%CI[-0.86,-0.23],P=0.0006);在改善Scr方面,黄葵胶囊+常规治疗优于单用常规治疗(MD=-9.21,95%CI[-15.85,-2.58],P=0.006);在改善BUN方面,黄葵胶囊+常规治疗优于单用常规治疗(MD=-1.02,95%CI[-1.83,-0.21],P=0.01)。RCT中明确为不良反应者5例,症状为腹部或胃肠道不适。黄葵胶囊检索到有效成分43种,靶点393个,其中核心成分为杨梅素、槲皮素、棉皮素、反油酸、二氢杨梅素、异绿原酸B、咖啡酸等7种;CKD与黄葵胶囊交集靶点247个,其中核心靶点25个;通过GEO差异分析获得差异表达核心靶点18个,其与免疫细胞表达多呈正相关,涉及机制主要有免疫炎症、氧化应激、细胞焦亡、脂质代谢、性激素代谢及细胞修复等过程。结果表明,黄葵胶囊+常规治疗可明显降低尿蛋白、Scr、BUN,黄葵胶囊单用与氯沙坦钾在降低尿蛋白方面差异无统计学意义。这种功效可能与黄葵胶囊多成分、多靶点、多途径的免疫炎症与氧化应激等机制有关。由于纳入文献样本量偏小,且研究质量一般,需更多大样本、设计严谨、符合国际规范的临床试验提高证据质量级别,生物信息学结果也需要进一步的研究证实。

关键词：黄葵胶囊慢性肾脏病随机对照试验系统评价 Meta分析整合生物信息学

心血管转化医学研究快车道:从高通量组学技术到整合生物信息学

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中华心血管病杂志 2023年第11期51卷 1121-1123页

作者：刘子齐闫承慧韩雅玲解放军北部战区总医院寒地心血管病全国重点实验室沈阳110016

高通量多组学研究联合整合生物信息学技术的迅速发展,从更深层次解读了心血管疾病发生、发展及转归分子机制,为心血管疾病的早期诊断、生物标志物筛选、新药靶点发现和个体化治疗提供了更为全面的分子理论基础,引领心血管转化医学研究... 详细信息

高通量多组学研究联合整合生物信息学技术的迅速发展,从更深层次解读了心血管疾病发生、发展及转归分子机制,为心血管疾病的早期诊断、生物标志物筛选、新药靶点发现和个体化治疗提供了更为全面的分子理论基础,引领心血管转化医学研究进入大数据时代。

关键词：心血管疾病多组学整合生物信息学分子生物学心肌病

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

大数据时代的整合生物信息学

生物信息学 2022年第2期20卷 75-83页

作者：陈铭浙江大学生命科学学院生物信息学系杭州310058

随着生物数据测量技术的不断发展,生物数据的类型、内容、复杂度不断增加,生物信息学已迈入大数据时代。面对大数据时代多模态、多层次、高维度、非线性的复杂生物数据,生物信息学需要发展相应的方法和技术进行有效整合生物信息学研究... 详细信息

随着生物数据测量技术的不断发展,生物数据的类型、内容、复杂度不断增加,生物信息学已迈入大数据时代。面对大数据时代多模态、多层次、高维度、非线性的复杂生物数据,生物信息学需要发展相应的方法和技术进行有效整合生物信息学研究与应用。本文对大数据时代整合生物信息学所涉及的数据整合、方法整合、系统整合及相关问题进行梳理和探讨。

关键词：整合生物信息学生物系统组学大数据问题对策

利用整合生物信息学分析鉴定宫颈癌诊断和预后相关的分子标志物

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

利用整合生物信息学分析鉴定宫颈癌诊断和预后相关的分子标志物

作者：代芳芳湖北医药学院

学位级别：硕士

背景:宫颈癌是妇科最常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率均较高。早期诊断和早期治疗可以降低宫颈癌的发病率和死亡率。然而,目前对宫颈癌的诊断和预后检测仍缺乏特异性的生物标志物。目的:本文主要通过生物信息学手段,利用公共数据... 详细信息

背景:宫颈癌是妇科最常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率均较高。早期诊断和早期治疗可以降低宫颈癌的发病率和死亡率。然而,目前对宫颈癌的诊断和预后检测仍缺乏特异性的生物标志物。目的:本文主要通过生物信息学手段,利用公共数据库寻找与宫颈癌诊断和预后相关的分子生物学标志物。方法:从Pub Med的GEO数据库中下载mRNA表达数据集（GSE7803,GSE9750,GSE63514）和mi RNA数据集（GSE30656）。通过整合生物信息学方法将三个mRNA数据集整合为一个数据集。通过R语言筛选出差异表达的基因（DEGs）和mi RNA（DEMs）,并绘制DEGs和DEMs的热图和火山图;利用STRING在线网站绘制DEGs的蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,并通过Cytoscape软件进一步可视化;通过HMDD和mi RWalk2.0在线网址分别获得已经验证的与宫颈癌相关的mi RNAs和DEMs的靶基因,并分别与GEO中筛选得到的DEMs和DEGs取交集;利用GEPIA网站验证DEGs在宫颈组织样本中蛋白表达情况;利用Onco Lnc和HPA数据库明确DEGs与宫颈癌的总体生存率（OS）和5年生存率关系;最后应用免疫组化实验方法明确宫颈癌组织中关键基因的表达。结果:1.通过R语言筛选出83个DEGs（12个上调,71个下调）和14个DEMs（3个上调,11个下调）;2.利用HMDD数据库找到47个已经验证与宫颈癌相关的mi RNA,随后与与筛选出的14个DEMs取交集后得到3个mi RNAs（has-mi R-21,has-mi R-16上调,has-mi R-205下调）;通过mi RWALK2.0网站预测上述三个mi RNAs的靶基因,hsa-mi R-21有5个靶基因,hsa-mi R-16有5个靶基因;hsa-mi R-205表达4个靶基因,将这14个靶基因与上述GEO中筛选的83个DEGs取交集,得到11个靶基因;根据mi RNA与靶基因负相关性的特点,选择靶基因ESR1、PPP1R3C、NSG1、TMPRSS11D、KLF4、GYS2、ENDOU做进一步分析;3.通过GEPIA分析发现KLF4,ESR1和PPP1R3C基因在宫颈癌组织中表达低于正常宫颈组织,而其他靶基因表达无统计学差异。4.生存分析表明低表达KLF4与较差的OS有关,而低表达ESR1与较差的5年生存期有关。5.利用免疫组化证实KLF4和ESR1在宫颈癌中的表达低于正常宫颈组织。结论:本研究通过生物信息学分析发现,上调的mi R-21和mi R-16分别下调KLF4和ESR1,且KLF4和ESR1的低表达与预后不良密切相关。检测KLF4和ESR1的表达对宫颈癌的诊断和预后有一定的临床意义,同时为宫颈癌的治疗提供有效的靶点。

关键词：宫颈癌整合生物信息学差异表达基因差异表达miRNA 生物标志物

通过整合生物信息学分析鉴定多西他赛耐药前列腺癌中差异表达的基因、miRNA及信号传导途径

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

通过整合生物信息学分析鉴定多西他赛耐药前列腺癌中差异表达的基...

作者：汪飞大连医科大学

学位级别：硕士

研究目的前列腺癌(PCa)是致命的恶性肿瘤之一,2018年美国男性新发癌症总数中约五分之一为前列腺癌,共约164649个新发病例及29430个死亡病例。多西他赛(紫杉烷类成员)的化学疗法被用作转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)患者一线标准化疗,... 详细信息

研究目的前列腺癌(PCa)是致命的恶性肿瘤之一,2018年美国男性新发癌症总数中约五分之一为前列腺癌,共约164649个新发病例及29430个死亡病例。多西他赛(紫杉烷类成员)的化学疗法被用作转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)患者一线标准化疗,已确定可为转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)患者延长生存期。然而,由于耐药性的发展,用多西他赛治疗的mCRPC患者的相当大比例最终变得难治并且进展。已经认识到到许多因素,包括肿瘤微环境、自噬等参与其中。因此,迫切需要寻找多西他赛化学治疗抗性的潜在原因。在这里我们应用综合生物信息学来识别涉及多西他赛耐药性前列腺癌的关键致病基因、miRNA并揭示潜在的分子机制。研究方法下载了来自Gene Expression Omnibus(GEO)数据库的GSE33455,GSE64012和GSE64013的表达谱,其中包含40个样本,包括13例前列腺癌样本和27例多西他赛耐药前列腺癌样本。分析GSE33455和GSE64012以获得差异表达的基因(DEG),GSE64013以获得差异表达的miRNA(DER)并通过生物信息学方法深入分析。由R包clusterProfiler完成GO(Gene Ontology)分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析并用于解释DEGs富集。DEG的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络由STRING数据库构建。在GEO数据集中共鉴定出141个DEG,然后利用Cytohubba(Cytoscape中的软件)获得了PPI网络中的连接程度排在前15位核心基因。通过FunRich获得中枢基因的靶miRNA。接下来,为了筛选核心基因的靶miRNAs,应用在线工具绘制筛选核心基因的靶miRNAs和DERs的维恩图。最后应用在线分析网站UALCAN(http://ualcan.***.uab.edu/index.html)进行相关组间含量分析并确定前列腺癌多西他赛耐药前列腺癌核心基因、miRNA及信号通路。研究结果1.应用GEO2R筛选GSE33455U-145数据集时(P值

关键词：前列腺癌多西他赛耐药 GEO数据整合生物信息学差异表达基因 miRNA

通过整合生物信息学分析鉴定直肠癌中的差异表达基因

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

通过整合生物信息学分析鉴定直肠癌中的差异表达基因

作者：赵春波大连医科大学

学位级别：硕士

背景和目的:结直肠癌是全球第三大常见恶性肿瘤。在中国,直肠癌的发病率约占结直肠癌总发病率的60%,且其临床预后较差。这项研究通过生物信息学技术分析找出直肠癌中的差异表达基因,为直肠癌提供新的治疗靶点。材料和方法:从GEO数据库下... 详细信息

背景和目的:结直肠癌是全球第三大常见恶性肿瘤。在中国,直肠癌的发病率约占结直肠癌总发病率的60%,且其临床预后较差。这项研究通过生物信息学技术分析找出直肠癌中的差异表达基因,为直肠癌提供新的治疗靶点。材料和方法:从GEO数据库下载GSE20842、GSE136735、GSE139814基因芯片数据集,通过GEO2R获得直肠癌中的差异表达基因,使用R包cluster Profiler完成所选差异基因的GO分析和KEGG通路分析并用于解释差异表达基因的富集。蛋白质-蛋白质相互作用网络由STRING数据库构建,使用Cytoscape软件来筛选蛋白相互作用网络中的核心网络基因,并在TCGA数据库中验证其差异表达情况。结果:本实验共发现379个差异表达基因,其中有376个基因具有相同的表达趋势,包括179个上调基因和197个下调基因（调整后p＜0.05并且|log2 FC|＞2）。通过GO富集分析（p＜0.05）发现他们主要参与胶原分解代谢过程、炎症反应、中性粒细胞的趋化性、碳酸氢盐运输、一碳代谢过程等生物学过程。分子功能主要包括趋化因子受体结合、丝氨酸型内肽酶活性、趋化因子活性等功能;而细胞组分提示这些差异基因主要集中在细胞外基质。KEGG通路富集分析（p＜0.05）显示主要的信号通路包括细胞因子-细胞因子受体相互作用、蛋白质消化和吸收、氮代谢等信号通路过程。Cytohubba（Cytoscape中的软件）分析发现金属蛋白酶组织抑制因子-1（metallopeptidase inhibitor 1,TIMP1）、角蛋白20（keratin20,KRT20）,重组人分泌粒蛋白-2（recombinant human secretogranin-2,SCG2）,基质金属蛋白酶-3（matrix metallopeptidase 3,MMP3）,C-X-C基序趋化因子配体2（C-X-C motif chemokine ligand 2,CXCL2）,蜗牛家族转录阻遏物1（snail family transcriptional repressor 1,SNAI1）,基质金属蛋白酶-7（matrix metallopeptidase7,MMP7）,嗜铬粒蛋白A（chromogranin A,CHGA）,肽YY（peptide YY,PYY）,血小板反应蛋白2（thrombospondin 2,THBS2）,嗜铬粒蛋白B（chromogranin B,CHGB）,生长抑素（somatostatin,SST）,胰高血糖素（glucagon,GCG）,聚集蛋白聚糖（aggrecan,ACAN）,血清淀粉样蛋白A1（serum amyloid A1,SAA1）这15个基因可能为诱导直肠癌发生发展的关键基因（p＜0.05）。通过TCGA数据库进一步验证这15个基因,最后筛选出MMP3,CXCL2、ACAN、TIMP1关键基因,且这4个基因在直肠癌组织中高表达（p＜0.05）。结论:本研究通过生物信息学分析筛选出直肠癌和正常肠管组织中差异表达的4个基因,分别为MMP3,CXCL2、ACAN、TIMP1,表明其可能是直肠癌发病的重要调控基因。

关键词：直肠癌 GEO数据整合生物信息学差异表达基因

研究椎间盘退变的发病机制和自噬及铁死亡潜在生物标志物的微阵列数据分析

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

研究椎间盘退变的发病机制和自噬及铁死亡潜在生物标志物的微阵列...

作者：邝文浩南方医科大学

学位级别：硕士

背景:椎间盘退变(IDD)具有复杂的病理变化并引起下腰痛(LBP)。然而,对IDD的相关机制仍缺乏了解,尤其是与自噬和铁死亡相关的机制。本研究采用微阵列数据分析探讨IDD的发病机制以及与IDD中自噬和铁死亡相关的潜在生物标志物。方法:通过分... 详细信息

背景:椎间盘退变(IDD)具有复杂的病理变化并引起下腰痛(LBP)。然而,对IDD的相关机制仍缺乏了解,尤其是与自噬和铁死亡相关的机制。本研究采用微阵列数据分析探讨IDD的发病机制以及与IDD中自噬和铁死亡相关的潜在生物标志物。方法:通过分析GEO数据库的mRNA和miRNA表达谱,鉴定出差异表达基因(DEGs)。利用蛋白质-蛋白质相互作用网络、基因本体(GO)富集、京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析、基因集富集分析(GSEA)对基因进行分析。用人类自噬数据库(HADb)和铁死亡数据库与中枢基因取交集鉴定出自噬和铁死亡相关基因。随后构建了转录因子-中枢基因-miRNA网络。最后,通过定量逆转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)研究中枢基因在正常和退变髓核细胞(NPCs)中的表达量。结果:共鉴定出362例与IDD相关的DEGs。GO和KEGG分析表明,氧化应激、细胞外基质、PI3K-AKT信号通路和铁死亡是IDD发生的关键因素。GSEA分析结果指出,IDD与自噬、铁离子稳态、细胞外基质和氧化应激的变化有关。共获得89个中枢基因,其中5个为自噬相关基因,3个为铁死亡相关基因。其中,TP53和SESN2是自噬和铁死亡相关基因。在qRT-PCR分析中,CANX、SLC38A1和TP53在退行性NPC中表达量减少,而GNAI3、SESN2和VAMP3表达量增加。结论:本研究揭示了可能参与IDD发病的多个方面的自噬和铁死亡相关基因,这些基因值得进一步研究。

关键词：自噬差异表达基因铁死亡中枢基因整合生物信息学椎间盘退变

肿瘤教育的血小板RNA表达谱在肺癌诊断中的应用研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

肿瘤教育的血小板RNA表达谱在肺癌诊断中的应用研究

作者：薛琳琳济南大学

学位级别：硕士

研究背景肺癌是全世界范围内发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一,严重影响人类健康。已有研究表明血小板在肿瘤的生长和转移中发挥重要作用。血小板RNA表达谱具有动态性和瞬时性,受肿瘤细胞和/或肿瘤微环境教育的血小板(Tumor-educated p... 详细信息

研究背景肺癌是全世界范围内发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一,严重影响人类健康。已有研究表明血小板在肿瘤的生长和转移中发挥重要作用。血小板RNA表达谱具有动态性和瞬时性,受肿瘤细胞和/或肿瘤微环境教育的血小板(Tumor-educated platelets,TEPs)的功能发生明显改变,表明其RNA的表达有所改变并具有肿瘤特异性,在肿瘤检测和诊断方面具有一定的潜力。目的研究肺癌TEPs RNA表达谱差异特征;推测TEPs RNA表达差异的机制;探讨TEPs差异表达RNA作为生物标志物用于肺癌诊断的潜力;方法应用第二代测序技术检测5例健康志愿者和5例肺癌患者血小板RNA表达谱,分析差异RNAs,进行功能注释;从Gene Expression Omnibus DataSets下载血小板RNA测序数据集进行GO和KEGG通路等富集分析,使用miRanda和miRDB对miRNAs和靶mRNAs进行预测,应用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA网络,分析TEPs RNA表达差异相关机制;用RT-PCR技术检测156例肺癌患者和58例健康志愿者血小板中ACIN1mRNA的表达水平,并用统计学方法分析其在肺癌患者和健康对照血小板中的表达差异以及ACIN1 mRNA表达与相关临床因素的关系。结果10例血小板样本RNA测序发现了 7586个不同的蛋白编码和非蛋白编RNAs,通过对RNAs表达差异的显著性分析,鉴定出204个表达差异显著的RNAs。相比于健康志愿者,其中185个在肺癌血小板中表达上调,19个表达下调。GO分析发现这些差异显著的RNAs主要参与免疫反映调节、炎症反应等生物过程;DO分析发现许多RNAs与肿瘤相关,如肺癌、乳腺癌、胆管癌、胰腺癌、淋巴瘤、白血病等;KEGG通路分析发现差异显著的RNAs主要富集于造血细胞谱系、黏附连接、细胞因子-细胞因子受体相互作用、胞吞作用和蛋白酶体途径。从两个血小板RNA测序数据集中发现了 20个一致的差异mRNAs,并且它们在若干生物过程中显著富集,包括运输和定位。比较外泌体miRNA测序数据集和调控血小板中20个一致差异mRNAs的miRNAs数据集,发现仅有12个相同的miRNAs。比较外泌体miRNA测序数据集和调控14个剪接体mRNAs的miRNAs数据集,发现了 28个相同的miRNAs。ACIN1 mRNA在肺癌患者血小板中的表达水平显著高于健康对照(P=0.015)。ROC曲线显示ACIN1mRNA表达水平检测肺癌的曲线下面积分别是0.608。ACIN11mRNA在肺癌血小板中的表达与年龄、性别、病理类型以及是否转移等无关(P整合生物信息学分析发现TEPs中RNA表达谱的改变可能与转录后调控和剪接体的剪接代谢有关;ACIN1 mRNA在肺癌患者血小板中显著高表达,其表达水平检测对肺癌的诊断有潜在的临床价值。

关键词：肿瘤教育的血小板肺癌第二代测序技术剪接体 mRNA 整合生物信息学

系统生物学(Systems Biology)的几大重要问题

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

生物信息学 2007年第3期5卷 129-136页

作者：陈铭浙江大学生命科学学院生物信息学系杭州310058

近几年来,系统生物学从正式提出到受到普遍关注和研究,对生物学的研究发展起了革命性的变化。主要从系统生物学的发展及其内容进行分析,讨论了生物数据整合,模型建立和模拟分析等几点关键性的问题,并展望了系统生物学的研究。

关键词：系统生物学生物信息学整合生物学整合生物信息学重要问题