检索结果-南通市图书馆

激光与光电子学进展 2024年第2期61卷 281-304页

作者：栗星柏晨李润泽彭彤田璇闵俊伟杨延龙但旦于湘华梁晋阳姚保利中国科学院西安光学精密机械研究所瞬态光学与光子技术国家重点实验室陕西西安710119 中国科学院大学北京100049 魁北克大学国立科学研究院能源材料与通讯研究所应用计算成像实验室加拿大魁北克J3X1P7

高速成像技术在物理、化学、生物医学、材料科学及工业等众多领域扮演着十分重要的角色。受电荷存储和读取速度的限制,基于电子成像器件的数码相机成像速度难以进一步提高。近年来,随着成像新技术的发展,超高速和极高速光学成像的性能... 详细信息

高速成像技术在物理、化学、生物医学、材料科学及工业等众多领域扮演着十分重要的角色。受电荷存储和读取速度的限制,基于电子成像器件的数码相机成像速度难以进一步提高。近年来,随着成像新技术的发展,超高速和极高速光学成像的性能已得到显著提升,具备更高的时间分辨率、空间分辨率及更大的序列深度等。介绍高速成像技术的发展历程,根据成像方式,将近年来具有代表性的新型超高速和极高速光学成像技术分为直接成像和编码计算成像两个类别。分别介绍和讨论各种新型超高速和极高速光学成像技术的概念和原理,并比较各自的优缺点。最后,对这一领域的发展趋势和前景进行展望。本文旨在帮助研究者系统了解超高速和极高速光学成像技术的基本知识、最新研究发展趋势和潜在应用,为该领域科学研究提供参考。

关键词：高速成像超高速成像极高速成像时间分辨率空间分辨率序列深度

来源：

维普期刊数据库评论

在线全文

维普期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

超高速和极高速光学成像技术研究进展

引用

激光与光电子学进展 2024年

作者：栗星柏晨李润泽彭彤田璇闵俊伟杨延龙但旦于湘华梁晋阳姚保利中国科学院大学中国科学院西安光学精密机械研究所瞬态光学与光子技术国家重点实验室魁北克大学国立科学研究院能源材料与通讯研究所应用计算成像实验室

高速成像技术在物理、化学、生物医学、材料科学及工业等众多领域扮演着十分重要的角色。受电荷存储和读取速度的限制，基于电子成像器件的数码相机成像速度难以进一步提高。近年来，随着成像新技术的发展，超高速和极高速光学成像的性... 详细信息

高速成像技术在物理、化学、生物医学、材料科学及工业等众多领域扮演着十分重要的角色。受电荷存储和读取速度的限制，基于电子成像器件的数码相机成像速度难以进一步提高。近年来，随着成像新技术的发展，超高速和极高速光学成像的性能已得到显著提升，具备更高的时间分辨率、空间分辨率及更大的序列深度等。介绍高速成像技术的发展历程，根据成像方式，将近年来具有代表性的新型超高速和极高速光学成像技术分为直接成像和编码计算成像两个类别。分别介绍和讨论各种新型超高速和极高速光学成像技术的概念和原理，并比较各自的优缺点。最后，对这一领域的发展趋势和前景进行展望。本文旨在帮助研究者系统了解超高速和极高速光学成像技术的基本知识、最新研究发展趋势和潜在应用，为该领域科学研究提供参考。

关键词：高速成像超高速成像极高速成像时间分辨率空间分辨率序列深度

来源：

同方期刊数据库评论

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

超高速和极高速光学成像技术研究进展（特邀）

引用

激光与光电子学进展 2024年第2期 301-324页

作者：栗星柏晨李润泽彭彤田璇闵俊伟杨延龙但旦于湘华梁晋阳姚保利中国科学院西安光学精密机械研究所瞬态光学与光子技术国家重点实验室中国科学院大学魁北克大学国立科学研究院能源材料与通讯研究所应用计算成像实验室

关键词：高速成像超高速成像极高速成像时间分辨率空间分辨率序列深度

来源：

同方期刊数据库评论

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于二三代测序数据联合拼接的拷贝数变异检测方法

基于二三代测序数据联合拼接的拷贝数变异检测方法

引用

作者：高峰北京化工大学

学位级别：硕士

二代测序技术是目前使用非常广泛的一种测序方法,高精度低成本使其在变异检测序列拼接等基因组研究方面应用广泛。而三代测序自出现起就备受关注,因其读长远超二代的特点,被视为可以替代二代测序的方法。但是由于三代测序的准确度较低... 详细信息

二代测序技术是目前使用非常广泛的一种测序方法,高精度低成本使其在变异检测序列拼接等基因组研究方面应用广泛。而三代测序自出现起就备受关注,因其读长远超二代的特点,被视为可以替代二代测序的方法。但是由于三代测序的准确度较低测序成本较高的问题,在实际应用中会存在数据质量和成本之间的冲突,很大程度上都是作为二代研究的补充。目前已有较多方法根据不同策略进行基因组结构变异的检测,但因为拷贝数变异包含多种子类型、变异长度较长等特点,现有的策略面对较复杂的拷贝数变异检测来说存在很多问题。鉴于二代三代测序研究的各自特点和变异检测的研究现状,本文提出了一种基于二代测序数据和三代测序数据联合拼接的拷贝数变异检测方法,其中利用了序列深度模型和深度学习框架,提高了变异检测的精确度和灵敏度。主要有以下几方面内容:1.对现有的四种基因结构变异检测策略进行了研究,分析了基于De bruijn图和OLC(Overlap-Layout-Consensus)算法的几种流行的拼接策略,研究了千人基因组计划提供的真实测序数据集和基准变异数据集,分析了其中存在的问题。根据研究需要,将三代测序数据引入到整个研究中。使用基于SNP(单核苷酸变异)和InDel(较小的插入缺失变异)检测的方法,利用二代测序数据完成三代测序的校正,有效地平衡了测序成本和校正质量之间的关系,获得了初步的实验数据。2.为了更好的检测拷贝数变异的子类型缺失和重复,本文提出了一种基于二代和三代测序数据联合拼接的检测算法。本文进行了两次拼接,分别使用De Bruijn图算法和OLC算法进行,获得了用于拷贝数变异检测的数据重叠群(contigs)。在两次拼接过程中,三代数据在解决重复序列造成的各种闭环问题中发挥了重要作用,保证了拼接结果的准确性。3.结合序列深度(read-depth)策略,利用深度学习CNN模型对拷贝数变异进行检测。将获得的contigs比对回参考基因组,分析每个位点的测序深度,根据拷贝数与每个检测位点的荧光信号强度值LRR(Log R Ratio)的关系生成包含拷贝数信息的图片,用于深度学习模型的训练。使用本文提出的拷贝数变异检测方法AssCNV23在模拟数据和真实数据上都进行了变异检测实验,结果显示无论是高覆盖度数据还是低覆盖度数据,无论是真实数据还是模拟数据,在精确度、敏感度和断点的准确度上的综合表现都很优秀。

关键词：拷贝数变异联合拼接序列深度深度学习

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于二代测序数据的拷贝数变异集成检测

基于二代测序数据的拷贝数变异集成检测

引用

作者：刘魏魏北京化工大学

学位级别：硕士

二代测序技术测得的序列长度虽然不及三代测序的长,但它有着测序精度更高、测序成本更低等优点,因此目前大多数的基因组研究还是基于二代测序数据。而千人基因组项目更是为广大研究人员提供了丰富的人类二代测序数据以及基准变异数据。... 详细信息

二代测序技术测得的序列长度虽然不及三代测序的长,但它有着测序精度更高、测序成本更低等优点,因此目前大多数的基因组研究还是基于二代测序数据。而千人基因组项目更是为广大研究人员提供了丰富的人类二代测序数据以及基准变异数据。目前已有较多方法根据不同策略进行基因组结构变异的检测,也出现了很多基于序列深度的统计模型检测拷贝数变异,但因为拷贝数变异有着多种子类型、变异长度较长等特点,常规方法进行拷贝数变异的检测有着较大的局限性,精确性和灵敏性较低、断点准确度不够高。因此利用二代测序数据,考虑长度大于等于50bp的插入、缺失、重复这三种拷贝数变异子类型,本文集成序列拼接和序列深度策略提出了一种新的拷贝数变异检测方法。序列拼接是为了能检测较长长度的拷贝数变异,再结合序列深度信息不仅可以有效检测缺失和重复变异,还能对插入变异断点进行有效识别。主要工作如下:1.获取真实测序数据和对应的基准变异数据并预先分析和处理,根据真实测序基准数据特点生成多组多类型的拷贝数变异模拟数据,并在这些数据集上利用多款目前较为主流的工具检测拷贝数变异的多种子类型,分析检测结果,用于比较和评估各检测工具以及获取候选变异断点。2.为了检测较长长度的拷贝数变异,本文利用容错OLC拼接算法和路径相容性策略提出了一种局部序列拼接方法。首先将候选变异断点范围内的高质量序列切分,并基于一定百分比容错的OLC算法进行拼接,然后结合路径相容性策略对构建好的有向图进行路径选择,最后保留符合条件的序列作为拼接结果。3.为了有效检测拷贝数变异的多种子类型,本文集成局部拼接结果和序列深度信息进行拷贝数变异的检测。从拼接序列的比对文件中获取高质量软切位点,再结合原始数据的序列深度信息进行拷贝数变异子类型的检测。实验结果表明,本文提出的集成方法,在低、高覆盖度的真实和模拟测序数据上,对拷贝数变异多种子类型的检测精确性和灵敏性都处于较高水平,并且在多组实验中保证了断点准确度。

关键词：二代测序拷贝数变异序列拼接序列深度集成检测

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：