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铜绿假单胞菌毒力相关小rna的筛选与鉴定

南开大学学报（自然科学版） 2016年第2期49卷 52-59页

作者：陈谷奎陈荣伟程志晖金守光吴卫辉靳永新南开大学生命科学学院天津300071

小rna在细菌的基因调控过程中具有重要的作用,然而目前在铜绿假单胞菌中仅发现了几种有功能的小rna.铜绿假单胞菌中存在着许多短片段rna(100-250 bp),然而这些短片段rna的功能尚不清楚.为了筛选与铜绿假单胞菌毒力相关的小rna,结合生物... 详细信息

小rna在细菌的基因调控过程中具有重要的作用,然而目前在铜绿假单胞菌中仅发现了几种有功能的小rna.铜绿假单胞菌中存在着许多短片段rna(100-250 bp),然而这些短片段rna的功能尚不清楚.为了筛选与铜绿假单胞菌毒力相关的小rna,结合生物信息学手段和实验检测技术对这些短片段rna进行了靶点基因预测及相关表型研究.结果显示:利用小rna靶点预测软件,筛选到23个毒力相关小rna;通过构建小rna过表达质粒,对这些小rna进行了高表达及相关的表型检测,发现Pant116对铜绿假单胞菌的3型分泌系统具有负调控作用.

关键词：铜绿假单胞菌小rna 靶点预测软件 3型分泌系统

溶藻弧菌ZJ-T小rna srvg23535基因突变株的构建及其功能初探

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微生物学通报 2019年第4期46卷 829-841页

作者：邓益琴陈偿苏友禄程长洪马红玲刘松林冯娟中国水产科学研究院南海水产研究所农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室广东广州510300 中国科学院南海海洋研究所西沙南沙深海海洋环境观测研究站广东广州510301 中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室广东广州510301

【背景】小rna被证实对细菌遗传变异、生长繁殖、致病性等具有重要的调控作用,但是在机会致病菌——溶藻弧菌(Vibrioalginolyticus)中研究较少。本实验室前期通过转录组测序和Northern Blot鉴定得到溶藻弧菌ZJ-T中小rna srvg23535。【... 详细信息

【背景】小rna被证实对细菌遗传变异、生长繁殖、致病性等具有重要的调控作用,但是在机会致病菌——溶藻弧菌(Vibrioalginolyticus)中研究较少。本实验室前期通过转录组测序和Northern Blot鉴定得到溶藻弧菌ZJ-T中小rna srvg23535。【目的】初探小rna srvg23535对溶藻弧菌生物学特性的影响。【方法】利用同源重组技术构建小rna srvg23535的缺失突变株,并对野生株和srvg23535突变株的菌落形态、运动性、胞外蛋白酶分泌、H_2O_2和Cu^(2+)的压力感应、铁吸收利用、抗生素抗性以及生长代谢等生物学特性进行比较研究。【结果】通过对溶藻弧菌小rna srvg23535基因缺失突变株的生物学特性分析表明,小rna srvg23535缺失后,对溶藻弧菌菌落形态、运动性、胞外蛋白酶分泌、H_2O_2和Cu^(2+)的压力感应、铁吸收利用、抗生素抗性以及多数测定的碳源、氮源代谢的影响不显著;但突变株对D-海藻糖(D-trehalose)的代谢减弱,对果胶(Pectin)、丙氨酸-谷氨酰胺(Ala-Gln)的代谢增强,并可利用丙氨酸-天冬氨酸(Ala-Asp)为氮源。【结论】小rna srvg23535参与调控溶藻弧菌对D-海藻糖(D-trehalose)、果胶(Pectin)、丙氨酸-谷氨酰胺(Ala-Gln)和丙氨酸-天冬氨酸(Ala-Asp)的代谢,这将为获取srvg23535调控靶标基因,进而阐明其与靶标基因的相互作用机制奠定基础。

关键词：溶藻弧菌小rna srvg23535 缺失突变株生物学特性

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真菌小rna的发生及其作用机制

微生物学通报 2018年第7期45卷 1563-1573页

作者：梁丽琴杜海燕段江燕谢丙炎山西师范大学生命科学学院山西临汾041004 中国农业科学院蔬菜花卉研究所农业部园艺作物生物学与种质创制重点实验室北京100081

小rna是真核生物体内一种含量丰富的内源性非编码rna,通过与其靶m rna完全或非完全互补结合调控真核生物的基因表达。本文全面综述了真菌中已发现的小rna种类、小rna发生相关蛋白因子以及小rna的具体作用机制,为进一步研究小rna对真菌... 详细信息

小rna是真核生物体内一种含量丰富的内源性非编码rna,通过与其靶m rna完全或非完全互补结合调控真核生物的基因表达。本文全面综述了真菌中已发现的小rna种类、小rna发生相关蛋白因子以及小rna的具体作用机制,为进一步研究小rna对真菌生长发育的调控机制提供重要参考。

关键词：真菌小rna 发生蛋白作用机制

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病原菌非编码小rna的致病调控功能研究

中国预防兽医学报 2011年第9期33卷 749-752页

作者：孟霞王亨朱国强扬州大学兽医学院江苏扬州225009

细菌非编码小rna（Small non-coding rna）是一类长度为40个～500个核苷酸,在基因组中被转录但是不编码蛋白质的一类rna分子,简称srna。最新研究表明,srna作为新发现的基因调节子,可促进病原菌快速调整自身的基因表达和生理特征,

关键词：小rna 非编码病原菌调控功能致病编码蛋白质生理特征基因表达

牦牛卵巢小rna高通量测序及生物信息学分析

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畜牧兽医学报 2016年第1期47卷 55-63页

作者：熊显荣兰道亮李键字向东林亚秋马力西南民族大学生命科学与技术学院成都610041 西南民族大学青藏高原研究院成都610041

本研究旨在利用高通量测序技术描绘牦牛卵巢srna图谱,为探析牦牛繁殖性能提供基础。以牦牛卵巢组织作为研究对象,构建牦牛srna文库,进行高通量测序和生物信息学分析,最后利用RT-qPCR技术验证mirna在牦牛卵巢组织中的表达。经测序后得到... 详细信息

本研究旨在利用高通量测序技术描绘牦牛卵巢srna图谱,为探析牦牛繁殖性能提供基础。以牦牛卵巢组织作为研究对象,构建牦牛srna文库,进行高通量测序和生物信息学分析,最后利用RT-qPCR技术验证mirna在牦牛卵巢组织中的表达。经测序后得到包含12 126 208条clean reads,其中特异序列为212 757条;比对分析显示,只有7 383 536(60.89%)条总序列及80 981(38.06%)条特异序列能与牦牛基因组匹配。与黄牛相比,牦牛srna中有56个表达量上调,其中miR-135a表达上调最显著;有33个表达下调,其中miR-2316表达下调最显著。RT-qPCR验证6个mirna在牦牛卵巢组织中的表达情况,定量结果和测序结果基本一致。与牦牛EST序列信息比对后共预测出5个新mirna。本研究成功绘制牦牛卵巢srna图谱,同时证实rna-Seq高通量测序技术在完善srna信息及挖掘新mirna方面的优势,对研究srna在牦牛遗传育种以及以牦牛为重要高原动物模型来进行高原适应性和抗逆性等相关领域的研究具有重要意义。

关键词：牦牛卵巢高通量测序小rna 生物信息学

利用小rna深度测序和组装技术鉴定紫藤花叶病病原

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植物病理学报 2015年第1期45卷 88-92页

作者：苏秀徐毅陈莎傅帅钱亚娟张立钦周雪平浙江大学生物技术研究所杭州310058 浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地临安311300

rna沉默（rna silencing）是一种在真核生物体内普遍保守的基于核酸序列特异性抑制基因表达的调控机制。2009年Kreuze等发现病毒特异的小rna（small rna，srna）在序列上是重叠的，因此推测通过深度测序技术获得的大量srna序列能用来组... 详细信息

rna沉默（rna silencing）是一种在真核生物体内普遍保守的基于核酸序列特异性抑制基因表达的调控机制。2009年Kreuze等发现病毒特异的小rna（small rna，srna）在序列上是重叠的，因此推测通过深度测序技术获得的大量srna序列能用来组装病毒的基因组并用来鉴定和发现新病毒。利用srna深度测序技术已在作物和昆虫上鉴定发现多种病毒。但在木本植物上还未见报道。

关键词：技术鉴定测序技术小rna 组装利用花叶病序列特异性病原

滚环转录结合定点切割制备小rna的技术探究

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生物技术 2016年第3期26卷 245-251页

作者：李灿王星宇王静潘孝明董平梁兴国中国海洋大学食品科学与工程学院山东青岛266003

[目的]优化滚环转录及定点酶切中关键技术,提高小rna合成量。[方法]通过在引物与模板之间设计不互补部分,形成泡状凸起,引发滚环转录;使用天然DNAzyme 10-23定点剪切转录产物;另外改变rnase H酶切中Aid-DNA修饰核酸数目及位置,指导rnas... 详细信息

[目的]优化滚环转录及定点酶切中关键技术,提高小rna合成量。[方法]通过在引物与模板之间设计不互补部分,形成泡状凸起,引发滚环转录;使用天然DNAzyme 10-23定点剪切转录产物;另外改变rnase H酶切中Aid-DNA修饰核酸数目及位置,指导rnase H切割;DNaseⅠ降解模板DNA后,不经高温失活,直接进入rnase H酶切体系。[结果]由凸起结构引发转录,转录效率提高约5倍;rnase H在仅有3个修饰核酸间隔分布的Aid-DNA-3b辅助下,可高效定点剪切,而DNAzyme 10-23无法充分切割滚环转录产物;未失活的DNaseⅠ对Aid-DNA-3b的降解仅占8.7%,可直接进入rnase H酶切体系。[结论]引入凸起结构可提高转录效率约5倍;DNaseⅠ可直接进入酶切体系,随后使用Aid-DNA-3b介导酶切,产量可提高1.4倍。

关键词：滚环转录定点切割 DNAzyme rnase H DNaseⅠ 小rna

沙门菌Hfq依赖型小rna GcvB靶基因trpE的鉴定

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中国兽医学报 2020年第9期40卷 1777-1782页

作者：潘永杨阳李晨刘丽娟杨琦贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025 贵州大学动物疫病研究所贵州贵阳550025 贵州省畜禽资源遗传管理站贵州贵阳550025 都匀市动物疫病预防控制中心贵州都匀558000 贵州省动物疫病与兽医公共卫生重点实验室贵州贵阳550025

trpE基因在鼠伤寒沙门菌中编码邻氨基苯甲酸合酶Ⅰ并参与氨基酸生物合成和代谢。为鉴定鼠伤寒沙门菌Hfq依赖型小rna GcvB所调控的基因trpE,本研究基于前期鼠伤寒沙门菌Hfq基因敲除株及gcvB基因敲除株转录组分析基础上,利用Red同源重组... 详细信息

trpE基因在鼠伤寒沙门菌中编码邻氨基苯甲酸合酶Ⅰ并参与氨基酸生物合成和代谢。为鉴定鼠伤寒沙门菌Hfq依赖型小rna GcvB所调控的基因trpE,本研究基于前期鼠伤寒沙门菌Hfq基因敲除株及gcvB基因敲除株转录组分析基础上,利用Red同源重组系统构建trpE基因lac融合菌株,并利用P22噬菌体转导技术构建gcvB和Hfq基因单缺失和双缺失菌株,通过β半乳糖苷酶试验检测trpE基因在不同情况下蛋白表达活性,结合生物信息学系统Targetrna2预测GcvB R1区与trpE mrna的作用位点。结果表明,与野生型菌株相比,gcvB基因敲除导致trpE基因蛋白表达量增加1.2倍,Hfq基因敲除后表达量增加1.1倍,而双敲除增加量仅为0.5倍。Target rna2预测trpE mrna与GcvB R1区可形成8个连续或18个不连续的碱基互补。以上结果表明trpE基因受GcvB和Hfq调控,且极大可能受GcvB直接调控。本研究为鼠伤寒沙门菌GcvB的作用机理研究奠定理论基础,丰富了GcvB的靶基因数目。

关键词：鼠伤寒沙门菌小rna Hfq β半乳糖苷酶试验 trpE基因

Argonaute蛋白与小rna的作用机制

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中国生物化学与分子生物学报 2014年第12期30卷 1182-1189页

作者：赵文文韩颖颖上海理工大学医疗器械与食品学院生物系统热科学研究所上海200093

rna干扰(rna interference,rnai)是在植物、动物、线虫、真菌以及昆虫等生物体中普遍存在的通过双链rna(double-strand rna,dsrna)诱导的抑制同源基因表达的一种保守的调控机制.小分子rna通过特异性地识别结合rna诱导的沉默复合体(rna-i... 详细信息

rna干扰(rna interference,rnai)是在植物、动物、线虫、真菌以及昆虫等生物体中普遍存在的通过双链rna(double-strand rna,dsrna)诱导的抑制同源基因表达的一种保守的调控机制.小分子rna通过特异性地识别结合rna诱导的沉默复合体(rna-induced silencing complex,RISC)对目标mrna的表达在转录和翻译水平进行抑制.作为RISC的重要组成成分,Argonaute蛋白(Ago)发挥了至关重要的作用.为了进一步阐明Ago蛋白在rna干扰中对小分子rna的作用机制,本文介绍了Ago蛋白的结构、分类及其在rna干扰机制中的作用,并着重阐述了目前已知的植物Ago蛋白对小分子rna的几种作用机制,以及目前研究发现的Ago蛋白的功能作用,从而更进一步证实Ago蛋白对小分子rna的作用是一个复杂的过程.

关键词： Argonaute蛋白小rna rna干扰作用机制