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牛miR-206潜在靶基因及其组织表达模式分析

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农业生物技术学报 2023年第1期31卷 98-104页

作者：张岩峰丁燕玲李鹏李浩宁史远刚康晓龙宁夏大学农学院

miR-206是前期课题组通过全转录组测序筛选出的高低剩余采食量肉牛(Bos taurus)中差异显著的小RNA (microRNAs, miRNAs)之一，为探究miR-206对牛肌肉生长发育的调节作用，本研究以’秦川牛’miR-206为研究对象，分析了miR-206在各物种... 详细信息

miR-206是前期课题组通过全转录组测序筛选出的高低剩余采食量肉牛(Bos taurus)中差异显著的小RNA (microRNAs, miRNAs)之一，为探究miR-206对牛肌肉生长发育的调节作用，本研究以’秦川牛’miR-206为研究对象，分析了miR-206在各物种间的亲缘关系，通过TargetScan、miRWalk等在线软件预测了牛miR-206潜在靶基因并对靶基因进行GO和KEGG富集分析，通过qPCR方法检测牛各组织中miR-206的表达规律。结果表明，牛miR-206与山羊(Capra hircus)的亲缘关系最近，其次是马(Equus caballus)，与爪蟾(Xenopus laevis)的亲缘关系最远；miR-206的潜在靶基因中与肌肉发育相关的有组蛋白去乙酰酶4 (histone deacetylase 4, HDAC4)、热休克蛋白家族D成员1 (heat shock protein family d member 1, HSPD1)、纤维连接蛋白1 (fibronectin, FN1)等；功能富集分析发现，预测的靶基因显著富集于MAPK、PI3K-AKT和TNF等与肌肉发育相关的信号通路。qPCR结果显示，miR-206在成年牛腿肌和背最长肌中的表达量最高且极显著高于其他组织(P<0.01)，其次是肝脏，在十二指肠及皮下脂肪中的表达量最低；与初生犊牛相比，成年牛皮下脂肪中miR-206表达量极显著下调(P<0.01)，背最长肌和腿肌中表达量极显著上调(P<0.01)。本研究结果将为进一步探究miR-206在牛肌肉生长发育过程中的作用提供参考。

关键词： miR-206 组织表达靶基因预测 qPCR 富集通路

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牛miR-144靶基因预测与组织表达分析

浙江农业学报 2022年第3期34卷 471-479页

作者：丁燕玲王鹏飞杨朝云周小南赵志艳张岩峰史远刚康晓龙宁夏大学农学院宁夏银川750021

为研究miR-144的靶基因与miR-144在牛不同组织中的表达规律,预测其对肌肉生长发育的调节机制,对miR-144在各物种间的保守性、潜在靶基因及其富集通路进行分析,通过qRT-PCR方法检测牛不同组织中miR-144的表达。结果表明,miR-144成熟序列... 详细信息

为研究miR-144的靶基因与miR-144在牛不同组织中的表达规律,预测其对肌肉生长发育的调节机制,对miR-144在各物种间的保守性、潜在靶基因及其富集通路进行分析,通过qRT-PCR方法检测牛不同组织中miR-144的表达。结果表明,miR-144成熟序列在各物种间保守性较高;富集分析发现,靶基因显著富集于血管平滑肌收缩、cGMP-PKG、cAMP等与肌肉发育相关通路中。qRT-PCR结果显示,miR-144在肝中的表达量最高,在皮下脂肪中的表达量最低;miR-144在腿肌和心中的表达差异不显著(P>0.05),但在肝中的表达显著(P0.05)。

关键词： miR-144 组织表达靶基因预测实时荧光定量PCR 富集通路

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牛miR-615潜在生物学功能分析及其组织表达鉴定

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西北农业学报 2021年第10期30卷 1435-1444页

作者：丁燕玲王鹏飞杨朝云马应师丹丹史远刚康晓龙宁夏大学农学院银川750021

miRNA作为进化保守的非编码RNA,在细胞的发生、发展和增殖过程发挥重要功能。前期研究鉴定到miR-615是剩余采食量相关的差异miRNA之一,但其潜在靶基因及在牛各组织的表达规律尚不清楚。对miR-615在各物种间的保守性,潜在靶基因及其富集... 详细信息

miRNA作为进化保守的非编码RNA,在细胞的发生、发展和增殖过程发挥重要功能。前期研究鉴定到miR-615是剩余采食量相关的差异miRNA之一,但其潜在靶基因及在牛各组织的表达规律尚不清楚。对miR-615在各物种间的保守性,潜在靶基因及其富集通路进行分析,通过茎环荧光定量PCR技术检测牛各组织中miR-615的表达。结果表明,miR-615成熟序列在各物种间保守性较高,靶基因显著富集于PI3K-ATK、Ras和MAPK等与肌肉发育相关的通路中。qRT-PCR结果显示,miR-615在皮下脂肪中的表达量最高,其次是背最长肌;miR-615在背最长肌和心脏组织中的表达差异不显著,但在皮下脂肪中的表达显著高于背最长肌和心脏组织;在其他组织中miR-615均呈现低表达模式,且各组织间表达差异不显著。研究结果将为进一步探讨miR-615在牛肌肉发育中的作用奠定理论基础,同时也为解析牛肌肉发育的分子机制提供新思路。

关键词： miR-615 组织表达靶基因预测 qRT-PCR 富集通路

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集落刺激因子（CSFs）及其受体（CSFRs）在24种实体肿瘤中预后价值的基因组学分析

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集落刺激因子（CSFs）及其受体（CSFRs）在24种实体肿瘤中预后价...

作者：黄馨谊山东大学

学位级别：硕士

[研究目的]粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor,GM-CSF,也称为CSF2)和粒细胞-集落刺激因子(Granulocyte colony-stimulating factor,G-CSF,也称为CSF3)(CSFs)是血液系统中常见的两种造血生长因子,其与特异性受体(colony-stimulating factor receptors,CSFRs)结合后可以刺激骨髓干细胞向成熟粒细胞的生长、增殖和分化。在临床肿瘤学中,重组G-CSF或GM-CSF被广泛用于纠正化疗和放疗后引起的中性粒细胞减少。然而,作为在多种组织中广泛表达的生长因子,CSFs和CSFRs在不同肿瘤中的表达水平和预后价值目前仍存在争议。有研究表明,CSFs可以通过免疫依赖和非免疫依赖的途径在多种恶性肿瘤中表达上调并促进肿瘤细胞的生长、侵袭和迁移,如肺癌、结直肠癌、前列腺癌、头颈部肿瘤、乳腺癌、膀胱癌、黑色素瘤等。另外,CSFs还被发现可以通过调节肿瘤微环境,在多种恶性肿瘤中发挥抗肿瘤效应,如前列腺癌、结直肠癌、头颈部肿瘤、黑色素瘤等。因此,本研究旨在从基因组学水平探究CSFs和CSFRs在多种实体肿瘤类型中的预后价值,并探索其潜在的分子作用机制。[研究方法]在这项研究中,我们使用了肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的可视化在线子数据库cBioPortal(http://***/)的公开数据集,并从中获取“CSF2”、“CSF3”、“CSF2RA”、“CSF2RB”、“CSF3R”在 24 种实体恶性肿瘤中的表达情况和可能影响肿瘤患者生存预后的相关临床病理特征资料,包括年龄、性别、种族、肿瘤分期等。使用X-tile软件分别计算CSFs(CSF2、CSF3)单基因组、CSFRs(CSF2RA、CSF2RB、CSF3R)单基因组及CSFs+CSFRs(CSF2+CSF2RA、CSF2+CSF2RB、CSF3+CSF3R)联合组基因表达的最佳截点数据,依据截点将CSFs单基因组分成高表达和低表达2个亚组,将CSFs+CSFRs联合组分成低、中、高表达3个亚组。使用Kaplan Meier生存曲线对各癌种进行生存分析。使用R软件“edgeR”包对各癌种的CSFs和CSFRs高低表达基因亚组进行差异基因表达(differentially expressed genes,DEGs)分析,筛选出各癌种高低表达基因亚组中表达上调和表达下调的差异基因。并用韦恩图在线作图工具Venny 2.10 软件(http://bioinfogp.***.csic.es/tools/venny/index.html)过滤出预后趋势一致癌种的上调和下调表达的差异基因的交集。使用基因功能注释分析工具Metascape(http://***/gp/index.html)对筛选出的共同 DEGs 进行富集通路分析。数据处理及分析:应用SPSS20.0统计软件进行数据分析,生存分析曲线采用Kaplan-Meier法,交叉表卡方检验用于分析CSFs和CSFRs表达与临床特征参数之间的关系,采用COX 比例风险模型进行单因素分析,以P<0.05认为有统计学意义。[结果]1.患者临床特征从cBioPortal数据库共提取出包含24种实体肿瘤类型的8565名患者,其中CSF2高、低表达分别为3062例和5503例,CSF3高、低表达分别为3463例和5102例。交叉表分析显示,CSF2表达与年龄和肿瘤分期相关(P<0.05),与肿瘤患者的性别和种族类型无明显相关性。而CSF3表达则与性别、年龄、种族类型、AJCC TNM 分期均相关(P<0.05)。2.生存分析通过Kaplan-Meier分析,我们发现CSFs和CSFRs的表达水平对患者总体生存率的影响在24种实体肿瘤中表现出很大差异。结果表明,CSF2高表达亚组患者的生存时间在乳腺浸润癌(Breast invasive carcinoma,BRCA)、肺腺癌(Lung adenocarcinoma,LUAD)和膀胱癌(Bladder Urothelial Carcinoma,BLCA)等 8种癌种中较低表达亚组有明显的延长。然而,CSF2高表达亚组患者在头颈鳞状细胞癌(Head and Neck squamous cell carcinoma,HNSC)、食管癌(Esophageal carcinoma,ESCA)和肾透明细胞癌(Kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)胰腺癌(Pancreatic adenocarcinoma,PAAD)等6种癌种中与更差的预后相关。对于CSF3,高表达亚组患者在结肠癌(Colonadenocarcinoma,COAD)、BLCA、CESC等10种癌种

关键词：粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子粒细胞-集落刺激因子预后差异表达基因富集通路

基于网络药理学和分子对接技术探究山防感冒颗粒中药组分配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制

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特产研究 2023年

作者：宋欣宏韩路生初孟瑶程立业陈长宝李光王恩鹏长春中医药大学吉林省人参科学研究院

利用网络药理学方法结合分子对接技术，研究山防感冒颗粒中药组分配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的作用机制。利用中药系统网络药理学数据库、分析平台（TCMSP）及现有相关文献（CNKI和PubMed）挖掘山防感冒颗粒中山银花、防风、山... 详细信息

利用网络药理学方法结合分子对接技术，研究山防感冒颗粒中药组分配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的作用机制。利用中药系统网络药理学数据库、分析平台（TCMSP）及现有相关文献（CNKI和PubMed）挖掘山防感冒颗粒中山银花、防风、山楂和生姜的有效成分及作用靶点。通过UniProt等数据库查询靶点对应的基因，进而运用Cytoscape 3.8.2构建化合物靶点（基因）网络。利用DrugBank数据库和GeneCards数据库检索慢性阻塞性肺疾病的潜在靶点；采用蛋白质相互作用网络数据库（String）进行蛋白相互作用分析，通过Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白互作网络；运用Metascape数据库对关键靶点进行基因本体GO功能分析和KEGG通路富集分析，探究山防感冒颗粒治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制；采用AutoDock分子对接软件对活性成分与关键辅助缓解疼痛靶点进行验证。通过筛选得到山房感冒颗粒中药的24种活性成分，258个潜在作用靶点；GO功能富集分析得到生物过程（BP）条目1 313个，细胞组成（CC）条目62个，分子功能（MF）条目122个；KEGG通路富集分析筛选得到163条信号通路主要涉及癌症相关通路、乙型肝炎病毒、松弛信号通路、PI3K/Akt信号通路及结核病等信号通路；分子对接结果表明，主要活性成分与AKT1、TNF和TP53均有较强的结合能力，其中槲皮素（Quercetin）、山楂酸（Maslinic acid）和植物甾醇（Bate-sitosterol）为最强的3个有效成分。山防感冒颗粒主要通过调节癌症相关通路、乙型肝炎病毒、PI3K/Akt信号通路、对细胞氮化合物反应、对激素的反应和蛋白质磷酸化的正调控等来辅助消炎治疗COPD，该研究进一步证明了山防感冒颗粒可通过多靶点、多通路发挥抗炎作用，初步阐明了山防感冒颗粒治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制。

关键词：网络药理学分子对接慢性阻塞性肺疾病富集通路分子机制