检索结果-南通市图书馆

植物保护学报 2022年第6期49卷 1642-1653页

作者：宫云鹤赵春雷王希李彦丽丁广洲陈丽黑龙江大学现代农业与生态环境学院哈尔滨150080 黑龙江省甜菜工程技术研究中心哈尔滨150080 国家糖料改良中心哈尔滨150080 黑龙江大学黑龙江省普通高等学校甜菜遗传育种重点实验室哈尔滨150080

为明确甜菜中由抗性基因r编码的包含富亮氨酸重复序列(leucine-rich repeat,Lrr)和核苷酸结合位点(nucleotide-binding site,NBS)的家族成员及其功能,基于甜菜基因组全长序列,利用HMMEr、TBtools、Pfam、NCBI等软件和在线程序对甜菜NBS-... 详细信息

为明确甜菜中由抗性基因r编码的包含富亮氨酸重复序列(leucine-rich repeat,Lrr)和核苷酸结合位点(nucleotide-binding site,NBS)的家族成员及其功能,基于甜菜基因组全长序列,利用HMMEr、TBtools、Pfam、NCBI等软件和在线程序对甜菜NBS-Lrr家族成员进行筛选和鉴定,采用生物信息学方法对鉴定到的成员进行亚家族分类、染色体定位、结构域分析、进化树构建、顺式元件分析和同源序列筛选。结果显示,从甜菜基因组中最终筛选鉴定到267条NBS-Lrr家族基因序列,占甜菜基因组的0.614%,通过对267条基因序列进行结构域预测并进行分类,分属于N型、NL型、CNL型、TNL型和rNL型5个亚家族,分别包含110、25、128、3和1条序列。甜菜NBS-Lrr家族基因大多位于2号、3号、4号和7号染色体上,根据基因簇划分原则发现有73.25%的基因以基因簇形式存在。经Clustal Omega和MEME在线程序对CNL型亚家族中具有完整卷曲螺旋(coiled-coil,CC)、NBS和Lrr结构域的24条基因序列进行结构域保守性分析,共发现7个保守性较高的基序,基于CNL型亚家族128条基因序列构建的进化树显示CNL型亚家族的系统进化受CC、NBS和Lrr结构域的影响较大。甜菜NBS-Lrr家族基因含有大量植物激素相关顺式元件和多种胁迫响应元件,部分序列含有植物生理响应元件。甜菜NBS-Lrr家族基因与菠菜和藜麦的抗病蛋白同源性较高。

关键词：甜菜 NBS-Lrr 抗性基因r 家族基因亚家族结构域同源基因

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