检索结果-南通市图书馆

用抑制消减杂交法分离巴西橡胶树胶乳特异表达基因

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林业科学 2006年第6期42卷 32-36页

作者：邓柳红罗明武曾会才杨卫帆张春发中国热带农业科学院热带生物技术国家重点实验室海口571101 华南热带农业大学儋州571737

采用巴西橡胶树常割树胶乳的Poly(A+)RNA为Tester,叶片Poly(A+)RNA为Driver,通过抑制消减杂交法(suppressivesubtractivehybridization,SSH)构建了一个胶乳特异表达基因差减文库,通过菌落PCR及反式NorthernDot-Blot筛选鉴定阳性差异片段,获得79个胶乳特异表达阳性克隆,部分阳性克隆还通过NorthernBlot杂交及RT-PCR进一步验证。随机挑选部分阳性克隆序列比较分析,结果表明有部分克隆与巴西橡胶树中已知的基因相同,而多数克隆在巴西橡胶树中是新发现,它们与橡胶生物合成、物质代谢运输、信号传导和形态建成等相关。

关键词：巴西橡胶树抑制消减杂交法胶乳反式Northern Dot—Blot

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以抑制消减杂交法筛选肿瘤耐药相关基因

生物技术通讯 2002年第5期13卷 349-352页

作者：谢玲范保星张开泰王玉芝吴德昌军事医学科学院放射医学研究所北京100850

避开化疗诱导多药耐药性的常规方法,建立烷基磷脂类化合物(十六烷基磷酸胆碱,HePC)诱导人上皮性肿瘤细胞系产生交叉耐药。旨在以新的角度认识肿瘤多药耐药性,揭示新的调控机制。利用抑制消减杂交技术,对文库进行克隆分析,在获得的可分析... 详细信息

避开化疗诱导多药耐药性的常规方法,建立烷基磷脂类化合物(十六烷基磷酸胆碱,HePC)诱导人上皮性肿瘤细胞系产生交叉耐药。旨在以新的角度认识肿瘤多药耐药性,揭示新的调控机制。利用抑制消减杂交技术,对文库进行克隆分析,在获得的可分析的78个克隆中,27%没有同源基因片段或同源性很低,暂定为“新基因”;14%具有染色体明确定位,认为是化疗敏感肿瘤KB细胞所特有的cDNA片段;19%在人类EST库文库MGC和CGAP中出现,可能是肿瘤细胞特有基因;发现与耐药相关的已知功能基因高达40%。

关键词：抑制消减杂交法筛选肿瘤耐药相关基因多药耐药差异表达基因

鉴别差异表达基因的新方法──抑制消减杂交法(SSH)

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生命科学 1998年第3期10卷 115-118页

作者：蔡静莉李昌本赵寿元复旦大学遗传学研究所上海200433

抑制消减杂交法（SuppressicSubtractiveHybridization，SSH）是最近（1996）报道的能有效鉴别两个不同细胞群差异表达基因的新方法［1，2］。该方法是以抑制PCR和消减杂交法为基础，在一轮反应中实现mRNA的均等化和消减步骤。本文对SS... 详细信息

抑制消减杂交法（SuppressicSubtractiveHybridization，SSH）是最近（1996）报道的能有效鉴别两个不同细胞群差异表达基因的新方法［1，2］。该方法是以抑制PCR和消减杂交法为基础，在一轮反应中实现mRNA的均等化和消减步骤。本文对SSH法的原理、优缺点作了介绍，并与其它检测差异表达基因的方法，如mRNA差别显示法（DDRT－PCR）、代表性序列差异分析（RDA）比较，认为SSH方法具有高效快速、高敏感性和假阳性低等优点。同时，625个克隆中有很大一部分是转录物丰度很低的基因，40％的克隆可能为新的基因。因此，SSH可作为鉴别差异表达基因和克隆新基因的有效方法。

关键词：消减杂交法 PCR 抑制消减杂交法

机械张应变诱导的大鼠血管平滑肌细胞磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路相关基因的筛选

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解剖学报 2007年第6期38卷 656-659页

作者：姚庆苹严志强白玲姜宗来上海交通大学力学生物学与医学工程研究所上海200240

目的筛选机械张应变诱导的大鼠血管平滑肌细胞(VSMCs)磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路的相关基因。方法应用FX-4000T细胞应变加载系统,对大鼠主动脉VSMCs施加1Hz、10%张应变,Western blotting检测细胞在不同加载时间下Akt... 详细信息

目的筛选机械张应变诱导的大鼠血管平滑肌细胞(VSMCs)磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路的相关基因。方法应用FX-4000T细胞应变加载系统,对大鼠主动脉VSMCs施加1Hz、10%张应变,Western blotting检测细胞在不同加载时间下Akt磷酸化水平的变化;用抑制消减杂交法(SSH),筛选给予PI3K的抑制剂Wortmannin和给予DMSO两组细胞在加载张应变24h后的差异表达基因片段,得到的消减杂交产物连接到T载体上,经过蓝白斑筛选,对所有阳性克隆进行菌液PCR筛选及测序,应用BLASTN进行序列比对。结果机械张应变改变了VSMCs磷酸化Akt水平;SSH所获得的54个克隆随机挑选30个送测序,得到10个不同差异表达序列标签(EST),发现6个EST代表的大鼠基因可能与机械张应变诱导的VSMCs PI3K/Akt信号通路相关,它们是:Highmobility group box1(HMGB1),Neural precursor cell expressed(Nedd4a),Cyclin-dependent kinase5(CDK5),Histonedeacetylase3(HDAC3),Ubiquitin-like1(Uble1a),Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H1(hnRNP)。结论SSH有效筛选到了机械张应变诱导的VSMCs PI3K/Akt信号通路的相关基因,为进一步研究机械张应变诱导的血管病理生理改变提供了资料。

关键词：机械张应变血管平滑肌细胞抑制消减杂交法磷脂酰肌醇3激酶,蛋白激酶B信号通路大鼠

巴西橡胶树顺式异戊烯基转移酶基因cDNA克隆及其序列特征分析

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热带亚热带植物学报 2009年第3期17卷 223-228页

作者：罗明武邓柳红易小平曾会才肖苏生海南大学材料与化工学院海南儋州571737 中国热带农业科学院热带生物技术研究所农业部热带作物生物技术重点开放实验室海口571101

以巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)胶乳的RNA为Tester;叶片RNA为Driver,利用抑制消减杂交法(suppressive subtractive hybridization,SSH)构建了一个胶乳特异表达基因差减文库。通过反式Northern点杂交(reverse Northern dot blots)筛选到一个与顺式异戊烯基转移酶基因(橡胶生物合成的关键酶基因)高度同源的阳性克隆R363。采用RACE方法获得该克隆的全长cDNA(GenBank登陆号:AY461414)。序列分析表明,该基因长1156 bp,含有873 bp的阅读框,编码290个氨基酸,分子量约为32.9 kD,等电点为7.2,含有N-端跨膜螺旋区。同源性分析表明R363编码的蛋白质具有异戊烯基转移酶家族的特征,含有cis-异戊烯基链转移酶的5个高度保守区,推测R363可能是一种新的顺式-异戊烯基转移酶基因。Northern blot分析显示,R363在胶乳中高度表达,在叶中不表达。乙烯处理前后表达强度一致,表明该基因表达不为乙烯所诱导。

关键词：巴西橡胶树抑制消减杂交法胶乳 cis-异戊烯基转移酶

SSH方法分离大剂量照射后小鼠骨髓差异表达EST序列

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中华放射医学与防护杂志 2003年第3期23卷 163-166页

作者：饶亚岚陈肖华张军权魏巍董波毛秉智北京放射医学研究所 100850

目的　为探讨骨髓辐射损伤的分子机理 ,研究了整体照射条件下 ,辐射前后骨髓基因表达的变化。方法　小鼠 7Gyγ射线照射后 4h提取骨髓总RNA为实验方 (tester) ,对照组动物骨髓总RNA为驱动方 (driver) ;实验方、驱动方总RNA由SMARTcDNA... 详细信息

目的　为探讨骨髓辐射损伤的分子机理 ,研究了整体照射条件下 ,辐射前后骨髓基因表达的变化。方法　小鼠 7Gyγ射线照射后 4h提取骨髓总RNA为实验方 (tester) ,对照组动物骨髓总RNA为驱动方 (driver) ;实验方、驱动方总RNA由SMARTcDNA合成方法合成双链cDNA ,进而由抑制消减杂交 (SSH)方法获得消减杂交产物 ,消减杂交产物克隆到T载体建立消减文库 ;对部分克隆进行杂交筛选及序列比对。结果　消减杂交文库挑取 80 0个克隆进行PCR扩增 ,阳性率约为86 % ;部分克隆经两轮杂交筛选获得 1 4个差异片段 ;7个差异片段与鼠EST库已有序列高度相似 ,其余 7个差异片段可能是新的EST序列。

关键词：骨髓辐射损伤抑制消减杂交法基因表达差异表达序列标签动物实验

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心脏圆锥动脉干发育相关基因的筛选研究

上海第二医科大学学报 2005年第5期25卷 478-482页

作者：刘芳陈树宝刘晓青顾学范蒋明华陈冠仪上海第二医科大学新华医院儿内科上海市儿科医学研究所上海200092

目的检测剔除心脏神经嵴心脏组织与正常心脏组织之间表达差异基因,筛选心脏圆锥动脉干发育相关基因。方法用电刺激方法建立鸡胚实验模型;用抑制消减杂交法筛选出实验组和对照组心脏组织之间存在的差异表达基因;构建减数杂交文库,用cDNA... 详细信息

目的检测剔除心脏神经嵴心脏组织与正常心脏组织之间表达差异基因,筛选心脏圆锥动脉干发育相关基因。方法用电刺激方法建立鸡胚实验模型;用抑制消减杂交法筛选出实验组和对照组心脏组织之间存在的差异表达基因;构建减数杂交文库,用cDNA基因芯片技术验证,并进行测序。结果31.8%克隆在实验组表达显著减少。经检验确定13种不同基因片段,有7种与已知鸡基因序列完全匹配,分别为心脏αactin、DEADboxRNA解旋酶、核糖体蛋白L7a、线粒体基因组、GAPDH、肽延长因子-1;有4种基因片段与人、鼠等种属已知基因存在83%～89%的同源性,分别为核糖体蛋白S3、L10a、SNX1、CIRBP等;有2种在公共数据库未查到同源序列。结论有多种基因参与心脏圆锥动脉干胚胎发育;抑制消减杂交和基因芯片技术是筛选差异表达基因的有效方法。

关键词：圆锥动脉干相关基因筛选差异表达基因基因芯片技术抑制消减杂交法 α-actin 核糖体蛋白心脏组织 RNA解旋酶线粒体基因组基因片段心脏神经嵴 GAPDH 差异基因实验模型方法建立 cDNA 基因序列延长因子同源序列

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抗药性基因克隆技术研究进展

农药 2004年第2期43卷 56-60页

作者：陈长军周明国南京农业大学植保学院病虫监测与治理农业部重点开放实验室南京210095

综述了近几年来抗药性基因克隆技术的研究进展。对RAPD-PCR、单链构象多态性(SSCP)、差异显示PCR(DDRT-PCR)、代表性差异分析技术(representational difference analysis, RDA)、抑制消减杂交法(suppression subtractive hybridization, SSH)、获得全长基因的消减杂交法(full length geneobtainable subtractive hybridization)、基因芯片技术、基因表达系统分析(serial analysis of gene expression,SAGE)的技术和从蛋白质水平克隆抗药性基因的双向电泳技术(two-dimensional gel electrophoresis)、噬菌体表面全套抗体库技术(phage display antibody repertoire library technique)、核糖体展示抗体库技术等方法的特点、优缺点及适用性进行了评述。

关键词：抗药性基因基因克隆 RAPD-PCR 单链构象多态性差异显示聚合酶链反应抑制消减杂交法基因芯片技术基因表达系统分析

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单侧视觉剥夺后鸽脑两侧视盖基因的差异表达

同济大学学报（医学版） 2001年第2期22卷 1-3页

作者：祁美雁徐磊吕立夏李学礼王尧同济大学医学院生化教研室上海200070

目的　探讨单侧视觉剥夺后鸽子两侧视盖基因的差异表达情况。方法　建立单眼剥夺动物模型 ,抽提、纯化左右视盖mRNA ,利用SSH方法建立左侧视盖差异表达文库 ,对其中EST进行克隆、测序 ,反Northern杂交去除假阳性。结果　共筛选得到 12... 详细信息

目的　探讨单侧视觉剥夺后鸽子两侧视盖基因的差异表达情况。方法　建立单眼剥夺动物模型 ,抽提、纯化左右视盖mRNA ,利用SSH方法建立左侧视盖差异表达文库 ,对其中EST进行克隆、测序 ,反Northern杂交去除假阳性。结果　共筛选得到 12个差异表达片段 ,经同源性检索 ,其中 11个未发现有高同源性的基因 ,提示可能为新的EST ;另一差异片段与CGI- 3 1蛋白有 85 %的同源性。

关键词：单眼剥夺视盖抑制消减杂交法鸽基因差异表达