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银白杨叶绿体基因组密码子用法分析(英文)

Journal of Forestry Research 2008年第4期19卷 293-297页

作者： ZHOU Meng LONG Wei LI Xia College of Bioinformatics Science and Technology Harbin Medical UniversityHarbin 150086P.R.China The Key Laboratory of Forestry Genetics and Engineering of State Forestry Administration&Jiangsu Provincial Nanjing Forestry UniversityNanjing 210037P.R.China

通过计算银白杨叶绿体基因组中各基因的ENc值、RSCU值、CAI值和GC3s的含量,分析银白杨叶绿体基因组密码子用法,并采用目前普遍使用的多变量统计分析方法(对应分析)和ENc.plot方法探讨了若干重要因子对银白杨叶绿体基因组密码子用法的效... 详细信息

通过计算银白杨叶绿体基因组中各基因的ENc值、RSCU值、CAI值和GC3s的含量,分析银白杨叶绿体基因组密码子用法,并采用目前普遍使用的多变量统计分析方法(对应分析)和ENc.plot方法探讨了若干重要因子对银白杨叶绿体基因组密码子用法的效应。对应分析结果显示在影响最大的第一条向量轴上,基因的坐标位置与GC3s(r=349)极显著相关,而与该基因的表达水平(CAI)无显著相关性,但是在第二、三向量轴上基因的坐标位置与该基因的表达水平(CAI)呈极显著相关(r=-0.348和r=0.602,),说明碱基突变是影响密码子发挥作用的主要因素,而少数基因密码子用法受到翻译选择的作用;ENC-plot分析结果也证明了这一点。图2表2参34。

关键词：叶绿体基因组分析密码子植物生物学

密码子指导下饲料氨基酸生物配比对雏鸡生产性能的影响

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河南农业科学 2002年第7期31卷 39-40页

作者：程相朝李银聚张春杰吴庭才郑祥海洛阳农业高等专科学校洛阳471003

以NRC推荐的赖氨酸为基础 ,以各氨基酸对应的密码子使用频率的比率来确定饲料配方中赖氨酸、蛋氨酸、苏氨酸、缬氨酸和胱氨酸之间的生物配比。在基础日粮代谢能为 1 2 .2 7MJ/kg、粗蛋白 1 8.5 8%的条件下 ,研究氨基酸对雏鸡生产性能的... 详细信息

以NRC推荐的赖氨酸为基础 ,以各氨基酸对应的密码子使用频率的比率来确定饲料配方中赖氨酸、蛋氨酸、苏氨酸、缬氨酸和胱氨酸之间的生物配比。在基础日粮代谢能为 1 2 .2 7MJ/kg、粗蛋白 1 8.5 8%的条件下 ,研究氨基酸对雏鸡生产性能的影响。结果表明 ,试验Ⅱ组、试验Ⅰ组及对照组平均日增重分别为 (1 1 .3 4± 0 .5 4 ) g、(1 0 .5 2± 0 .77) g和 (9.6 3± 0 .6 8) g。2 1日龄肝组织中mRNA含量分别为 (471 1 .4± 1 3 1 .0 4 ) μg/g、(42 82 .4± 1 6 0 .0 3 ) μg/g和(40 4 2 .42± 1 2 0 .95 ) μg/g。

关键词：密码子饲料氨基酸生物配比雏鸡生产性能

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玉米waxy基因密码子偏好性分析

玉米科学 2008年第2期16卷 16-21页

作者：赵耀刘汉梅顾勇黄玉碧四川农业大学玉米所

运用CHIPS、CUSP和CodonW程序对玉米waxy基因的密码子进行了分析,将分析结果与大肠杆菌、酵母基因组的密码子偏好性进行比较。结果表明,waxy基因对一些密码子的使用存在明显的偏好性,特别偏好于使用以G或C结尾的密码子,且玉米waxy基因... 详细信息

运用CHIPS、CUSP和CodonW程序对玉米waxy基因的密码子进行了分析,将分析结果与大肠杆菌、酵母基因组的密码子偏好性进行比较。结果表明,waxy基因对一些密码子的使用存在明显的偏好性,特别偏好于使用以G或C结尾的密码子,且玉米waxy基因与大肠杆菌、酵母的密码子偏爱性有较大差异,分析结果对玉米waxy基因在这两类表达系统中的表达具有一定指导意义。

关键词：玉米 waxy基因密码子偏好性

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密码子的数学模型与四进制

自然杂志 2004年第4期26卷 219-222,223页

作者：张德荣沈阳航空工业学院航宇学院教授沈阳110034

建立了密码子构成的数学模型 ,提出了碱基与密码子用四进制数字代码表达的方法和依据 .在此基础上 ,列出了一个含有若干数字信息的新遗传密码表 ,并对有关应用等问题进行了初步讨论 ;其中特别指出了四进制数字代码在开发四进制生物计算... 详细信息

建立了密码子构成的数学模型 ,提出了碱基与密码子用四进制数字代码表达的方法和依据 .在此基础上 ,列出了一个含有若干数字信息的新遗传密码表 ,并对有关应用等问题进行了初步讨论 ;其中特别指出了四进制数字代码在开发四进制生物计算机时可能发挥的作用及意义 .

关键词：密码子遗传密码碱基生物计算机表达数字代码数字信息数学模型

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拟南芥基因密码子偏爱性分析

生物化学与生物物理进展 2003年第2期30卷 221-225页

作者：范三红郭蔼光单丽伟胡小平西北农林科技大学

密码子偏爱性对外源基因的表达强度有一定影响 ,特别是编码蛋白质N端 7～ 8个氨基酸残基的密码子 .通过对拟南芥染色体中 2 6 82 7个蛋白质对应的基因密码子进行分析 ,得到了编码氨基酸的 6 1种密码子在拟南芥中的使用频率 ,并与大肠杆... 详细信息

密码子偏爱性对外源基因的表达强度有一定影响 ,特别是编码蛋白质N端 7～ 8个氨基酸残基的密码子 .通过对拟南芥染色体中 2 6 82 7个蛋白质对应的基因密码子进行分析 ,得到了编码氨基酸的 6 1种密码子在拟南芥中的使用频率 ,并与大肠杆菌和哺乳动物进行了比较 ,结果表明三者间的密码子偏爱性有较大差异 .这一分析结果对于动物基因在植物中的表达 ,及植物基因在微生物中的表达具有一定指导意义 .

关键词：拟南芥基因密码子偏爱性植物 XML

小麦低分子量麦谷蛋白亚基分离及密码子使用特征分析

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小麦低分子量麦谷蛋白亚基分离及密码子使用特征分析

作者：任燕萍新疆师范大学

学位级别：硕士

根据不同分子量蛋白质在十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）迁移率不同,小麦（Triticum aestivum L.）麦谷蛋白亚基分为高分子量麦谷蛋白亚基（HMW-GS）和低分子量麦谷蛋白亚基（LMW-GS）。小麦HMW-GS和LMW-GS互作形成空间... 详细信息

根据不同分子量蛋白质在十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）迁移率不同,小麦（Triticum aestivum L.）麦谷蛋白亚基分为高分子量麦谷蛋白亚基（HMW-GS）和低分子量麦谷蛋白亚基（LMW-GS）。小麦HMW-GS和LMW-GS互作形成空间网格状结构决定小麦面包烘烤品质。然而小麦LMW-GS研究相对滞后。因此,获得我国独立的自主知识产权的LMW-GS功能基因,并用于改良我国小麦面包烘烤品质已迫在眉睫。该论文首先以国内优质强筋小麦中优9507为实验材料,通过优化SDS-PAGE技术蛋白质分离条件,分离小麦LMW-GS区段的特异条带,质谱鉴定获得肽段;进一步分析小麦麦谷蛋白亚基基因密码子使用特性,采用RT-PCR和RACE技术克隆目的基因核酸片段,建立小麦LMW-GS基因克隆技术体系。在此基础之上,以新疆本地主栽强筋小麦新春8为实验材料,锁定小麦面包烘烤品质主效LMW-GS,质谱鉴定获得肽段,为后续该小麦面包烘烤品质主效LMW-GS基因克隆、小麦HMW-GS和LMW-GS互作研究提供科学的数据参考。该论文主要研究结果如下: 含0.3mol/LNaI和1.4%4-VP的LMW-GS提取液能有效提取小麦LMW-GS成分。在此基础上,当分离胶浓度为T=14%/C=3%、分离时间为40h、电极缓冲液为Tris-硼酸或Tris-甘氨酸时,能更加有效、准确、且重复性高地分离数目庞大的小麦LMW-GS。该技术体系为小麦LMW-GS深入研究的第一个限速步骤提供了良好的解决方案。从国内优质强筋小麦中优9507中锁定1个小麦面包烘烤品质可能相关的LMW-GS,命名为ZY9507-L1,其表观分子量为34kD。质谱鉴定获得5个肽段,分别命名为ZL1-1、ZL1-2、ZL1-3、ZL1-4、ZL1-5。其中,ZL1-1（肽段序列:GIIQPQQPAQLEVIR）与NCBI数据库中小麦已知LMW-GS氨基酸序列（GenBank登录号:ACJ76961.1）的覆盖率（Query coverage）为66%,ZL1-2（肽段序列:SVVHSIIMQQEQR）与小麦已知LMW-GS氨基酸序列（GenBank登录号:ABB04903.1）的Query coverage为92%。其余3个质谱鉴定获得的小肽段均与NCBI数据库中小麦已知LMW-GS氨基酸序列不存在相似性。为了解小麦麦谷蛋白亚基基因密码子使用特性,该文运用CodonW1.4.2和SPSS16.0软件对13个来源于小麦麦谷蛋白亚基基因的密码子用法特性进行了分析。结果显示,除1Dy10基因有效密码子数（ENC值）小于40外,其余亚基基因ENC值均介于40-50之间;密码子第三位GC含量（GC3）均在0.38-0.45之间;1Bx14基因偏向于使用A或T结尾的密码子,其余12个亚基基因偏向于使用G或C结尾的密码子;1Dy10与其余12个亚基基因间距离系数较大,然而各组染色体麦谷蛋白x-型或y-型亚基基因间距离系数较小。结果表明,小麦麦谷蛋白亚基基因具有较强的密码子使用偏爱性,各基因密码子用法上具有相似性,每一种氨基酸均存在1-2个偏爱密码子。在密码子用法差异上表现为,除1By9和1Dy10之外,无论是A染色体组、B染色体组,还是D染色体组,各组染色体上麦谷蛋白x-型或y-型亚基基因间密码子使用频率差异最小。这一分析结果对小麦HMW-GS功能基因资源的高效利用和LMW-GS新基因的克隆具有一定的指导意义。根据小麦面包烘烤品质相关LMW-GS ZY9507-L1质谱鉴定结果和小麦麦谷蛋白亚基基因密码子使用特性,该文以国内优质强筋小麦中优9507为实验材料,利用ZL1-1肽段设计3’端上游引物,采用RT-PCR和RACE技术获得目的基因ZL1-13’端序列。结果显示,分离获得2个不同的LMW-GS基因序列,分别命名为ZL1-1P和ZL1-1I,其中,ZL1-1P基因长度为620bp,可编码包含186个氨基酸残基的成熟蛋白质。该基因与NCBI数据库中许多小麦已知LMW-GS基因均具有同源性,其与小麦已知LMW-GS基因（登录号:FJ441109.1）的覆盖率为19%（见图5-11）;ZL1-1I基因长度为693bp,可编码包含209个氨基酸残基的成熟蛋白质。该基因与NCBI数据库中许多小麦已知LMW-GS基因均具有同源性,该基因序列与已知LMW-GS基因（登录号:FJ441109.1）的覆盖率为17%。初步证实上述2个基因可能均属于小麦LMW-GS基因的一部分,而且也证实了该小麦LMW-GS基因克隆技术体系是完全可行的。在上述已建立的基因克隆技术体系基础之上,根据面包烘烤品质的决定机制特征,从新疆本地主栽强筋小麦新春8中锁定1个小麦面包烘烤品质主效LMW-GS,命名为XC8-L1,其表观分子量为46kD。质谱鉴定获得215个肽段,分别命

关键词：小麦 LMW-GS 质谱鉴定密码子特性分析基因分离

同方学位论文库评论

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同方学位论文库

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猕猴桃CHI密码子偏好性分析

东南园艺 2016年第5期4卷 26-31页

作者：李崇高冯新高敏霞钟春水陈文光刘萍元陈义挺福建省建宁县农业局福建三明354500 福建省农业科学院果树研究所福建福州350013 福建农林大学园艺学院

试验以GenBank登录的猕猴桃查尔酮异构酶基因CHI为基础,采用CodonW分析其偏好性,并分别与模式生物基因组进行比较。研究结果发现,猕猴桃CHI有效密码子数为55.93,密码子GG含量和第3位G\C含量分别为0.483和0.525,偏好性较强的密码子有29个... 详细信息

试验以GenBank登录的猕猴桃查尔酮异构酶基因CHI为基础,采用CodonW分析其偏好性,并分别与模式生物基因组进行比较。研究结果发现,猕猴桃CHI有效密码子数为55.93,密码子GG含量和第3位G\C含量分别为0.483和0.525,偏好性较强的密码子有29个,其中AAC、ACC、AGG、CCT和TCT具有极强的偏好性;此外,猕猴桃CHI与模式生物基因组均保持较大的偏好性差异。研究认为,猕猴桃CHI密码子整体偏好性较弱,但对部分特定密码子仍存在选择偏好。研究结果为猕猴桃CHI基因后续研究提供了科学依据。

关键词：猕猴桃查尔酮异构酶密码子偏好性

中国裕固族及汉族人MBL基因ExonⅠ 54位密码子点突变频率研究

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中华检验医学杂志 2007年第12期30卷 1378-1380页

作者：徐向红居军罗伟立赵清郭进京张志明甘肃省人民医院临床检验中心兰州730000 甘肃省疾病预防控制中心兰州大学临床医学院实验诊断

甘露糖结合凝集素（maflnan binding lectin，MBL）是一种由肝脏产生的可溶性的C型凝集素。能够识别、结合多种微生物或异体抗原表面糖蛋白糖链末端的甘露糖残基和（或）N-乙酰葡萄精胺．进一步通过胶原样区域调理吞噬作用清除致病原，... 详细信息

甘露糖结合凝集素（maflnan binding lectin，MBL）是一种由肝脏产生的可溶性的C型凝集素。能够识别、结合多种微生物或异体抗原表面糖蛋白糖链末端的甘露糖残基和（或）N-乙酰葡萄精胺．进一步通过胶原样区域调理吞噬作用清除致病原，同时还可以通过凝集素补体途径活化补体，在机体免疫防御和免疫监视中具有重要作用。

关键词： MBL基因突变频率甘露糖结合凝集素密码子汉族人裕固族中国 C型凝集素

密码子优化的HPV6b L1 DNA诱导BALB／c小鼠产生增强的免疫应答

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国际生物制品学杂志 2009年第4期32卷 169-174页

作者：陆丽君石朝辉孟锐锋朱珊丽肖敏张丽芳温州医学院微生物学与免疫学教研室分子病毒与免疫研究所 325035 温州医学院微生物学与免疫学教研室实验动物中心 325035 河南省平顶山疾病预防控制中心检验科 467000

目的探讨真核细胞偏好密码子优化对人乳头瘤病毒（human papillomavirus，HPV）6b型L1 DNA诱导BALB／c小鼠特异性体液和细胞免疫应答的增强效应。方法利用PCR从尖锐湿疣组织中扩增HPV6b L1基因，将其克隆至真核表达质粒pcDNA3．1（＋）... 详细信息

目的探讨真核细胞偏好密码子优化对人乳头瘤病毒（human papillomavirus，HPV）6b型L1 DNA诱导BALB／c小鼠特异性体液和细胞免疫应答的增强效应。方法利用PCR从尖锐湿疣组织中扩增HPV6b L1基因，将其克隆至真核表达质粒pcDNA3．1（＋），构建野生型pcDNA3．1（＋）／HPV6bLl（wt）并进行鉴定；同时，对HPV6b L1基因进行真核细胞偏好密码子优化，进一步通过重叠PCR的方法获得全长基因，构建密码子优化的重组质粒pcDNA3．1（＋）／HPV6bLl（rood．）并进行鉴定。将6～8周龄雌性BALB／c小鼠分成4组，分别肌肉注射3次pcDNA3．1（＋）／HPV6bLI（mod．）、pcDNA3．1（＋）／HPV6bL1（wt）、pcDNA3．1（＋）载体和PBS，间隔2周，每次剂量为150μg／鼠。分别于免疫前和免疫后每隔2周，收集血清，用间接ELISA检测血清IgG抗体；并于第8周取小鼠脾细胞，采用乳酸脱氢酶释放法，按效应细胞与靶细胞之比（E：T）为5：1、10：1、20：1进行免疫小鼠特异性CTL杀伤活性检测。结果成功构建了密码子优化的HPV6b L1重组质粒。小鼠免疫后血清特异性IgG抗体水平随着免疫时间和次数的增加而升高。pcDNA3．1（＋）／HPV6bLl（mod．）组血清IgG抗体在第8周达到高峰，与pcDNA3．1（＋）／HPV6bLl（wt）、载体和PBS对照组相比差异均有统计学意义（t=18．138、t=29．140、t=30．840，P值均〈0．01）；而pcDNA3．1（＋）／HPV6bLl（wt）组与载体和PBS组比较差异也有统计学意义（t=20．072、t=22，457，P值均〈0．01）。在特异性CTL杀伤实验中，当E：T分别为5：1、10：1、20：1时，pcDNA3．1（＋）／HPV6bLI（mod．）组的脾细胞特异性CTL杀伤率明显高于pcDNA3．1（＋）／HPV6bLl（wt）组（t=11．892、t=15．329、t=2．911，P值均〈0．05）、载体组（t=12．936、t=16．613、t=13．901，P值均〈0．01）和PBS对照组（t=14．768、t=18．935、t：10．925，P值均〈0．01）。结论密码子优化的HPV6b L1 DNA可诱导BALB／c小鼠产生增强的特异性体液和细胞免疫应答。

关键词：人乳头瘤病毒6 衣壳蛋白质类密码子抗体生成免疫细胞