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血瘀证差异基因表达谱的研究进展

现代生物医学进展 2017年第34期17卷 6769-6772,6776页

作者：梁凌飞翟小虎李玉文刘天龙张一恺尚沛津文爱东空军军医大学西京医院药剂科陕西西安710032

中医学理论的"证"是中医通过观察病象和整体观思维来认识疾病的独特方式,是中医诊断治疗的基础。"证"在机体病症产生、发展、转化过程中是动态变化的。基因组学的不断发展提供了系统认识"证"本质的可能性。血瘀证是"证"的一大分类,其治... 详细信息

中医学理论的"证"是中医通过观察病象和整体观思维来认识疾病的独特方式,是中医诊断治疗的基础。"证"在机体病症产生、发展、转化过程中是动态变化的。基因组学的不断发展提供了系统认识"证"本质的可能性。血瘀证是"证"的一大分类,其治疗思路和方法在现代临床心脑血管疾病治疗中应用较广,显示了中医治疗的独特效果。而辨证的不明确始终是对血瘀证认识和治疗的制约因素。利用最新的基因组学理论,特别是应用高通量的基因芯片技术筛选与之相关的关键基因群并以此构建差异基因的表达谱,使血瘀证有了客观科学的定性依据,能够正确诊断和施药治疗。本文就血瘀证的差异基因表达谱的研究进行系统的综述。

关键词：基因组学差异基因表达谱血瘀证基因芯片技术

肾阳虚证骨关节炎温针疗效的差异基因表达谱研究

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云南中医学院学报 2011年第4期34卷 4-6,10页

作者：谭从娥王米渠陆明陕西中医学院陕西咸阳712046 成都中医药大学四川成都610075

目的:探讨温针治疗肾阳虚证骨关节炎的分子机制,为其疗效提供科学依据。方法:根据肾阳虚证评定量表,选取典型肾阳虚证患者10名给予温针治疗两周,然后以其中疗效最好的4例治疗前后作基因芯片杂交测试,采用SAM基因芯片数据分析软件,筛选... 详细信息

目的:探讨温针治疗肾阳虚证骨关节炎的分子机制,为其疗效提供科学依据。方法:根据肾阳虚证评定量表,选取典型肾阳虚证患者10名给予温针治疗两周,然后以其中疗效最好的4例治疗前后作基因芯片杂交测试,采用SAM基因芯片数据分析软件,筛选显著表达基因作进一步的基因功能分析。结果:4例患者皆为典型肾阳虚证,经温针治疗后效果明显。通过SAM软件筛选到32个显著表达基因,基因功能注释结果提示炎症反应、信号转导类基因显著表达;分子通路主要集中于免疫及信号转导通路。讨论:温针治疗肾阳虚证膝骨关节炎的疗效的分子机制是多方面的,涉及到炎症反应、免疫功能、信号系统等多方面的修复作用。

关键词：肾阳虚证骨关节炎温针差异基因表达谱

口腔白斑恶性转化中差异基因表达谱及相关异常通路分析

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口腔白斑恶性转化中差异基因表达谱及相关异常通路分析

冠心病血瘀证差异基因表达谱的构建及目标基因临床意义研究

2018年中华口腔医学会第十次全国口腔黏膜病学术大会暨第八次全国口腔中西医结合学术大会

作者：何明靖周刚武汉大学口腔医院口腔黏膜科

目的:口腔白斑是一种常见的口腔潜在恶性疾病,其恶性转化的机制不明。本研究的目的是利用生物信息学分析手段筛选口腔白斑恶性转化潜在差异表达基因谱及相关异常通路,为探索口腔白斑病恶性转化的相关分子机制提供理论基础。方法:对NCBI... 详细信息

目的:口腔白斑是一种常见的口腔潜在恶性疾病,其恶性转化的机制不明。本研究的目的是利用生物信息学分析手段筛选口腔白斑恶性转化潜在差异表达基因谱及相关异常通路,为探索口腔白斑病恶性转化的相关分子机制提供理论基础。方法:对NCBI中基因表达公共数据库(GEO)中的基因芯片数据集进行整理,针对口腔白斑及口腔鳞状细胞癌目标的芯片表达谱数据作为研究对象,提取GSE85195、GSE 26549、GSE38616、GSE107591中的基因表达数据。在TCGA数据库中提取口腔鳞状细胞基因表达表达数据。进行数据预处理后,选择使用R软件及相关程序包筛选差异表达基因(DEGs),多个数据库间的相同DEGs利用DAVID数据库选取GO数据库进行功能注释、KEGG数据库进行通路分析,进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析并利用TCGA数据进行生存分析。结果:本研究共筛选了433个表达上调和282个表达下调的基因(DEGs)。GO分析发现,这些DEGs与上调的NADH脱氢酶(泛醌)活性、mRNA剪接以及下调的细胞对氨基酸刺激的反应以及细胞间黏附丧失有关。KEGG通路分析显示,这些DEGs可能通过ECM-受体相互作用、局部黏附和PI3K-Akt信号通路调节OLK恶性转化。其中,包括MYH9、TUFM和ALDH2在内的一系列DEGs与OSCC的预后相关。结论:本研究发现的差异表达基因以及相关异常通路可能是导致OLK恶性转化的潜在驱动力。上述筛选的异常基因表达谱将为后续的机制研究提供思路与方向。

关键词：口腔白斑恶性转化差异基因表达谱功能分析预后分析

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冠心病血瘀证差异基因表达谱的构建及目标基因临床意义研究

第一届全国中西医结合心血管病中青年医师论坛

作者：马晓娟殷惠军陈可冀中国中医科学院西苑医院心血管中心

目的:应用寡核苷酸基因芯片技术,构建冠心病血瘀证患者差异基因表达谱,并通过目标基因鉴定,对目标基因的临床意义进行了初步探讨。方法:筛选符合冠心病、血瘀证、健康人人选标准的冠心病血瘀证组、冠心病非血瘀证组、非冠心病血瘀证组... 详细信息

目的:应用寡核苷酸基因芯片技术,构建冠心病血瘀证患者差异基因表达谱,并通过目标基因鉴定,对目标基因的临床意义进行了初步探讨。方法:筛选符合冠心病、血瘀证、健康人人选标准的冠心病血瘀证组、冠心病非血瘀证组、非冠心病血瘀证组和健康对照组各8例为芯片实验的研究对象。留取静脉血,分离白细胞,抽提 RNA,经质控芯片对样本质量进行检测后,与 Affymetrix U133 Plus 2.0芯片进行杂交。通过扫描和软件分析,筛选冠心病、血瘀证相关差异基因,构建冠心病血瘀证差异基因表达谱,并进一步对差异基因进行基因本体和通路分析。结合疾病病理生理和文献研究确定目标基因,使用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应法对目标基因进行鉴定。筛选冠心病血瘀证患者30例和健康对照者40例(标准同上),采用 ELISA 法验证目标基因 IL-8的临床相关性。结果:通过差异基因筛选,与冠心病相关的差异基因共有107个,其中上调48个,下调59 个;与血瘀证相关的差异基因共有48个,其中上调26个,下调22个。冠心病相关差异基因中分子功能和生物学途径涉及炎症免疫反应的有14个,占13.1%;通路显著性分析发现,冠心病相关有意义通路共15个,其中有4个涉及炎症和免疫反应。血瘀证相关差异基因中分子功能和生物学途径与炎症免疫反应相关的有5个,占10.45;通路显著性分析,发现血瘀证相关有意义通路共10 个,其中有5个涉及炎症和免疫反应。目标基因 RT-PCR 结果的差异倍数与基因芯片检测结果不完全相同,但变化方向均一致,证明基因芯片结果准确可靠。冠心病血瘀证组血清 IL-8浓度为 83.21±34.33pg/m,健康对照组血清 IL-8浓度为63.34±36.36pg/m,冠心病血瘀证组血清 IL-8 水平显著高于健康对照组(P基因 IL-8与冠心病血瘀证密切相关。

关键词：冠心病血瘀证差异基因表达谱目标基因

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慢性乙型肝炎证候差异基因表达谱分析

新中医 2014年第9期46卷 58-60页

作者：管艳苏式兵广州中医药大学上海中医药大学中医复杂系统研究中心上海201203

目的:通过检测分析慢性乙型肝炎(乙肝)肝肾阴虚证和肝郁脾虚证患者的差异基因表达谱,探讨乙肝中医证候分型与基因表达之间的关联。方法:采集乙肝患者和健康者的外周血样本,提取白细胞中的总RNA;运用基因芯片技术检测基因表达,并对其表... 详细信息

目的:通过检测分析慢性乙型肝炎(乙肝)肝肾阴虚证和肝郁脾虚证患者的差异基因表达谱,探讨乙肝中医证候分型与基因表达之间的关联。方法:采集乙肝患者和健康者的外周血样本,提取白细胞中的总RNA;运用基因芯片技术检测基因表达,并对其表达谱进行比较分析;使用实时定量RT-PCR验证部分基因表达。结果:在乙肝肝肾阴虚证和肝郁脾虚证者之间、乙肝患者与健康者之间,基因表达谱都存在明显的差异表达。肝肾阴虚证单独调变的基因主要与氮氧化合物合成酶调节物活性、RNA多聚酶III转录因子活性和神经递质转运体活性等相关;肝郁脾虚证单独调变的基因主要与细胞动力学过程、多器官过程的调节和cAMP依赖性蛋白激酶PKA的活化等相关。实时定量RT-PCR的结果与基因芯片检测结果趋势一致。结论:乙肝肝肾阴虚证和肝郁脾虚证患者白细胞中基因表达存在差异,提示乙肝中医临床辨证分型具有分子生物学基础,与基因差异表达密切相关。

关键词：慢性乙型肝炎肝肾阴虚肝郁脾虚基因芯片技术差异基因表达谱

茶丽纹象甲危害诱导的茶树防御机制相关酶基因发掘

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核农学报 2018年第12期32卷 2313-2325页

作者：王让剑李慧玲高香凤福建省农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心福建分中心福建福安355015

为揭示茶树被茶丽纹象甲取食诱导的分子防御机制,以取食诱导叶片为处理组,以未取食叶片为对照组,利用转录组测序法获得茶树新梢叶片被茶丽纹象甲危害前后的差异基因表达谱,并从中筛选茶丽纹象甲危害诱导的茶树防御机制相关的酶基因。结... 详细信息

为揭示茶树被茶丽纹象甲取食诱导的分子防御机制,以取食诱导叶片为处理组,以未取食叶片为对照组,利用转录组测序法获得茶树新梢叶片被茶丽纹象甲危害前后的差异基因表达谱,并从中筛选茶丽纹象甲危害诱导的茶树防御机制相关的酶基因。结果表明,COG功能比对共获得39 037个注释,包括25个功能类别,其中防御机制功能类别包含的单基因数为316个;KEGG功能比对共获得27 075个注释,包括363个生物代谢通路;从COG比对结果的防御机制功能类别中筛选出差异表达酶单基因簇8个,均上调表达,涉及的代谢通路包括MAPK信号路径、类黄酮生物合成、丙酮酸代谢、萜类生物合成、苯丙氨酸代谢,基于KEGG代谢通路分析,初步归纳了8个防御机制相关酶之间的关系。RT-qPCR分析结果表明,8个酶单基因在茶丽纹象甲取食茶树新梢叶片后72 h内均上调表达,其中双特异性磷酸酶3、双特异性MAP激酶磷酸酶、花色素还原酶、二氢黄酮醇4-还原酶、NADPH依赖的丙酮醛还原酶基因表达差异主要由机械损伤作用导致。本研究结果为进一步深入开展茶丽纹象甲危害诱导的茶树分子防御机制研究及其抗性茶树种质鉴定提供了参考。

关键词：茶树茶丽纹象甲防御机制差异基因表达谱转录组测序

肾阳虚证患者血液生化、免疫指标与基因表达谱结果的对比研究

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四川中医 2007年第5期25卷 11-13页

作者：陈晓玲高志芬丁维俊成都中医药大学附属医院四川成都610072 成都中医药大学四川成都610075

目的:对比研究肾阳虚寒证患者血液生化、免疫指标以及差异基因表达谱的临床应用价值。方法:针对一个典型肾阳虚家系15个成员,运用现代检测技术进行血液生化、免疫学指标检测,同时采用人类Oligo芯片杂交技术对其外周血单个核细胞的差异... 详细信息

目的:对比研究肾阳虚寒证患者血液生化、免疫指标以及差异基因表达谱的临床应用价值。方法:针对一个典型肾阳虚家系15个成员,运用现代检测技术进行血液生化、免疫学指标检测,同时采用人类Oligo芯片杂交技术对其外周血单个核细胞的差异基因表达谱进行分析研究。结果:虽然每个成员分别出现了2-8项异常血液学指标,但整体而言,该家系肾阳虚患者与正常人之间在糖、蛋白质、脂类代谢上和体液、细胞免疫方面无明显差异(P>0.l);而5张芯片的杂交结果显示,共有53个基因反复出现在差异基因表达谱之中,这些基因可能在肾阳虚寒证的发生发展中起着关键性作用。结论:常规血液生化、免疫学指标对肾阳虚寒证的参考意义不太大,而芯片检测技术以及由此获得的差异表达基因谱在中医证候研究中具有潜在的临床应用价值。

关键词：肾阳虚证生化免疫指标基因芯片差异基因表达谱

甘蓝型冬油菜品种Tapidor春化前后全基因组组蛋白H3K27me3修饰变化及基因表达差异分析

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甘蓝型冬油菜品种Tapidor春化前后全基因组组蛋白H3K27me3修饰变...

作者：沙敬敬华中农业大学

学位级别：硕士

油菜是世界上重要的油料作物,然而与水稻,拟南芥等传统模式植物相比,有关油菜表观遗传学的研究还未见报道,因此研究油菜中表观遗传修饰具有重要意义。染色质免疫共沉淀技术(Ch IP),是研究表观遗传学的重要手段,目前Ch IP实验技术已经广... 详细信息

油菜是世界上重要的油料作物,然而与水稻,拟南芥等传统模式植物相比,有关油菜表观遗传学的研究还未见报道,因此研究油菜中表观遗传修饰具有重要意义。染色质免疫共沉淀技术(Ch IP),是研究表观遗传学的重要手段,目前Ch IP实验技术已经广泛应用于各种动植物研究中,但是在油菜中,该技术具体方法尚未有明确的报道。植物开花是植物生命周期中重要的生理转换过程,低温春化则是促进冬性植物开花的重要条件。因此研究冬油菜开花的表观遗传调控机理,对于进一步了解春化促进油菜开花过程的分子机理具有重要意义。本研究主要以春化处理前、后的甘蓝型冬油菜品种Tapidor为实验材料,对Ch IP实验技术进行了探索;并利用H3K27me3抗体,结合Ch IP-seq、RNA-seq和生物信息学分析等方法,对春化前、后Tapidor全基因组组蛋白H3K27me3修饰变化及差异表达基因进行了分析。主要研究结果如下:1.以拟南芥、玉米、水稻等植物的Ch IP实验为参考,调整了Ch IP的实验流程和具体参数。其中,我们确定了甲醛交联时间为10min,超声破碎条件为功率20%、时间30min、频率为开2s/关9s,以及免疫沉淀处理等条件,并利用Real-time PCR进行了验证,结果可用于后续Ch IP-seq实验。*** IP-seq分析结果表明测得序列标签mapping到参考基因组序列上的效率达到90%,但是unique reads只有25%左右。利用MACS1.4软件检测到Tapidor春化前有1607个peaks,春化后则检测到10662个peaks,说明与春化前相比,春化后的全基因组H3K27me3修饰大幅度上调。Ch IPseeker软件可视化则表明这些peaks主要分布在基因间隔区和启动子区域,并且在TSS区域上的分布差异明显。同时对所得到的peaks进行基因注释,注释结果表明Tapidor春化前、后有H3K27me3修饰的基因数目分别为513和3146个,所含peaks分别占总peak数目的0.5%和3.1%,其中共同修饰的基因数目为245个。春化前、后H3K27me3修饰基因的表达水平进行的统计分析说明了在甘蓝型油菜中H3K27me3修饰对基因表达有抑制作用。***-seq分析结果表明测得序列标签mapping到参考序列上的效率均大于90%,差异基因表达分析则表明与春化前相比,春化后共有6947个差异表达基因,其中上调基因3382个,下调基因3565个。对差异基因的GO功能显著性富集分析结果显示差异基因主要集中在细胞器中,其中膜细胞器所占据的比例最大;分子功能注释后的表达差异基因主要与结合作用和酶活性有关;生物过程中差异基因则主要集中在代谢途径、抗逆途径、刺激应答、细胞组成以及信号转导等途径。KEGG Pathway显著性富集分析表明差异基因主要富集在碳水化合物、脂肪、氨基酸的代谢,其次为能量代谢、生物合成中的次生代谢、外源因子降解,信号转导以及免疫系统等方面。*** IP-seq与RNA-seq相结合对春化过程中基因的组蛋白H3K27me3修饰变化及表达差异分析表明:与春化前相比,春化后有H3K27me3修饰peaks的表达差异基因共有399个,其中上调基因62个,下调基因337个,百分比分别为84.46%和15.54%。春化过程中FLC基因表达受到H3K27me3的抑制,表现为下调,但是其它春化途径中重要基因的H3K27me3修饰变化不明显。

关键词：甘蓝型油菜春化途径 H3K27me3修饰染色质免疫共沉淀测序转录组测序差异基因表达谱

雌激素受体阳性绝经后乳腺癌肥胖相关基因的GEO数据分析及验证

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雌激素受体阳性绝经后乳腺癌肥胖相关基因的GEO数据分析及验证

作者：朱彦辉南方医科大学

学位级别：硕士

第一部分雌激素受体阳性绝经后乳腺癌肥胖相关基因的GEO数据分析及验证背景与目的:乳腺癌是如今世界各地女性中最常见的恶性肿瘤之一。而肥胖会使绝经后乳腺癌的发病风险增高,BMI指数每增加1个单位,绝经后的女性患乳腺癌的风险会增加2%... 详细信息

第一部分雌激素受体阳性绝经后乳腺癌肥胖相关基因的GEO数据分析及验证背景与目的:乳腺癌是如今世界各地女性中最常见的恶性肿瘤之一。而肥胖会使绝经后乳腺癌的发病风险增高,BMI指数每增加1个单位,绝经后的女性患乳腺癌的风险会增加2%。另外肥胖对绝经前和绝经后患者的预后都有负面影响,但影响最显著的是雌激素受体阳性的绝经后患者,这一发现由德国BRENDA队列的回顾性分析证实。本研究利用GEO公共数据库下载的乳腺癌基因芯片数据,以期探索肥胖与雌激素受体阳性绝经后乳腺癌的相关基因。方法:1基因表达谱数据分析在基于R语言的Bioconductor平台上数据的预处理之后,进行筛选差异表达基因、GO(gene ontology)分析、聚类分析和KEGG Pathway分析等步骤。2实时荧光定量PCR方法采用SYBR法实时荧光定量PCR检测96对组织标本中COL1A2、MMP14、SLC26A3基因mRNA表达水平。3 Western blotting 方法随机选取6对肥胖组乳腺癌和6对非肥组乳腺癌组织标本,提取总蛋白,进行 Western blotting 检测。结果:1.基因芯片数据分析最终共筛选出差异表达基因566个,肥胖雌激素受体阳性绝经后乳腺癌有342个基因表达上调,224个基因表达下调。2.目的基因mRNA表达水平检测COL1A2基因的mRNA表达水平在61.4%的乳腺癌组织中上调(59/96,P=0.046),在肥胖组中mRNA相对表达量明显高于非肥胖组(P=0.013)。MMP14基因的mRNA表达水平在55.2%的癌组织中上调(53/96,P表达量明显高于非肥胖组(P=0.003)。SLC26A3基因的mRNA表达水平在78.1%的癌组织中下调(75/96,P=0.0085),在肥胖组中mRNA相对表达量明显低于非肥胖组(P=0.008)。*** blotting检测COL1A2蛋白表达水平相对于癌旁组织,乳腺癌组织中的COL1A2蛋白表达量更高;相对于非肥胖组乳腺癌组织,肥胖组的COL1A2蛋白相对表达量更高。结论:1、基因芯片数据分析结果显示,肥胖雌激素受体阳性绝经后乳腺癌的差异表达基因主要与金属肽酶活性、胶原代谢过程等23种细胞功能有关;KEGG Pathway分析显示差异表达基因主要参与的信号通路有:PDGF信号通路,血小板的激活触发等。2、COL1A2基因可能是肥胖雌激素受体阳性绝经后乳腺癌的相关基因及潜在的治疗靶点。第二部分循环肿瘤DNA检测及其在乳腺癌中的临床应用随着检测技术的精进,循环肿瘤DNA在肿瘤的早期诊断、预后评估、疗效及肿瘤负荷监测等方面有着非常广阔的应用前景。同时,乳腺癌的化疗、靶向治疗和内分泌治疗将更加个体化及针对性。

关键词：肥胖绝经后雌激素受体阳乳腺癌差异基因表达谱 MMP14 COL1A2 乳腺肿瘤肿瘤细胞,循环肿瘤负荷诊断预后