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分子模拟用于尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性CTL表位的筛选

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化学学报 2010年第13期68卷 1277-1284页

作者：曹凯黄路林治华舒勇韩智敏黄山虎廖翔王远强彭方毅安洪南昌大学第一附属医院南昌330006 江西省妇幼保健院南昌330006 重庆理工大学化学与生物工程学院重庆400050 重庆医科大学附属第一医院重庆400016

为获得尤文肉瘤EWS-FLI1融合蛋白有效的HLA-A2.1限制性CTL表位,综合运用BIMAS,SYFPEITHI,Predep和IEDB方案对EWS-FLI1进行CTL表位的预测,得出8个CTL表位9肽序列;应用多项式方案、量化基序方案对8个表位9肽进一步进行筛选,获得其中4个9... 详细信息

为获得尤文肉瘤EWS-FLI1融合蛋白有效的HLA-A2.1限制性CTL表位,综合运用BIMAS,SYFPEITHI,Predep和IEDB方案对EWS-FLI1进行CTL表位的预测,得出8个CTL表位9肽序列;应用多项式方案、量化基序方案对8个表位9肽进一步进行筛选,获得其中4个9肽序列,并进一步运用分子模拟方法初步模拟了4个表位肽与HLA-A2.1分子间的相互结合作用;应用标准Fmoc方案合成CTL表位肽,RP-HPLC与MS分别鉴定合成肽的纯度与分子量;通过亲和力实验验证了表位肽QIQLWQFLL(EWS-FLI1304)与HLA-A2.1有较强的结合力,从而为表位肽的后继免疫学特性研究提供了基础.本研究提供了一个合理高效的表位筛选方法.

关键词：尤文肉瘤 EWS-FLI1融合蛋白 CTL表位分子动力模拟

尤文肉瘤EWS-FLI1融合蛋白B淋巴细胞表位的预测及鉴定

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中国免疫学杂志 2011年第12期27卷 1070-1074页

作者：黄路罗嘉全刘会文张战民廖翔邓高荣曹凯安洪舒勇韩智敏江西省妇幼保健院儿保科南昌330006 南昌大学第一附属医院骨科南昌330006 南昌大学第一附属医院肿瘤科南昌330006 南昌大学第四附属医院骨科南昌330003 重庆医科大学附属第一医院骨科重庆400016

目的:预测及鉴定尤文肉瘤EWS-FLI1融合蛋白的B淋巴细胞表位。方法:采用综合法预测EWS-FLI1蛋白的二级结构及B淋巴细胞表位,运用标准Fmoc方案合成预测的表位肽,HPLC和MS进行表位肽的纯度分析及分子量鉴定,ELISA法检测表位肽的抗原性,并... 详细信息

目的:预测及鉴定尤文肉瘤EWS-FLI1融合蛋白的B淋巴细胞表位。方法:采用综合法预测EWS-FLI1蛋白的二级结构及B淋巴细胞表位,运用标准Fmoc方案合成预测的表位肽,HPLC和MS进行表位肽的纯度分析及分子量鉴定,ELISA法检测表位肽的抗原性,并测定表位肽特异性免疫血清效价,Western blot鉴定免疫血清与EWS-FLI1蛋白亲合力。结果:通过综合法预测得到3个高分值的B淋巴细胞表位,HPLC分析合成的表位肽纯度>85%,MS鉴定表位肽的分子量无误,ELISA法检测证实3个B淋巴细胞表位肽均可获得强的抗原抗体反应,其中表位肽P2的抗原性最强,在1∶40时A450=2.46,达到最高,1∶10 240稀释后抗原抗体反应仍呈阳性;用这3个B淋巴细胞表位肽免疫新西兰兔也能获得理想的抗体效价,其中表位肽P2获得的抗体效价最高,1∶512 000稀释时A450=1.11;Western blot鉴定表位肽P1、P2免疫血清能够结合EWS-FLI1蛋白。结论:尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白的B淋巴细胞表位肽P1、P2具有潜在的抗原性和免疫原性。

关键词：尤文肉瘤 EWS-FLI1蛋白融合蛋白嵌合蛋白 B淋巴细胞表位

尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白融合区的二级结构及B细胞表位的预测

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中国免疫学杂志 2008年第1期24卷 11-15页

作者：曹凯黄路安洪舒勇韩智敏黄山虎廖翔南昌大学第一附属医院骨科南昌330006 江西省儿童医院风湿免疫科南昌330006 重庆医科大学附属第一医院骨科重庆400016

目的:预测尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白融合区的二级结构及B细胞表位。方法:采用SOPM/SOPMA法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测EWS-FLI1蛋白的二级结构;综合分析蛋白的柔性结构、亲水性、表面可及性与抗原性,通过预测数据再确定EWS-FLI1... 详细信息

目的:预测尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白融合区的二级结构及B细胞表位。方法:采用SOPM/SOPMA法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测EWS-FLI1蛋白的二级结构;综合分析蛋白的柔性结构、亲水性、表面可及性与抗原性,通过预测数据再确定EWS-FLI1蛋白融合区的抗原表位。结果:EWS-FLI1蛋白的二级结构主要为柔性区域,位于EWS-FLI1蛋白N端5,23-30,32,36-49,62,69-100,118-123,128-132,135,137-170,173-179,183-271,276-286,291-301,317-319,328-331,346-353,396-400,407-408,426-438区段;α螺旋位于N端10-15,34,55,106-107,306-316,340-345,359-362,386-392区段;β折叠位于N端20,22,50-52,65-67,102-107,272,274,289-290,323,325-327,371-375,380-384,422-424,446-447区段;B细胞表位位于N端69-79,99-114,128-152,167-171,194-208,248-265,397-406区段,融合区B细胞表位位于N端248-265区段。结论:应用多参数预测EWS-FLI1蛋白融合区的二级结构与B细胞表位,为蛋白特征及复合表位疫苗的进一步研制奠定了基础。

关键词：尤文肉瘤 EWS—FLI1蛋白二级结构 B细胞表位

尤文肉瘤组织LKB1和p53及Ki-67表达临床意义

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中华肿瘤防治杂志 2020年第8期27卷 626-630页

作者：张娜娜陈剑岳冠军张伟文高菲王华北京大学医学部病理学系/北京大学第三医院病理科北京100191

目的LKB1作为新的候选抑癌基因,其在尤文肉瘤中的表达及与细胞增殖的相关性鲜见报道。本研究主要探讨LKB1、p53和Ki-67在尤文肉瘤组织中表达情况及其与临床病理指标的关系。方法采用免疫组化EnVision法检测2000-01-01-2015-06-12北京大... 详细信息

目的LKB1作为新的候选抑癌基因,其在尤文肉瘤中的表达及与细胞增殖的相关性鲜见报道。本研究主要探讨LKB1、p53和Ki-67在尤文肉瘤组织中表达情况及其与临床病理指标的关系。方法采用免疫组化EnVision法检测2000-01-01-2015-06-12北京大学第三医院病理科收治的45例尤文肉瘤组织中LKB1、p53和细胞增殖指数(Ki-67)表达及其相关性,探讨其与临床病理指标的关系。结果尤文肉瘤组织中LKB1的阳性率为53.3%(24/45),强阳性表达率为13.3%(6/45)。突变型p53表达的阳性率为24.4%(11/45)。Ki-67相对高表达32例(71.1%),相对低表达13例(28.9%),LKB1表达与Ki-67呈负相关性,r_s=-0.301,P=0.044。野生型p53病例中,LKB1表达相对较高(55.9%)。LKB1及p53表达与患者年龄、性别及发病部位无统计学意义的关联性;Ki-67表达与患者年龄呈负关联性(χ^2=8.365,P=0.015),而与性别和发病部位无明显关联性。所有患者随访截至2015-10-28,获得随访27例,其中死亡17例,无瘤生存10例。结论LKB1在尤文肉瘤组织中主要呈缺失或低表达状态,其表达与Ki-67相关,提示LKB1参与了尤文肉瘤细胞生长增殖的调控,这种相关性有待扩大样本进一步研究。

关键词：尤文肉瘤 LKB1 p53 Ki-67 免疫组织化学

尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性CTL表位的预测、筛选及鉴定

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免疫学杂志 2010年第1期26卷 10-15页

作者：赵金华黄路陈文昭曹凯安洪袁铿舒勇黄山虎廖翔张战民邓高荣南昌大学第一附属医院骨科 330006 江西省妇幼保健院儿童保健科南昌330006 重庆医科大学附属第一医院骨科 400016 江西省医学科学研究所肿瘤免疫室南昌330006 南昌大学第一附属医院肿瘤科 33000 南昌大学第四附属医院骨科 330003

目的预测、筛选及合成尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性细胞毒性T淋巴细胞（Cytotoxic T Lymphocyte,CTL）表位,初步鉴定EWS-FLI1表位肽。方法综合运用BIMAS、SYFPEITHI、Predep和IEDB方案对EWS-FLI1蛋白进行HLA-A^＊0201限制性CTL表位的预测,应用多项式方案、量化基序方案对预测的CTL表位进行筛选,并将筛选的CTL表位与HLA-A^＊0201分子进行动力学模拟,应用标准Fmoc方案合成CTL表位肽;通过表位多肽刺激CTL释放颗粒溶素的检测,以及靶细胞杀伤实验验证表位多肽的免疫效应。结果综合预测得出了8个可能的表位肽,进一步筛选确定其中4个肽为候选合成表位,应用分子动力模拟初步验证了4个候选表位肽与HLA-A2.1分子的结合力,合成的各条肽经色谱分析纯度均在98%以上,经质谱分析各肽的分子量测定值与理论值相符,颗粒溶素释放实验及靶细胞杀伤实验证实了筛选的表位均能产生刺激效应,其中,表位肽QIQLWQFLL（EWS-FLI1 304）的刺激效应最为显著。结论综合运用多个方案可提高预测效率,分子动力学模拟可初步验证表位肽与HLA-A^＊0201的结合力,所合成的多肽为高纯度肽,通过免疫学实验初步鉴定了EWS-FLI1的表位。

关键词： CTL表位多肽合成尤文肉瘤 EWS-FLI1 分子动力模拟

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尤文肉瘤基因免疫治疗的研究

中华实验外科杂志 2004年第7期21卷 848-851,F003页

作者：郭义郭卫汤小东高占成何湘君北京大学人民医院骨肿瘤研究室 100044

目的检测尤文肉瘤融合基因EWSFLI1和人粒单核细胞集落刺激因子(hGMCSF)基因修饰的树突细胞(DC)疫苗对尤文肉瘤细胞株A673的杀伤作用。方法利用hGMCSF腺病毒(AdhGMCSF),在1000U/mlIL4作用下,从外周血单个核细胞(PBMC)诱生树突细胞(DC)并... 详细信息

目的检测尤文肉瘤融合基因EWSFLI1和人粒单核细胞集落刺激因子(hGMCSF)基因修饰的树突细胞(DC)疫苗对尤文肉瘤细胞株A673的杀伤作用。方法利用hGMCSF腺病毒(AdhGMCSF),在1000U/mlIL4作用下,从外周血单个核细胞(PBMC)诱生树突细胞(DC)并对其表型进行流氏细胞仪(FCM)分析,通过同种混合淋巴细胞反应以检测其免疫刺激活性。在lipofectamine的介导下,将含有尤文肉瘤融合基因EWSFLI1的真核表达质粒pCA13/EWSFLI1转染DC,通过RTPCR检测EWSFLI1的表达,并通过乳酸脱氢酶(LDH)释放试验检测其对A673细胞的杀伤作用。结果应用AdhGMCSF从PBMC成功诱生出CD83、CD80、CD86及HLADR高表达,CD14低表达的DC,其对同种淋巴细胞有很强的免疫刺激活性。pCA13/EWSFLI1转染DC后,RTPCR检测DC中有EWSFLI1mRNA的表达。杀伤试验结果表明,AdhGMCSF诱生、EWSFLI1修饰的DC,体外诱导抗原特异的CTL,效靶比为20∶1时对A673细胞杀伤率为(29.9500±0.0117)%,高于对照组(P<0.01)。结论AdhGMCSF能够成功地从PBMC中诱生出有功能的DC。真核表达质粒pCA13/EWSFLI1在lipofectamine的介导下转染AdhGMCSF诱生的DC,能在DC中有效地表达。此EWSFLI1基因修饰的、AdhGMCSF诱生的DC体外致敏自体T淋巴细胞,生成抗原特异CTL。

关键词：尤文肉瘤基因治疗树突细胞腺病毒

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致尤文肉瘤转移的关键基因及预后、调控分析

中华医学杂志 2020年第19期100卷 1505-1510页

作者：卜祥博潘彬朱先任霍添群李子昂罗选翔经历郭迪高啸曲哲冯虎徐州医科大学附属医院骨科徐州221000

目的使用生物信息学技术分析转移性尤文肉瘤的关键基因及其预后、调控。方法基于高通量数据筛选出了与尤文肉瘤(ES)转移相关的差异表达基因(DEGs),并将DEGs进行基因本体(GO)功能注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。将... 详细信息

目的使用生物信息学技术分析转移性尤文肉瘤的关键基因及其预后、调控。方法基于高通量数据筛选出了与尤文肉瘤(ES)转移相关的差异表达基因(DEGs),并将DEGs进行基因本体(GO)功能注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。将富集结果结合基因表达水平验证及癌症基因组图谱(TCGA)数据库的生存分析,筛选关键基因。使用EWS-FLI1敲低的A673细胞系基因序列进行关键基因与EWS-FLI1之间表达量的相关性分析,并初步分析与ES转移相关的miRNA调控网络。结果筛选出DEGs为380个。得到2条与ES转移相关的重要通路:错配修复(MMR)通路(P=0.048)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路(P=0.037);4个关键基因:MSH2、MSH6、CACNA2D2和MET。有61种miRNAs可能调控着关键基因的表达。ES患者的生存分析结果显示,4个关键基因的高表达量组5年生存率均低于低表达量组;TCGA数据库中肉瘤患者生存分析结果显示,4个关键基因的高表达也同样降低了患者的生存率,其在肉瘤的疾病进展中是危险因素。此外,与EWS-FLI1之间表达量的相关性分析显示,EWS-FLI1融合基因可能调控着4个关键基因的表达。结论目前的研究结果表明,MMR、MAPK通路及关键基因MSH2、MSH6、CACNA2D2和MET对ES增殖、侵袭和迁移有促进作用,并且与尤文肉瘤患者的预后相关。

关键词：尤文肉瘤生物信息学信号通路生存分析调控分析

EWSR1-FLI1通过代谢重编程影响尤文肉瘤发生发展的研究进展

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海军军医大学学报 2024年第5期45卷 620-626页

作者：赵薇江润益江爱民龚海熠魏海峰上海理工大学健康科学与工程学院上海200093 海军军医大学(第二军医大学)第二附属医院骨肿瘤科上海200003 海军军医大学(第二军医大学)第一附属医院泌尿外科上海200433

尤文肉瘤是发生于儿童和青少年的第二常见恶性原发性骨肿瘤,该病恶性程度极高,患者病程短,转移事件发生快,严重危害儿童和青少年的健康。肿瘤细胞通过一系列复杂的调控机制促进包括糖、氨基酸、脂类等在内的营养物质发生代谢重编程,进... 详细信息

尤文肉瘤是发生于儿童和青少年的第二常见恶性原发性骨肿瘤,该病恶性程度极高,患者病程短,转移事件发生快,严重危害儿童和青少年的健康。肿瘤细胞通过一系列复杂的调控机制促进包括糖、氨基酸、脂类等在内的营养物质发生代谢重编程,进而维持肿瘤高代谢状态,促进肿瘤发生、发展;同时代谢重编程相关产物可作用于肿瘤微环境中各细胞组分,抑制肿瘤免疫反应,甚至诱导耐药事件的发生。尤文肉瘤断裂区域1(EWSR1)-佛氏白血病病毒整合蛋白1(FLI1)融合蛋白是尤文肉瘤的关键促癌分子,具有多重功能和复杂的调控机制,了解EWSR1-FLI1对尤文肉瘤细胞代谢变化的影响及其相关调控机制,可为探究尤文肉瘤的病因、寻找有效的诊疗靶点及治疗策略提供线索。本文就EWSR1-FLI1影响尤文肉瘤代谢重编程的相关研究进展进行汇总与剖析,旨在为该病的早期诊断和精准治疗提供新的思路。

关键词：骨软骨瘤尤文肉瘤代谢重编程 EWSR1-FLI1

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儿童非转移性尤文肉瘤41例分析

中国当代儿科杂志 2024年第4期26卷 365-370页

作者：袁晴韩亚丽潘慈汤静燕高怡瑾上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心血液/肿瘤科上海200127

目的总结儿童非转移性尤文肉瘤(Ewing sarcoma,ES)的临床特征、治疗结果和预后影响因素。方法对2010年1月—2018年12月上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心诊治的41例非转移性ES初治患儿的临床资料进行回顾性分析。患儿均采用该中... 详细信息

目的总结儿童非转移性尤文肉瘤(Ewing sarcoma,ES)的临床特征、治疗结果和预后影响因素。方法对2010年1月—2018年12月上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心诊治的41例非转移性ES初治患儿的临床资料进行回顾性分析。患儿均采用该中心横纹肌肉瘤‑2009方案进行化疗,并根据危险度分组行手术和/或放疗等局部治疗。应用Kaplan‑Meier方法计算总体生存率(overall survival,OS)、无事件生存率(event‑free survival,EFS)。采用log‑rank法行单因素预后分析,以Cox回归进行多因素分析。结果41例患儿中,男21例,女20例;中位发病年龄为7.7岁(范围:1.2~14.6岁);无事件生存患儿中位随访时间为68.1个月(范围:8.1~151.7个月)。截至末次随访,33例患儿无病生存,41例患儿总体5年EFS为(78±6)%,5年OS为(82±6)%。log‑rank检验单因素分析显示,肿块直径≥8 cm、诊断至局部治疗开始时间≥16周及手术未完整切除者预后差(均P<0.05)。Cox多因素分析显示,手术未完整切除(HR=8.381,95%CI:1.681~41.801,P=0.010)是ES患儿预后差的独立危险因素。2例发生了第二肿瘤。结论ES患儿采用化疗、手术及放疗的综合治疗预后较好;初诊时肿块直径≥8 cm者的预后较差,而手术完整切除和早期开始局部治疗可改善预后。

关键词：尤文肉瘤预后危险因素儿童