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北京地区流行的HIV-1 CRF01AE株基因特征研究

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中华流行病学杂志 2010年第11期31卷 1231-1234页

作者：叶景荣卢红艳白立石辛若雷曾毅中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京100052 北京市疾病预防控制中心

目的分析北京地区HIV-1 CRF01 AE株在的基因特征.方法采集北京地区2006-2008年新确证HIV感染者的抗凝全血标本,分离血浆和提取病毒RNA,用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因,对获得的105条CRF01_AE株序列进行系统进化分析,并... 详细信息

目的分析北京地区HIV-1 CRF01 AE株在的基因特征.方法采集北京地区2006-2008年新确证HIV感染者的抗凝全血标本,分离血浆和提取病毒RNA,用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因,对获得的105条CRF01_AE株序列进行系统进化分析,并通过计算组间距离和Entropy核苷酸多态性差异方法分析病毒株的遗传特征.结果在CRF01 AE株序列系统进化树中存在4个主要的亚簇,Homo-Max亚簇包含67例样本,同参考株CM240组间基因离散率为5.4%,组内离散率为2.8%;Hetero亚簇包含6例样本,组间基因离散率为4.8%,组内离散率为4.2%.Mix亚簇包含8例样本,组间基因离散率为4.2%,组内离散率为5.2%.Homo-Min亚簇包含18例样本,组间基因离散率为4.4%,组内离散率为2.8%.Homo-Max、Hetero和Homo-Min亚簇无其他国家的序列,Mix亚簇与越南和泰国CRF01 AE株关系密切;核苷酸多态性分析结果显示,以Mix亚簇为参照,Homo-Max、Homo-Min和Hetero亚簇分别有37、29和11个位点的核苷酸组成,差异有统计学意义.结论北京地区流行的CRF01_AE病毒株中首次观察到4个独立的亚簇;Homo-Max亚簇株为最主要的CRF01_AE株;Mix亚簇株与来自于泰国和越南的CRF01 AE株有较高同源性.

关键词：人类免疫缺陷病毒亚型巢式聚合酶链式反应

1992--2008年深圳HIV-1CRF01_AE重组株的流行趋势与进化规律

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中华预防医学杂志 2011年第11期45卷 999-1003页

作者：于微赵广录张娟娟陈琳冯铁建深圳市慢性病防治中心病原榆验科 518020 深圳大学生命科学学院深圳市疾病预防控制中心艾滋病防制科

目的了解HIV-1CRF01_AE重组株在深圳地区的流行情况，并分析其流行趋势及进化规律。方法收集深圳地区1992--2008年HIV确认阳性血液样本489份，应用巢式聚合酶链反应（Nested-PCR）技术，对样本膜蛋白（Env）基因进行扩增，并对其基因区... 详细信息

目的了解HIV-1CRF01_AE重组株在深圳地区的流行情况，并分析其流行趋势及进化规律。方法收集深圳地区1992--2008年HIV确认阳性血液样本489份，应用巢式聚合酶链反应（Nested-PCR）技术，对样本膜蛋白（Env）基因进行扩增，并对其基因区核苷酸序列进行测定，判定亚型结果。对获得的CRF01_AE重组株核酸序列进行系统进化分析，并计算基因离散率。结果共有465份样本获得分型结果，其中CRF01_AE重组株样本300份（占64．5％）。1992-1999、2000—2005和2006--2008年3个时间段CRF01_AE重组株所占比例分别为56．8％（21／37）、68．4％（78／114）和64．0％（201／314）；在这3个时间段内，经异性性传播的比例分别为52．4％（11／21）、43．6％（34／78）和45．8％（92／201），经同性性传播的比率上升明显，分别为4．8％（1／21）、0．0％（0／78）和22．4％（45／201），经吸毒传播的比例分别为19．0％（4／21）、51．3％（40／78）和30．8％（62／210）。系统进化分析发现，不同时间段的样本出现明显的时间聚集现象，并伴有传播途径的聚集及交叉感染现象。各时间段CRF01_AE重组株组内基因离散率分别为（8．783±4．717）％、（11．054±7．141）％、（13．218±4．080）％，有明显的增大趋势。结论HIV-1CRF01_AE重组株是深圳地区的主要流行株，主要经异性性行为、同性恋和吸毒人群传播，随着时间的推移毒株变异程度逐渐增大。

关键词： HIV-1 巢式聚合酶链式反应 CRF01_AE重组株分子流行病学

北京市2006～2010年男男同性HIV-1感染者流行毒株分子流行特征研究

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病毒学报 2014年第2期30卷 138-142页

作者：叶景荣臧晚春苏雪丽卢红艳郝明强辛若雷陈国敏贺雄曾毅北京市疾病预防控制中心北京100013 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京100052 北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100124

分析北京市男同人群HIV感染者流行毒株分子流行特征。随机采集北京市2006～2010年新发现男同人群HIV感染者的抗凝全血标本250份，提取病毒RNA，用反转录／巢式聚合酶链式反应扩增病毒pol基因，并进行序列测定和亚型分析。系统进化分析... 详细信息

分析北京市男同人群HIV感染者流行毒株分子流行特征。随机采集北京市2006～2010年新发现男同人群HIV感染者的抗凝全血标本250份，提取病毒RNA，用反转录／巢式聚合酶链式反应扩增病毒pol基因，并进行序列测定和亚型分析。系统进化分析确定北京市189例男同HIV—1感染者存在B、B、C、CRF01-AE和CRF07-BC5种亚型，所占的比重依次为：42．9％、1．6％、1．0％、46．6％和7．9％，B亚型和CRF01～AE可以分为两种类型，而CRF07-BC则同源性较高。北京市男同人群HIV感染者流行毒株遗传多样性较低；2006～2010年HIV～1在该人群中的快速传播实质是CRF01-AE和B亚型毒株的快速传播，更确切地说是这两种毒株本土株的快速传播。

关键词：人类免疫缺陷病毒男男同性人群亚型巢式聚合酶链式反应

北京市HIV-1 B’／C重组型分子流行特征分析

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中华医学杂志 2013年第29期93卷 2301-2304页

作者：叶景荣董晓根卢红艳郝明强苏雪丽辛若雷余双庆冯霞闫红贺雄曾毅北京市疾病预防控制中心 100013 北京市丰台区疾病预防控制中心 100013 北京工业大学生命科学与生物工程学院 100013 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所

目的分析北京市HIV-1B’／C重组型毒株的分子流行特征。方法采集北京市2006-2010年新发现B’／C重组型HIV-1感染者的抗凝全血标本，分离血浆和提取病毒RNA，用反转录／巢式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因，并进行系统进化分析。结果成... 详细信息

目的分析北京市HIV-1B’／C重组型毒株的分子流行特征。方法采集北京市2006-2010年新发现B’／C重组型HIV-1感染者的抗凝全血标本，分离血浆和提取病毒RNA，用反转录／巢式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因，并进行系统进化分析。结果成功扩增了159例标本，CRF07-BC147例，CRF08-BC12例，CRF07-BC系统进化树中存在3个主要的亚簇，IDU-Max亚簇包含89例样本，静脉吸毒传播占71．9％，同参考株97CN001组间离散率为2．8％；IDU-Min亚簇包含22例样本，静脉吸毒传播占77．3％，组间离散率为2．8％；MSM亚簇包含34例样本，男男同性传播占67．6％，组间离散率为3．1％；3个亚簇内均无其他国家的序列，只有IDU—Max亚簇包含1条来自中国台湾的序列；核苷酸多态性分析结果显示，以***亚簇为参照，***和MSM亚簇分别有32和41个位点的核苷酸组成存在著性差异。结论首次观察到北京市流行的CRF07-BC病毒株中存在3个独立的亚簇，异性传播和静脉吸毒传播序列混杂分布，而男同传播病例则聚集成1个亚簇，应当继续对B’／C重组型分子流行特征进行监测。

关键词： HIV 分子流行病学巢式聚合酶链式反应

新疆石河子及周边地区棉花根际土壤丛枝菌根真菌多样性

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棉花学报 2022年第1期34卷 69-78页

作者：陈凯丽田秋恒刘志洋王海熊杰雷勇辉孙燕飞石河子大学新疆石河子832003

【目的】丛枝菌根是陆地生态系统中普遍存在的植物根系与丛枝菌根真菌的共生体,能有效提高植物的抗逆性。棉花是新疆盐碱地种植的主要经济作物。为研究和利用新疆丛枝菌根资源,对新疆石河子及其周边棉花种植区丛枝菌根真菌的种类和数量... 详细信息

【目的】丛枝菌根是陆地生态系统中普遍存在的植物根系与丛枝菌根真菌的共生体,能有效提高植物的抗逆性。棉花是新疆盐碱地种植的主要经济作物。为研究和利用新疆丛枝菌根资源,对新疆石河子及其周边棉花种植区丛枝菌根真菌的种类和数量进行了普查。【方法】采集新疆维吾尔自治区石河子市(北泉镇)及其周边的塔城地区沙湾县(柳毛湾镇、老沙湾镇、钟家庄镇)和昌吉回族自治州玛纳斯县(十户滩镇)共50份土样,通过单个孢子的形态学鉴定和分子鉴定(巢式聚合酶链式反应)对丛枝菌根真菌多样性进行分析。【结果】从新疆石河子及周边地区棉花根际土壤中分离出4属6种丛枝菌根真菌,以类球囊霉属(Paraglomus)为优势属。石河子市北泉镇的丛枝菌根真菌物种丰富度最高,沙湾县柳毛湾镇和钟家庄镇的种类组成和结构相似。【结论】明确了新疆石河子以及周边地区棉花根际土壤中丛枝菌根真菌的种类。该研究为充分利用和开发特色丛枝菌根资源奠定了基础。

关键词：棉花丛枝菌根真菌多样性单孢鉴定巢式聚合酶链式反应

广东省广州市鼠形动物携带新埃立克体的分子特征分析

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疾病监测 2023年第11期38卷 1371-1376页

作者：陶霞张晶王安娜周勇侯水平吴新伟广州市疾病预防控制中心广东广州510000

目的调查广东省广州市鼠形动物携带新埃立克体的情况,并分析其分子特征。方法使用夹夜法和笼夜法在广州市9个区捕获鼠形动物,解剖获得鼠脾,通过巢式聚合酶链式反应(PCR)扩增16S rRNA和groEL基因,纯化、测序后进行序列比对和同源性分析... 详细信息

目的调查广东省广州市鼠形动物携带新埃立克体的情况,并分析其分子特征。方法使用夹夜法和笼夜法在广州市9个区捕获鼠形动物,解剖获得鼠脾,通过巢式聚合酶链式反应(PCR)扩增16S rRNA和groEL基因,纯化、测序后进行序列比对和同源性分析。结果捕获广州市鼠形动物1104只,其中29只新埃立克体检测阳性,总阳性率2.63%。2019、2020、2021年捕鼠数分别为510、307、287只,阳性率分别是0.39%、0.98%、8.36%。阳性鼠形动物集中于广州市从化区(9.00%)、增城区(3.23%)、白云区(0.86%)。调查的6种鼠形动物中,以黄胸鼠(7.69%)检出率最高,其次为褐家鼠(2.87%)、黄毛鼠(1.11%)。系统进化分析显示广州市新埃立克体的groEL与16S rRNA基因序列均高度同源,属于ClusterⅣ这一进化支。结论广州市鼠形动物存在一定比例的新埃立克体检出,且检出阳性的区域集中,基因序列高度同源,可能存在新埃立克体的潜在爆发风险,需进一步加强其分子流行病学监测工作。

关键词：鼠形动物新埃立克体巢式聚合酶链式反应系统进化分析

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卤虫携带白斑综合征病毒的研究

水产学报 2005年第4期29卷 524-528页

作者：邓灯王伟继刘萍孟宪红孔杰中国海洋大学水产学院中国水产科学研究院黄海水产研究所中国水产科学研究院黄海水产研究所山东青岛266003中国水产科学研究院黄海水产研究所山东青岛266071

卤虫是虾、蟹苗种培育的关键动物性饵料,查清其能否携带白斑综合征病毒,对培育健康苗种至关重要。2002年7月至10月,自盐田中取野生卤虫,经暂养后选20尾抱卵雌虫,每尾置1个烧杯中,投喂单胞藻,产卵后取出亲体;20d后,每个烧杯中取5尾子一... 详细信息

卤虫是虾、蟹苗种培育的关键动物性饵料,查清其能否携带白斑综合征病毒,对培育健康苗种至关重要。2002年7月至10月,自盐田中取野生卤虫,经暂养后选20尾抱卵雌虫,每尾置1个烧杯中,投喂单胞藻,产卵后取出亲体;20d后,每个烧杯中取5尾子一代个体,利用巢式体外DNA扩增技术对亲体和子一代成体进行WSSV病毒检测。检测结果显示:卤虫中可扩增出特异性的、与引物设计吻合的DNA片段;DNA测序分析表明,扩增片段的DNA序列与白斑综合征病毒序列一致;野生卤虫携带白斑综合征病毒的阳性率为58%,实验条件下野生卤虫后代的阳性率为43%;同一家系中,亲代与子代携带病毒的情况不完全一致,不能确定白斑综合征病毒可否通过繁殖,在卤虫世代间进行垂直传播。研究结果表明:卤虫很可能是白斑综合征病毒的携带者,苗种培育和养殖期间投喂卤虫可能造成虾、蟹感染白斑综合征病毒,卤虫检疫是培育健康苗种的关键措施。

关键词：白斑综合征病毒卤虫巢式聚合酶链式反应

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水稻细菌性褐条病病原的鉴定

中国水稻科学 2008年第3期22卷 302-306页

作者：徐丽慧邱文张唯一李斌谢关林浙江大学生物技术研究所/水稻生物学国家重点实验室浙江杭州310029

为明确从褐条病稻苗上分离出来的病原细菌并与西瓜果斑病菌相区分,对该病原特性进行了研究。分离获得6株褐条病致病菌,其中4株经主要细菌学特性、菌落形态、致病性、Biolog、脂肪酸分析(FAME)、电镜观察、Nested-PCR鉴定及与3株水稻细... 详细信息

为明确从褐条病稻苗上分离出来的病原细菌并与西瓜果斑病菌相区分,对该病原特性进行了研究。分离获得6株褐条病致病菌,其中4株经主要细菌学特性、菌落形态、致病性、Biolog、脂肪酸分析(FAME)、电镜观察、Nested-PCR鉴定及与3株水稻细菌性褐条病标准菌株和2株西瓜果斑病标准菌株的比较,证实了该病是由单极鞭革兰氏阴性细菌Aci-dovorax avenae ***引起的。FAME将水稻细菌性褐条病菌误鉴定为西瓜果斑病菌,而用Biolog和nested-PCR鉴定能得到准确的鉴定结果。

关键词：水稻细菌性褐条病表型鉴定电镜观察巢式聚合酶链式反应褐条病病菌西瓜果斑病菌

高灵敏度巢式PCR方法扩增HBV全长基因组

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厦门大学学报（自然科学版） 2011年第5期50卷 947-950页

作者：张天英陈清瑞杨炳春陈仕海袁权葛胜祥厦门大学国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心福建厦门361005

探讨一种用于乙型肝炎病毒（HBV）基因组扩增的灵敏度高、广谱性好的巢式聚合酶链式反应（nested PCR）方法，适用于较低病毒拷贝数标本的HBVDNA扩增．通过设计两套通用巢式引物。实现对各基因型（A，B，C，D，E，G）HBV均具有较高的扩... 详细信息

探讨一种用于乙型肝炎病毒（HBV）基因组扩增的灵敏度高、广谱性好的巢式聚合酶链式反应（nested PCR）方法，适用于较低病毒拷贝数标本的HBVDNA扩增．通过设计两套通用巢式引物。实现对各基因型（A，B，C，D，E，G）HBV均具有较高的扩增效率；采用两步法分段扩增HBV基因组，对两段目的产物进行测序拼接获得HBV的全基因序列．应用本方法对4组病毒拷贝量（IU／mL）分别为：〉1．0×10^4，1．0×10^3～1．0×10^，2．0×10^2～1．0×10^3，〈2．0×10^2的100份血清标本进行全长基因组扩增，其中75份获得阳性结果，各组阳性率依次为：100％，66．7％，60％，25％．有效扩增灵敏度为2．0×10^2～1．0×10^3IU／mL；而一步法只在病毒拷贝量〉1．0×10^4 IU／mL的标本组中获得15份阳性结果，总的阳性率仅为15％，说明该方法扩增灵敏度明显高于一步法．因此。本方法为HBV流行病学调查研究HBV基因组序列提供了更高的灵敏度，可在流行病学调查中发挥重要作用．

关键词：乙型肝炎病毒基因组巢式聚合酶链式反应