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白桦林地土壤细菌群落特征及其驱动作用

森林工程 2024年第2期40卷 27-35页

作者：张胜男唐凯高海燕魏一凡张雷内蒙古自治区林业科学研究院呼和浩特010010 内蒙古农业大学生命科学学院呼和浩特010018

为探究白桦林地上层土壤与下层土壤细菌群落结构差异及细菌对上、下层土壤功能的驱动作用,采用16S rRNA基因高通量测序和土壤养分测定方法,对苏木山40 a白桦林地0~20 cm和20~40 cm土层进行分析。结果表明,白桦林地上层土壤有机质含量和... 详细信息

为探究白桦林地上层土壤与下层土壤细菌群落结构差异及细菌对上、下层土壤功能的驱动作用,采用16S rRNA基因高通量测序和土壤养分测定方法,对苏木山40 a白桦林地0~20 cm和20~40 cm土层进行分析。结果表明,白桦林地上层土壤有机质含量和多酚氧化酶活性较下层土壤显著提高75.25%和120.45%;上层土壤细菌Shannon多样性指数(5.83)较下层土壤Shannon多样性指数(5.74)显著提高;放线菌门、变形菌门和酸杆菌门(相对丰度>15%)、黄杆菌科(相对丰度>7%)、慢生根瘤菌属、鞘氨醇单胞菌属、土微菌属以及放线菌门的分枝杆菌属、类诺卡氏属、土壤红杆菌属和Gaiella属(相对丰度>1%)是白桦林地的优势细菌类群;疣微菌门(线性判别分析LDA值为4.07)和拟杆菌门(LDA值为3.80)以及放线菌门的类诺卡氏属(LDA值为3.72)和土壤菌属(LDA值为3.48)是白桦林地上层和下层土壤差异贡献度最大细菌门和属;多酚氧化酶活性、碱性蛋白酶活性和有机质含量是影响林地细菌群落结构的主要环境因子,并且显著影响放线菌门细菌类群。综上,白桦林地上层和下层土壤细菌多样性存在显著差异,放线菌门作为白桦林地重要的细菌类群,通过促进土壤碳循环的方式提高林地肥力水平,促进白桦林地土壤生态系统健康稳定发展。

关键词：白桦林细菌群落碳循环土层放线菌门

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建立放线菌门的证据

微生物学通报 2006年第3期33卷 181-183页

作者：职晓阳蔡曼杨玲玲李文均徐丽华刘志恒姜成林云南大学微生物研究所昆明650091 中国科学院微生物研究所北京100080

放线菌是细菌域中的一个重要类群,其分类地位一直受到人们的关注。《伯杰氏细菌系统学手册》第二版,把放线菌从厚壁菌门中的一个纲提升为放线菌门。目前的研究发现,在细胞色素C氧化酶1亚基(Cox1)、CTP合成酶以及谷氨酰tRNA合成酶(GluRS... 详细信息

放线菌是细菌域中的一个重要类群,其分类地位一直受到人们的关注。《伯杰氏细菌系统学手册》第二版,把放线菌从厚壁菌门中的一个纲提升为放线菌门。目前的研究发现,在细胞色素C氧化酶1亚基(Cox1)、CTP合成酶以及谷氨酰tRNA合成酶(GluRS) 3个蛋白中存在着放线菌特异的插入或缺失序列,可以将放线菌与其它细菌区分开,为放线菌门的建立提供了新的有力证据。简述了国内外的研究信息,并提出了自己的一些观点,供国内学者参考。

关键词：放线菌门 16S rRNA 分类

“伯杰氏系统细菌学手册(第二版)”第5卷与我国的放线菌系统学研究

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微生物学报 2013年第6期53卷 521-530页

作者：阮继生中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室北京100101

"伯杰氏系统细菌学手册"(下文简称"伯杰氏手册"),是世界各国分类学家普遍接受的学术观点的汇总,集科学性、统一性和实用性于一身。2012年5月,随着"伯杰氏手册"第二版第5卷(放线菌专刊)分A、B两册出版,这部经典巨著在Michael Goodfellow... 详细信息

"伯杰氏系统细菌学手册"(下文简称"伯杰氏手册"),是世界各国分类学家普遍接受的学术观点的汇总,集科学性、统一性和实用性于一身。2012年5月,随着"伯杰氏手册"第二版第5卷(放线菌专刊)分A、B两册出版,这部经典巨著在Michael Goodfellow等的领导下精心组织并顺利完成。"伯杰氏手册"第5卷对放线菌分类系统做出了重大调整,正式建立了放线菌门,包括6个纲、23个目(含一个未确定目)、53个科、222个属、近3000个种,其分类阶元为细菌域、放线菌门,在门下为纲、目、科、属和种。"伯杰氏手册"收录了我国放线菌分类学研究的大量成果,这是我国四代放线菌分类学家们共同努力的结果。但需要指出的是,由于"伯杰氏手册"过于严谨、保守的著书宗旨与漫长的出版周期,对DNA基因多位点序列分析(MLSA)技术、基因芯片技术和基因组技术等在分类学领域中所做出的新研究成果采纳不足,而这部分内容或许在不久的将来会使原核生物分类学发生深刻的改变。

关键词： “伯杰氏手册” 放线菌门分类系统

白三叶间作和腐解对幼龄茶园土壤特性、酶活性和细菌群落的影响

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白三叶间作和腐解对幼龄茶园土壤特性、酶活性和细菌群落的影响

作者：赵仪扬州大学

学位级别：硕士

覆盖作物在改良土壤、增加土壤养分含量和减少病虫草害等中起关键作用,是实现有机农业可持续发展目标的核心绿色技术之一。近年来,由于国民对“绿色生活”的需求提高,传统茶园的单种和施肥制度受到相当大的冲击。长期单种配合大量施肥... 详细信息

覆盖作物在改良土壤、增加土壤养分含量和减少病虫草害等中起关键作用,是实现有机农业可持续发展目标的核心绿色技术之一。近年来,由于国民对“绿色生活”的需求提高,传统茶园的单种和施肥制度受到相当大的冲击。长期单种配合大量施肥会导致茶园生产成本过高,还会造成土壤质量恶化、生物多样性降低和生态功能下降等,已不能满足绿色生态茶园生产和发展的要求,暴露了茶园土壤生态系统亟待解决的问题。迄今为止,国内外较少有研究评估覆盖作物种植和腐解对茶园土壤养分的影响,其中的微生物调控机制仍需要更多研究。因此,本试验以白三叶(Trifolium repens L.)为覆盖作物,在幼龄茶园选取三个种植区域(龙井长叶LJ.CY,龙井43 LJ.43和白茶BC),设置3种处理:清耕、间作白三叶和铺设防草布,对比不同地表覆盖处理下茶园土壤特性和酶活性。然后,利用尼龙网袋法研究白三叶的腐解和养分释放特征,以及土壤特性、酶活性和细菌群落对白三叶分解的响应。本研究取得的主要结果如下:(1)间作白三叶和铺设防草布都体现良好的保水功能,能有效防止茶园土壤酸化。但是,两种地表覆盖方式都显著降低了茶园土壤有机质和铵态氮含量(P菌群落的α多样性,但提高了土壤优势菌门,比如放线菌门(Actinobacteriota)和蓝藻门(Cyanobacteria)的相对丰度。白三叶残体的碳氮比是调节放线菌门和蓝藻门相对丰度的关键因子。随着白三叶残体碳氮比的下降,土壤放线菌门相对丰度显著提高(P门微生物也通过固氮作用增加土壤全氮含量。参与土壤碳循环的β-葡萄糖苷酶活性随放线菌门和蓝藻门相对丰度的变化出现了波动,影响土壤有机质的周转和其他养分含量。此外,研究发现茶园土壤蓝藻门微生物“固氮耗磷”,建议该茶园在使用白三叶作绿肥时,及时补充磷肥或混合种植多种绿肥,以维持土壤元素比例平衡。综上所述,白三叶在幼龄茶园生草覆盖,可提高土壤蓄水保墒的能力,增加土壤全氮含量、磷含量以及氮、磷循环相关酶的活性。白三叶用作绿肥又可通过提高茶园土壤关键菌门的相对丰度来增加有机质、全氮等养分含量。因此,白三叶用作覆盖作物,配合正确的田间管理,是目前茶园构建多物种共栖的复合栽培模式的理想选择,有助于实现茶园生产的可持续发展。

关键词：覆盖作物白三叶残体碳氮比全氮 β-葡萄糖苷酶放线菌门蓝藻门

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骆驼刺根际细菌的植物促生能力

应用与环境生物学报 2017年第4期23卷 628-634页

作者：王丽娟徐莲孙纪全吴晓磊北京大学包头创新研究院包头014030 北京大学工学院北京100871

采用纯培养方法使用5种培养基分析沙漠干旱植物骆驼刺的根际可培养细菌群落,并用盆钵试验验证这些菌株的植物促生能力.共从骆驼刺根际土中分离纯化了120株细菌,根据16S rRNA基因序列划分成32个16S r RNA基因型,分布在Actinobacteria、Fi... 详细信息

采用纯培养方法使用5种培养基分析沙漠干旱植物骆驼刺的根际可培养细菌群落,并用盆钵试验验证这些菌株的植物促生能力.共从骆驼刺根际土中分离纯化了120株细菌,根据16S rRNA基因序列划分成32个16S r RNA基因型,分布在Actinobacteria、Firmicutes、Proteobacteria和Bacteroidetes等4个门的17个属内.其中,Actinobacteria占全部分离菌株的77.3%,是骆驼刺根际的优势微生物;该门的Streptomyces和Arthrobacter两个属是分离菌株最多的属.从16个型(55株)的细菌中检测到了固氮酶nif H基因,占全部分离菌株的45.8%、全部型的50%.盆钵试验中,菌株Microbacterium sp.WLJ053、Streptomyces sp.WLJ079、Paenibacillus sp.WLJ097、Sphingomonas sp.WLJ118和Chryseobacterium sp.WLJ119能显著提高玉米的株高、鲜重和干重,具有植株促生能力.使用营养丰富的LB和WS培养基获得的微生物种类和特有微生物数量都更多,含nif H基因和具有植物促生能力的菌株比例更高.本研究说明沙漠植物根际蕴含了大量微生物种质资源,具有较好的开发前景.

关键词：骆驼刺植物根际细菌植物促生细菌微生物多样性放线菌门

基于16S rRNA基因测序的黄连对2型糖尿病大鼠肠道微生物多样性影响研究

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中草药 2017年第19期48卷 3998-4004页

作者：顾宁宁张兴德郁红礼谢辉朱潇潇李莹郑兴忠南京中医药大学药学院江苏南京210023 南京中医药大学附属盐城市中医院江苏盐城224000 江苏省中药炮制重点实验室江苏南京210023 南京中医药大学江苏省中药资源产业化过程协同创新中心江苏南京210023

目的探索黄连提取物对2型糖尿病模型大鼠肠道微生物多样性的影响,探讨黄连治疗消渴证的机制。方法随机选取10只SD大鼠为对照组,其余大鼠采用特殊膳食诱导与ip链脲佐菌素(STZ)联合制备2型糖尿病模型,造模成功大鼠随机分为3组:模型组、黄... 详细信息

目的探索黄连提取物对2型糖尿病模型大鼠肠道微生物多样性的影响,探讨黄连治疗消渴证的机制。方法随机选取10只SD大鼠为对照组,其余大鼠采用特殊膳食诱导与ip链脲佐菌素(STZ)联合制备2型糖尿病模型,造模成功大鼠随机分为3组:模型组、黄连提取物(4.36 g/kg)组、二甲双胍(0.097 g/kg)组,每组10只;各组均ig给药,对照组与模型组ig等体积的0.5%羟甲基纤维素钠(CMC-Na),每周监测体质量、血糖值各1次,给药4周后测定口服糖耐量以及胰岛素水平,给药4周后取其结肠内容物,进行16S rRNA基因测序。结果黄连提取物对2型糖尿病大鼠症状均有改善作用,16S rRNA基因得到了951个OTU,15个门、25个纲、43个目、69个科、182个属、357个种;门水平,模型组放线菌门(Actinobacteria)细菌的量明显高于对照组与黄连提取物组(P菌门(Deferribacteres)只在模型组中检出;厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetae)、柔膜菌门(Tenericutes)、迷踪菌门(Elusimicrobia)在模型组中的量均高于对照组,而给予黄连提取物后,丰度有所降低;同时黄连提取物组中变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)的丰度略高于对照组与模型组。结论经膳食联合STZ诱导的2型糖尿病大鼠中放线菌门与脱铁杆菌门可能是潜在的标志菌;给予黄连提取物后,肠道菌群多样性发生改变,提示黄连提取物可以改善2型糖尿病大鼠肠道菌群紊乱。

关键词：黄连 16S rRNA基因测序肠道菌群 2型糖尿病放线菌门脱铁杆菌门

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蓝藻水华发生过程中细菌群落结构的动态变化

中国农业大学学报 2017年第7期22卷 134-142页

作者：李建松王广军龚望宝余德光谢骏郁二蒙魏南夏耘李志斐中国水产科学研究院珠江水产研究所/农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点试验室广州510380

为探究养殖水体蓝藻水华从暴发到降解的整个过程中水体细菌群落的变化特征,于2015年5—7月在珠江水产研究所养殖基地进行为期8周的室内模拟试验,模拟养殖水体蓝藻水华从暴发到降解的整个过程,并采用高通量测序技术分析蓝藻水华发生过程... 详细信息

为探究养殖水体蓝藻水华从暴发到降解的整个过程中水体细菌群落的变化特征,于2015年5—7月在珠江水产研究所养殖基地进行为期8周的室内模拟试验,模拟养殖水体蓝藻水华从暴发到降解的整个过程,并采用高通量测序技术分析蓝藻水华发生过程中水体细菌群落的组成。结果表明,养殖水体细菌群落组成在蓝藻水华从暴发到降解的整个过程中发生了显著变化。拟杆菌门(Bacteroidetes)在水体中的比例随蓝藻水华的暴发而上升,随蓝藻水华的降解而下降;放线菌门(Actinobacteria)在水体中的比例随蓝藻水华的暴发及降解呈现一直下降的趋势;蓝藻水华衰败末期水体中的溶解氧几乎耗尽,隶属于厚壁菌门(Firmicutes)的厌氧菌嗜阳菌属(Heliophilum)在水体中的比例升高;试验期间养殖水体的细菌多样性,随蓝藻水华的暴发而降低,又随蓝藻水华的降解而升高。

关键词：养殖水体蓝藻水华高通量测序拟杆菌门放线菌门厚壁菌门细菌群落

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密云水库水源水微生物群落解析

中国给水排水 2016年第21期32卷 63-65页

作者：王敏李玉仙常思博顾军农林爱武北京市自来水集团技术研究院北京市供水水质工程技术研究中心北京100012

采用分子生物学技术构建了分子克隆文库,并对密云水库水源水中微生物群落分布进行了解析,同时考察了一年内微生物的群落变化,进而评估了出现大规模水介传染病的暴发风险。结果显示,水源水中的细菌群落随着季节变化进行着相对稳定的演变... 详细信息

采用分子生物学技术构建了分子克隆文库,并对密云水库水源水中微生物群落分布进行了解析,同时考察了一年内微生物的群落变化,进而评估了出现大规模水介传染病的暴发风险。结果显示,水源水中的细菌群落随着季节变化进行着相对稳定的演变,未出现某种微生物急剧增加或突然暴发的态势,且未发现样品中序列与某种致病菌有直接亲缘关系。因此,该水库水源水发生水介传染病的风险较低。克隆文库分析表明,一年中1月水源水样品的最优势门类为蓝细菌门,所占比例为25.5%;4月蓝细菌门比例上升至39.4%,仍为最大门类;6月、8月、10月水源水中比例最高的为放线菌门,丰度分别为33.8%、35.5%和25.6%。蓝细菌门与放线菌门均为水体中与嗅味相关的细菌群类,应加强对该种微生物的关注,提前做好水厂工艺调整应对预案。

关键词：微生物群落蓝细菌门放线菌门

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北衙金矿矿石内部可培养细菌多样性初步研究

中国微生态学杂志 2014年第2期26卷 157-162页

作者：季秀玲杨琳琳李波林连兵张琦魏云林昆明理工大学生命科学与技术学院云南昆明650500 昆明理工大学国土资源工程学院云南昆明650093

目的对北衙金矿矿石样品内部的可培养细菌进行分离并对其多样性进行研究。方法采集云南北衙金矿矿石样品,采用固体肉汤培养基、卵黄培养基及厌氧琼脂培养基分离矿石内部的可培养细菌,并利用16S rRNA基因序列构建系统发育树,初步评估细... 详细信息

目的对北衙金矿矿石样品内部的可培养细菌进行分离并对其多样性进行研究。方法采集云南北衙金矿矿石样品,采用固体肉汤培养基、卵黄培养基及厌氧琼脂培养基分离矿石内部的可培养细菌,并利用16S rRNA基因序列构建系统发育树,初步评估细菌多样性。结果北衙金矿矿石内部细菌的主要种群包括厚壁菌门和放线菌门的不同菌属,包括芽孢杆菌属、类芽孢杆菌属、考克菌属及节杆菌属的菌株,其中抗逆性较强的优势菌群为放线菌门的细菌。结论本研究证实北衙金矿矿石内部的确存在大量可培养细菌,并具有种群多样性。

关键词：矿石内部细菌多样性放线菌门厚壁菌门芽孢杆菌属