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酱油发酵工艺的优化研究进展

中国食品添加剂 2024年第2期35卷 308-313页

作者：李思颖温林凤李俊扈圆舒徐婷刘占符姜燕曹庸华南农业大学食品学院广州510642 广东省功能食品活性物重点实验室广州510642 广东美味鲜调味食品有限公司中山528441

我国是酱油酿造大国,酱油是由多种因素共同发挥作用酿造而成的产品,所用的原料、环境因素、发酵方式等都起到重要作用,其中包括酱油原料与本来就存在的微生物之间的相互作用、发酵方式的差异,也包括外加微生物例如酵母菌、霉菌、乳酸菌... 详细信息

我国是酱油酿造大国,酱油是由多种因素共同发挥作用酿造而成的产品,所用的原料、环境因素、发酵方式等都起到重要作用,其中包括酱油原料与本来就存在的微生物之间的相互作用、发酵方式的差异,也包括外加微生物例如酵母菌、霉菌、乳酸菌或者其他外源物质与原本就存在的微生物之间的相互作用,这些均会对酱油的风味和滋味产生影响,由此可以对酱油品质进行优化。本文综述了从添加酵母菌、霉菌、乳酸菌三大类菌种、其他外源添加物、对于发酵原料的优化以及发酵方式的改良四个方面对于酱油品质的提升作用,为在实际生产中酱油发酵工艺的优化提供思路。

关键词：微生物底物酵母菌霉菌乳酸菌酱油发酵

疾病状态下有机阳离子转运体对底物转运影响的研究进展

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现代药物与临床 2022年第7期37卷 1657-1665页

作者：周莹余丹刘李中国药科大学药学院药物代谢研究中心江苏南京210009 南京中医药大学医学院整合医学学院江苏南京210023

有机阳离子转运体家族是一类位于细胞膜上的功能性膜蛋白,负责转运内源性、外源性阳离子底物,在底物的吸收、分布和排泄过程中发挥着重要作用,其中肝脏、肾脏和消化道处有机阳离子转运体的作用最明显。在疾病状态下有机阳离子转运体的... 详细信息

有机阳离子转运体家族是一类位于细胞膜上的功能性膜蛋白,负责转运内源性、外源性阳离子底物,在底物的吸收、分布和排泄过程中发挥着重要作用,其中肝脏、肾脏和消化道处有机阳离子转运体的作用最明显。在疾病状态下有机阳离子转运体的表达和功能会发生改变,会影响底物的体内处置过程,使底物的动力学行为及其效应发生改变。综述了肝脏疾病、肾脏疾病和消化道疾病状态下有机阳离子转运体表达和功能改变对底物体内转运的影响及其生理、药理学意义。

关键词：有机阳离子转运体疾病状态底物外源性药物内源性物质表达功能

基于变分图自编码器构建人去泛素化酶-底物相互作用预测体系

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基于变分图自编码器构建人去泛素化酶-底物相互作用预测体系

作者：朱渊安徽医科大学

学位级别：硕士

泛素化修饰调控真核生物细胞中80%蛋白质的降解,参与信号通路等多种生物学过程,与阿尔兹海默症等多种疾病的发生发展密切相关。蛋白泛素化水平取决于泛素连接酶(Ubiquitin ligase,E3)介导的泛素化和去泛素化酶(deubiquitinase,DUB)介导... 详细信息

泛素化修饰调控真核生物细胞中80%蛋白质的降解,参与信号通路等多种生物学过程,与阿尔兹海默症等多种疾病的发生发展密切相关。蛋白泛素化水平取决于泛素连接酶(Ubiquitin ligase,E3)介导的泛素化和去泛素化酶(deubiquitinase,DUB)介导的去泛素化之间的动态平衡。研究去泛素化酶与底物的相互作用(DUBsubstrates interactions,DSIs)对理解生物学过程的表达调控及疾病的发展机制具有重要意义。传统实验方法往往只能鉴定单个DUB与底物之间的相互作用,效率低且成本高。现有生物信息学方法基于特征工程,只能进行部分DUB-底物相互作用的预测。人们迫切需要发展新的生物信息学模型来辅助探索蛋白质组范围内的DUB-底物相互作用。深度学习算法因其强大的学习能力而受到广泛关注,深度学习算法可以自动完成蛋白质的特征提取,有望提高DUB-底物相互作用的预测效率。围绕人DUB-底物相互作用的变分图自编码器(Variational graph auto-encoder,VGAE)预测体系研究,本文开展了以下三项工作。首先,本文从Ubibrower 2.0数据库下载人类DUB-底物相互作用数据集,构建了DUB-底物相互作用网络。对该网络性质进行了拓扑分析,发现人DUB-底物相互作用网络中的节点连接度服从幂律分布,具有典型的无尺度性质。然后,本文构建四种DUB-底物相互作用预测模型,五倍交叉验证和独立测试结果表明变分图自编码器和深度神经网络(Deep Neural Network,DNN)分类器结合的模型具有最好的预测性能。因此,本文基于变分图自编码器构建了仅使用蛋白质序列特征的DUB-底物相互作用预测模型—Deep DSI。该模型分为三个模块:(1)输入特征转换模块:蛋白质序列的CT和SSN编码,构建图结构数据;(2)VGAE模块:使用VGAE对图结果数据进行特征提取,学习节点的潜在嵌入向量;(3)DNN分类模块:预测新的DUB和底物相互作用。五倍交叉验证ROC曲线下面积为0.87,说明该模型具有理想的预测效果;独立测试下ROC曲线下面积为0.83,说明该模型具有发现新DUB-底物相互作用的能力。最后,本文从蛋白质序列相似性分析、最小共享生物学过程分析、GO语义相似性分析、GO/KEGG富集分析、预测底物的特定生物学功能分析六个方面揭示了模型预测和已知的DUB-底物相互作用具有相似的生物信息学性质。实验结果均与预期结果一致,说明Deep DSI模型预测的DUB-底物相互作用具有一定的可信度。此外,本文发现预测的DUB-底物相互作用与癌症的发生发展密切相关,并得到了文献验证。总之,为高效揭示DUB-底物相互作用的关系,本文完成了从DUB-底物相互作用网络的构建、不同预测模型的对比、合适预测模型的构建、人蛋白质组范围DUB-底物相互作用预测及生物信息学性质分析等一系列工作。本研究将有助于研究人员发现新的DUB-底物相互作用,探究DUB-底物之间的选择机制及内在规律。

关键词：生物信息学去泛素化酶底物变分图自编码器

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多功能淀粉酶固定化中的底物保护效应

高等学校化学学报 2015年第2期36卷 330-335页

作者：夏莹曹昊张应玖吉林大学分子酶学工程教育部重点实验室吉林大学分子酶学工程教育部生命科学学院长春130012

以壳聚糖为载体,通过正交实验确定了用壳聚糖凝胶微球固定多功能淀粉酶OPMA-N的最适条件：以20 mg/mL戊二醛交联,在25℃及pH=6.5条件下固定1.5 h,但需在引入底物淀粉介导的保护效应后,才能获得良好稳定性的固定化OPMA-N（ IOPMA-N）,显... 详细信息

以壳聚糖为载体,通过正交实验确定了用壳聚糖凝胶微球固定多功能淀粉酶OPMA-N的最适条件：以20 mg/mL戊二醛交联,在25℃及pH=6.5条件下固定1.5 h,但需在引入底物淀粉介导的保护效应后,才能获得良好稳定性的固定化OPMA-N（ IOPMA-N）,显示了底物保护效应在催化部位占分子中较大区域的酶（如OPMA-N）固定化过程中的重要性.对比分析游离酶与固定化酶的性质与功能发现,在50℃及pH=6.0-7.0条件下, IOPMA-N的表观比活力比游离酶OPMA-N提高3倍以上,催化效率（ kcat/Km ）提高4倍以上,对弱酸性至中性及常温（30~50℃）环境的耐受性明显高于OPMA-N,并具有良好的操作稳定性和储存稳定性,重复使用15次后,酶活力仍然能够保持75%,在4℃下储存半衰期达31 d,而OPMA-N在4℃下储存5 d后活力基本丧失.催化产物的对比分析结果表明, OPMA-N固定化后,水解活性明显提高,但同时转苷活性有所下降,这与已报道的OPMA-N分子中2种催化活力存在平衡机制的结论一致,同时也表明在OPMA-N的固定化中底物淀粉对其水解活性有明显的保护作用,但对其转苷活性几乎无贡献.

关键词：多功能淀粉酶壳聚糖固定化底物凝胶微球

基于阳离子型共轭聚合物与酶底物探针的磷酸酯酶检测新方法

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高等学校化学学报 2011年第11期32卷 2548-2553页

作者：张小平黄艳琴樊春海黄维有机电子与信息显示国家重点实验室培育基地南京邮电大学信息材料与纳米技术研究院南京210046 中国科学院上海应用物理研究所上海201800

建立了一种基于阳离子型共轭聚合物与酶底物探针的磷酸酯酶检测新方法.阳离子型共轭聚合物通过静电吸引与荧光素修饰的带负电荷的三磷酸腺苷结合,并发生荧光能量共振转移;当加入磷酸酯酶时,它可以催化底物三磷酸腺苷上的磷酸酯基团逐渐... 详细信息

建立了一种基于阳离子型共轭聚合物与酶底物探针的磷酸酯酶检测新方法.阳离子型共轭聚合物通过静电吸引与荧光素修饰的带负电荷的三磷酸腺苷结合,并发生荧光能量共振转移;当加入磷酸酯酶时,它可以催化底物三磷酸腺苷上的磷酸酯基团逐渐水解,得到不带电荷的腺苷,从而使阳离子型共轭聚合物得以释放,能量转移效率下降.实验结果表明,能量转移效率下降的程度与酶的浓度相关.该方法操作简单、响应速度快、灵敏度高,易于扩展至其它能催化底物电荷密度变化的酶的检测,而且还有望应用于对酶具有抑制作用的药物分子的筛选.

关键词：水溶性共轭聚合物底物磷酸酯酶荧光检测荧光能量共振转移

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木炭曝气生物滤池的底物去除动力学研究

华中科技大学学报（自然科学版） 2009年第9期37卷 118-121页

作者：周爱姣陶涛边朝辉呼永锋华中科技大学环境科学与工程学院湖北武汉430074

将木炭这一轻质材料作为曝气生物滤池的填料,并与陶粒作对比,考察其在生活污水中化学需氧量和氨氮去除的动力学过程.在Monod方程的基础上,结合曝气生物滤池推流式流态特征,建立了只与进出水负荷、温度和反应器高度有关的曝气生物滤池的... 详细信息

将木炭这一轻质材料作为曝气生物滤池的填料,并与陶粒作对比,考察其在生活污水中化学需氧量和氨氮去除的动力学过程.在Monod方程的基础上,结合曝气生物滤池推流式流态特征,建立了只与进出水负荷、温度和反应器高度有关的曝气生物滤池的底物去除动力学模型.通过对试验数据进行推算,发现模型实验数值的拟合线性相关系数均在0.93以上,说明所建模型对生物滤池有较好的适用性;同时计算了相应的模型参数,讨论了模型参数对系统的影响.

关键词：曝气生物滤池木炭陶粒底物动力学

不同底物条件下UASB反应器中碳酸钙的沉淀

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环境科学 2009年第3期30卷 822-826页

作者：杨树成贺延龄张鹏翔刘永红王东琦杨婧西安交通大学环境科学与工程系西安710049 西安工程大学化工系西安710048

以UASB反应器处理含钙的乙酸废水和葡萄糖、可溶性淀粉混合废水,在Ca2+浓度800 mg.L-1,COD容积负荷9kg.(m3.d)-1条件下,研究了碳酸钙在反应器中的沉淀规律及其差异.结果表明,碳酸钙在发生大量沉淀前都要经历30 d左右的诱导期,此后反应... 详细信息

以UASB反应器处理含钙的乙酸废水和葡萄糖、可溶性淀粉混合废水,在Ca2+浓度800 mg.L-1,COD容积负荷9kg.(m3.d)-1条件下,研究了碳酸钙在反应器中的沉淀规律及其差异.结果表明,碳酸钙在发生大量沉淀前都要经历30 d左右的诱导期,此后反应器中碳酸钙的沉淀率因进水底物不同而出现显著差异.以乙酸为底物时,碳酸钙在污泥中的最大沉淀率可达到65%,然后稳定到25%;而在以葡萄糖和可溶性淀粉为底物的废水中,钙的沉淀率一直维持在7.5%左右.对于这2种废水,钙的沉淀在180 d内可以使污泥的灰分从大约10%分别升高到70%以上和30%左右.但是高的生物污泥灰分含量并没有明显影响废水处理的效果,两反应器的COD去除率始终维持在90%左右.扫描电镜分析发现两反应器内颗粒污泥微观结构存在较大差异,这可能是导致其中碳酸钙沉淀过程和沉淀量存在较大差异的原因.

关键词：碳酸钙沉淀 UASB 底物颗粒污泥微观结构

吡罗红为底物的辣根过氧化物酶催化荧光反应测定葡萄糖

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光谱学与光谱分析 2003年第5期23卷 917-921页

作者：陈莉华黄飞刘六战沈含熙南开大学化学学院

吡罗红在辣根过氧化物酶催化下可被过氧化氢氧化而使其荧光猝灭。在pH 7.2中性介质中,稳态催化速率由酶和底物浓度决定,催化体系服从Michaelis-Menten方程,用Lineweaver-Burk作图法求得米氏常数、最大反应速度、催化常数分别为2.4×10^(... 详细信息

吡罗红在辣根过氧化物酶催化下可被过氧化氢氧化而使其荧光猝灭。在pH 7.2中性介质中,稳态催化速率由酶和底物浓度决定,催化体系服从Michaelis-Menten方程,用Lineweaver-Burk作图法求得米氏常数、最大反应速度、催化常数分别为2.4×10^(-5)mol·L-1,2.5×10^(-6)mol·L-1s-1,75.8 s-1。在最佳反应条件下,荧光F0/F的猝灭程度与过氧化氢浓度在0-3.6×10^(-7)mol·L-1范围内成线性关系,检测限为6.3×10^(-9)mol·L-1;当与葡萄糖氧化酶联用时,可定量检测葡萄糖,线性关系为0-8.0×10^(-7)mol·L-1,检测限为3.4×10^(-8)mol·L-1。方法用于分析人血清中葡萄糖含量,分析结果与苯酚-4-氨基安替比林法基本一致。

关键词：吡罗红底物辣根过氧化物酶催化荧光反应测定葡萄糖荧光光谱

表面等离子体子共振传感器研究谷胱甘肽过氧化物酶模拟物与底物的结合作用

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分析化学 2008年第2期36卷 211-214页

作者：吕绍武金伟张莹高杨邹向宇李明牟颖阎岗林罗贵民金钦汉吉林大学分子酶学工程教育部重点实验室 2. 浙江大学信息科学与工程学院吉林大学化学学院吉林大学仪器科学与电气工程学院

采用表面等离子体子共振(SPR)传感装置,固定入射角,以波长为变量,以CCD为检测系统,用对金有较强吸附作用的谷胱甘肽(GSH)为基底膜,研究了GSH分别与谷胱甘肽硫转移酶(GST)与小分子GPX模拟酶2-位-碲桥联-β-环糊精(2-TeCD)的动力学过程,... 详细信息

采用表面等离子体子共振(SPR)传感装置,固定入射角,以波长为变量,以CCD为检测系统,用对金有较强吸附作用的谷胱甘肽(GSH)为基底膜,研究了GSH分别与谷胱甘肽硫转移酶(GST)与小分子GPX模拟酶2-位-碲桥联-β-环糊精(2-TeCD)的动力学过程,计算得GSH与GST的结合常数为2.82×106L/mol;GSH与2-TeCD的结合常数为3.92×102L/mol。结果表明:本方法可以用来评价小分子GPX模拟酶与底物的结合程度,简便快捷,不需标记样品,可以实时监测反应过程,作用后酶与底物易于分离,分离后的酶可以继续使用等优点。

关键词：表面等离子体子共振传感器模拟酶底物结合作用