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基因芯片技术在细菌耐药基因检测领域的应用

基因芯片技术在细菌耐药基因检测领域的应用

烟草全基因组覆瓦式(Tiling)基因芯片设计理念实现及差异基因图谱绘制

中国畜牧兽医学会兽医药理毒理学分会第十一届会员代表大会...

作者：崔明全汪洋李君孙城涛李基云肖克吴聪明中国农业大学动物医学院

对细菌耐药基因的检测是监测耐药菌/耐药基因分布的重要课题任务,针对单独依靠传统实验室PCR检测技术的局限性,高通量基因芯片检测广泛应用于耐药基因的检测领域。针对细菌耐药基因芯片研发和应用过程中的聚合酶链反应扩增策略的选择和... 详细信息

对细菌耐药基因的检测是监测耐药菌/耐药基因分布的重要课题任务,针对单独依靠传统实验室PCR检测技术的局限性,高通量基因芯片检测广泛应用于耐药基因的检测领域。针对细菌耐药基因芯片研发和应用过程中的聚合酶链反应扩增策略的选择和靶标耐药基因探针的设计给予思考总结,以期望对细菌耐药基因芯片的开发和应用提供参考。

关键词：细菌耐药基因检测基因芯片扩增策略探针设计

来源： cnki会议评论

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中国烟草学报 2013年第2期19卷 F0002-F0002,I0001页

烟草覆瓦式（Tiling）基因芯片设计理念中一个重要的考虑，就是针对绒毛状烟草和林烟草之间高度同源性基因（18418对），依据Allele—Specjfic Gene Exoression设计策略，专门针对高度同源基因对之间差异位点（SNP、UnDel等）进行探针... 详细信息

烟草覆瓦式（Tiling）基因芯片设计理念中一个重要的考虑，就是针对绒毛状烟草和林烟草之间高度同源性基因（18418对），依据Allele—Specjfic Gene Exoression设计策略，专门针对高度同源基因对之间差异位点（SNP、UnDel等）进行探针设计，

关键词：设计理念基因芯片烟草基因图谱全基因组同源基因设计策略探针设计

针对多种强致病性病毒的基因芯片检测方法的建立

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中国生物化学与分子生物学报 2008年第11期24卷 1076-1080页

作者：康晓平杨银辉刘洪李永强孙庆歌祝庆余军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071

为了制备灵敏的可检测多种烈性病毒性病原体的基因芯片,本研究设计了针对21种烈性病毒性病原体的基因芯片检测探针,每种5条,长50 bp.并以甲病毒属的基孔肯亚病毒和黄病毒属的黄热病毒细胞培养物为检测模型,摸索了合适的病毒基因处理与... 详细信息

为了制备灵敏的可检测多种烈性病毒性病原体的基因芯片,本研究设计了针对21种烈性病毒性病原体的基因芯片检测探针,每种5条,长50 bp.并以甲病毒属的基孔肯亚病毒和黄病毒属的黄热病毒细胞培养物为检测模型,摸索了合适的病毒基因处理与扩增方法.将提取的病毒RNA先用DNaseⅠ处理,以去除掉其中的DNA分子,然后利用病毒属特异性引物进行反转录,以引导病毒基因组的合成,从而尽可能地减少宿主细胞基因成分的干扰.进行随机PCR扩增后将扩增产物与基因芯片进行杂交,分别出现了4条基孔肯亚病毒探针信号和5条黄热病毒的探针信号,说明所设计的检测探针具有较好的特异性,可用于这2种病毒的特异性检测.这种病毒基因样品的处理和扩增方法也为此基因芯片的临床应用奠定了基础.

关键词：病毒探针设计芯片检测

Design of OFF/ON fluorescent thiol probes based on coumarin fluorophore

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Science China Chemistry 2012年第9期55卷 1776-1780页

作者： SUN Wei LI Jing LI WenHua SU LiJuan DU LuPei LI MinYong Key Laboratory of Chemical Biology of Natural Products(MOE) Department of Medicinal ChemistrySchool of PharmacyShandong UniversityJinan 250012China

This paper presents a series of first-and second-generation click-modified coumarin-based fluorescent probes for thiols.These molecules demonstrate high turn-on fluorescent response and good selectivity towards aromatic thiols over other relevant reactive sulfur species,reactive oxygen species and common nucleophiles.Moreover,probe 1a can detect thiols in the reduced rabbit plasma sample.Therefore,this approach provides a particularly impressive tool for detecting thiol in biological systems.

关键词：荧光探针香豆素类探针设计巯基 OFF 基础荧光反应亲核试剂

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一种高密度基因芯片设计的新方法

电子学报 2001年第3期29卷 293-296页

作者：孙啸王晔赵雨杰马建明陆祖宏东南大学生物科学与医学工程系南京210096

基因芯片是一种由高密度寡核苷酸探针所形成的微阵列 .本文首先提出一种基因芯片上寡核苷酸探针设计的新思想 ,即变长变覆盖探针优化设计方法 ,通过该方法设计的寡核苷酸探针的杂交解链温度最大程度地保持一致 ,可有效地减少碱基杂交错... 详细信息

基因芯片是一种由高密度寡核苷酸探针所形成的微阵列 .本文首先提出一种基因芯片上寡核苷酸探针设计的新思想 ,即变长变覆盖探针优化设计方法 ,通过该方法设计的寡核苷酸探针的杂交解链温度最大程度地保持一致 ,可有效地减少碱基杂交错配 ,提高基因芯片检测结果的可靠性 .根据上述核心思想。

关键词：基因芯片探针设计动态规划 DNA芯片

多重连接依赖性探针扩增技术及其在临床中的应用

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妇产与遗传（电子版） 2012年第1期2卷 52-55页

作者：熊丽刘思平宋兰林南方医科大学南方医院妇产科产前诊断与遗传病诊断技术中心广州510515

正多重连接依赖性探针扩增(Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification,MLPA)技术是一种高效、特异、快速、简便,针对待检核苷酸序列进行定性和相对定量分析的技术。

关键词：靶序列探针杂交染色体异常甲基化可检测技术点突变探针设计非整倍体核型分析

荧光定量PCR方法应用于布氏菌检测研究概述

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荧光定量PCR方法应用于布氏菌检测研究概述

检测型基因芯片信息处理关键技术及应用系统研究

第3届全国人畜共患病学术研讨会

作者：张利姜海田国忠朴东日赵鸿雁崔步云中国疾病预防控制中心传染病所

布氏菌荧光定量PCR(Real-time PCR)是目前一种发展迅速应用广泛的检测技术,本文就荧光定量PCR在布病检测中的应用做一综述,主要包括针对布氏菌的荧光定量PCR的引物和探针没计、布氏菌荧光定量PCR模板制备、荧光定量PCR用于不同临床标本... 详细信息

布氏菌荧光定量PCR(Real-time PCR)是目前一种发展迅速应用广泛的检测技术,本文就荧光定量PCR在布病检测中的应用做一综述,主要包括针对布氏菌的荧光定量PCR的引物和探针没计、布氏菌荧光定量PCR模板制备、荧光定量PCR用于不同临床标本的灵敏性和荧光定量PCR不同方法及其各自的应用。1布氏菌荧光定量PCR引物和探针选取好的靶序列然后设计引物和探针对荧光定量PCR发挥其独特作用至关重要。设计优秀的探针可以检测出最少只有一个碱基差异的序列,进而显著提高反应的特异性。目前,用于检测

关键词：布氏菌荧光定量PCR 模板制备探针设计

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检测型基因芯片信息处理关键技术及应用系统研究

作者：白志军国防科学技术大学

学位级别：硕士

基因芯片技术是一种新兴的生物技术,在医药、环保、农业和畜牧业生产以及军事和司法实践中具有极其重要的意义。检测型基因芯片是基因芯片技术在微生物检测领域的应用,为全面快速准确地分析鉴定环境中的各种微生物提供了一种崭新的技术... 详细信息

基因芯片技术是一种新兴的生物技术,在医药、环保、农业和畜牧业生产以及军事和司法实践中具有极其重要的意义。检测型基因芯片是基因芯片技术在微生物检测领域的应用,为全面快速准确地分析鉴定环境中的各种微生物提供了一种崭新的技术工具和平台。本文结合“十五”国家科技攻关项目“新发传染病防治技术的研究与应用”,从检测型基因芯片信息处理技术着手,研究了信息处理中探针优化设计、图象去噪和芯片样点识别等关键技术。首先介绍了检测型基因芯片信息处理过程中的若干关键技术,对现有的信息处理技术进行了归纳和总结。描述了检测型基因芯片引物选择和探针设计的思想和规则,建立了探针筛选的理论模型,将探针设计问题转化为多目标优化问题。运用序列比对算法对序列的相似性进行了评估,在保证序列差异性足够大的基础上,综合与检测实验密切相关的设计指标建立了适应度函数,采用基于小生境技术的遗传算法搜索最优的探针组合,实现了探针的自动优化设计。在对基因芯片图象分析的基础上,研究了基因芯片的图象去噪方法。在空间域,依据高斯噪声的概率分布,基于图象灰度值相似度和空间临近度设计自适应加权均值滤波器实现了对基因芯片图象的去噪,在小波域,研究了基因芯片图象子带小波系数的广义高斯分布模型,在此基础上运用了一种基于贝叶斯估计的小波阈值去噪算法,实现了对基因芯片的图象去噪。通过分析基因芯片的图象特征,提出了基于变形模板技术的基因芯片杂交样点自动识别方法。以芯片设计点样阵列为模板,建立了芯片杂交样点的变形模板模型,用多个参数表征了模板的平移、旋转和缩放。结合图象的特征设计了变形模板的能量函数,采用遗传算法搜索变形模板,实现了变形模板与杂交样点的最佳匹配。在检测型基因芯片信息处理关键技术的研究基础上,结合863重点项目个体化医疗系统,实现了个体化医疗信息系统中的基因芯片扫描分析子系统,可用于对个体化医疗芯片的扫描、分析和判读,以得到个人的个体化医疗信息。

关键词：基因芯片探针设计遗传算法小波去噪广义高斯分布变形模板

基于马尔可夫链的基因芯片特异性探针选择方法

同方学位论文库评论

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生物信息学 2005年第2期3卷 77-80页

作者：倪青山王正志李冬冬国防科技大学机电工程与自动化学院湖南长沙410073

对于基因表达芯片,特异性探针的选择是探针设计的重要环节,由于基因组序列数据量极大,不可能对每个候选探针都在全序列中进行特异性评价并进行取舍。对此问题,提出了一种采用马尔可夫链概率准则的探针特异性选择方法,即把基因组序列看... 详细信息

对于基因表达芯片,特异性探针的选择是探针设计的重要环节,由于基因组序列数据量极大,不可能对每个候选探针都在全序列中进行特异性评价并进行取舍。对此问题,提出了一种采用马尔可夫链概率准则的探针特异性选择方法,即把基因组序列看作马尔可夫链,任何探针序列的互补序列作为它的一个子序列,都具有一定的出现概率,概率越小,越可能具有特异性。据此,选择其中概率最小的N个候选探针,能够大大减少进行特异性评价的探针数量,缩短探针设计的计算时间。对实际数据的测试结果表明,该方法选择的探针具有很高的特异性。

关键词：马尔可夫链特异性探针基因芯片基因组序列探针设计基因表达重要环节互补序列出现概率计算时间方法选择数据量全序列性选择子序列评价