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Identification of Differentially Expressed MicroRNAs in the Ovary of Polycystic Ovary Syndrome with Hyperandrogenism and Insulin Resistance

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Chinese Medical Journal 2015年第2期128卷 169-174页

作者： Lin Lin Tao Du Jia Huang Li-Li Huang Dong-Zi Yang Department of Obstetrics and Gynecology Memodal Hospital of Sun Yat-Sen University Guangzhou Guangdong 510120 China Department of Obstetdcs and Gynecology The First Affiliated Hospital of Sun Yat-Sen University Guangzhou Guangdong 510080 China

Background: Polycystic ovary syndrome (PCOS) is the commonest endocrinopathy in women of reproductive age. The patients often develop insulin resistance (IR) or hyperinsulinemia despite manifesting anovulation and signs of hyperandrogenism. The cause and effect relationship of hyperinsulinemia and hyperandrogenemia (HA) is still debated. Micro-ribonucleic acids (miRNAs) have recently been shown to play a role in regulation of ovarian function. Our current study focused on the altered expression of miRNAs with PCOS. Methods: Ovarian theca interna tissues were obtained from 10 PCOS patients and 8 controls that were non-PCOS and had normal insulin sensitivity undergoing laparoscopy and/or ovarian wedge resection. Total RNA of all samples was extracted. We studied the repertoire of miRNAs in both PCOS and non-PCOS women by microarray hybridization. Bioinformatic analysis was performed for predicting targets of the differentially expressed miRNAs. Furthermore, selected miRNAs were validated by quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR). Results: A total of 27 miRNAs were differentially expressed in PCOS patients with respect to the controls in our discovery evaluationand two (miR-92a and miR-92b) of them were significantly downregulated in PCOS women in followed validation ( P < 0.05). Targets prediction revealed that miR-92a targeted both GATA family of zinc finger transcription factor GATA-binding factor 6 (GATA6) and insulin receptor substrate proteins 2 (IRS-2). Conclusions: MiRNAs are differentially expressed between PCOS patients and controls. We identified and validated two miRNAs-miR-92a and miR-92b. They are significantly downregulated and may be involved in the pathogenesis of PCOS.

关键词：多囊卵巢综合征胰岛素抵抗差异表达雄激素小分子RNA 血症 miRNA 胰岛素受体底物

小鼠感染肝毛细线虫肝脏microRNA的差异表达分析

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2022年第1期40卷 56-60,67页

作者：张雅兰蒋甜甜贺志权邓艳陈伟奇朱岩昆张红卫赵东阳河南省疾病预防控制中心郑州450016 河南省传染病病原生物重点实验室郑州450016

目的分析小鼠感染肝毛细线虫后肝脏microRNA (miRNA)的表达谱,筛选差异表达miRNA,为肝毛细线虫感染致肝纤维化机制研究提供资料。方法 6只雄性BABL/c小鼠随机分为肝毛细线虫感染组和对照组,每组3只。感染组小鼠经灌胃感染肝毛细线虫感... 详细信息

目的分析小鼠感染肝毛细线虫后肝脏microRNA (miRNA)的表达谱,筛选差异表达miRNA,为肝毛细线虫感染致肝纤维化机制研究提供资料。方法 6只雄性BABL/c小鼠随机分为肝毛细线虫感染组和对照组,每组3只。感染组小鼠经灌胃感染肝毛细线虫感染期虫卵(20个卵/鼠),对照组灌胃等量生理盐水。感染后35 d分别取感染组和对照组小鼠的肝组织,进行组织切片、苏木精-伊红(HE)染色后,镜下观察肝组织病变情况。提取和纯化小鼠肝组织总RNA进行文库构建和miRNA高通量测序。通过生物信息学分析筛选差异表达的mi RNA,预测其靶基因并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。采用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对部分差异表达miRNA进行验证分析。结果肝组织切片的HE染色结果显示,感染组小鼠肝组织呈虫卵肉芽肿性病变,伴有明显的炎性细胞浸润;对照组肝细胞形态完整,未见炎性细胞浸润、变性坏死和纤维化。通过miRNA测序,筛选出差异表达的miRNA共16条,4条表达上调,且均上调2倍以上,其中mmu-miR-129-5p上调4倍以上;12条表达下调,均下调0.5倍以下,其中mmu-miR-21a-3p下调0.1倍以下。mi RNA靶基因GO功能分析显示,富集的基因主要参与了信号转导、蛋白连接、转化酶活性、 G蛋白偶联受体通路、细胞凋亡的负向调控、细胞增殖的正向调控、转录调控等;KEGG通路分析显示,富集的信号通路主要有Hippo信号通路、 Ras信号通路、 mTOR信号通路、磷脂类信号通路、 Wnt信号通路。qRT-PCR检测结果显示,感染组2个上调基因mmu-miR-21a-3p和mmu-miR-181a-1-3p的相对表达水平分别为0.70±0.30和0.68±0.27,2个下调基因mmu-miR-409-5p和mmu-miR-129-5p的相对表达水平分别为1.27±0.24和2.61±0.52,与参考基因相比表达水平均与测序结果趋势一致。结论肝毛细线虫感染导致小鼠肝组织miRNA表达谱发生了改变,mmu-miR-409-5p和mmu-miR-129-5p等基因可能是参与肝纤维化的候选基因。

关键词：肝毛细线虫 miRNA 差异表达肝纤维化

Differentially expressed microRNAs at different stages of atherosclerosis in ApoE-deficient mice

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Chinese Medical Journal 2013年第3期126卷 515-520页

作者： SHAN Zhen YAO Chen LI Zi-lun TENG Yuan LI Wen WANG Jin-song YE Cai-sheng CHANG Guang-qi HUANG Xue-ling LI Xiao-xi WANG Wen-jian WANG Shen-ming Laboratory of General Surgery First Affiliated Hospital Sun Yat-sen University Guangzhou Guangdong 510080 China Department of Vascular Surgery First Affiliated Hospital Sun Yat-sen University Guangzhou Guangdong 510080 China

Background Atherosclerosis is the primary cause of cardiovascular disease, carotid artery disease, and peripheral vascular disease. However, it is hard to obtain human arterial tissue at different stages of atherosclerosis for a systematic study. The ApoE-deficient (ApoE-/-) mice predictably develop spontaneous atherosclerotic plaques with numerous features similar to the human lesions and contain nearly the entire spectrum of lesions observed during atherogenesis in humans. MicroRNA expression profiles at different stages of atherosclerosis in ApoE-deficient mice were screened to find out the differentially expressed microRNAs. Methods ApoE-deficient mice were euthanized at 4, 8, and 20 weeks of age and divided into three groups according to the three time points, including groups A4 (fed a Western-type diet for 0 week), A8 (fed a Western-type diet for 4 weeks), and A20 (fed a Western-type diet for 16 weeks). Atherosclerotic lesions were analyzed. Fifteen aortas were collected and combined into three pools (five aortas in one pool) in each group. MicroRNA microarray analysis was replicated thrice in each group. The threshold of fold change≥2.0 was used to screen up or down-regulated microRNAs. Differentially expressed microRNAs were subsequently verified with quantitative real-time polymerase chain reaction. Those increasingly up or down-regulated microRNAs during the progression of atherosclerosis were selected. Results Atherosclerotic lesions first appeared in the aortic arch in group A8. Severe atherosclerotic lesions were observed in group A20. In group A8, seven MicroRNAs were up-regulated while two were down-regulated. In group A20, 15microRNAs were up-regulated while two were down-regulated, miR-34a-5p and miR-497-5p were increasingly up-regulated, while miR-434-3p was progressively down-regulated when atherosclerosis progressed. Conclusions In this study, we described that microRNAs are differentially expressed at different stages of atherosclerosis in ApoE-deficient mice. Those increasingly up or down-r

关键词： microRNA ApoE基因基因缺陷差异表达小鼠动脉粥样硬化心脑血管疾病小分子RNA

神经介素B及其受体在不同发育阶段山羊睾丸组织中的差异表达

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南京农业大学学报 2023年第3期46卷 538-544页

作者：曾诚夏荣欣李悦刘婷婷孙宣钟黄欣郭文晴张国敏南京农业大学动物医学院江苏南京210095 南京农业大学江苏省家畜胚胎工程实验室江苏南京210095

[目的]本试验旨在探究神经介素B(NMB)及其受体NMBR[还包括胃泌素释放肽受体(GRPR)和蛙皮素受体(BRS3)]在山羊不同发育阶段睾丸组织中的差异表达,为解析哺乳动物睾丸发育及功能调节机制提供参考。[方法]选取系谱清晰和体况良好的雄性山... 详细信息

[目的]本试验旨在探究神经介素B(NMB)及其受体NMBR[还包括胃泌素释放肽受体(GRPR)和蛙皮素受体(BRS3)]在山羊不同发育阶段睾丸组织中的差异表达,为解析哺乳动物睾丸发育及功能调节机制提供参考。[方法]选取系谱清晰和体况良好的雄性山羊12只(3月龄和9月龄,各6只)进行阉割并采集睾丸组织,在克隆NMB及其受体基因与分析序列的基础上,采用免疫组化技术检测NMB及其受体在睾丸组织中的表达定位,利用RT-qPCR和Western blot检测NMB及其受体在不同发育阶段山羊睾丸组织中的表达变化。[结果]NMB及其受体基因与绵羊和牛的进化关系最近,NMB及其受体基因编码区的核苷酸序列与牛和绵羊的同源性达96%以上,结构分析发现NMBR、GRPR和BRS3均属于7次跨膜受体。NMB及其受体在3月龄和9月龄山羊睾丸组织中广泛表达,其中在间质细胞、肌样细胞和精子细胞中呈高表达。与3月龄山羊相比,9月龄山羊睾丸组织中NMB与GRPR的mRNA和蛋白表达量显著降低(P表达量显著增加(P<0.05)。[结论]NMB及其受体可能参与山羊睾丸发育的调节。

关键词：神经介素B(NMB) NMB受体基因克隆差异表达睾丸山羊

低温胁迫下甘蓝型冬油菜BnYUCCA8基因差异表达及内源生长素含量变化

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干旱地区农业研究 2022年第3期40卷 1-10页

作者：呼芳娣刘丽君马骊牛早霞孙柏林徐佳杨雯昕刘博蒲媛媛武军艳方彦李学才沈金雄孙万仓甘肃农业大学农学院甘肃省油菜工程技术研究中心省部共建干旱生境作物学国家重点实验室(甘肃农业大学)甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室甘肃兰州730070 华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室/国家油菜工程技术研究中心湖北武汉430070

甘蓝型冬油菜下胚轴长短与其抗寒性强弱呈负相关关系。为研究下胚轴伸长相关的BnYUCCA8基因对低温胁迫的响应,采用同源克隆技术从甘蓝型冬油菜中克隆了BnYUCCA8基因,其CDS全长1281 bp,编码426个氨基酸。生物信息学分析表明,BnYUCCA8蛋... 详细信息

甘蓝型冬油菜下胚轴长短与其抗寒性强弱呈负相关关系。为研究下胚轴伸长相关的BnYUCCA8基因对低温胁迫的响应,采用同源克隆技术从甘蓝型冬油菜中克隆了BnYUCCA8基因,其CDS全长1281 bp,编码426个氨基酸。生物信息学分析表明,BnYUCCA8蛋白是一个不稳定的疏水性蛋白,与埃塞俄比亚芥和甘蓝中YUCCA8蛋白的亲缘关系最近。荧光定量PCR结果表明,BnYUCCA8在叶和根中表达量最高,花和角果中表达量相对较低,且苗期表达量高于花期。随低温胁迫加剧,BnYUCCA8表达量总体呈降低趋势,且‘天油2288’(下胚轴伸长较长的弱抗寒品种)较‘16VHNTS158’(下胚轴伸长较短的强抗寒品种)基因表达量高。内源IAA含量的测定结果表明,在低温处理24 h时,‘16VHNTS158’中IAA含量在4℃、0℃、-4℃较常温(22℃)分别降低68%、92%、97%,‘天油2288’中分别降低了77%、89%、94%,且‘16VHNTS158’较‘天油2288’IAA含量在常温、4℃、0℃、-4℃分别低19%、14%、40%、39%。对BnYUCCA8相对表达量、内源IAA含量和下胚轴长度进行相关性分析,结果表明,‘16VHNTS158’和‘天油2288’的BnYUCCA8相对表达量和生长素含量之间的相关系数分别为0.682和0.812,存在显著和极显著正相关关系,下胚轴长度与基因相对表达量之间的相关系数分别为0.54和0.41,与生长素含量之间的相关系数分别为0.427和0.591,为正相关关系。由此说明甘蓝型冬油菜BnYUCCA8可能在下胚轴长度和内源IAA含量中发挥重要调节作用。

关键词：甘蓝型冬油菜 BnYUCCA8基因差异表达低温胁迫内源IAA含量

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鸭茅响应水淹胁迫的miRNA差异表达分析

草业学报 2022年第6期31卷 150-162页

作者：杨兴云乔丹丹张雅洁王少青任俊才李明阳屈明好尚盼盼杨成黄琳凯曾兵西南大学动物科学技术学院重庆402460 草食动物科学重庆市重点实验室重庆400715 福建傲农生物科技集团股份有限公司福建厦门361111 四川农业大学草业科技学院四川成都611130

水淹胁迫是限制我国西南地区鸭茅产量和品质提升的主要环境因子,已经成为一种不容忽视的非生物胁迫。鉴定鸭茅耐涝相关的功能基因,并探究其调控机制是鸭茅种质创新,提高鸭茅耐涝能力的必要途径。以鸭茅耐涝品种“滇北”为试验材料,分别... 详细信息

水淹胁迫是限制我国西南地区鸭茅产量和品质提升的主要环境因子,已经成为一种不容忽视的非生物胁迫。鉴定鸭茅耐涝相关的功能基因,并探究其调控机制是鸭茅种质创新,提高鸭茅耐涝能力的必要途径。以鸭茅耐涝品种“滇北”为试验材料,分别经水淹胁迫处理0、8和24 h后,利用Illumina Hiseq测序平台对鸭茅叶片进行小RNA测序。结果表明,在水淹胁迫处理下共鉴定得到208个差异表达基因(DEGs),经过筛选后有38个基因上调表达,34个基因下调表达,共占差异表达基因的34.62%。“滇北”鸭茅在水淹胁迫下差异表达基因主要属于miR166、miR167、miR159、miR396和miR156这5个miRNA基因家族。基于对差异miRNA进行靶基因预测及靶基因的GO和KEGG功能分析,发现这些靶基因主要参与细胞生理过程、代谢过程、IL-17信号通路、Th17细胞分化等植物逆境响应过程,为进一步揭示鸭茅在水淹胁迫下的分子调控机制提供了研究线索。

关键词：鸭茅水淹胁迫耐涝 miRNA 差异表达

金针菇信息素信号通路基因在子实体发育过程中的差异表达

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微生物学通报 2022年第7期49卷 2563-2574页

作者：刘澳吕晓萌王庆佶王祥锋李壮张继月王威山东农业大学植物保护学院山东省农业微生物重点实验室山东泰安271018

【背景】子实体是食用菌的主要商品部位,也是真菌生殖生长的重要结构,其发育受到多种信号途径的调控。【目的】以金针菇(Flammulina filiformis)为材料,对转录组和基因组数据的信息素信号通路基因进行分析获得差异表达的基因,并对其在... 详细信息

【背景】子实体是食用菌的主要商品部位,也是真菌生殖生长的重要结构,其发育受到多种信号途径的调控。【目的】以金针菇(Flammulina filiformis)为材料,对转录组和基因组数据的信息素信号通路基因进行分析获得差异表达的基因,并对其在菌丝生长和子实体发育过程中的表达情况进行分析,以期为研究食用菌子实体发育提供参考。【方法】基于已有的金针菇基因组数据,注释了金针菇信息素信号通路。进一步通过转录组测序鉴定了该通路中参与金针菇子实体发育的关键基因,并对关键基因进行荧光定量PCR验证。【结果】cdc24和ste12基因在子实体发育不同时期的5个样品(原基、伸长期菌柄、伸长期菌盖、成熟期菌柄和成熟期菌盖)中的表达具有显著差异,使用荧光定量PCR技术进行验证与上述结果一致。【结论】cdc24和ste12这2个关键基因可能参与了金针菇子实体发育过程中的组织分化调控机制。

关键词：金针菇 MAPK信号通路荧光定量PCR 差异表达子实体

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RNA-seq数据差异表达分析流程比较

中国农业大学学报 2023年第6期28卷 153-159页

作者：赵延辉陈少康翟丽维侍玉梅原佳妮盛熙晖齐晓龙郭勇王楚端邢凯北京农学院动物科学技术学院北京102206 北京市畜牧总站北京100107 中国农业大学动物科学技术学院北京100193

为选择出合适的基因差异表达分析流程,本研究基于松辽黑猪和长白猪脂肪转录组数据,对TopHat2、HISAT2、STAR3种比对工具以及DESeq2、edgeR、limma 3种差异表达基因筛选工具的性能进行分析,并结合KEGG通路富集结果进行综合评价。结果表明... 详细信息

为选择出合适的基因差异表达分析流程,本研究基于松辽黑猪和长白猪脂肪转录组数据,对TopHat2、HISAT2、STAR3种比对工具以及DESeq2、edgeR、limma 3种差异表达基因筛选工具的性能进行分析,并结合KEGG通路富集结果进行综合评价。结果表明:1)HISAT2拥有最快的运行速度,STAR拥有最高的唯一比对率。经综合考虑,本研究选取HISAT2数据进行后续差异表达基因筛选分析。2)DESeq2筛选出616个差异基因,edgeR筛选出890个差异基因,limma筛选出829个差异基因,三者有246个差异基因重合。3)DESeq2、edgeR、limma的上调差异表达基因分别富集到110、108和142条通路,其中有72条通路重合,而下调差异表达基因分别富集到190、247和177条通路,其中有158条通路重合。本研究推荐使用HISAT2进行基因组比对。当研究不存在生物学重复时,推荐使用edgeR进行差异表达基因筛选。而为了减少分析过程中的假阳性,可以选择DESeq2或者两个及以上工具的差异表达基因的交集。本研究将有助于研究人员从转录组数据中获得更好、更全面的生物学见解。

关键词：差异表达 RNA-seq 分析工具

基于生物信息学分析腹膜透析腹膜细胞的免疫相关基因差异表达

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中国免疫学杂志 2023年第7期39卷 1379-1382页

作者：吴泽归黄国海曲廖准汕头市中心医院肾内科汕头515041

目的:应用生物信息学方法分析不同腹膜透析时间的腹膜细胞的免疫相关基因(IRGs)表达差异,探索参与腹膜损伤、腹膜纤维化的重要生物标志物。方法:下载基因芯片数据集GSE125498,利用GEO2R数据库分析平台筛选差异表达基因。从ImmPortPorta... 详细信息

目的:应用生物信息学方法分析不同腹膜透析时间的腹膜细胞的免疫相关基因(IRGs)表达差异,探索参与腹膜损伤、腹膜纤维化的重要生物标志物。方法:下载基因芯片数据集GSE125498,利用GEO2R数据库分析平台筛选差异表达基因。从ImmPortPortal数据库下载IRGs列表,并筛选出差异表达的IRGs。应用DAVID、STRING生物信息学分析平台,及Cytoscape软件对筛选所得的差异表达IRGs进行生物学注释(GO)、信号通路富集分析(KEGG)及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。结果:与20例短期腹膜透析患者相比,在13例长期腹膜透析患者中筛选出差异表达IRGs 36个(|log2FC|>1.0,校正后P差异表达IRG的生物学过程主要富集在免疫应答,细胞学组分主要定位于质膜,子功能主要富集在跨膜信号受体活性,KEGG信号通路主要富集在细胞因子-细胞因子受体的相互作用。在PPI网络中应用MCODE及cytohHubba模块筛选出的关键基因为CCR7、CD40LG、IL7R。结论:随着腹膜透析时间的延长,腹膜细胞的免疫应答活跃,相关基因CCR7、CD40LG、IL7R可能是腹损伤、纤维化形成的重要的免疫学标志物。

关键词：腹膜透析免疫相关基因差异表达